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INFORME
Secuenciación completa y grandes rearreglos del gen CFTR
Montevideo, 26 de mayo de 2016
Paciente:
Fecha de nacimiento:
Origen étnico/geográfico:
Xxxx XXXX
Xx/xx/xx
S/D
Tipo de muestra:
Código origen:
Hisopado Bucal
(Remitido)
XX
Análisis solicitado:
Indicación:
Secuenciación completa y grandes rearreglos del gen CFTR
Bronquiectasia crónica…
Médico:
Institución:
S/D
XX
Resultado:
Heterocigota para la variante c.1521_1523delCTT; p.Phe508del (p.F508del)
Heterocigota para la variante c.3849+10kbC>T ; (c.3717+10kbC>T )
Genotipo según HGVS: c. [1521_1523delCTT] (;) [3849+10kbC>T]
Interpretación:
En la posición 117199646 del cromosoma 7 se identificó una deleción de 3 nucleótidos
CTT que provoca la ausencia de un aminoácido a nivel de la proteína manteniendo el
marco de lectura. Según la base de datos CFTR2, esta deleción F508del es causante de
Fibrosis Quística cuando se combina con otra mutación causante de FQ. Además esta
mutación causa insuficiencia pancreática cuando se combina con otra mutación causante
de insuficiencia pancreática.
Identificación:
Género:
S/D
XX
Fecha de toma/recepción:
06/05/2016
Código Interno:
CF-XX
En la posición 117280015 del cromosoma 7 se identificó un cambio nucleotídico C>T que
provoca la creación de un sitio de splicing parcialmente activo en el intrón 19, que genera
la inserción de un ¨exón¨ con un codón de terminación de la traducción prematuro. Este
cambio es causante de Fibrosis Quística cuando se combina con otra mutación causante
de FQ.
Ambas mutaciones están descrita en la base de datos de CFTR1 y de CFTR2.
En el estudio realizado se detectaron 2 variantes causantes de Fibrosis Quística. El
genotipo del paciente es compatible con un diagnóstico de Fibrosis Quística, una
enfermedad recesiva que necesita la presencia de dos mutaciones en TRANS para su
confirmación a nivel molecular.
Notas:
- Para confirmar la coexistencia en TRANS de dichas mutaciones se recomienda analizar la portación de una mutación por cada uno de los padres.
- El resultado de este estudio deberá ser siempre interpretado en el contexto de datos clínicos y familiares.
- Puede ser beneficioso para esta persona y sus familiares un asesoramiento genético-clínico para discutir las implicancias directas e indirectas de éste resultado.
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Los resultados anteriores se refieren únicamente a la muestra ensayada como: CF-72. Este informe no puede ser copiado sin autorización del Laboratorio, salvo en su totalidad.
Metodología NGS:
Extracción y purificación del ADN genómico a partir de la muestra remitida utilizando DNeasy® Blood & Tissue Kit de Quiagen®. Amplificación mediante un
Community Panel para CFTR diseñado con el software Ampliseq ™ para amplificar el gen CFTR y análisis por secuenciación de amplicones mediante PostLightTM Ion SemicondutorSequencing (NextGenerationSequencing) en la plataforma Ion Personal Genome Machine ® System. La amplificación mediante la
utilización de este pool de primers permite amplificar un 100 % de la secuencia codificante del gen CFTR y regiones intrónicasflanqueantes, además de 2 regiones
intrónicas profundas de interés en búsqueda de mutaciones conocidas cómo causantes de FQ (1811+1.6kb A>G y 3849 + 10 kb C>T). Identificación de variantes
con respecto al genoma humano de referencia hg19 (Assembly GRCh37). Se analizan las variantes exónicas y las regiones intrónicas cercanas al exón (distancia
menor o igual a 13 pares de bases). Se utiliza el Software Ingenuity Variant Analysis™ para anotar las variantes encontradas y para el filtrado e interpretación
de la significancia clínica de las mismas. Búsqueda de las variantes detectadas en bases de datos internacionales, entre ellas HGMD, CFTR1, CFTR2 y
bibliografía disponible. Secuencia Referencia CFTR: NM_000492.3.
Secuenciación por el método de Sanger de la región del intrón 8 próxima al exón 9 con repetidos TG y un poli-T.
Limitaciones de la técnica:
Sobre las regiones amplificadas el análisis permite detectar los cambios nucleotídicos simples, así como INS/DEL de hasta aproximadamente 15 pb.
Metodología MLPA:
Extracción y purificación del ADN genómico a partir de la muestra remitida. Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) utilizando el kit - P091-D1
para CFTR de MRC-Holland®. Análisis por secuenciador automático de los fragmentos obtenidos. Estudio de los rearreglos genómicos, duplicaciones y
deleciones, en las regiones codificante del gen CFTR, conteniendo sondas para los 27 exones de CFTR, y una segunda sonda para el exón 1, 11, 13 y 27.
Además se analiza mediante una sonda para el exón 11, la detección del alelo salvaje (wt) para la mutación DF508.
El porcentaje de variantes detectadas utilizando las dos técnicas es mayor al 98%.
Bibliografía y/o bases de datos consultadas:
http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/index.php
http://www.omim.org/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
http://www.genet.sickkids.on.ca/app
http://www.cftr2.org/browse.php
Fin de informe
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Los resultados anteriores se refieren únicamente a la muestra ensayada como: CF-72. Este informe no puede ser copiado sin autorización del Laboratorio, salvo en su totalidad.