Download Master en MICROBIOLOGÍA DESCRIPTOR DE LA ASIGNATURA

UIB
Universitat de les
Illes Balears
Master en MICROBIOLOGÍA
DESCRIPTOR DE LA ASIGNATURA
Año académico 2006-2007
Ficha técnica
Asignatura
Nombre de la asignatura: Modelos bacterianos de experimentación.
Código: a cumplimentar por el Centro de Tecnologías de la Información
Tipo: Optativo
Nivel: Postgrado
Curso: Primero
Semestre: Anual
Horario: Ver cronograma Máster en Microbiología
Idioma: Castellano/Catalán, capacidad de comprensión lectora en inglés.
Profesorado
Profesor/a responsable
Nombre: Dr. Rafael Bosch
Contacto: [email protected]
Otros profesores/ as
Nombre: Dr. Jorge Lalucat
Contacto: [email protected]
Nombre: Dra. Elena García-Valdés
Contacto: [email protected]
Nombre:
Contacto:
Nombre:
Contacto:
Prerrequisitos:
Demostrar conocimientos fundamentales (a nivel de estudios de grado) en Bioquímica y
Biología Molecular, Genética, Biología Celular, Microbiología, Fisiología Animal y Vegetal, y
Química.
Número de créditos ECTS: 15
Horas de trabajo presencial: 97
Horas de trabajo autónomo: 278
Descriptores:
Taxonomía, ecología, genética, fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica
de microorganismos modelo.
Competencias de la asignatura
Específicas:
E16- Conocer y aprender técnicas de estudio para clarificar la taxonomía, ecología, genética,
fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica de microorganismos modelo.
Genéricas:
G4- Adquirir la habilidad de integrar conocimientos y de afrontar problemáticas complejas, así
como la de formular juicios de opinión a partir de información incompleta o limitada, en la que
incluirán reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas ligadas a la aplicación de los
conocimientos adquiridos y de su capacidad de emitir juicios.
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G5- Estar capacitados para comunicar las conclusiones que extraigan así como los
conocimientos microbiológicos que posean , tanto a audiencias expertas como no expertas, y
siempre de un modo claro y sin ambigüedades.
G6- Desarrollar habilidades de aprendizaje que les permitirá continuar sus estudios de manera
autónoma.
Contenidos
I. MODELOS CLÁSICOS DE EXPERIMENTACIÓN.
1. Gram negativos. Géneros Escherichia, Salmonella y Pseudomonas
2. Gram positivos. Géneros Bacillus, Streptococcus y Staphylococcus.
3. Otros modelos de experimentación.
II. MODELOS DE EXPERIMENTACIÓN EN LAS ISLAS BALEARES.
1. Pseudomonas stutzeri
2. Pseudomonas aeruginosa
3. Klebsiella pneumoniae
4. Streptococcus pyogenes
5. Salinibacter ruber
6. Género Yersinia.
7. Bacterias oligotróficas marinas: género Alcanivorax y otros.
8. Microorganismos no cultivables.
III. MÉTODOS EXPERIMENTALES BÁSICOS EN INVESTIGACIÓN
MICROBIOLÓGICA.
1. El cultivo celular. Esterilidad y control del crecimiento. Enriquecimiento, aislamiento y
cultivo puro. Factores físicos y químicos. Nutrientes y medios de cultivo. Cultivo continuo y
discontinuo.
2. El concepto de especie bacteriana. Caracterización fenotípica. Homología DNA-DNA.
Contenido GC. Filogenia del RNAr16S.
3. Fraccionamiento celular y purificación de componentes. Rotura celular. Centrifugación.
Técnicas cromatográficas.
4. Visualización de macromoléculas y estructuras celulares. Electroforesis. Microscopia óptica.
Microscopía electrónica.
5. Técnicas moleculares aplicadas al conocimiento del funcionamiento celular. DNA y
replicación. RNAm y transcripción. Proteínas y traducción.
6. El metabolismo bacteriano. Enzimología y análisis de metabolitos (TLC, HPLC, GC-MS,
RMN, ...)
7. Genómica, transcriptómica y proteómica.
8. Los microorganismos no cultivables. Técnicas para determinar quienes son: FISH y DAPI,
microscopía confocal, bibliotecas genómicas, PCR y RT-PCR, DGGE, TGGE, TRFLP.
Técnicas para determinar cuantos son: citometría de flujo, PCR semicuantitativa, PCR a
tiempo real. Técnicas para determinar funcionalidad: autoradiografía y FISH,
metagenómica.
IV. TÉCNICAS BIOINFORMÁTICAS BÁSICAS EN INVESTIGACIÓN
MICROBIOLÓGICA.
1. Bases de datos bioinformáticas.
2. Obtención, ensamblaje y anotación de secuencias.
3. Manipulación (traducción, restricción y ligación) de secuencias.
4. Comparación de secuencias (nucleótidos y aminoácidos), diseño de cebadores y análisis
filogenético.
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Metodología y plan de trabajo del estudiante
1. Metodología de aprendizaje: Clase presencial
Trabajo presencial/ autónomo: 5/5
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Todos los alumnos
2. Metodología de aprendizaje: laboratorio informático
Trabajo presencial/ autónomo: 8/4
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Todos los alumnos
3. Metodología de aprendizaje: Presentación de trabajo en grupo (seminarios)
Trabajo presencial/ autónomo: 16/4
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Individual, exposición ante todos los alumnos.
4. Metodología de aprendizaje: Seminarios de investigación
Trabajo presencial/ autónomo: 16/90
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Todos los alumnos
5. Metodología de aprendizaje: Discusión en grupo
Trabajo presencial/ autónomo: 32/0
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): No
Tipo de agrupación: Todos los alumnos
6. Metodología de aprendizaje: Tutorías
Trabajo presencial/ autónomo: 20/0
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): No
Tipo de agrupación: Todos los alumnos
7. Metodología de aprendizaje: Trabajos teóricos
Trabajo presencial/ autónomo: 0/125
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Individual
8. Metodología de aprendizaje: Trabajo informático práctico
Trabajo presencial/ autónomo: 0/50
Uso del aprendizaje virtual (e-learning): Si
Tipo de agrupación: Individual
Criterios, instrumentos de evaluación y contrato
Criterios de evaluación:
Se evaluará el aprendizaje de técnicas de estudio para clarificar la taxonomía, ecología,
genética, fisiología, aplicaciones biotecnológicas y significación clínica de microorganismos
modelo. La realización de los trabajos teóricos e informático es imprescindible para aprobar la
asignatura.
Instrumentos de evaluación:
Seguimiento y presentación de trabajo teórico
Seguimiento y presentación de trabajo bioinformático
Seguimiento clases teóricas y seminarios de investigación
Criterios de calificación:
Seguimiento y presentación de trabajo teórico, 40%
Seguimiento y presentación de trabajo bioinformática, 20%
Seguimiento clases teóricas y seminarios de investigación, 40%
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La evaluación se organiza mediante contrato:
No
Material didáctico para el trabajo autónomo y lecturas recomendadas
Bibliografía, recursos y anexos
LIBROS
1. Alef K, Nannipieri P (1998) Methods in applied soil microbiology and biochemistry.
Academic Press.
2. Antoon DL y colaboradores (1996) Molecular Microbial Ecology Manual. Kluwer Academic
Publishers.
3. Gerhardt P y colaboradores (1994) Methods for general and molecular bacteriology. ASM
Press.
4. Hurst y colaboradores (2002) Manual of environmental microbiology. ASM Press.
5. Kreuzer H, Massey A (1996) Recombinant DNA and biotechnology. ASM Press.
6. Murray y colaboradores (1995) Manual of clinical microbiology. ASM Press.
7. Sambrook J, Russell DW (2001) Molecular cloning: a laboratory manual. CSHL Press.
8. Snyder L, Chapness W (2003) Molecular Genetics of Bacteria. ASM Press.
RECURSOS
1. http://www.biodeg.uib.es/MTEMicro/recursos/Recursos.htm Página WEB elaborada por el
área de Microbiología de la Universitad de les Illes Balears (UIB) con un listado exhaustivo
de recursos informáticos para el estudiante de Microbiología.
2. Catálogo de revistas de la Biblioteca de la UIB (http://www.uib.es/servei/biblioteca) para la
consulta de revistas relevantes en Microbiología (publicaciones de la ASM, Blackwell
Scientific, Elsevier, etc, además de las revistas “Nature” y “Science”.
3. Bases de datos bibliográficos: ISI Web of Knowledge (http://0portal.isiknowledge.com.sls.uib.es ) y PubMed
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed )
Enlace a la guía docente de la asignatura
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