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Métodos diagnósticos convencionales y
moleculares para la detección de infecciones
gastrointestinales
Inés Valledor, Silvia Valledor, Claudia Mendoza , Jessica Bueno, C. Seral, F.J Castillo
Presentado por:
Dra. Cristina Seral
Málaga, 12 mayo 2017
Objetivo del estudio:
Realizar una comparación de distintos test rápidos
de PCR a Tiempo Real (Panel gastrointestinal)
respecto a los métodos de diagnóstico rutinario.
Material y métodos
Diagnóstico
qPCR
Diagnóstico rutinario
según petición clínica
N muestras
N muestras
Bacterias
570
517
Virus
570
246
Protozoos
Toxinas
Clostridium
570
256
570
167
570 muestras fecales (Octubre 2016Enero 2017)
Se estudiaron 17 patógenos gastrointestinales
Procedimiento:
1. Extracción DNA a partir de muestras fecales frescas
(“VIASURE DNA-RNA Extraction Kit“)
6 Virus entéricos Gen amplificado
2. Amplificación de ácidos nucleicos mediante PCR
a tiempo real
5 bacterias entéricas
Gen
amplificado
5 protozoos
Rotavirus
NSP3
Salmonella
invA
Giardia lambia
Adenovirus
Hexón
Región genómica
ORF1b
Región
conservada ORF1
Región
conservada ORF2
Región genómica
ORF1
Campylobacter
16 srRNA
Cryptosporidium
Yersinia
ail
E. histolytica
Shigella
ipaH
E. dispar
Clostridium difficile
16S rRNA
Dientamoeba fragilis
CD toxina B
tcdB
Astrovirus
Norovirus GI
Norovirus GII
Sapovirus
Gen amplificado
Región
conservada
18srRNA
5.8 srRNA
Resultados
Muestras
Salmonella enterica
Campylobacter sp
Enteropatógenos
Yersinia enterocolitica
n= 517
Shigella sp
Aeromonas sp
Virus entéricos
n=246
Rotavirus
Adenovirus
Astrovirus
Diagnóstico
rutinario
4,25%
6,90%
0,77%
0,19%
3,80%
Total
16,05%
0,81%
6,09%
0,40%
Protozoos n=256
4,40%
Sapovirus
Cryptosporidium sp
Giardia lambia
N.A
11,70%
0%
1,90%
Entamoeba sp
0,78%
Dientamoeba
N.A
Total
C. difficile n=167
C. difficile GDH
C. difficile tox B
5%
18,50%
1,70%
1,54%
N.A
Total
Total
Total
*Total toxigénicos
19,49%
17,30%
13,70%
16,16%
13,70%
13,70%
81,54%
0,78%
2,70%
0,39%
3,12%
12,50%
E. histolytica
E. dispar
3%
26,74%
5,20%
32,90%
1,60%
1,60%
25,20%
15,04%
Norovirus GI
Norovirus GII
Norovirus
Total
Diagnóstico qPCR
*Total toxigénicos
13,70%
Coinfecciones detectadas por RT-PCR
Bacterias
entéricas
Virus entéricos
Protozoos
C.difficile toxigénico
Bacterias entéricas
n positivas = 139
/
61 (44%)
18 (13%)
12(8,6%)
Virus entéricos
n positivas = 221
61 (27,6%)
/
31 (14%)
19 (8,5%)
Protozoos
n positivas = 96
21 (21,8%)
31 (32,3%)
/
3 (3,1%)
C.difficile toxigénico
n positivas = 50
12 (24%)
19 (38%)
3 (6%)
/
Las coinfecciones más frecuentes mediante coprocultivo fueron entre bacterias
entéricas-virus entéricos 2/83 (2.4%).
Conclusiones
Panel Gastrointestinal – Diagnóstico molecular RT-PCR
Inconvenientes
Ventajas
Cepa
Sensibilidad y especificidad
Identificación a
nivel de especie
Rapidez
Sensibilidad
antimicrobiana
Epidemiología
Detección directa de la
muestra
Coste
Mayor detección de
coinfecciones
Detección de otros
patógenos