Download 03/08/13: Cox con exposición cambiante en tiempo

COX CON EXPOSICIÓN CAMBIANTE (TIME-DEPENDENT)
clear
input ///
id
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
q0
0
1
1
1
1
0
0
0
0
0
0
1
1
1
0
0
0
0
q1
0
0
1
0
1
0
0
0
0
0
0
0
.
.
.
1
0
0
q2
0
0
1
.
1
0
0
0
0
0
0
.
.
.
.
.
0
0
q3
0
0
.
.
1
0
0
0
0
0
1
.
.
.
.
.
.
.
q4
1
0
.
.
1
1
0
1
0
1
.
.
.
.
.
.
.
.
F
4.5
4.7
2.5
1.8
5.1
5.5
4.2
5.5
5.5
5.5
3.5
1.5
0.5
0.5
2.5
1.5
2.5
.
d
1
0
1
0
0
1
0
0
1
1
1
0
0
1
1
1
0
0
end
lab var F "follow-up (y)"
lab var d "evento"
stset F, fail(d==1)
stcox q0
cor q*
**primer paso: columnas de follow-up hasta el max seguim de cada visita
foreach n of numlist 0/4{
g FU`n'=`n'+1
replace FU`n'=F if F>`n' & F<(`n'+1)
replace FU`n'=. if F<`n'
}
replace FU4=F if F>4
sum FU0-FU4, d
**2º paso: crear un evento para cada visita
g d0=d==1 & F<1
g d1=d==1 & F>=1 & F<2
g d2=d==1 & F>=2 & F<3
g d3=d==1 & F>=3 & F<4
g d4=d==1 & F>=4 & F<.
tab2 d d0-d4, firstonly
**3º paso (opcional): carry forward última exposición disponible si faltan exposiciones
replace q1=q0 if q1==. & F>=1
replace q2=q1 if q2==. & F>=2
replace q3=q2 if q3==. & F>=3
replace q4=q3 if q4==. & F>=4
rename d evento
*esto de arriba NO es opcional, no se podra hacer reshape si ya existe d
reshape long q FU d, i(id) j(visit)
bys visit: tab q d
stset FU, fail(d) id(id)
stcox q
Club STATA
2-08-2013
stset F, fail(d==1)
stcox q0
-> tabulation of d by d0
|
d0
evento |
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
9
0|
9
1|
8
1|
9
-----------+----------------------+---------Total |
17
1|
18
|
d1
evento |
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
9
0|
9
1|
8
1|
9
-----------+----------------------+---------Total |
17
1|
18
|
d2
evento |
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
9
0|
9
1|
7
2|
9
-----------+----------------------+---------Total |
16
2|
18
|
d3
evento |
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
9
0|
9
1|
8
1|
9
-----------+----------------------+---------Total |
17
1|
18
|
d4
evento |
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
9
0|
9
1|
5
4|
9
-----------+----------------------+---------Total |
14
4|
18
-> visit = 0
|
d
q|
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
11
0|
11
1|
6
1|
7
-----------+----------------------+---------Total |
17
1|
18
-> visit = 1
|
d
q|
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
13
0|
13
1|
2
1|
3
-----------+----------------------+---------Total |
15
1|
16
-> visit = 2
|
d
q|
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
10
1|
11
1|
1
1|
2
-----------+----------------------+---------Total |
11
2|
13
-> visit = 3
|
d
q|
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
8
0|
8
1|
1
1|
2
-----------+----------------------+---------Total |
9
1|
10
-> visit = 4
|
d
q|
0
1 | Total
-----------+----------------------+---------0|
3
1|
4
1|
2
3|
5
-----------+----------------------+---------Total |
5
4|
9
stset FU, fail(d) id(id)
stcox q0
stset FU, fail(d) id(id)
stcox q
xtset id visit
xtgee d q, family(binomial) link(logit) ///
vce(r) cor(unstruct) eform
xtgee d q, family(poisson) link(log) vce(r) ///
cor(unstruct) exp(FU) eform
**explicación predimed- per protocol (0=basal, 1=primer año, etc)
**antes se debió preparer E0=energia basal, etc.
foreach num of numlist 0/4 {
qui regress ac_olivavir`num' E`num'
predict res_evoo`num', res
qui summ ac_olivavir`num'
replace res_evoo`num'=res_evoo`num'+r(mean)
cor res_evoo`num' E`num' ac_olivavir`num'
}
foreach num of numlist 1/4 {
gen cambio_acumulado_evoo`num'=res_evoo`num'-res_evoo0
xtile a_evoo`num'=cambio_acumulado_evoo`num', nq(5)
tabstat cambio_acumulado_evoo`num', by(a_evoo`num') ///
s(n min max)
}
gen year_evento=floor(follcox)
gen d0=0
replace d0=1 if evento1==1 & year_evento==0
gen d1=0
replace d1=1 if evento1==1 & year_evento==1
replace d1=. if follcox<1 | (d0==1)
gen d2=0
** (etc.)
clonevar F=follcox
capt drop FU0 FU1 FU2 FU3 FU4
foreach n of numlist 0/4{
g FU`n'=`n'+1
replace FU`n'=F if F>`n'& F<(`n'+1)
replace FU`n'=. if F<`n'
}
replace FU4=F if F>4
rename a_evoo1 V0
rename a_evoo3 V1
rename a_evoo4 V2
…
rename a_nuts1 N0
rename a_nuts3 N1
…
rename a_p14_1 P0
rename a_p14_3 P1
…
replace V1=V0 if V1==. & F>=1
replace V2=V1 if V2==. & F>=2
replace V3=V2 if V3==. & F>=3
replace V4=V3 if V4==. & F>=4
replace N1=N0 if N1==. & F>=1
replace N2=N1 if N2==. & F>=2
replace N3=N2 if N3==. & F>=3
replace N4=N3 if N4==. & F>=4
replace P1=P0 if P1==. & F>=1
replace P2=P1 if P2==. & F>=2
replace P3=P2 if P3==. & F>=3
replace P4=P3 if P4==. & F>=4
reshape long V N P FU d, i(id) ///
j(visit)
stset FU, fail(d) id(id)
stcox VOO NUTS edad0 sexo diabetes0 hta0
i.fum ant_fam wth ///
imc1 hipercol0, strata(ctr) ///
vce(robust)
*compruebo que basicamente es lo mismo
stcox i.P VOO NUTS edad0 sexo ///
diabetes0 hta0 i.fum ant_fam wth ///
imc1 hipercol0, strata(ctr) ///
vce(robust) cformat(%3.2f)
stcox i.V VOO NUTS edad0 sexo ///
diabetes0 hta0 i.fum ant_fam wth ///
imc1 hipercol0, strata(ctr) vce(robust) cformat(%3.2f)
stcox i.N VOO NUTS edad0 sexo diabetes0 hta0 i.fum ant_fam wth ///
imc1 hipercol0, strata(ctr) vce(robust) cformat(%3.2f)