Clustal es un programa de computadora ampliamente utilizado para realizar alineamientos múltiples de secuencias. La última versión es la 2.0.12 (2009), cuya principal novedad es que fue completamente reescrita en C++. Hay dos variantes: ClustalW: interfaz de línea de comandosClustalX: esta versión tiene una interfaz gráfica. Está disponible para Unix/Linux, Mac OS y Windows.El programa está disponible en European Bioinformatics Institute ftp server o en www.clustal.org.
