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Caracterización Genética Caracterización Genética Cualquier gen que muestre polimorfismo (dos o más alelos) y que sea estable durante la vida del individuo se puede utilizar como marcador genético. Caracterización Genética Microsatélites • Son muy frecuentes y están repartidos por todo el ADN y, a menudo, presentando un alto grado de polimorfismo. • El modelo de herencia es mendeliano y los alelos detectados presentan codominancia. • Se necesitan cantidades muy pequeñas de material biológico para la determinación de las variantes alélicas, • Las técnicas empleadas para la detección de la variabilidad son muy simples. Caracterización Genética Microsatélites Microsatélite: HLM6 Nº de acceso GenBank: U36498 Tamaño: 418 pb GATCCTGAGCACGGCACCTGGCACATTCATGGACATTCG TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATG CGTGCGCGCGCGCTGATATAGAGAGAAAGGGGAGGGA GGGAGCGGAAACAGAGACAAAGTGGAGAGATATCGAA AATGGGTCAAAATACTAATGGGTACACCTGGATAAAGGG TATATGGTTGTTTACCATCCAGGCAACTTTTCCACAAGTTT ATCTTTAAATAAATGCATTTTAAAAATGGACCGTTGGCTG TTGTCCCAAATTTTGCCTAACCTTTGAGATTTCTGGCTTT GATTCCCGCAGCTGCCATCGCTAGCGTACCCAGACCCC AGAAGTGTGCAATGGTGACTTTAAAACAGTTGTCGCAGG TTCTGTCCCAGGCAAGAAAACCTGGATC Caracterización Genética Aplicaciones de los microsatélites para el estudio de la diversidad genética: • Conocer la estructura de poblaciones, su historia y su evolución • Caracterizar poblaciones • Tomar decisiones a la hora de evaluar y conservar recursos genéticos (adscripción individual, distancias genéticas) • Control de Paternidad • Trazabilidad (identificación individual) Caracterización Genética Sangre Pelo y tejidos LAVADO Y CENTRIFUGACIÓN EXTRACCIÓN DEL ADN/ARN PURIFICACIÓN DILUCIÓN Caracterización Genética Electroforesis en secuenciador automático Caracterización Genética Análisis de densitometría de los fragmentos amplificados Caracterización Genética Identificación alélica (I) Caracterización Genética Identificación alélica (II) Caracterización Genética Fórmula genética individual CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA Se utilizaron las siguientes muestras: Chiapas, Chamula Café Palmera Merino Canaria Sopravissana 41 42 45 47 44 40 44 CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA Cuadro 1. Estadísticos F y probabilidad de equilibrio global de los microsatélites en razas ovinas Locus Fis Fit Fst BM1818 0.0607 0.1566 0.1021 BM1824 0.0581 0.1487 0.0962 BM6506 0.0646 0.1580 0.0999 BM6526 0.0634 0.1544 0.0972 BM8125 0.0618 0.1575 0.1020 CSRD247 0.0619 0.1563 0.1006 CSSM 66 0.0605 0.1559 0.1015 D5S2 0.0625 0.1565 0.1004 ETH10 0.0604 0.1547 0.1004 ETH225 0.0582 0.1528 0.1004 HSC 0.0637 0.1586 0.1014 ILSTS011 0.0628 0.1565 0.1001 INRA35 0.0614 0.1548 0.0995 INRA6 0.0602 0.1554 0.1013 INRA63 0.0630 0.1574 0.1007 M AF209 0.0625 0.1583 0.1021 M AF65 0.0644 0.1585 0.1006 M cM 527 0.0588 0.1527 0.0997 O arCP20 0.0611 0.1536 0.0985 O arCP34 0.0639 0.1576 0.1001 O arFCB11 0.0634 0.1558 0.0986 O arFCB304 0.0600 0.1549 0.1009 O arFCB48 0.0622 0.1565 0.1006 RM 006 0.0618 0.1564 0.1008 SPS115 0.0553 0.1500 0.1002 TG LA122 0.0525 0.1481 0.1009 TG LA126 0.0548 0.1509 0.1017 TG LA53 0.0598 0.1527 0.0988 M edia 0.0609 0.1550 0.1003 Error estándar 0.0150 0.0148 0.0071 Se utilizó un panel de 28 microsatélites ESTADÍSTICOS F • Wright (1951) introdujo un método para partir el coeficiente de endogamia total de una población subdividida (Fit) entre el componente debido a apareamientos no aleatorios dentro de subpoblaciones (Fis) y la subdivisión entre poblaciones (Fst) o efecto de la deriva. • La correlación entre los genes de los individuos (I) y los de la población total (T) es representada por Fit, que corresponde a la endogamia total. • La correlación entre los genes de los individuos y los de la subpoblación (S) es representada por Fis, • La correlación entre los genes de la subpoblación y los de la población total está representada por Fst. • Los estadísticos F se relacionan entre sí de la siguiente manera: (1 – Fit) = (1 – Fst)(1 – Fis) FST como indicador de subdivisión poblacional: • FST varía entre 0 y 1 y mide el grado de subdivisión a través de sus efectos de aumento de endogamia = reducción de heterocigosis (con respecto a la misma población global pero sin subdivisión) CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA Cuadro 2. Tamaño de muestra, número medio de alelos por población heteroci gosidad esperada, insesgada y observada, y valor de Fis (Weir&Cockerham, 1984). Variedad Nº de Nº de Hesp Hins Hobs Fis animales Alelos Chiapas 41 6.1 0.618 0.626 0.601 0.041 Chamula 42 7.0 0.697 0.707 0.689 0.025 Café 45 7.8 0.702 0.711 0.656 0.077 Palmera 47 5.8 0.618 0.625 0.571 0.088 Sopravissana 44 8.5 0.727 0.736 0.703 0.045 Merino 44 6.7 0.659 0.667 0.616 0.076 Canaria 40 7.9 0.715 0.724 0.677 0.066 Ho = Heterocigosis observada (individuos heterocigotas) en las subpoblaciones He = Heterocigosis esperada (por H-W) en las subpoblaciones Hins = Heterocigosis esperada (por H-W) en la población total CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA Distancias Genéticas entre las poblaciones ovinas estudiadas. Raza Chiapas Chamula Café Palmera Sopra Merino Canaria Chiapas 0 0.098 0.118 0.279 0.230 0.240 0.245 Chamula 0.128 0 0.094 0.272 0.200 0.216 0.220 Café 0.144 0.095 0 0.254 0.184 0.198 0.198 Palmera 0.440 0.402 0.374 0 0.287 0.315 0.207 Sopraviss ana 0.313 0.268 0.244 0.443 0 0.184 0.180 Merino 0.319 0.282 0.268 0.521 0.214 0 0.224 Canaria 0.363 0.303 0.279 0.258 0.277 0.338 0 DA Arriba de la diagonal (Nei, 1972). DS Debajo de la diagonal (Nei et al., 1983). CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA Se utilizó un panel de 28 microsatélites