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Nuevo análisis para detectar infecciones urinarias
Investigadores ingleses desarrollaron una tecnología de secuenciación metagenómica
mediante nanoporos que reduce el tiempo de identificación de bacterias en muestras de
orina y la determinación de resistencia a los antibióticos
Un grupo de investigadores de la Universidad de East Anglia (UEA), en Reino Unido, ha
logrado, mediante el uso de la secuenciación del ADN para definir la resistencia a los
antibióticos en la infección, un tiempo de respuestas de la muestra de menos de 4 horas
en el caso de las infecciones del tracto urinario (ITU), como se detalla en un artículo
publicado en Journal of Antimicrobial Chemotherapy.
Los métodos de cultivo tradicionales tardan entre 2 y 3 días en caracterizar bacterias y
poner a prueba sus resistencias antimicrobianas a partir de una muestra de orina. Los
primeros resultados del método del grupo de UEA mostraron que el dispositivo con
tecnología de nanoporos de Oxford (MinION) puede identificar bacterias y predecir sus
resistencias antimicrobianas en sólo 12 horas a partir de una muestra de orina. Esto ahora
se ha reducido a tan sólo cuatro horas.
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Aunque la mayoría de las infecciones urinarias son leves, los casos graves pueden llevar a
la hospitalización. En el peor de los casos, las bacterias pueden entrar en el torrente
sanguíneo causando sepsis urinaria, un trastorno que pone en riesgo la vida. En este caso,
son vitales los antibióticos y deben recibirse con urgencia.
Una predicción más rápida de si la ITU es causada por un tipo altamente resistente de
bacterias permitirá adaptar de manera precisa el tratamiento. El paciente recibirá un
antibiótico que es seguro que resulte eficaz en contra de su patógeno y se administrarán
mejor los antibióticos en las sociedades con recursos limitados. También ayudará en la
lucha contra la creciente resistencia a los antibióticos, uno de los mayores desafíos a los
que se enfrenta la sociedad actual.
Identificar rápidamente el patógeno
Como se destacó en el informe O'Neill en mayo de este año, el uso excesivo de
antimicrobianos y el consiguiente aumento de la resistencia a los antibióticos podría --si
todos los antibióticos fallan-- conducir a la pérdida de 10 millones de vidas al año 2050 si
no se toman medidas. Este informe encargado por el Gobierno británico hace hincapié en
el potencial de los diagnósticos rápidos para mejorar el tratamiento y el manejo racional
de antibióticos y reclama a los gobiernos de los países más ricos que de aquí a 2020, todas
las prescripciones de antibióticos sean justificadas con información y una prueba
diagnóstica rápida.
El profesor David Livermore, de la Escuela de Medicina Norwich de la UEA, explica: "La
identificación de patógenos específicos y la resistencia a los antibióticos tan pronto como
sea posible es la clave para reducir el número de pacientes que están 'sobre-tratados' con
antibióticos de amplio espectro a la espera de los resultados del laboratorio, un proceso
que actualmente tarda un par de días".
"Este enfoque de 'bombardeo masivo' --dar un antibiótico de amplio espectro mientras se
esperan los resultados-- lleva a la mala administración de antibióticos. Es vital que
vayamos más allá. La forma de hacerlo consiste en acelerar la investigación de laboratorio.
De esta forma, el tratamiento puede afinarse antes. Esto beneficiará al paciente, que
tomará un antibiótico eficaz, y la sociedad, cuya disminución estándar de antibióticos era
mejor gestionada".
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Los resultados, publicados en la edición de este lunes de 'Journal of Antimicrobial
Chemotherapy', mostraron que la secuenciación de nanoporos 'MinION' puede acelerar
significativamente el diagnóstico y los perfiles de resistencia, la correcta identificación de
patógenos y los genes de resistencia adquiridos sin cultivo.
El doctor Justin O'Grady, de la Escuela de Medicina de Norwich, en Reino Unido, resalta:
"Este estudio es el primero en utilizar la secuenciación 'MinION' para el rápido diagnóstico
de patógenos y la resistencia a los antimicrobianos en muestras clínicas, sin hacerlas
crecer. Las mejoras en la tecnología de secuenciación, análisis de datos y preparación de la
muestra significa que hemos reducido el tiempo de respuesta a cuatro horas. Obtener los
resultados tan rápido permitiría a los médicos ajustar el tratamiento antimicrobiano muy
pronto".
En el estudio, se retiraron las células humanas de las muestras de orina de los pacientes y
se recuperaron las bacterias, secuenciándose su ADN con 'MinION'. Se analizaron las
secuencias y se compraron los resultados con los de cultivo estándar y pruebas de
sensibilidad a los antibióticos.
"Se identificó de forma fiable tanto el tipo de bacterias como los genes de resistencia
adquiridos, igual que con las pruebas de laboratorio convencional", destaca O'Grady. "Sin
embargo, sigue habiendo problemas. El enfoque es actualmente el más adecuado para los
casos difíciles, pero la mejora de la administración de antibióticos en los hospitales
requiere que los nuevos métodos de diagnóstico se desplieguen ampliamente".
"Nuestro método requiere actualmente orina fuertemente infectada y nuestro análisis
rápido aún no puede predecir esas resistencias que surgen por mutación --cambios en los
genes existentes--. Pero la tecnología se está desarrollando rápidamente y esperamos que
supere superar estas limitaciones en un futuro próximo", relata.
J. Antimicrob. Chemother. (2016) doi: 10.1093/jac/dkw397
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