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Caracterización Genética
Caracterización Genética
Cualquier gen que muestre
polimorfismo (dos o más alelos) y
que sea estable durante la vida del
individuo se puede utilizar como
marcador genético.
Caracterización Genética
Microsatélites
• Son muy frecuentes y están repartidos por todo el
ADN y, a menudo, presentando un alto grado de
polimorfismo.
• El modelo de herencia es mendeliano y los alelos
detectados presentan codominancia.
• Se necesitan cantidades muy pequeñas de material
biológico para la determinación de las variantes
alélicas,
• Las técnicas empleadas para la detección de la
variabilidad son muy simples.
Caracterización Genética
Microsatélites
Microsatélite: HLM6
Nº de acceso GenBank: U36498
Tamaño: 418 pb
GATCCTGAGCACGGCACCTGGCACATTCATGGACATTCG
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG
CGTGCGCGCGCGCTGATATAGAGAGAAAGGGGAGGGA
GGGAGCGGAAACAGAGACAAAGTGGAGAGATATCGAA
AATGGGTCAAAATACTAATGGGTACACCTGGATAAAGGG
TATATGGTTGTTTACCATCCAGGCAACTTTTCCACAAGTTT
ATCTTTAAATAAATGCATTTTAAAAATGGACCGTTGGCTG
TTGTCCCAAATTTTGCCTAACCTTTGAGATTTCTGGCTTT
GATTCCCGCAGCTGCCATCGCTAGCGTACCCAGACCCC
AGAAGTGTGCAATGGTGACTTTAAAACAGTTGTCGCAGG
TTCTGTCCCAGGCAAGAAAACCTGGATC
Caracterización Genética
Aplicaciones de los microsatélites para el
estudio de la diversidad genética:
• Conocer la estructura de poblaciones, su
historia y su evolución
• Caracterizar poblaciones
• Tomar decisiones a la hora de evaluar y
conservar recursos genéticos
(adscripción individual, distancias
genéticas)
• Control de Paternidad
• Trazabilidad (identificación individual)
Caracterización Genética
Sangre
Pelo y tejidos
LAVADO Y CENTRIFUGACIÓN
EXTRACCIÓN DEL ADN/ARN
PURIFICACIÓN
DILUCIÓN
Caracterización Genética
Electroforesis en secuenciador automático
Caracterización Genética
Análisis de densitometría de los fragmentos amplificados
Caracterización Genética
Identificación alélica (I)
Caracterización Genética
Identificación alélica (II)
Caracterización Genética
Fórmula genética individual
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Se utilizaron las siguientes muestras:
Chiapas,
Chamula
Café
Palmera
Merino
Canaria
Sopravissana
41
42
45
47
44
40
44
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Cuadro 1. Estadísticos F y probabilidad de equilibrio global de
los microsatélites en razas ovinas
Locus
Fis
Fit
Fst
BM1818
0.0607
0.1566
0.1021
BM1824
0.0581
0.1487
0.0962
BM6506
0.0646
0.1580
0.0999
BM6526
0.0634
0.1544
0.0972
BM8125
0.0618
0.1575
0.1020
CSRD247
0.0619
0.1563
0.1006
CSSM 66
0.0605
0.1559
0.1015
D5S2
0.0625
0.1565
0.1004
ETH10
0.0604
0.1547
0.1004
ETH225
0.0582
0.1528
0.1004
HSC
0.0637
0.1586
0.1014
ILSTS011
0.0628
0.1565
0.1001
INRA35
0.0614
0.1548
0.0995
INRA6
0.0602
0.1554
0.1013
INRA63
0.0630
0.1574
0.1007
M AF209
0.0625
0.1583
0.1021
M AF65
0.0644
0.1585
0.1006
M cM 527
0.0588
0.1527
0.0997
O arCP20
0.0611
0.1536
0.0985
O arCP34
0.0639
0.1576
0.1001
O arFCB11
0.0634
0.1558
0.0986
O arFCB304
0.0600
0.1549
0.1009
O arFCB48
0.0622
0.1565
0.1006
RM 006
0.0618
0.1564
0.1008
SPS115
0.0553
0.1500
0.1002
TG LA122
0.0525
0.1481
0.1009
TG LA126
0.0548
0.1509
0.1017
TG LA53
0.0598
0.1527
0.0988
M edia
0.0609
0.1550
0.1003
Error
estándar
0.0150
0.0148
0.0071
Se utilizó un panel de 28 microsatélites
ESTADÍSTICOS F
• Wright (1951) introdujo un método para partir el
coeficiente de endogamia total de una población
subdividida (Fit) entre el componente debido a
apareamientos no aleatorios dentro de subpoblaciones
(Fis) y la subdivisión entre poblaciones (Fst) o efecto
de la deriva.
• La correlación entre los genes de los individuos (I) y
los de la población total (T) es representada por Fit, que
corresponde a la endogamia total.
• La correlación entre los genes de los individuos y los de
la subpoblación (S) es representada por Fis,
• La correlación entre los genes de la subpoblación y los
de la población total está representada por Fst.
• Los estadísticos F se relacionan entre sí de la siguiente
manera: (1 – Fit) = (1 – Fst)(1 – Fis)
FST como indicador de subdivisión
poblacional:
• FST varía entre 0 y 1 y mide el grado de
subdivisión a través de sus efectos de
aumento de endogamia = reducción de
heterocigosis (con respecto a la misma
población global pero sin subdivisión)
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Cuadro 2. Tamaño de muestra, número medio de alelos por población heteroci
gosidad
esperada, insesgada y observada, y valor de Fis (Weir&Cockerham, 1984).
Variedad
Nº de
Nº de
Hesp
Hins
Hobs
Fis
animales
Alelos
Chiapas
41
6.1
0.618
0.626
0.601
0.041
Chamula
42
7.0
0.697
0.707
0.689
0.025
Café
45
7.8
0.702
0.711
0.656
0.077
Palmera
47
5.8
0.618
0.625
0.571
0.088
Sopravissana
44
8.5
0.727
0.736
0.703
0.045
Merino
44
6.7
0.659
0.667
0.616
0.076
Canaria
40
7.9
0.715
0.724
0.677
0.066
Ho = Heterocigosis observada (individuos
heterocigotas) en las subpoblaciones
He = Heterocigosis esperada (por H-W) en las
subpoblaciones
Hins = Heterocigosis esperada (por H-W) en la
población total
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Distancias Genéticas entre las poblaciones ovinas estudiadas.
Raza
Chiapas
Chamula
Café
Palmera
Sopra
Merino
Canaria
Chiapas
0
0.098
0.118
0.279
0.230
0.240
0.245
Chamula
0.128
0
0.094
0.272
0.200
0.216
0.220
Café
0.144
0.095
0
0.254
0.184
0.198
0.198
Palmera
0.440
0.402
0.374
0
0.287
0.315
0.207
Sopraviss
ana
0.313
0.268
0.244
0.443
0
0.184
0.180
Merino
0.319
0.282
0.268
0.521
0.214
0
0.224
Canaria
0.363
0.303
0.279
0.258
0.277
0.338
0
DA Arriba de la diagonal (Nei, 1972). DS Debajo de la diagonal (Nei et al., 1983).
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Se utilizó un panel de 28 microsatélites