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Jornadas de Definición Estratégica en Big Data
Big data en genómica funcional :
su aplicación en estudios de la
carcinogénesis humana
Facultad de Ciencias Médicas - UNLP
Dr. Martín C. Abba
Mg. Matias Butti
[email protected]
[email protected]
Genómica funcional
Disciplina encargada de analizar a nivel funcional la interacción
entre genes y/o proteínas mediante aproximaciones
experimentales holística, a escala genómica.
20/10/1995
15/02/2001
16/02/2001
15/09/2005
23/06/2008
Transcriptoma
Proteínas
ADN
ARN
21/07/2011
Aplicaciones en Oncogenómica
Progresión
Mecanismos
moleculares de
carcinogénesis
Clasificación
Clasificación
genómica
Pronóstico
Nuevos
biomarcadores
Farmacogenética
Desarrollo de
estrategias
terapéuticas
Cooperaciones, pipeline
- Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencia. UBA-CONICET
- Departamento de Fisiología, Universidad Nacional de Colombia, Bogotá, Colombia
- Department of Molecular Carcinogenesis, UT-MD Anderson Cancer Center, TX-USA
- Department of Pharmacology. University of Pennsylvania School of Medicine, PA-USA
- Oral and Pharyngeal Cancer Branch. NIDCR-NIH Bethesda, MD - USA
Diseño experimental
Procesamiento
Análisis estadístico
Análisis funcional
Transcriptoma
Gene expression signature
Redes 'sociales' de genes
Inferencia biológica
Tecnologías para el análisis de transcriptomas
Métodos basados en la hibridación
reversa sobre microarreglos
Affymetrix
Agilent
Métodos basados en la
secuenciación de transcriptos
HySeq2000
Ion Torrent
Pre-procesamiento: data workflow
Ejemplo: 50 muestras
Bases de datos
Base de datos Primarias de transcriptomas:
Gene Expression Omnibus
Array Express
InSilico DB
Estudio 1
Estudio 2
Estudio 3
Estudio n
....
Affymetrix
Agilent
SAGE/MPSS
RNAseq
Bases de datos Secundarias:
Gene Expression Signature database (GeneSigDB)
Molecular Signature database (MolSigDB)
Biomarker Platform
www.cancergenomics.net
Biomarker Platform
Dr. Martín C. Abba
Mg. Matias Butti
[email protected]
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