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Detección de elementos funcionales en el genoma Predicción de genes Detección ab initio 2 fases Detección de las características de los genes Optimización de las combinaciones de estas características. PREDICCIÓN FINAL DEL GEN Programas: Genefinder, Geneparser, Genie, Grail GENSCAN Genewise, Procrustes, GenomeScan Genómica comparativa Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional Genómica comparativa Secuenciación seguida de análisis genómicos comparativos elemento funcional firma evolutiva firmas evolutivas genes que codifican proteínas genes RNA genes microRNAs Progamas: Twinscan, SGP2, SLAM, Doublescan Exoniphy, N-SCAN Identificación de características de los genes Señales de splicing de intrones Spliceview, Splicepredictor Extremos 3’ señal poliA y secuencia rica en GU Promotores caja TATA, Inr, islas CpG DragonGSF, Eponine, CpGProD, McPromoter, PromH, N-SCAN Genes RNA tRNA Scan-SE, RNA-Decoder microRNAs Loop, estabilidad, cálculo de ΔG Elementos reguladores Para recordar Los métodos de predicción de genes que incorporan información de secuencias ortólogas o de proteínas conocidas son mejores que aquellos que utilizan sólo la secuencia de DNA. Para el reconocimiento de sitios de splicing de intrones, son mejores los métodos de predicción que consideran la estructura 3-D del RNA. Los promotores representan un elemento débil para la predicción computacional, los componentes más fuertes son las islas CpG y la caja TATA. Las técnicas computacionales existentes predicen micro RNAs y sus blancos. Existen numerosas aproximaciones para detectar elementos regulatorios y predecir las regiones expuestas de DNA donde pueden unirse los factores de transcripción.
