Download La Genética al Servicio de la Ganadería.

Dra. Ana Cristina González García
DIAGNÓSTICO DE PATÓGENOS
RESISTENCIA A ANTIBIÓTICOS
DIAGNÓSTICO DEL TIPO DE CARNE
GENES DE INTERÉS ECONÓMICO
BACTERIAS
• E. coli O157:H7
• Shigella
• Salmonella
• Yersinia
• Vibrio
• Listeria
• Staphylococcus
• Bacillus
• Klebsiella
• Bacterias causantes de mastitis
PARÁSITOS
•
•
•
•
•
•
Filaria (Dirofilaria)
Leishmania
Amebas
Babesia
Theileria
Coccidio
• Crytosporidium
• Giardia
MEDIANTE PCR
Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Streptococcus uberus
Streptococcus agalactidae
Streptococcus dysgalactidae
Streptococcus bovis
Mycobacterium bovis
Mycobacterium avium
Mycobacterium a. paratuberculosis
Mycoplasma agalactidae
Mycoplasma capricolum sp. capricolum
Mycoplasma mycoides
Mycoplasma bovis
Pasteurella haemolytica
Pasteurella multocida
MEDIANTE CULTIVO EN PLACA
Escherichia coli
Staphylococcus aureus
Streptococcus ssp.
Mycoplasma ssp.
Coliformes
1 2
3
4
5
6
7 8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Columna 1-9: muestra leche 3
Columna 1: Staphylococcus aureus negativa
Columna 2: coliforme positiva
Columna 3: E. coli positiva
Columna 4: Streptococcus agalactidae negativa
Columna 5: Streptococcus dysagalactidae positiva
Columna 6: Streptococcus uberis positiva
Columna 7: Streptococcus bovis negativa
Columna 8: M. c. caprino positiva
Columna 9: M. m. mycoide negativo
Columna 10: marcador de peso molecular
Columna 1: muestra leche 1 cabra S. aureus negativa
Columna 2: muestra leche 1 cabra coliforme positiva
Columna 3: muestra leche 1 cabra E. coli 0157 negativa
Columna 4: muestra leche 1 cabra M. m. mycoide negativo
Columna 5: muestra leche 1 cabra M. c. caprino negativo
Columna 6: control + positiva
Columna 7: control - negativo
Columna 8: muestra leche 2 cabra S. aureus positiva
Columna 9: marcador de peso molecular
Columna 10: muestra leche 2 cabra coliforme positiva
Columna 11: muestra leche 2 cabra E. coli 0157 positiva
Columna 12: muestra leche 2 cabra M. m. mycoide negativo
Columna 13: muestra leche 2 cabra M. c. caprino positiva
Columna 14: muestra leche cabra tanque S. aureus negativa
Columna 15: muestra leche cabra tanque coliforme positiva
Columna 16: muestra leche cabra tanque E. coli 0157 positiva
Columna 17: muestra leche cabra tanque M. m. mycoide negativo
Columna 18: muestra leche cabra tanque M. c. caprino negativo
BETABETA-LACTAMICOS
Bencipenicilina y Oxaciclina
mecA: OK 147pb
GENTAMICINA
aaca-aphD: OK 227pb
TOBRAMICINA
aacaph: OK 491pb
LEVOFLOXACINA
Grl: OK 1457pb
Gyl: OK 1255pb
MACROLIDOS
(eritromicina/
eritromicina/clindamicina)
clindamicina)
ermC: OK 299pb
LINEZOID
23sRNA: OK 633pb
TIGECICLINA
mepR: OK 539pb
RIFAMPICINA
rpoB: OK 460pb
TRIMETROPINA/SULFAMETOXAZOL
dfrK: OK 229pb
dfrG: OK 405pb
dfrS: OK 270pb
TETRACICLINA
tetK: OK 169pb
tetL: OK 267pb
tetM: OK 406pb
tetO: OK 515pb
M
1
2
3
4
5
6
7
8
9
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
M 1
2
3
Muestra de leche de vaca
1-4: Trimetropina/Sulfametoxazol positivo
1-2: Macrólido (Eritromicina)
1: Levofloxacina
3: Macrólido -
2: Linezoid
4-6: Macrólido (Clindamicina)
3: Rifampicina
5-6: Levofloxacina positivo
7: Gentamicina positivo
8-9: Macrólidos negativo
7: Macrólido 8-9: Streptogramina
M
1 2 3 4 5 6 7
M
1
2
3
4
10: Lincosamida
11: control 12: Tetraciclina
13: β -lactámicos (mecA)
Muestra de leche de vaca
Muestra de leche de vaca
1-2: Levofloxacina negativo
1: Clindamicina negativo
3-5: Eritromicina positivo
2: mac2 negativo
6: mac1 positivo
3: b-lactamicos (mecA) positivo
7: Clindamicina positivo
4: Tetraciclina positivo
PCR para la detección del gen mecA (MRSA+)
Caracterización Genotípica del MRSA
Análisis del polimorfismo asociado al casete cromosómico
estafilocócico que contiene al gen mecA (Tipo I, II, III, IVa,
IVa, IVb,
IVb,
IVc,
IVc, IVd y V)
SAMRSAMR-H v/s SAMRSAMR-C
SAMRSAMR-H
SAMRSAMR-C
• SCCmec tipo I, II o III
• SCCmec tipo IV o V
• Resistencia a múltiples antibióticos
• Reducida resistencia antibiótica
• Múltiples cuadros clínicos
• Afecta piel, pulmón
• Toxinas ++
• Toxinas ++++
• PVL ausente generalmente
• PVL presente generalmente
Evitar el fraude alimenticio
Pocillo 1: Cabra
Pocillo 2: Gallina
Pocillo 3: Vaca
Pocillo 4: Cordero
Pocillo 5: Cerdo
Pocillo 6: Caballo
Tenemos los primer para poder identificar
carne de perro o/y de gato
La CALPAÍNA y la CALPASTATINA,
CALPASTATINA actúan de forma coordinada
degradando las proteínas de la fibra muscular y disminuyendo el
"rigor mortis" que se produce después de la muerte del animal
SNP ID
Posición del SNP
Alelos
Alelo favorable
Posición
UoGCAST1
Intrón 5
G/C
C
nt 282 secuencia AY008267 Genebank
CAPN316
Exón 9
C/G
C
nt 5709 of accession # AF252504
CAPN4751
Intrón 17
C/T
C
Nt 6545 of accession #
AF248054
El análisis de estos SNP como indicadores de ternura en carne de vacuno está validado por
el Consorcio de valoración de la carne de vacuno de Estados Unidos (National Beef Cattle
Evaluation Consortium)
Los genotipos sombreados son infrecuentes
Ternura
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 M
CC/CC/GG puntuación de ternura 8
1: Vaca06 CAPN316
2: Vaca06 CAPN316/BgtI
3: Vaca06 CAPN4751
4: Vaca06 CAPN4751/DdeI
5: Vaca06 UoG-CAST
6: Vaca06 UoG-CAST/RsaI
CC
CC
GG
CC/TT/CG puntuación de ternura 3
1
2
3 4
5
6
7: Vaca07 CAPN316
8: Vaca07 CAPN316/BgtI
9: Vaca07 CAPN4751
10: Vaca07 CAPN4751/DdeI
11: Vaca07 UoG-CAST1
12: Vaca07 UoG-CAST/RsaI
CC/CT/CC puntuación de ternura 7
1: Vaca03 CAPN316
2: Vaca03 CAPN316/BtgI
3: Vaca03 CAPN4751
4: Vaca03 CAPN4751/DdeI
5: Vaca03 UoG-CAST
6: Vaca03 UoG-CAST/RsaI
CC
CT
CC
CC
TT
CG
En Canarias existe una única raza porcina autóctona, el Cerdo Negro Canario,
catalogada por el Ministerio de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente como Raza de
Protección Especial en peligro de extinción (RD 1682/1997).
Los avances en genética molecular han permitido la detección de genes con efectos
directos sobre caracteres de calidad:
• El gen receptor de la rianodina (RYR1
RYR1), gen de Halotano, relacionado con el estrés.
• El gen Heart Fatty Acid Binding Protein (H-FABP)
FABP), con efecto sobre el porcentaje de grasa
intramuscular.
• El gen Receptor de la Leptina (LEPR)
LEPR), asociado también con el contenido de grasa
dorsal y conversión alimentaria.
Carnes Exudativas (PSE): carnes pálidas, suaves y
exudativas están asociadas con la susceptibilidad
hereditaria del estrés porcino
Polimorfismo del gen RYR1 o del estrés porcino
Los cerdos con el genotipo nn,
nn presentan una carne más dura, fibrosa, y
elástica y menos fácil de tragar que la de los cerdos NN,
NN mientras los genotipos
Nn producen carnes que se asemejan más a las producidas por los animales
NN.
MARCADOR
ENZIMA DE
RESTRICCIÓN
RYR1
BsiHKA I
GENOTIPO
NN (524+135)
(524+135)
Nn (524+ 358 + 166 + 135)
Nn (358+166+135)
524 pb
Figura 1: PCR-RFLP del gen RYR1
135 pb
(a) pocillo 8, amplicón del gen RYR1 de 659pb sin digerir.
(b) pocillos 1-7, fragmentos (524pb y 135pb) obtenidos tras digestión con BsiHKA I.
M marcadores de 100pb (Promega).
NN
Ratifica la importancia de la conservación de la raza Cerdo Negro Canario
Contenido de grasa intramuscular (IMF)
Espesor de la grasa dorsal (BFT)
Peso corporal (BW)
Polimorfismo del gen HH-FABP (Proteínas de unión a ácidos grasos)
Uno de los principales objetivos en la industria productora porcina es la producción de
carne de alta calidad.
calidad Para lograr esto es necesario la reducción de grasa ya que los
consumidores demandan carne magra. El contenido de grasa intramuscular es muy
importante para la calidad de carne de cerdo para consumo y es altamente heredable y
tiene una correlación positiva con suavidad, jugosidad y sabor.
Polimorfismo del gen de la Leptina (LEPR)
(LEPR
La Leptina es una proteína que inhibe al mayor neuropéptido hipotalámico (NRY) por lo
que inhibe el apetito y genera una señal de saciedad. El gen receptor de la leptina (LEPR)
en el cerdo está asociado con el espesor de la grasa dorsal .
POLIMORFISMO DEL GEN HH-FABP (PROTEÍNAS DE UNIÓN A ÁCIDOS GRASOS)
MARCADOR
ENZIMA DE
RESTRICCIÓN
Intron2
Hae Ill
DD (405+278+117+16)
Dd (683+405+278+117+16)
dd (683+117+16)
5’UTR
Hinf l
HH (339+172+98+59+25)
Hh (339+231+172+98+59+25)
hh (339+231+98+25)
GENOTIPO
Los animales con genotipo DD presentan una mayor infiltración de grasa intramuscular
que los animales con genotipo Dd o dd.
Los animales con genotipo HH presentan un mayor índice de conversión alimentaria y
por lo tanto un mayor crecimiento que los de genotipo Hh o hh.
POLIMORFISMO DEL GEN DE LA LEPTINA (LEPR)
(LEPR
MARCADOR
ENZIMA DE
RESTRICCIÓN
LEPR
Hpa ll
GENOTIPO
AA (2000)
AB (2000+1450+550)
BB (1450+550)
Los animales con genotipo AB tienen un mayor espesor de la grasa dorsal que los
animales homocigóticos BB pero una menor conversión alimentaria .
CONTACTOS
Dr. D. Basilio Valladares Hernández
Instituto Universitario de Enfermedades Tropicales y Salud
Publica de Canarias
Teléfono: 922318486
e-mail: [email protected]
Dra. Dña. Ana Cristina González García
Servicio de Genómica de la ULL. SEGAI
Instituto Universitario de Enfermedades Tropicales y Salud
Publica de Canarias
Teléfono: 647719402/ 922318644
e-mail: [email protected]