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C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 (junto Oceanográfico) · 46012 VALENCIA (Spain) · Tel: +34 96 328 96 80 - Fax: +34 96 328 97 01 / www.cipf.es / CIF G-46/923421
El Príncipe Felipe cede su visualizador
genómico al Consorcio de Genoma de Cáncer
 El nuevo portal de análisis del ICGC permite a investigadores de todo el
mundo analizar, visualizar y descargar los datos generados por este
proyecto internacional
 El consorcio almacena más de 8.500 genomas de más de 40 tipos de
cáncer
 El reto de visualizar este enorme volumen de datos de forma interactiva en
un portal de web estaba por resolver hace solo unos meses
Valencia. El Centro de Investigación Príncipe Felipe (CIPF), a través de su
Departamento de Genómica Computacional, ha desarrollado un visualizador genómico.
Esta herramienta, denominada Genome Maps, permite analizar y visualizar la gran
cantidad de datos relacionados con la investigación genómica sin la necesidad de
descargarlos en el ordenador.
El CIPF ha cedido y colaborado en la integración de esta herramienta al Consorcio
Internacional del Genoma del Cáncer (ICGC) que actualmente almacena más de 8.500
genomas de más de 40 tipos de cáncer. Dentro de este proyecto, España participó el
año pasado con la secuenciación del genoma de la leucemia linfocítica crónica.
La relativa facilidad de producción de datos genómicos está dificultando el análisis y
visualización de experimentos de cáncer y otras enfermedades como consecuencia del
enorme volumen de datos y de los requerimientos computacionales que ello conlleva.
Visualizador del CIPF
El Consorcio no disponía hasta ahora de la capacidad para visualizar datos genómicos
de forma interactiva en un portal web y con el visualizador del CIPF ha sido posible.
Esta herramienta era imprescindible para el éxito del proyecto del ICGC.
El ICGC reparó en el visualizador genómico Genome Maps, desarrollado en el CIPF, e
inmediatamente contactaron para colaborar en el desarrollo del portal. El
Departamento, compuesto por unas 25 personas, la mayoría de ellas mantenidas por
proyectos competitivos tanto nacionales como internacionales, trabaja en desentrañar
CON LA FINANCIACIÓN DE:
C/ Eduardo Primo Yúfera, 3 (junto Oceanográfico) · 46012 VALENCIA (Spain) · Tel: +34 96 328 96 80 - Fax: +34 96 328 97 01 / www.cipf.es / CIF G-46/923421
los mecanismos de enfermedades complejas (cáncer, enfermedades raras, etc.)
usando para ello datos genómicos.
Dada la larga trayectoria del departamento en el análisis de datos genómicos, así
como su conocimiento del problema biológico, sus investigadores ya eran conocedores
del problema que suponía la visualización de datos genómicos desde hace tiempo, por
lo que la unidad de Biología Computacional del departamento, liderada por Ignacio
Medina, desarrolló el año pasado este visualizador genómico de nueva generación.
Lo realmente novedoso de este visualizador es la combinación de nuevas tecnologías,
tanto por el lado del navegador del usuario como del servidor de datos, junto con un
concepto original en cuanto a la forma de servir esos datos, inspirado en la forma en
la que Google Maps funciona.
El usuario puede moverse por el genoma de cualquier cáncer como si tuviese toda la
información en su terminal, ya que el servidor le permite visualizar de forma
inteligente la porción del genoma que está viendo en ese momento y tiene preparadas
las partes que es más posible que visite a continuación. De esta manera, no importa
cuántos genomas se almacenen y cuanta información sobre ellos haya en el
repositorio del ICGC en el futuro, ya que su visualización será ágil e interactiva.
El CIPF es una fundación privada adscrita a la Conselleria de Sanitat de la Generalitat
Valenciana.Nuestro objetivo es la investigación biomédica incluyendo investigación básica
de genes, dianas, procesos moleculares y celulares, nanomedicina y medicina
computacional así como su traslación a la práctica clínica con especial interés en
medicina personalizada, cáncer, enfermedades raras, metabólicas, y deterioro
cognitivo y funcional.
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