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Epidemiología molecular del virus sincitial
respiratorio humano de casos de infección
respiratoria aguda grave en Guatemala, Nicaragua y
Panamá durante la temporada epidémica 2013-2014.
Programa de Influenza y
Otros Virus Respiratorios
Instituto de Investigaciones
Centro de Estudios en Salud
Universidad del Valle de Guatemala
Acuerdo de cooperación CDC – UVG No. 1U01GH001003-02
Patrizia Lupo PhD.
Introducción y Justificación

El Virus sincitial respiratorio humano (VSRh) es una causa importante de morbilidad y
mortalidad en todo el mundo y se ha estimado que provoca aproximadamente
34
millones
de
casos
de
infecciones
respiratorias
agudas
bajas
(IRAB) en niños pequeños menores de 5 años, en el mundo cada año, con más de 3
millones de hospitalizaciones. Su incidencia tiene una clara estacionalidad en climas templados
así como en países tropicales. (Nair at all, 2010).

Hay dos subgrupos VSR-A (12 genotipos) y VSR-B (20 genotipos), estudios filogenético
basados en el análisis de la proteína G han identificado diferentes genotipos. Dominancia VSRON1, VSR-BA.

Hay diferentes subgrupos del VSR con diferentes genotipos circulando en Centroamérica.

En cada país, distintos genotipos son dominantes y pueden circular al mismo tiempo.
Objetivo general:
Caracterizar la epidemiología molecular del VSR en Guatemala, Nicaragua y
Panamá durante la temporada epidémica 2013-2014.
Objetivos específicos
1. Verificar la viabilidad de los ácidos nucleicos y la positividad de VSR de todas
las muestras recibidas, por medio de RT-qPCR.
2. Estimar la prevalencia de los subgrupos A y B del VSR en Guatemala,
Nicaragua y Panamá.
3. Genotipificar la proteína G de los diferentes subgrupos para realizar un análisis
filogenético de los Países involucrados.
4. Asociar los subgrupos VSR-A y VSR-B con la frecuencia de casos positivos de
VSR durante la temporada de VSR en la región de América Central.
Diseño
• Estudio piloto retrospectivo: caracterizar subgrupos y genotipos del virus
sincitial respiratorio que circularon en Panamá y Guatemala durante la
temporada epidémica 2013-2014
• Se utilizaron las muestras almacenadas en los Centros Nacional de
Influenza de Panamá y Guatemala
• Selección aleatoria y proporcional al número de muestras positivas para
VSR para cada trimestre del año: 35 muestras por año/País.
• Guatemala: se utilizaron también muestra recolectadas por el sistema de
vigilancia comunitaria Vico.
Criterios de elegibilidad de la muestra:

Pacientes hospitalizados que cumplen con la definición de caso de
infección respiratoria aguda grave (IRAG).

Una combinación de hisopados de garganta/nasal recolectados en un
tubo con medio de transporte viral (MTV).

Las muestras que dieron positivo al VSR en el laboratorio ( RT-qPCR) o
por IFI.

Alícuota de muestra positiva a VSR almacenada en el laboratorio
nacional.
Metodología

Selección muestras positivas para VSR 2013 y 2014, CT < 30
o positivas por IFI.

RT-qPCR confirmación positivos para VSR.

Amplificación PCR convencional semi-anidado, segunda región
variable del gene-G.

PCR convencional semi-anidado con cebadores F#1 y F#3
internos primera ronda, F#1 y F#2 externo segunda ronda.

Secuenciación en Macrogen, USA: cebadores F#1 y F#3
Wertz GW, Moudy RM. Antigenic and genetic variation in human respiratory syncytial virus. Pediatr Infect Dis J2004; 23(Suppl 1):S19-24.
Análisis de los datos

Análisis de secuencias: programa Sequencer 5.1, alineación: ClustalW y
Muscle en MEGA v.6 (Larkin et al. 2007).

El análisis filogenética ha sido realizada con el programa MEGA v.6 usando el
métodos de Máxima verosimilitud (Tamura et al. 2011) y análisis de bootstrap de
1000 replicas. Las cepas de referencia fueron seleccionadas de la base de datos de
Gene Bank.

Test de neutralidad de Tajima: diferencias aminoacidicas entre las secuencias
analizadas.

Se realizó el análisis estadístico para determinar la asociación entre algunas
características demográficas y los subgrupos del VSR mediante la prueba Chi
cuadrado y el test exacto de Fischer.
Resultados de Panamá y
Guatemala
Alineamiento de las secuencias VSR-A
Árbol filogenético
VSR-A
Alineamiento de las secuencias VSR-B
20 Aminoácidos BA
(ERDTSTPQSTVLDTTTSKHT)
Árbol filogenético
VSR-B
Gua 2014 VSR-BAIX, BAX
Pan 2013-2014 VSR BA
Gua ON1 y NA1 2013-2014
Pan ON1 2013-2014
Distribución de los grupos VSR-A y VSR-B
Panamá
14
12
10
8
6
4
2
0
# de muestras secuenciadas
# de muestras secuenciadas
2013
12
6
4
1
4
3
2
3
4
Trimestre
VSR-A
2014
12
11
10
8
8
6
4
4
2
2
3
1
0
1
2
3
4
Trimestre
VSR-A
VSR-B
VSR-B
Guatemala
2013
2014
16
14
25
14
12
21
20
10
15
9
8
10
6
5
5
4
0
2
0
1
0
1
2
Trimestre
VSR-A
0
2
0
3
4
VSR-B
1
0
0
3
4
Trimestre
VSR-A
VSR-B
Subgrupo dominante por año
Panamá
Año
Muestras VSR+
Muestras procesadas
# (%)
Muestras no
secuenciadas*
# (%)
Subgrupos
# (%)
VSR-A
VSR-B
2013
1313
37 (2,82)
8 (21,62)
13 (44,83)
16 (55,17)
2014
570
35 (6,65)
6 (17,14)
4 (13,79)
25 (86,21)
2013-2014
1883
72 (3,82)
14 (19,44)
17 (29,31)
41 (70,69)
Guatemala
Año
2013
2014
2013-2014
Muestras VSR+
962
263
1225
Muestras
procesadas
# (%)
58 (6,03)
44 (13,31)
102 (8,33)
Muestras no
secuenciadas
# (%)
27 (46,55)
21 (47,73)
48 (47,06)
Subgrupo
VSR-A
31 (100)
1 (4,35)
32 (59,26)
VSR-B
22 (95,65)
22 (40,75)
Conclusiones

En los años 2013-2014 en Panamá hubo co-circulación de los dos subgrupos VSR-A y
VSR-B

El subgrupo VSR-A pertenece al genotipo ON1, VSR-B pertenece al genotipo BA en
particular al GB13-BAIX, BAX.

En Guatemala en el año 2013 hubo circulación de VSR-A genotipo ON1 y una cepa
parece pertenecer al genotipo NA1. En el año 2014 hubo circulación del genotipo VSRBA

Tanto en Guatemala como en Panamá no se encontró ninguna asociación significativa
entre los subgrupos circulantes con la edad y el sexo.

En el año 2014 en ambos Países hubo una baja circulación de VSR y la cepa dominante
fue VSR-B.

El seguir monitoreando los subgrupos circulantes en los Países, junto con los datos
clínicos de la infección nos permiten comprender la evolución, la trasmisión y la
patogenicidad de los genotipos circulantes y contestar a la pregunta si la virulencia
puede estar asociada a estos genotipos emergentes.
Referencias bibliográficas
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Infectious Diseases 208(Suppl 3): 2007–12.
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Virus.” The Journal of general virology 66 ( Pt 10: 2111–24.
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Tamura, Koichiro et al. 2011. “MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance,
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Tran, Dinh Nguyen et al. 2013. “Molecular Epidemiology and Disease Severity of Human Respiratory Syncytial Virus in Vietnam.”
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Trento, Alfonsina et al. 2010. “Ten Years of Global Evolution of the Human Respiratory Syncytial Virus BA Genotype with a 60Nucleotide Duplication in the G Protein Gene.” Journal of virology 84(15): 7500–7512
Trento Alfonsina 2015. “Conservation of G Protein Epitopes in Respiratory Syncytial Virus (Group A) Despite
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Mora D, Alfaro W, Taylor L, Hun L, Rica DC. Original Determinación de subtipos del virus respiratorio sincicial en
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Venkata R. Duvvuri,, Andrea Granados,Paul Rosenfeld, Justin Bahl, Alireza Eshaghi & Jonathan B. Gubbay,
Genetic diversity and evolutionary insights of respiratory syncytial virus A ON1 genotype: global and local
transmission dynamics. Scientific Reports, 5, 14268.
Agradecimientos
CDC, Atlanta

Teresa Peret, CDC
Doctora Neely kaydos, CDC-CAR
Doctor Wilfrido Clará, CDC/CGH/DGHP

Universidad del Valle de Guatemala
 Doctora Pamela Pennington, UVG
 Grupo de Laboratorio de VICO
 John McCraken, Programa IEIP
Panamá




Administración

Astri Alvarado

Elda González

E. Angélica Román
Tecnologías de información

Alexander Ramírez

Juan Carlos Romero

Rafael Gálvez

Víctor Sicajau

Investigación

Director: Jorge Jara
Doctora Lourdes Moreno, Ministerio de Salud
Doctora Yadira de Moltó, Ministerio de Salud
Brechla Moreno, Instituto Conmemorativo Gorgas
Layda Abrego, Instituto Conmemorativo Gorgas

Christian Murray

José Daza

José Tomás Prieto

Juan Pablo Alvis

Rafael Chacón
Guatemala
 Licenciada, Leticia Castillo, Laboratorio Nacional de
Salud
 Doctora Iris Debroy, Ministerio de Salud Publica y
Asistencia Social

Piloto

Francisco Sáenz