Download SATELITES DEL DNA

BIBLIOGRAFIA
Griffiths et al. (2000)
Klug y Cummings (1999)
Tamarin (1999)
Strachan et al. (1996)
Kaplan et al. (1993)
wwwhttp://www.cbs.dtu.dk/dave/roanoke/genetics.html
POLIMORFISMO GENETICO
Existencia de distintos alelos
POLIMORFISMO
BIOQUIMICO
Detección de
variación a nivel
del producto del
gen: proteínas y
enzimas
POLIMORFISMOS DEL DNA
Variaciones presentes en la
secuencia de bases

GENES DE COPIA UNICA



Codifican genes de proteínas estructurales
generalmente exones: MARCADORES DE TIPO I
DNA REPETIDO : MARCADORES DE TIPO II

SEC. FUNCIONALES
 Familias
de genes que cifran productos
• Familia de genes dispersos: Actinas, Miosina,
• Familia de genes en tandem:Org.nucleolaar
 Sec.

SEC. SIN FUNCION CONOCIDA




Funcio. que no cifran productos: Tel.
Rep. de heterocromatina centromérica
VNTRs, microsatélites, PoliA
Secuencias derivadas de trasposición (trasposones,elm.
Retrotrasponibles, retrovirus): SINES, LINES
DNA SEPARADOR
(el resto no identificado)
POLIMORFISMOS A NIVEL DEL DNA
MARCADORES DE TIPO I
POLIMORFISMOS DE LA LONGITUD DE
LOS FRAGMENTOS DE RESTRICCION
RFLPS
Detección por:
SOUTHERN BLOT
PCR
POLIMORFISMOS A NIVEL DEL DNA
MARCADORES DE TIPO II
POLIMORFISMOS BASADOS EN EL
NUMERO DE SECUENCIAS REPETIDAS EN
TAMDEN: “ Satélites del DNA”
MACROSATELITS
MIDISATELITES
MINISATELITES (VNTRs)
MICROSATELISES (STRs)
SINES, LINES
POLIMORFISMOS A NIVEL DEL DNA
MARCADORES DE TIPO II
POLIMORFISMOS BASADOS EN
MUTACIONES QUE NO ORIGINAN
CORTES POR E.R.
OTROS MARCADORES
SSCPs
ASO
ACRS
RAPs
ESTs
STSs
Origen:
RFLPs
mutaciones
delecciones
insercciones
reordenaciones
Detección Enz. Rest.
Baja variabilidad: exones
DNA de copía única
Detección por PCR y Southern
SATELITES DEL DNA
___________________________________________
TAMAÑO UNID.
METODO
(Kb)
REPETI.
DETECC.
___________________________________________
MACROSATELITS 100-500
20 Kb
Centr.ClCe
MIDISATELITES 200-500
40 bp
Elec.Cam.Pulsa.
MINISATELITES varias
20-40bp
Elec. agarosa
MICROSATELISES bp
20-30rep
Elec. acrilamid
de 1 a 4
nucleótidos
____________________________________________________
INDIVIDUO 2
4
VNTRs
5
6
Región del genoma que contiene
una secuencia central
o “core” que se7 repite un número
variable de veces
8
9 Alta variabilidad: intrones
DNA repetido
10
Detección por E.R
11 y Southern
INDIVIDUO 1
1
1
2
3
4
5
6
7
8
9
1’
1
2
3
4
5
6
7
2
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
2’
1
2
3
4
5
INDIVIDUO 1
3
1
2
3
4
3’
1
2
3
4
1
1
2
2’
3
3’
1
2
3
4
5
6
7
8
1
2
3
4
5
6
7
8
1
2
3
4
5
6
7
1
2
3
4
5
6
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
1
2
3
4
5
INDIVIDUO 2
FUNCIONES DE VNTRs
-Regulación de puntos activos de recombinación
-Control de segregación crs. ( por su localización
centromérica)
- Estabilización crs durante la replicación ( por su
localización telomérica)
- Parece que dan estabilidad a los crs.
MICROSATELITES DEL DNA
STRs
Secuencias del genoma localizadas normalmente
en intrones, que consisten en repeticiones de uno, dos,
tres o cuatro nucleótidos.
CARACTERISTICAS:
-Su polimorfismo radica en el número de repeticiones
- Herencia mendeliana codominante
- Altamente polimórficos ( nº medio de alelos 10)
- se han encontrado en todas las especies conocidas
- muy numerosos y bien distribuidos por el genoma
(cada gen al menos un microsatélite)
- Visualización del polimorfismo por PCR y
electroforesis en gel de poliacrilamida
SSCPs
RAPDs
SNPs (single nucleotide polymorphisms)
Son mutaciones, debidas únicamente a la variación de
un nucleótido.
Características
-99.9 % del genoma ídentico entre dos
individuos:
del 0,1% el 80% son SNPs
Ej. Individuo A: SNPs A: GAACCT
Individuo B: SNPs B: GAGCCT
polimorfismo A por G
SNPs (single nucleotide polymorphisms)
Características
-Variación muy frecuente (1 cada 300bp)
- En humana : 10 a 30 millones SNPs
- Dos posibles alternativas en cada individuo
- Herencia muy estable ( t. mutación 10-6 vs.
Micro., t. mutación 10-3)
- Fácil estandarización ( ni de gel a gel, ni de
lab. a lab)
- Amplificación sencilla
-Metodología un poco más compleja
-Diversas aplicaciones: Enfermedades,
Farmacogénetica, Agricultura, Trazabilidad
Chips de DNA
Muestras de ADN dispuestas de forma ordenada
y unidas a un chip de cristal