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Biotecnología aplicada al mejoramiento genético de la soja
Una experiencia de colaboración en el MERCOSUR
TECNOLOGIAS DE PIROSECUENCIACION DE
ALTO RENDIMIENTO
Gastón Westergaard
Bellavista. Itapúa. Paraguay
5 al 7 de Abril de 2011
Thursday, April 7, 2011
CONCEPTO DE GEN
Thursday, April 7, 2011
CONCEPTO DE GEN
Un gen
Thursday, April 7, 2011
Una enzima
CONCEPTO DE GEN
Thursday, April 7, 2011
Un gen
Una enzima
Un gen
Una proteína
CONCEPTO DE GEN
Thursday, April 7, 2011
Un gen
Una enzima
Un gen
Una proteína
Un gen
Un ARN
CONCEPTO DE GEN
Thursday, April 7, 2011
Un gen
Una enzima
Un gen
Una proteína
Un gen
Un ARN
TRANSCRIPCION
http://www.youtube.com/watch?v=983lhh20rGY
Un gen
Thursday, April 7, 2011
Un ARN
GENOMA
Thursday, April 7, 2011
GENOMA
El genoma representa el contenido de ADN total de una célula,
incluídos los genes y las regiones intergénicas.
Thursday, April 7, 2011
GENOMA
El genoma representa el contenido de ADN total de una célula,
incluídos los genes y las regiones intergénicas.
CODIGO GENETICO
Thursday, April 7, 2011
GENOMA
El genoma representa el contenido de ADN total de una célula,
incluídos los genes y las regiones intergénicas.
CODIGO GENETICO
Thursday, April 7, 2011
GENOMA
El genoma representa el contenido de ADN total de una célula,
incluídos los genes y las regiones intergénicas.
CODIGO GENETICO
The Nobel Prize in Physiology
or Medicine 1968
Robert W. Holley, H. Gobind Khorana,
Marshall W. Nirenberg
Thursday, April 7, 2011
GENOMA
El genoma representa el contenido de ADN total de una célula,
incluídos los genes y las regiones intergénicas.
CODIGO GENETICO
The Nobel Prize in Physiology
or Medicine 1968
Robert W. Holley, H. Gobind Khorana,
Marshall W. Nirenberg
The Nobel Prize in
Physiology or Medicine
1968 was awarded jointly to
Robert W. Holley, Har
Gobind Khorana and
Marshall W. Nirenberg "for
their interpretation of the
genetic code and its
function in protein
synthesis".
Thursday, April 7, 2011
SECUENCIACION DE ADN
La Secuenciación de ADN es un conjunto de métodos y
técnicas bioquímicas cuya finalidad es la determinación del
orden de los nucleótidos (A, C, G y T) en un oligonucleótido de
ADN
Secuenciación por capilares
(Primera generación)
Secuenciación de alto rendimiento
(Seguna generación)
Thursday, April 7, 2011
SECUENCIACION POR SANGER
http://www.youtube.com/watch?v=6ldtdWjDwes
Thursday, April 7, 2011
SECUENCIADOR DE CAPILARES
El Secuenciador Capilares
logra unas 700b de alta
calidad.
En 96 capilares: 67.200b /
corrida
6hs
Un genoma humano:
3.000.000.000b
Unas 45.000 corridas
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
REACCION DE PIROSECUENCIACION
http://www.youtube.com/watch?v=kYAGFrbGl6E
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Estos 4 pasos son:
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Estos 4 pasos son:
• Generacion de una biblioteca de ADN doble hebra
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Estos 4 pasos son:
• Generacion de una biblioteca de ADN doble hebra
• Amplificacion clonal de la biblioteca por una PCR en
emulsion
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Estos 4 pasos son:
• Generacion de una biblioteca de ADN doble hebra
• Amplificacion clonal de la biblioteca por una PCR en
emulsion
• Generacion de datos por secuenciacion via sintesis
Thursday, April 7, 2011
Como trabaja?
Un fragmento = una nanoparticula = una lectura
El proceso de secuenciacion con el FLX lleva 4 pasos,
desde la preparacion de la biblioteca hasta el analisis de
los resultados
Estos 4 pasos son:
• Generacion de una biblioteca de ADN doble hebra
• Amplificacion clonal de la biblioteca por una PCR en
emulsion
• Generacion de datos por secuenciacion via sintesis
• Analisis de los datos por herramientas bioinformaticas
Thursday, April 7, 2011
Genome Sequencer FLX
http://www.roche-applied-science.com/publications/multimedia/genome_sequencer/flx_presentation/wbt.htm
Pirosequencing reaction
http://www.pyrosequencing.com/DynPage.aspx?id=7454
Thursday, April 7, 2011
ASI TRABAJA EL FLX GENOME SEQUENCER
454-ROCHE
http://www.youtube.com/watch?v=bFNjxKHP8Jc
Thursday, April 7, 2011
ASI TRABAJA EL FLX GENOME SEQUENCER
454-ROCHE
1) Preparación de
la biblioteca
http://www.youtube.com/watch?v=bFNjxKHP8Jc
Thursday, April 7, 2011
ASI TRABAJA EL FLX GENOME SEQUENCER
454-ROCHE
1) Preparación de
la biblioteca
2) Amplificación
de la biblioteca
(emPCR)
http://www.youtube.com/watch?v=bFNjxKHP8Jc
Thursday, April 7, 2011
ASI TRABAJA EL FLX GENOME SEQUENCER
454-ROCHE
1) Preparación de
la biblioteca
2) Amplificación
de la biblioteca
(emPCR)
http://www.youtube.com/watch?v=bFNjxKHP8Jc
3) Secuenciación de la biblioteca
Thursday, April 7, 2011
ASI TRABAJA EL FLX GENOME SEQUENCER
454-ROCHE
1) Preparación de
la biblioteca
2) Amplificación
de la biblioteca
(emPCR)
http://www.youtube.com/watch?v=bFNjxKHP8Jc
3) Secuenciación de la biblioteca
4) Análisis bioinformático de las secuencias
Thursday, April 7, 2011
Region 1
Agro
Region 2
No Agro
SoilGeNe first 454 run
Pass filter
control bead
Burbuja de aire
Thursday, April 7, 2011
Failed
SoilGeNe first 454 run -7 Mayo 2010
El Run más exitoso en trainings de Roche a nivel mundial!!!
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Barcoding
Thursday, April 7, 2011
= 192 (12x16)
Thursday, April 7, 2011
X
= 192 (12x16)
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Plataforma de Genómica y
Bioinformática
Thursday, April 7, 2011
soilgene.net
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
TECNOLOGIA SOLID
http://www.youtube.com/watch?v=nlvyF8bFDwM
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
TECNOLOGIA ILLUMINA
http://www.youtube.com/watch?v=HtuUFUnYB9Y
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011
ION TORRENT
http://www.youtube.com/watch?v=yVf2295JqUg
Thursday, April 7, 2011
HELICOS
http://www.youtube.com/watch?v=TboL7wODBj4
Thursday, April 7, 2011
NANOPORE
http://www.youtube.com/watch?v=HbjAMJehSlg
Thursday, April 7, 2011
BIOINFORMATICA
Thursday, April 7, 2011
Actual Scenario Challenge
To manage a Mega-scale amount of information
Thursday, April 7, 2011
Actual Scenario Challenge
To manage a Mega-scale amount of information
Next
Generation
Sequencing
DATA
Thursday, April 7, 2011
Actual Scenario Challenge
To manage a Mega-scale amount of information
Next
Generation
Sequencing
DATA
Thursday, April 7, 2011
Analysis
Actual Scenario Challenge
To manage a Mega-scale amount of information
Next
Generation
Sequencing
DATA
Analysis
We are now facing a tsunami of genome data that
will swamp our storage systems and crush our
computer clusters
(Lincoln Stein, Genome Biology 2010, 11:207)
Thursday, April 7, 2011
SFF
Light
(Standard Flowgram File)
Gs
Sequencer
Gs Run
Processor
Raw images
(800 imagenes, 35 GB)
CWF
(Composite Well Format)
Gs Run
Processor
454
Cluster Titanium
Thursday, April 7, 2011
Data
Analysis
Data Rig
Fasta
454 GSFLX
Zona 4
DataRig 1 Thin Clients
2 CPUs
4 GB
RAM
1
2
35GB/Run
Chromium
Backup
Cabina
7 TB
Cintas
800GB/Cinta
off-site
Thursday, April 7, 2011
20 CPUs
32 GB RAM
3 TB disco
4 nodos
Fedora
.SFF file
48 CPUs
192 GB RAM
3 TB disco
6 nodos
CentOS
Argentum Database server
8 CPUs
32 GB
RAM
2TB
disco
8 CPUs
16 GB
RAM
3TB disco
CentOS
CentOS
Sala de
Servers
Public/Private
Titanium
Sala de
Bioinformát
ica
454-GS FLX
Zona 4
SITE 4
Thursday, April 7, 2011
SITE 3
Biotecnología aplicada al mejoramiento genético de la soja
Una experiencia de colaboración en el MERCOSUR
Bellavista. Itapúa. Paraguay
5 al 7 de Abril de 2011
Thursday, April 7, 2011
Biotecnología aplicada al mejoramiento genético de la soja
Una experiencia de colaboración en el MERCOSUR
MUCHAS GRACIAS
Bellavista. Itapúa. Paraguay
5 al 7 de Abril de 2011
Thursday, April 7, 2011
[email protected]
Thursday, April 7, 2011
Thursday, April 7, 2011