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Laboratorio de Biología Computacional
Dr. Octavio Martínez de la Vega
Su lema “From Data to Knowledge” Se enfoca en el diseño de métodos para adquirir
conocimiento.
Uno de los temas que abarca son los QTL – Quantitative Trait Locus. Estos fueron presentados
inicialmente por Lander y Bostein en 1989, Genetics, en el cual ellos presentaron un método para
estimar las QLTs en jitomate. 11 años después Tanksley y colaboradores clonaron el primer QTL de
fruta, esto apareció en la revista Science el 7 de Julio del 2000. En la actualidad existen más de
100,000 artículos que hablan de QTLs (Google Scholar).
Una de las preguntas que se hacen en el equipo de trabajo es, ¿Cuáles son las propiedades del
transcriptoma? Pero para esto, ¿qué es el transcriptoma? Es el conjunto de todos los RNAm que
existen, es decir, los genes que se están transcribiendo. Algo que se evalúa es la diversidad del
transcriptoma y su especialización.
En base a este tema se plantearon la siguiente hipótesis: El cáncer reduce la especialización del
transcriptoma. Del cual se analizaron varias muestras de órganos normales y órganos con cáncer,
en el cual se observa un patrón que reduce la especialización, por lo que se puede decir que los
órganos cancerosos pierden especialización y el transcriptoma.
Otro de los temas es RNA-seq del girasol, el cual habla de los genes que controlan la taza de
recombinación homóloga en células meióticas de girasol. Del cual se ha encontrado que el nivel de
recombinación es mayor en especies cultivadas que en las especies silvestres. Se tomaron
meiocitos masculinos, se aislaron los RNA-seq, se secuenciaron todos los fragmentos de cDNA que
se encontraron. Se obtuvo el paisaje transcripcional de la Profase 1 en meiocitos masculinos de
girasol.
Los proyectos actuales que realizan son:
-
Propiedades generales del transcriptoma
Medir la expresión relativa
Marcadores Moleculares de Maiz y Teocintle.