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Ejercicio 10
Fernando González Andrés
EJERCICIO 10. Análisis bioinformático de la secuencia de un gen en un grupo de
UBC.
Objetivos.
A partir de los cromatogramas obtenidos tras la secuenciación del gen 16S rRNA de cinco
cepas bacterianas, identificarlas por comparación con las secuencias de ese mismo gen
depositadas en las bases de datos, dibujando un árbol filogenético de dichas bacterias junto
con otras próximas filogenéticamente.
Documentación electrónica.
Ejercicio_10_cromatogramas.rar
Actividades:
Se ha secuenciado el gen 16S rRNA de cinco cepas bacterianas rizosféricas aisladas en el
cultivo de banano en República Dominicana. Se entregan a los alumnos los cromatogramas
obtenidos con los cebadores 518F y 800R que amplifican el gen 16S rRNA, tal como salen
del secuenciador, sin limpiar (ver archivo electrónico Ejercicio_10_cromatogramas.rar).
A partir de esta documentación, se solicita lo siguiente.
 Limpiar las secuencias utilizando el programa CHROMAS PRO, volteando y
obteniendo la complementaria de la secuencia procedente de la amplificación con el
cebador “R”, para en una etapa posterior poder obtener la secuencia consenso o
“contig”. Las secuencias modificadas deben ser archivadas con un nombre que permita
distinguirlas de las originales.
 Obtener para cada cepa la secuencia consenso o “contig”, con el subprograma
SEQMAN del programa DNASTAR, guardnando la secuencia consenso con dos
formatos diferentes, el del propio programa SEQMAN (con extensión *.seq) y el de
FastA (con extensión *.fas).
 Identificar cada una de las cepas problema por comparación de la secuencia del gen
16S rRNA (el “contig” calculado en el caso anterior), con la base de datos EZ-Biocloud
(www.ezbiocloud.net).
 Realizar un alineamiento múltiple en base a las secuencias del gen 16S rRNA, de las
cinco “cepas problema”, junto con otras 10 “cepas tipo” descargadas de la base de datos
EZ-Biocloud que sean las más próximas filogenéticamente a las cinco “cepas
problema”, más un outlier. Se utilizará el programa MEGA, que recurre tanto a la base
de datos BLASTn como al programa CLUSTAL-W.
 Obtener la filogenia de las 10 bacterias, mediante la realización de los siguientes tipos
de árboles filogenéticos con el programa MEGA.
o ARBOL 1 (nombrarlo: NJtree)
Statistical Method: Neighbor-joining
Test of Phylogeny: Bootstrap method
No. of Bootstrap Replications: 1000
Model/Method: Kimura 2-parameter model
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. Mexico 2014
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Ejercicio 10
Fernando González Andrés
o ARBOL 2 (nombrarlo: UPGMAtree)
Statistical Method: UPGMA
Test of Phylogeny: None
Model/Method: Jukes-Cantor model
o ARBOL 3 (nombrarlo: MaxPARStree)
Statistical Method: Maximum Parsimony method
Test of Phylogeny: Bootstrap method
No. of Bootstrap Replications: 500
o ARBOL 4 (nombrarlo: MaxLIKELIHOOD)
Statistical Method: Maximum Likelihood
Test of Phylogeny: Bootstrap method
No. of Bootstrap Replications: 500
Model/Method: Tamura-Nei model
 Comparar y discutir los resultados.
Ejemplo 1. Mulas D, García-Fraile P, Carro L, Ramírez-Bahena M-H, Casquero P, Velázquez E, GonzálezAndrés F. 2011. Distribution and efficiency of Rhizobium leguminosarum strains nodulating Phaseolus vulgaris in
Northern Spanish soils: Selection of native strains that replace conventional N fertilization, Soil Biology and
Biochemistry, 43 (11): 2283-2293.
Notas de clase.
Curso Intensivo de Postgrado. UACH. Mexico 2014
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