Download consejo genético

INTEGRACIÓN DEL CARIOTIPO MOLECULAR
EN MEDICINA FETAL.
INDICACIONES E INTERPRETACIÓN.
Complejo Hospitalario
Universitario de Badaj
¿QUE ES?
Cariotipo Molecular
El micro-array cromosómico de CGH es una
técnica utilizada en diagnóstico genético, que
nos permite analizar el genoma “completo”
de un individuo en busca de alteraciones de
ganancia o pérdida de material genético.
Las alteraciones encontradas se denominan
CNV (variaciones del número de copia).
La existencia de una CNV indica la ganancia o
pérdida de material genético en una región
concreta del genoma del paciente.
LA RESOLUCIÓN del array depende del
número de sondas utilizadas. EL TIPO de
array depende de la posición de dichas
sondas en el genoma.
RESOLUCIÓN
NUMERO DE SONDAS
60K
15K
124K
400K
1000K
A mayor resolución podremos identificar
anomalías mas pequeñas.
TIPOS DE ARRAY SEGÚN SU DISEÑO
*ARRAY GENÉRICO: es un array en la que las sondas se reparten de
forma uniforme por todo el genoma.
La probabilidad de encontrar CNV de difícil interpretación es mayor.
*ARRAY DIRIGIDO: es el que utilizamos habitualmente (60K). Esta
diseñado para tener mayor densidad de sondas en regiones clínicas
de interés (síndromes descritos o genes implicados en patologías).
En el resto del genoma (back-bone) la cobertura es menor. En el
caso del prenatal, hay un software specifico para procesarlos que
evita las sondas en determinadas regiones (37K) de predisposición
(cáncer, riesgo cardiovascular), para evitar la sobreinformación o
la información de difícil interpretación.
Región de interésBack-bone
Back-bone
Región de interés
Back-bone
FRENTE A CARIOTIPO
VENTAJAS
INCONVENIENTES
MAYOR RESOLUCION (X10-50VECES)
MAS CARO?
MAS RAPIDO (UNA SEMANA)
“EXIGENTE” RESPECTO A LA CANTIDAD Y
CALIDAD DE ADN REQUERIDO
NO REQUIERE CULTIVO CELULAR
MAYOR TASA DE DETECCIÓN:
*3.6% más de anomalías sin
tener en cuanta la indicación del
estudio
*5.2-8% más en caso de
anomalías ecográficas
PERMITE CARACTERIZAR ANOMALÍAS
CITOGENÉTICAS DUDOSAS
NO DETECTA ANOMALÍAS EQUILIBRADAS
NO DETECTA TRIPLOIDÍAS
RESULTADOS DE DIFÍCIL INTERPRETACIÓN
PROBLEMA DE LOS MOSAICOS
INDICACIONES
CARIOTIPO PATOLÓGICO: PRE Y POSTNATAL
ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE EQUILIBRADOS
SI SON DE NOVO (POST SI ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA)
SI HEREDADAS ACOMPAÑADAS DE CLÍNICA SUGERENTE
APARICIÓN DE CROMOSOMA MARCADOR EXTRA
ANOMALÍAS CITOGENÉTICAMENTE DESEQUILIBRADAS (si son de pequeño
tamaño) PARA DEFINIR PUNTOS DE ROTURA, GENES CONTIGUOS…
INDICACIONES
POSTNATAL (YA ES PRIMERA PRUEBA INDICADA)
Retraso mental o del desarrollo de origen desconocido.
-Anomalías congénitas y/o rasgos dismórficos.
-Retraso psicomotor y/o del desarrollo
-Trastornos del espectro autista.
PRENATAL
-En todas las gestaciones en la que se encuentren “ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS”
(Especialmente en gestaciones avanzadas).
-Se empieza a sugerir que se haga en todas las gestaciones sometidas a
amniocentesis ya sean de alto o bajo riesgo.
ES NECESARIO CAMBIAR EL “CHIP”
NO SOLO SE BUSCARAN ANEUPLOIDIAS EN LOS CASOS DE FETOS CON
MARCADORES ECOGRÁFICOS
SE DESCRIBEN NUEVOS SÍNDROMES “TODOS LOS MESES” ASOCIADOS A CNV CONCRETAS
QUE INFORMACIÓN VAIS A RECIBIR
CNV: VARIACIÓN DEL NÚMERO DE COPIA
DESEQUILIBRIO
CONTROL
PACIENTE
CNV BENIGNA O POBLACIONAL
CNV benigna: Está documentada / consensuada en múltiples estudios o en bases de datos
como una variante benigna y/o la CNV representa un polimorfismo común.
POLIMORFISMO: VARIANTE PRESENTE EN LA POBLACION EN UNA FRECUENCIA >1%
-Algunos casos no van a encajar plenamente en la definición “benigno”.
-NO SE INFORMAN
CNV PATOGÉNICA
CNV patogénica: Asociación científica documentada de CNV con fenotipo, CNV de gran
tamaño que incluye intervalos más pequeños con un significado clínico claramente
establecido.
- Al trabajar en diagnóstico prenatal debemos tener en cuenta que los hallazgos
fenotípicos suelen ser indirectos e incompletos, y que es más difícil establecer una
relación genotipo/fenotipo que en las muestras postnatales.
-Puede haber casos especiales que no cuadren perfectamente con la definición
“patogénica” y son un problema en el diagnóstico prenatal.
CNV de predisposición a autismo
CNV PATOGENICA
ARRAY A LOS PADRES
DE NOVO
CONFIRMAR
CONSEJO
GENÉTICO
HEREDADA
PENETRANCIA INCOMPLETA
EXPRESIVIDAD VARIABLE
CONSEJO
GENÉTICO
ESTUDIO FAMILIAR
ESTUDIO EN GESTACIONES SIGUIENTES
VARIANTE DE DIGNIFICADO INCIERTO
Una variante de significado incierto (VOUS) se describe cuando
no existe,en el momento del informe, evidencia científica suficiente para la
determinación inequívoca de su significado clínico. Si es posible, se
subclasificará en:
*probablemente patogénica, si implica a genes cuya alteración podrían
explicar un evento patológico
*probablemente benigna, si es heredada de un progenitor sano y no existe
referencia patológica o afecta parcialmente a una región típicamente
polimórfica.
El consejo genético es crucial en estos casos
Necesario averiguar el patrón de herencia Y ESTUDIAR A LOS PADRES
CNV DE SIGNIFICADO INCIERTO
ARRAY A LOS PADRES
HEREDADA
DE NOVO
DE PADRE SANO
ESTUDIAR LA REGION
PUBLICACIONES
GENES RELACIONADOS CON
LA CLÍNICA
NO
PENETRANCIA INCOMPLETA
EXPRESIVIDAD VARIABLE
VOUS
PB
ESTUDIAR LA REGIÓN
PUBLICACIONES
GENES RELACIONADOS CON
LA CLÍNICA
SI
NO
VOUS
DE PADRE AFECTO
SI
VOUS PP/PATOGÉNICA
VOUS
VOU PP
Cariotipo Molecular
Hay que tener en cuenta que estamos trabajando a nivel cromosómico, por lo tanto,
tiene su “traducción” a nivel de cariotipo. Por ello hay que darle un enfoque
CITOGENETICO a la interpretación de los resultados.
Pe: Una duplicación y una deleción
en regiones terminales puede
proceder de la herencia de un
cromosoma derivado de una
traslocación equilibrada. Habría que
hacer estudios de cariotipo y fish a
los padres además del de array-cgh.
Pe: Una duplicación de cierto
tamaño puede ser resultado de la
existencia de una inversión paterna.
Pe: Una duplicación de regiones
próximas al centrómero de algunos
cromosomas (15,22), puede indicar
la existencia de un cromosoma
marcador en el paciente.
FUNDAMENTAL A LA HORA DEL
CONSEJO GENÉTICO
INFORMACIÓN CLÍNICA
INFORME
ECOGRÁFICO
HISTORIA
FAMILIAR
INFORMACIÓN CLÍNICA E HISTORIA
POSTNATAL: VAMOS A BUSCAR ALGO.
PRENATAL: VAMOS A VER QUE ENCONTRAMOS. POCA INFORMACIÓN Y EN
OCASIONES POR SIGNOS INDIRECTOS.
Historia familiar: *muy importante. Puede darnos las claves para interpretar lo
que encontramos.
*los hallazgos podrían afectar, no solo al feto en estudio, sino
a más miembros de la familia.
PROCESO: SIEMPRE DIRIGIDO POR UN GENETISTA
1º CONSULTA PREVIA AL ESTUDIO
SE INFORMARA A LA PACIENTE SOBRE:
EN QUE CONSISTE LA TÉCNICA
QUE TIPO DE INFORMACIÓN PUEDE ESPERAR
CUALES SON LAS LIMITACIONES DEL ANÁLISIS..
DEBERÁ FIRMAR UN CONSENTIMIENTO
DEBERÁ FIRMAR UN DOCUMENTO EN EL QUE SE RECOJA QUE TIPO DE
INFORMACIÓN QUIERE Y NO QUIERE RECIBIR
AMNIOCENTESIS Y EXTRACCIÓN DE SANGRE DE PROGENITORES
2º CONSULTA PARA COMUNICAR RESULTADOS
SE EXPLICAN LOS RESULTADOS
SE ELABORA EL CONSEJO GENÉTICO
A. Breman et al 2012
 Un 6% de casos con anomalías ecográficas y cariotipo normal tenía alteración
submicroscópica patogénica usando array-CGH
 Un 1.7% de casos con edad materna incrementada o screening positivo y cariotipo
normal tenía alteración submicroscópica patogénica usando array-CGH
 El array-CGH corroboró todas las alteraciones relacionadas con número de copia
(aneuploidías, estructurales) detectadas o intuidas previamente en cariotipo (se
recomienda realizar cariotipo para detectar triploidías)
 Se recomienda el uso del array-CGH en TODOS los casos con anomalías
ecográficas
 Se recomienda un array de tipo prenatal.
Array-CGH 1ª línea en anomalías
ecográficas (reemplaza cariotipo)
Ecografía normal puede elegirse
cariotipo o array-CGH
No restringir su uso a menores de 35
años
CONSEJO GENÉTICO PRE Y POST TEST
INDICACIONES DE ARRAY-CGH EN ESTUDIOS PRENATALES
ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS MAYORES ÚNICAS O MÚLTIPLES
VARIOS “SOFT-MARKER” (QUISTES EN PLEXOS COROIDEOS, ARTERIA
UMBILICAL ÚNICA...)
TN > 3,5mm
SCREENING COMBINADO POSITIVO?
ESTUDIO PRENATAL
CON ANOMALÍAS ECOGRÁFICAS
QF-PCR (ANEUPLOIDIAS)
NEG
ARRAY-CGH
CARIOTIPO
POS
CARIOTIPO
SERVICIO DE INMUNOLOGÍA Y GENÉTICA
Hospital
Infanta Cristina
de Badajoz