Download GenBank y el Bioedit

GENBANK
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
El GenBank es una base de datos con información genética. En ella se pueden
encontrar secuencias de nucleótidos, proteínas etc. de distintos modos.
Búsqueda de información:
Seleccionar Nucleotide en search y luego ingresar el nombre de la especie o género
que se busca, o en caso de conocerse el código de acceso, puede ingresarse éste.
También puede accederse a Taxonomy/taxBrowser para un buscador taxonómico.
Además se pueden hacer búsquedas combinando el nombre de una especie y el del
gen que quieren (e.g. Pseudalopex fulvipes growth factor receptor).
Luego de ingresar lo que se desea buscar, se presenta la información existente en
forma de listado, con el nombre de la especie, el gen o secuencia de que se trate, la
longitud de la secuencia y el código de acceso.
Se selecciona la secuencia, y se despliega la información de esta.
Para visualizar la secuencia, seleccionar formato “FASTA”
En esta pantalla aparece la secuencia que puede ser utilizada en otros programas. Se
selecciona y se copia algún programa para editarlas y alinearlas. Es importante
guardar la secuencia vinculada a l código de acceso.
BIOEDIT
http://www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html
Es un programa de libre acceso que permiten editar y alinear las secuencias. Debe ser
instalado.
Para comenzar se debe acceder a File y seleccionar New Aligment, o en el icono
correspondiente.
Para cargar la secuencia, seleccionar en el Menú Sequence y elegir New Sequence:
Ingresar el nombre de la secuencia, (por ejemplo Pseudalopex_fulvipes, sin que haya
espacios). En Sequence Type, se selecciona la secuencia de que se trata (por ejemplo
DNA). Por último se copia la secuencia adquirida en el genBank. Una vez hecho esto,
seleccionar Apply and Close.
Se repite el procedimiento con todas las frecuencias que se desean estudiar.
Una vez cargadas las secuencias:
Donde cada fila es una especie con sus bases.
El Bioedit tiene muchas herramientas muy útiles para alinear y editar las secuencias.
También pueden verse solo los sitios variables con respecto a la primera secuencia:
Estas opciones son muy titiles para alinear a mano las secuencias.
Una vez cargadas todas las secuencias, antes de alinear, guardar el archivo en
formato fasta en File/Save As. En esta instancia ya se está en condiciones de alinear
la secuencia.
Alineamiento manual:
Para alinear y o editar a mano las secuencias se debe seleccionar Edit en Mode and
insert. Para insertar un gap en todas las secuencias menos en una, seleccionar el
botón “I” con una raya arriba y otra abajo y apretar con el botón derecho del Mouse
sobre el sitio de la secuencia que quieren que introduzca un gap en el resto (sobre la
secuencia que no va a tener ese gap). Si se quiere poner un gap en una o 2
secuencias, con el Mouse poner un “-” donde corresponda.
Cuando se termina, apretar el botón que es un candado abierto para que cierre los
gaps. Mirando la regla que está arriba de las bases de cada secuencia se pueden
contar cuantos sitios (caracteres) tienen las secuencias que se están alineando.
Alineamiento múltiple con el programa ClustalW:
Para lograr un alineamiento con el ClustalW se debe seleccionar Accesory
Application/ClustalW multiple alignment, Run ClustalW. Se obtiene las secuencias
alineadas. Guardar la nueva alineación, que podrá ser editada y utilizada en distintos
programas para construir filogenias.