En genética se denomina desequilibrio del ligamiento a la propiedad de algunos genes de las poblaciones genéticas de no segregar de forma independiente, esto es, poseen una frecuencia de recombinación menor del 50%. Esto suele deberse a que los dos loci implicados se encuentran en el mismo cromosoma, lo que imposibilita su transferencia a la progenie de manera aleatoria con la separación de los cromosomas en anafase.
