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3 Proteínas y ácidos nucleicos 1 Fórmula general de un aminoácido GRUPO CARBOXILO GRUPO AMINO La cadena lateral es distinta en cada aminoácido y determina sus propiedades químicas y biológicas. Biología 2º BACHILLERATO 3 Proteínas y ácidos nucleicos 2 Biología 2º BACHILLERATO Aminoácidos hidrófobos Alanina (Ala) Valina (Val) Metionina (Met) Leucina (Leu) Fenilalanina (Fen) Isoleucina (Iso) Triptófano (Trp) 3 Proteínas y ácidos nucleicos 3 Aminoácidos polares hidrofílicos Serina (Ser) Treonina (Tr) Biología 2º BACHILLERATO Prolina (Prl) Glutamina (Gln) Cisteína (Cis) Asparagina (Asn) Tirosina (Tir) Glicocola (Gli) 3 Proteínas y ácidos nucleicos 4 Aminoácidos ácidos y básicos Biología 2º BACHILLERATO AMINOÁCIDOS ÁCIDOS (carga negativa) AMINOÁCIDOS BÁSICOS (carga positiva) Ácido aspártico (Asp) Lisina (Lis) Arginina (Arg) Ácido glutámico (Glu) Histidina (His) 3 Proteínas y ácidos nucleicos 5 Propiedades ácido-básicas de los aminoácidos Biología 2º BACHILLERATO En una disolución acuosa (pH neutro) los aminoácidos forman iones dipolares. Un ion dipolar se puede comportar como ácido o como base según el pH de la disolución. Las sustancias que poseen esta propiedad se denominan anfóteras. CARÁCTER ANFÓTERO DE LOS AMINOÁCIDOS pH disminuye El aminoácido se comporta como una base. pH aumenta El aminoácido se comporta como un ácido. 3 Proteínas y ácidos nucleicos 6 Isomería de los aminoácidos Por ser el carbono un carbono asimétrico, los aminoácidos pueden presentar dos configuraciones espaciales. D - aminoácido El grupo amino está a la derecha L - aminoácido El grupo amino está a la izquierda Al ser imágenes especulares se denominan estereoisómeros. Biología 2º BACHILLERATO 3 Proteínas y ácidos nucleicos 7 Formación de un enlace peptídico Biología 2º BACHILLERATO Reaccionan el grupo carboxilo de un aminoácido y el amino de otro Enlace peptídico Plano del enlace peptídico Grupo N - terminal Grupo C -terminal 3 Proteínas y ácidos nucleicos 8 Características de un enlace peptídico Biología 2º BACHILLERATO • Es un enlace covalente más corto que la mayoría de los enlaces C - N. • Posee cierto carácter de doble enlace. • Los cuatro átomos del enlace se encuentran sobre el mismo plano. • Los únicos enlaces que pueden girar son los formados por C-C y C-N 3 Proteínas y ácidos nucleicos 9 Biología 2º BACHILLERATO Estructura primaria de las proteínas • Todas las proteínas la tienen. • Indica los aminoácidos que la forman y el orden en el que están colocados. • Está dispuesta en zigzag. • El número de polipéptidos diferentes que pueden formarse es: Número de aminoácidos de la cadena 20 n Para una cadena de 100 aminoácidos, el número de las diferentes cadenas posibles sería: 1267650600228229401496703205376 ·10100 3 Proteínas y ácidos nucleicos 10 Estructura secundaria de las proteínas: -hélice Biología 2º BACHILLERATO • La cadena se va enrollando en espiral. • Los enlaces de hidrógeno intracatenarios mantienen la estructura. • La formación de estos enlaces determina la longitud del paso de rosca. • La rotación es hacia la derecha. Cada aminoácido gira 100° con respecto al anterior. Hay 3,6 residuos por vuelta. • Los grupos -C=O se orientan en la misma dirección y los -NH en dirección contraria. Los radicales quedan hacia el exterior de la -hélice. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 11 Estructura secundaria de las proteínas: conformación Algunas proteínas conservan su estructura primaria en zigzag y se asocian entre sí. Los radicales se orientan hacia ambos lados de la cadena de forma alterna. Enlaces de hidrógeno Enlace peptídico Las cadenas polipeptídicas se pueden unir de dos formas distintas. Disposición antiparalela Disposición paralela 3 Proteínas y ácidos nucleicos 12 Estructura terciaria de las proteínas Biología 2º BACHILLERATO Modo en que la proteína nativa se encuentra plegada en el espacio. La estructura se estabiliza por uniones entre radicales de aminoácidos alejados unos de otros. • Enlaces de hidrógeno. • Atracciones electrostáticas. • Atracciones hidrofóbicas. • Puentes disulfuro. En las proteínas de elevado peso molecular, la estructura terciaria está constituida por dominios. En la estructura terciaria se pueden encontrar subestructuras repetitivas llamadas motivos. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 13 Clasificación de las proteínas: holoproteínas PROTEÍNAS FIBROSAS • Generalmente, los polipéptidos que las forman se encuentran dispuestos a lo largo de una sola dimensión. • Son proteínas insolubles en agua. • Tienen funciones estructurales o protectoras. Se encuentra en tejido conjuntivo, piel, cartílago, hueso, tendones y córnea. COLÁGENO MIOSINA Y ACTINA QUERATINAS FIBRINA Responsables de la contracción muscular. Forman los cuernos, uñas, pelo y lana. Interviene en la coagulación sanguínea. ELASTINA Proteína elástica. PROTEÍNAS GLOBULARES • Más complejas que las fibrosas. • Plegadas en forma más o menos esférica. ALBÚMINAS Realizan transporte de moléculas o reserva de aminoácidos. GLOBULINAS Diversas funciones, entre ellas las inmunoglobulinas que forman los anticuerpos. HISTONAS Y PROTAMINAS Se asocian al ADN permitiendo su empaquetamiento. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 14 Clasificación de las proteínas: heteroproteínas En su composición tienen una proteína (grupo proteico) y una parte no proteica (grupo prostético). HETEROPROTEÍNA Cromoproteína GRUPO PROSTÉTICO EJEMPLO Pigmento Porfirínicas Grupo hemo o hemino hemoglobina No porfirínicas Cobre, Hierro o retinal rodopsina Nucleoproteína Ácidos nucleicos cromatina Glucoproteína Glúcido fibrinógeno Fosfoproteína Ácido fosfórico caseína Lipoproteína Lípido quilomicrones 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 15 Ejemplos de heteroproteínas Hemoglobina Inmunoglobulina Lipoproteína plasmática Retinal Rodopsina 3 Proteínas y ácidos nucleicos 16 Desnaturalización y renaturalización de una proteína Biología 2º BACHILLERATO La desnaturalización es la pérdida de las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria. Puede estar provocada por cambios de pH, de temperatura o por sustancias desnaturalizantes. Desnaturalización Renaturalización PROTEÍNA NATIVA PROTEÍNA DESNATURALIZADA En algunos casos la desnaturalización puede ser reversible. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 17 Diversidad funcional de las proteínas Debido a la gran diversidad estructural, las proteínas pueden tener funciones diversas. EJEMPLO FUNCIÓN DE RESERVA Ovoalbúmina, caseína, zeína, hordeína... DE TRANSPORTE Lipoproteínas, hemoglobina, hemocianina... CONTRÁCTIL Actina, miosina, flagelina ... PROTECTORA O DEFENSIVA Trombina, fibrinógeno, inmunoglobulinas... HORMONAL Insulina, glucagón, somatotropina... ESTRUCTURAL Glucoproteínas, histonas, queratina, colágeno, elastina... ENZIMÁTICA Catalasa, ribonucleasa... HOMEOSTÁTICA Albúmina... 6 Metabolismo celular. Catabolismo 1 Biología 2º BACHILLERATO Comportamiento de un enzima Las enzimas actúan como un catalizador: Energía de activación sin la enzima Disminuyen la energía de activación. No cambian el signo ni la cuantía de la variación de energía libre. Energía de activación con la enzima Aceleran la llegada del equilibrio. Al finalizar la reacción quedan libres y pueden reutilizarse. Energía No modifican el equilibrio de la reacción. Energía de los reactivos Variación de la energía Energía de los productos Progreso de la reacción 6 Metabolismo celular. Catabolismo Biología 2º BACHILLERATO 2 Influencia del pH y la temperatura en la actividad enzimática Pepsina Tripsina pH óptimo pH óptimo Cada enzima actúa a un pH óptimo. Los cambios de pH alteran la estructura terciaria y por tanto, la actividad de la enzima. Tª óptima Cada enzima tiene una temperatura óptima para actuar. Las variaciones de temperatura provocan cambios en la estructura terciaria o cuaternaria, alterando la actividad del enzima. 6 Metabolismo celular. Catabolismo 3 Biología 2º BACHILLERATO Esquema de una reacción enzimática Complejo enzima-sustrato (ES) Enzima (E) Sustratos (S) Enzima (E) Productos (P) E + S ES E + P 6 Metabolismo celular. Catabolismo 4 Especificidad enzimática MODELO DE LLAVE-CERRADURA Biología 2º BACHILLERATO MODELO DE ACOPLAMIENTO INDUCIDO Sustrato Enzima Complejo enzima- sustrato Sustrato Enzima 6 Metabolismo celular. Catabolismo 5 Inhibición de la actividad enzimática Biología 2º BACHILLERATO Sustrato Inhibidor Los sustratos no pueden unirse al centro activo Enzima Sustrato Inhibidor unido a la enzima 6 Metabolismo celular. Catabolismo 6 Modelo de inhibición alostérica Biología 2º BACHILLERATO Sustrato Centros activos modificados Enzima Los sustratos no pueden unirse al centro activo Ligando Centro regulador Ligando unido al centro regulador Sustrato 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 18 Formación de un nucleótido BASE NITROGENADA (Adenina) NUCLEÓSIDO (Adenosina) ION FOSFATO Enlace N-glucosídico H2O H2O Enlace éster PENTOSA (Ribosa) NUCLEÓTIDO (Adenosín 5’-monofosfato) 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 19 Bases nitrogenadas PIRIMIDÍNICAS Timina (exclusiva del ADN) Citosina Uracilo (exclusiva del ARN) PÚRICAS Adenina Guanina 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 20 Estructura primaria del ADN Extremo 5’ Adenina Citosina Guanina Timina Extremo 3’ • Es la secuencia de nucleótidos, unidos por enlaces fosfodiéster. • La cadena presenta dos extremos libres: el 5’ unido al grupo fosfato y el 3’ unido a un hidroxilo. • Cada cadena se diferencia de otra por: > Su tamaño > Su composición. > Su secuencia de bases. • La secuencia se nombra con la inicial de la base que contiene cada nucleótido: ACGT 3 Proteínas y ácidos nucleicos 21 Estructura secundaria del ADN Biología 2º BACHILLERATO 2 nm • Es una doble hélice de 2 nm de diámetro. Armazón fosfoglucídico • Las bases nitrogenadas se encuentran en el interior. 0,34 nm 3,4 nm • Las parejas de bases se encuentran unidas a un armazón formado por las pentosas y los grupos fosfato. • El enrollamiento es dextrógiro y plectonémico. Par de bases nitrogenadas • Cada pareja de nucleótidos está situada a 0,34 nm de la siguiente y cada vuelta de doble hélice contiene 10 pares de nucleótidos. • Las dos cadenas son antiparalelas y complementarias. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 22 Complementariedad entre las bases Las bases de ambas cadenas se mantienen unidas por enlaces de hidrógeno. Adenina Timina 2 Enlaces de hidrógeno Guanina Citosina 3 Enlaces de hidrógeno El número de enlaces de hidrógeno depende de la complementariedad de las bases. 3 Proteínas y ácidos nucleicos 23 Estructura del ADN Extremo 5’ Extremo 3’ Extremo 3’ Extremo 5’ Biología 2º BACHILLERATO 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 24 Función biológica del ADN El ADN almacena y transmite la información genética ya que puede realizar copias de sí mismo. REPLICACIÓN DEL ADN RELACIÓN ENTRE DIVERSOS ORGANISMOS Y LA CANTIDAD DE ADN QUE CONTIENEN Bacterias Existe gran diferencia entre el contenido de ADN de seres unicelulares primitivos y el de organismos pluricelulares. Escherichia coli Hongos Dentro de un mismo grupo puede haber, a su vez, grandes diferencias que no parecen guardar relación con su complejidad. Levaduras Plantas Insectos Judías Drosophila melanogaster Moluscos Peces cartilaginosos Tiburones Peces óseos Ranas Anfibios Tritones Reptiles Aves Mamíferos 105 106 107 108 109 Humanos 1010 1011 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 25 Niveles de complejidad del ADN ADN monocatenario lineal (virus) Dímero concatenado (mitocondrias) ADN bicatenario lineal (virus) ADN monocatenario circular (virus) Cromatina (eucariotas) Cromosomas ADN bicatenario circular (bacterias) ADN asociado a histonas 3 Proteínas y ácidos nucleicos 26 Desnaturalización e hibridación del ADN Biología 2º BACHILLERATO La desnaturalización se produce al separarse las dos hebras por la rotura de los enlaces de hidrógeno. pH>13 o Tª 100 °C Desenrollamiento de las hélices Desnaturalización Desnaturalización Renaturalización Renaturalización Dobles hélices de ADN Cadenas sencillas de ADN A la temperatura de fusión (Tm) el 50% de la doble hélice está separada. Manteniendo una temperatura de 65 °C durante un tiempo prolongado se puede producir la renaturalización o hibridación del ADN. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 27 Técnica de hibridación para la detección de enfermedades 2.- Mediante ingeniería genética se construye una sonda marcada radiactivamente con la secuencia complementaria del ADN enfermo. 1.- Se identifica la secuencia de ADN que presentan los enfermos. Si aparecen bandas radiactivas la sonda ha hibridado y la persona presenta la anomalía. 7.- El ADN de doble cadena se transfiere a un papel de nitrocelulosa y se mide la radiactividad. 4.- Se desnaturaliza y se añade la sonda. 6.- Mediante enzimas, se hidroliza todo el ADN que no esté en forma de doble hélice, destruyendo la sonda que no ha hibridado. 5.- Se deja renatularizar. 3.- Se extrae una muestra de ADN de la persona que se quiere dignosticar. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 28 El ácido ribonucleico (ARN) Es un polirribonucleótido (contiene la ribosa como pentosa). Las bases nitrogenadas que lo forman son ADENINA, URACILO, CITOSINA y TIMINA (carece de guanina). Excepto en algunos virus, el ARN es monocatenario. Zona de doble hélice (horquilla). Bases complementarias. Bucle 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 29 ARN mensajero Su función es copiar la información genética del ADN y llevarla hasta los ribosomas. En eucariotas porta información para que se sintetice una proteína: MONOCISTRÓNICO. En procariotas contiene información separada para la síntesis de varias proteínas distintas: POLICISTRÓNICO. ARN mensajero ADN Tiene una vida muy corta (algunos minutos) ya que es destruído rápidamente por las ribonucleasas. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 30 ARN de transferencia Transportan los aminoácidos hasta los ribosomas. 3’ 5’ Todos los tipos de ARNt comparten algunas características: Zona de unión al ribosoma. En el extremo 5’ un triplete que tiene guanina y un ácido fosfórico libre. En el extremo 3’ tres bases (C-C-A) sin aparear. Por este extremo se une al aminoácido. En el brazo A un triplete de bases llamado anticodón diferente para cada ARNt en función del aminoácido que transportan. Brazo T Brazo D Zona de unión a la enzima que lo une al aminoácido. Brazo A Anticodón Zona de unión al ARNm. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 31 ARN ribosómico, nucleolar y otros tipos ARN ribosómico Agrupa a varios ARN diferentes y constituye hasta un 80% del total de ARN de una célula. ARN nucleolar Se encuentra asociado a diferentes proteínas formando el nucléolo. Una vez formado se fragmenta dando lugar a los diferentes tipos de ARNr. Otros tipos de ARN Algunos tienen función catalítica: ribozimas. Otros se asocian con proteínas para formar ribonucleoproteínas. Existen algunos que pueden escindirse en varios fragmentos por si mismos: autocatalíticos. Ribozima 3 Proteínas y ácidos nucleicos 32 Funciones del ARN ADN Biología 2º BACHILLERATO El ribosoma es el encargado de la traducción del ARNm y está formado por ARN ribosómico y proteínas. ARN mensajero Ribosoma ARN de transferencia con aminoácido Proteína 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 33 ADP y ATP Son moléculas transportadoras de energía. La energía que se necesita para las reacciones endergónicas se obtiene de la hidrólisis del ATP. Desfosforilación ADP ATP Fosforilación Además del ATP y el ADP también existen los nucleótidos de guanina GTP y GDP con función similar. Cuando las reacciones son exergónicas, la energía se emplea en la formación de ATP. 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 34 AMP cíclico (AMPc) Es un nucleótido de adenina cuyo ácido fosfórico está esterificado con los carbonos 3’ y 5’ de la ribosa. FORMACIÓN DEL AMPc Hormona (1er mensajero) Sitio de unión Adenilato ciclasa (inactiva) Proteína receptora Activa Proteína G Enzima inactiva ATP Proteína Hormona + receptora ATP AMPc (2ºmensajero) Síntesis Enzima activa Activación Activación Proteína G Proteína G Adenilato ciclasa 3 Proteínas y ácidos nucleicos Biología 2º BACHILLERATO 35 Nucleótidos coenzimáticos NUCLEÓTIDOS DE FLAVINA + FLAVINA + (base nitrogenada) RIBITOL (pentosa) FMN FOSFATO ( flavín-mononucleótido) RIBOFLAVINA (nucleósido) + AMP FAD ( flavín-adenín-dinucleótido) NUCLEÓTIDOS DE PIRIDINA NUCLEÓTIDO DE NICOTINAMIDA + NUCLEÓTIDO DE ADENINA NAD ( nicotín-adenín -dinucleótido) NADP + FOSFATO COENZIMA A -mercaptoetilamina Ácido pantoténico ADP ( nicotín-adenín -dinucleótido fosfato)