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UNIVERSIDAD AUTÓNOMA
CHAPINGO
“ENSEÑAR LA EXPLOTACIÓN DE
LA TIERRA, NO LA DEL HOMBRE”
Análisis filogenético de los subgéneros Persea y Eriodaphne
(Persea, Lauraceae) usando secuencias de ADN nuclear,
mitocondrial y de cloroplasto
María Edith Cruz-Maya
Alejandro F. Barrientos-Priego
José Luis Rodríguez-de la O
Juan Carlos Reyes-Alemán
Posgrado en Biotecnología Agrícola
Departmento de Fitotecnia, Universidad Autónoma Chapingo
Fundación Salvador Sánchez Colín-CICTAMEX, S.C.
Red de Aguacate del Sistema Nacional de Recursos Fitogenéticos (SINAREFI)
INTRODUCCIÓN
•
Clasificación del género
Persea: subgénero
Persea y Eriodaphne.
-Diversidad y variabilidad
en Persea.
Características de clasificación taxonómica
entre los dos subgéneros de Persea
•
La principal característica es la falta de pubescencia de la parte
interna de pétalos y sépalos de la flor, así como del pistilo.
van der Werff (2002) sólo consideró que en el subgénero Persea
existen dos species: Persea schiedeana y Persea americana.
Estudios filogenéticos en Persea
Campos-Rojas et al. (2007) sugirieron que los subgéneros
Persea y Eriodaphne deberían considerarse como géneros
separados.
Cabrera-Hernández et al. (2008) analizando la región trnL-F del
cloroplasto consideró la posibilidad de separación del género
Persea.
Rohwer et al. (2009) con secuencias de la región ITS del nucleo
también sugirió la sparación del género Persea en dos.
OBJETIVOS
-
Reconstruir las relaciones filogenéticas
que existen entre el subgénero Persea y
Eriodaphne por medio de secuencias de
ADN.
-
Identificar
aguacate.
-
Seleccionar
maracadores
moleculares
útiles para la identificación de epecies del
subgénero Persea.
•
el
possible
ancestro
del
MATERIALES
El análisis filognético se realizó con 33
materials (5 especies del subg. Eriodaphne,
28 individuos del subg. Persea: 8 especies, y
Beilschmiedia anay como especie de
contraste). Se utilizó secuencias de genes
de cloroplasto ndhF, rbcL, matK, rpoC y el
espacio intergénico trnH-psbA; el gen
nuclear 18s y los genes de mitocondria atp4
y cox3.
Material
Vegetal
Extracción
de ADN
Purificación y
cuantificación
Amplificación de Genes
Muscle
Revisión visual
de alineamientos
Secuenciación
Alineamientos
Análisis filogenéico
Máxima Parsimonia
Descripción de
la variación
Dendrogramas
1000
“bootstrap”
Hipótesis
Interpretación de los
resultados
ANÁLISIS
- Para el gen matK se consideraron
secuencias de otros 19 géneros afines de la
familia Lauraceae provenientes del
Genebank.
- Se analizó las secuencias concatenadas de
genes de cloroplasto.
- Se analizó también las secuencias juntas de
todos los genes.
Sequences Characteristics
Locus/segmento
n 18s
cp rpoC1
cp trnH-psbA
cp rbcL
cp ndhF
cp matK
mt atp4
mt cox3
matK-rbcL-ndhFrpoC1-trnH-psbA
Longitud de
alineamientos
(bp)
1748
599
497
1481
739
909
507
695
4236
cox3-atp4
1199
18s-cox3-atp4-matK7183
rbcL-ndhF-rpoC1-trnHpsbA
RC
RNC
Pi
Pi
(%)
SC
SC
(%)
SV
SV
(%)
S
MFE
0
599
98
1428
739
909
507
695
3773
1748
0
399
53
0
0
0
0
463
6
2
32
10
4
7
1
0
55
0.34
0.33
6.44
0.67
0.54
0.77
0.20
0
1.30
1719
577
428
1390
707
866
501
692
3965
98.34
96.33
86.12
93.86
95.67
95.27
99.82
99.57
93.60
29
22
67
91
32
43
6
3
261
1.69
3.67
13.48
6.14
4.33
4.73
1.18
0.43
6.16
23
20
41
81
28
36
5
3
206
2
2*
5*
4
0
1
0
0
12**
1199 0
4983 2200
1
62
0.08
0.86
1190
6874
99.23
95.69
9
299
0.75
4.16
8
237
0
14**
Pi: Sitios informativos parsimoniosos, RC: Región codificante, RNC: Región no codificante, SC: Sitios coservados, S:
Sitios “Singlenton”, SV: Sitios variables, MFE: Mutaciones fijas exclusivas del subgénero Eriodaphne, * Una de las
muatciones está presente en Beilschmiedia anay. ** Dos de las muatciones está presente en Beilschmiedia anay.
Árbol filogenético
número 13 del gen
matK, construido por
el método de
máxima parsimonia.
El árbol incluye 19
géneros de la familia
Lauraceae.
Persea americana var. drymifolia CH-C-57
Persea gigantea CH-I-2
Persea americana var. drymifolia CH-Der-2
86
Persea americana var. drymifolia CH-C-10
Persea americana var. americana CH-G-48
Persea americana var. drymifolia CH-C-63
Persea americana var. americana CH-I-6
Persea americana var. guatemalensis CH-Gu-6
82
Subgénero
Persea
Persea floccosa CH- I-3
100 Persea sp. Freddy 4 CH-CR-29
75
9
7
Persea americana var. costaricensis CH-CR-25
Persea nubigena CH-I-4
Persea steyermarkii CH-G-Ch1
Persea tolimanensis Mv1
Persea nubigena CH-G-79
Persea americana var. americana x var. guatemalensis
‘Hass’
Persea americana var. americana CH-CR-28
Persea americana var. guatemalensis CH-Gu-5
Persea schiedeana CH-H-5
P. schiedeana x P. americana CH-C-62
Persea americana var. drymifolia CH-C-47
Persea americana var. guatemalensis CH-G-7S2
82
Árbol filogenético
número 18 de los 5
frgmentos
concatenados del
cloroplasto,
construido por el
método de máxima
parsimonia.
Persea schiedeana CH-H-7
Persea americana var. costaricensis CH-CR-44
Persea schiedeana CH-Gu-1
Persea americana var. americana CH-G-45
Persea americana var. guatemalensis CH-G-11S1
82
Persea parvifolia CH-Ve-2
Persea lingue CH-Pl-1
100
Persea longipes CH-G-36
88
Persea sp. CH-PR-1
Persea chamissonis CHAP 37473
Persea cinerascens CH-C-30
Beilschmiedia anay CG-Hu-56
20
Subgénero Eriodaphne
Persea americana var. drymifolia CH-C-57
Persea gigantea CH-I-2
- - Muy pocos cambios
- Pocos cambios
+ Más cambios
+ + Mayor cambio
85 Persea americana var. drymifolia CH-Der-2
Persea americana var. drymifolia CH-C-10
Persea americana var. americana CH-G-48
Persea americana var. drymifolia CH-C-63
Persea americana var. americana CH-I-6
++
Persea americana var. guatemalensis CH-Gu-6
8
4
Otras especies del
subgénero Persea
Persea nubigena CH-G-79
Persea floccosa CH- I-3
Persea sp. Freddy 4 CH-CR-29
71
Persea americana var. costaricensis CH-CR-25
Persea nubigena CH-I-4
Subgénero
Persea
Persea steyermarkii CH-G-Ch1
Persea tolimanensis Mv1
‘Hass’
Persea americana var. americana x var. guatemalensis
Persea americana var. americana CH-CR-28
Persea americana var. guatemalensis CH-Gu-5
Persea schiedeana CH-H-5
6
8 Persea schiedeana CH-Gu-1
8
4Persea schiedeana CH-H-7
Especie P. schiedeana
+
P. schiedeana x P. americana CH-C-62
Persea americana var. drymifolia CH-C-47
Árbol filogenético
número 157 de los 8
fragmentos
concatenados.
Persea americana var. guatemalensis CH-G-7S2
100
Persea americana var. costaricensis CH-CR-44
Persea americana var. americana CH-G-45
100
El posible
ancestro
del aguacate
Persea lingue CH-Pl-1
6
5Persea
longipes CH-G-36
Persea sp. CH-PR-1
5
0
Persea chamissonis CHAP 37473
Persea cinerascens CH-C-30
20
--
Persea parvifolia CH-Ve-2
94
Beilschmiedia anay CG-Hu-56
-
Persea americana var. guatemalensis CH-G-11S1
Subgénero
Eriodaphne
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atención!
Investigación financiada por la
Red de Aguacate del Sistema
Nacional de Recursos
Fitogenéticos