Download 1 DesignStudio: expresión de ARN selectiva de - Support

1
DesignStudio: expresión de ARN selectiva de TruSeq
Página
Página de
bienvenida
Navegación
Objetivos del
curso
Demostración
1 de 46
2 de 46
4 de 46
5 de 46
Audio
Le damos la bienvenida a la demostración de la expresión de ARN
selectiva de TruSeq con DesignStudio.
Familiarícese con las opciones de navegación de este curso.
Puede acceder a estas instrucciones en cualquier momento
pulsando el botón de ayuda situado en la esquina superior
derecha de la página.
Al final de esta formación, será capaz de:
-Crear un proyecto mediante el uso de la expresión genética
de DesignStudio
Antes de empezar, asegúrese de haber leído la siguiente nota
técnica que destaca consideraciones importantes para el diseño
de la expresión de ARN selectiva de TruSeq.
El objetivo de esta demostración es mostrar cómo crear un
proyecto con la expresión de ARN selectiva de TruSeq. Pulse
el botón Reproducir para comenzar.
Para crear un proyecto nuevo con DesignStudio para la expresión
de ARN selectiva de TruSeq, primero debe iniciar sesión en
DesignStudio a través de su cuenta de MyIllumina.
La primera página de DesignStudio está compuesta por dos
grandes secciones. La sección Recent Projects (Proyectos
recientes) le permite abrir un proyecto reciente en curso para su
edición o finalización. La sección Project Types (Tipos de proyecto)
enumera los distintos productos que son compatibles con
DesignStudio. Además, la pestaña Project (Proyecto) le permitirá
acceder a una lista completa de todos sus proyectos de
DesignStudio, donde podrá editar, reordenar o eliminar proyectos.
Para crear un nuevo proyecto de ARN selectiva de TruSeq,
seleccione la pestaña Gene Expression (Expresión genética)
y haga clic en Create New (Crear nuevo) debajo de ARN selectiva
de TruSeq.
Introduzca la información básica del proyecto, que incluye
el nombre del proyecto, una descripción y las especies.
Los elementos marcados con un asterisco son obligatorios.
A continuación, seleccione el tipo de proyecto que desea crear.
Hay tres opciones:
- En Custom Project (Proyecto personalizado) puede
seleccionar entre 12 y 1000 objetivos de su elección
- En Fixed project (Proyecto fijo), puede elegir entre los
paneles prediseñados que Illumina ha creado y optimizado
para identificar distintas vías celulares o enfermedades
1
2
-
8 de 46
13 de 46
En Add-on (Complementario), puede seleccionar un proyecto
fijo o un proyecto personalizado pedido previamente y
agregar un mínimo de 12 y un máximo de 1000 objetivos
adicionales de su elección al contenido de base existente
Tras realizar la selección, haga clic en Siguiente.
Si ha seleccionado un proyecto de contenido fijo o complementario,
se le solicitará que seleccione un panel prediseñado único.
Seleccione un panel de la lista disponible y haga clic en Siguiente
para ver los ensayos incluidos en su selección. Si ha seleccionado
un proyecto de contenido personalizado, verá esta página.
Si hace clic en Siguiente, o si originalmente había seleccionado
la opción Custom project (Proyecto personalizado), aparecerá
la página Manage targets (Administrar objetivos).
La página Manage targets (Administrar objetivos) incluye varias
secciones. En la parte izquierda de la página, encontrará la
información básica de los productos, que incluye el nombre del
proyecto, el organismo y el estado del proyecto. A medida que
el diseño avanza por las distintas fases de pedido, el estado del
pedido se reflejará en este cuadro.
El cuadro Design Summary (Resumen de diseño) contiene las
estadísticas del pedido, tales como el número de ensayos, que se
mostrarán en todo momento. En los proyectos complementarios,
se indicará el número de ensayos en el contenido de base y
el número de ensayos agregados. Los ensayos que incluyen
advertencias, tales como los ensayos duplicados, los errores de
ligadura cruzada o las sondas duplicadas, también se incluirán
en el resumen de diseño. Si hay advertencias, no podrá tramitar su
pedido hasta que se hayan rectificado. Más adelante en el módulo
de formación, se ofrecerá una definición de estas advertencias.
Si crea un proyecto complementario, aparecerá un cuadro adicional
con la descripción del contenido suplementario.
El cuadro Filters (Filtros) le permitirá clasificar las regiones o los
ensayos objetivo según distintos criterios, entre los que se incluyen
las etiquetas que puede haber creado y las advertencias de diseño.
Todos los filtros que se aplican se señalan con una marca de
verificación de color verde.
DesignStudio también le proporciona enlaces a material
de formación y recursos útiles.
2
3
14 de 46
Tenga en cuenta que al hacer clic en cualquier símbolo de
interrogación de la pantalla obtendrá más información acerca
de esa función y accederá a la ayuda en línea de DesignStudio.
Antes de empezar, hay información importante que cabe
considerar:
a) El producto de expresión de ARN selectiva de TruSeq dispone
de ensayos prediseñados y optimizados. No puede solicitar
sondas relacionadas con ninguna región del transcriptoma
o transcripciones que no estén anotadas en la base de datos
RefSeq (se pronuncia ref-sik).
b) Muchos de los diseños se han validado experimentalmente.
Estos ensayos se han anotado en la columna de información de
DesignStudio.
15 de 46
16, 17 de 46
c) El flujo de trabajo de ARN selectiva de DesignStudio le permite
seleccionar objetivos y ensayos existentes. Los objetivos son las
regiones que tiene interés en analizar. Pueden ser un gen, una
transcripción, una zona de unión exón-intrón o un SNP ubicado
en una transcripción, conocido también como un cSNP. Un ensayo
es un par específico de sondas diseñado en relación con la región
objetivo que puede abarcar una zona de unión exón-intrón o cSNP.
Si su región objetivo es un gen, puede escoger entre múltiples
ensayos.
Para agregar un nuevo objetivo a su proyecto complementario o
proyecto personalizado, haga clic en el botón de nuevo objetivo.
De esta forma, se abrirán dos pestañas. En la pestaña de
búsqueda, introduzca primero el nombre del gen o la transcripción
de interés. Aparecerán varias opciones, incluidos los ensayos o
los objetivos específicos que pueden contener varios ensayos.
En este ejemplo, agregaremos un objetivo que contiene varios
ensayos. También puede añadir etiquetas a cada uno de los
objetivos. Estas etiquetas servirán como filtros que le permitirán
clasificar los ensayos o los objetivos.
Los objetivos ofrecen una personalización elevada e incluso pueden
llegar a ser tan específicos como una zona de unión exón-intrón.
Se mostrarán en el formato: Gen:transcripción:exón-izquierdo:exónderecho. Los cSNP se mostrarán como Gen:transcripción:exónizquierdo:IDrs
En nuestro ejemplo, hemos introducido “mest” en el campo de
búsqueda.
Después de seleccionar el objetivo, haga clic en el Add Target
(Añadir objetivo).
3
4
18 de 46
22 de 46
Con la pestaña File (Archivo) también puede cargar una larga lista
de objetivos. Eso le permitirá cargar muchos objetivos a la vez
en un archivo .csv. Utilice la plantilla suministrada en el formato
adecuado que le facilitará el proceso.
Cuando haya añadido el objetivo, aparecerá en la ventana
siguiente. Tiene varias opciones para la visualización de sus
objetivos.
Puede ver todos los objetivos, los objetivos que se incluyen en
su diseño o los objetivos que aún no están en su diseño. También
puede ver las regiones objetivo o los ensayos. Tenga en cuenta que
los filtros disponibles cambiarán en función de si visualiza todos los
objetivos o un solo objetivo.
Los objetivos destacados en beige son el contenido de base para
diseños de contenido fijo o complementario. Estos no se pueden
eliminar. Los objetivos de color blanco son regiones personalizadas
que se han añadido manualmente.
Las columnas de la región objetivo incluyen el nombre del objetivo,
el nombre del gen, las posiciones de inicio y fin del cromosoma,
el número de ensayos seleccionados del total disponible para
la región objetivo, la fecha en la que se añadió el objetivo e
información adicional como las advertencias o las etiquetas.
Al hacer clic en el icono azul de la columna relativa a la posición
de inicio y fin del cromosoma, accederá al navegador UCSC,
donde puede ver esta región.
23 de 46
25 de 46
En función del tamaño o la naturaleza del objetivo, puede haber
varios ensayos disponibles. Haga clic en el nombre de la región
objetivo de cualquier objetivo para ver los ensayos disponibles para
esa región concreta. Tenga en cuenta que el hecho de que una
región objetivo aparezca en la tabla no significa necesariamente
que el diseño incluya un ensayo de esa región.
En el caso del ejemplo que mostramos aquí, el objetivo MEST tiene
15 ensayos disponibles, pero ninguno de ellos se encuentra en
el diseño. Para añadir un ensayo al diseño, debe hacer clic en la
región de interés para ver los ensayos disponibles y, posteriormente,
añadirlos. En nuestro ejemplo, hacemos clic en MEST en la región de
interés para obtener la vista del gen.
Esta es la vista del gen para el objetivo “mest” de nuestro ejemplo.
La vista del gen es una representación gráfica de la ubicación de
cada ensayo disponible y se puede acceder a ella haciendo clic
en cualquier objetivo de la página Manage Targets (Administrar
objetivos).
4
5
26 de 46
27 de 46
28 de 46
29 de 46
32 de 46
33 de 46
34 de 46
35 de 46
En esta página hay dos secciones. El gráfico superior denota
todas las isoformas del gen. Las flechas denotan la dirección
transcripcional y las barras verticales, los exones. Debajo de
los genes, encontrará una representación gráfica de los ensayos
disponibles.
Tenga en cuenta que solo se mostrarán los ensayos que se han
seleccionado en la configuración de filtros y que la visualización
predeterminada de DesignStudio establece los ensayos 5', centro
y 3'. Para ver todos los ensayos disponibles, elimine todas las
marcas de verificación de color verde en la configuración de filtros
del menú izquierdo haciendo clic encima.
La mitad inferior de la pantalla ofrece información acerca de cada
uno de los ensayos, incluido el nombre del gen, las transcripciones
identificadas mediante el ensayo, el nombre de la región objetivo,
el cromosoma, la identificación del ensayo y cualquier otra
información adicional.
La columna de información contiene datos importantes como si
un ensayo ha sido validado, identifica una única transcripción o
identifica un cSNP. Las etiquetas 5', centro y 3' identifican ensayos
comunes a todas o la mayoría de las transcripciones en el extremo
de cebado cinco, centro o el extremo de cebado tres del gen.
Tenga en cuenta que también puede filtrar por ensayos.
Al desplazarse por encima de la representación gráfica de un
ensayo, todas las transcripciones identificadas por el ensayo
se destacarán en color naranja. El ensayo propiamente también
se destacará en naranja en la tabla siguiente.
Al hacer clic en el ensayo, todos los elementos asociados se
destacaran en color azul.
Después de revisar la información en el ensayo seleccionado,
seleccione el ensayo de interés haciendo clic en el cuadro situado
a la izquierda y elija una acción del menú. Puede añadir el ensayo
seleccionado al diseño, eliminarlo o exportarlo a Excel.
Todos los ensayos que se encuentran en el diseño tendrán una
marca de verificación de color verde al lado.
A medida que añada o elimine ensayos del diseño, se actualizará
la información del resumen de diseño. Cuando haya seleccionado
todos los ensayos que le interese incluir en su pedido, vuelva a la
pestaña Manage targets (Administrar objetivos).
Tenga en cuenta que ahora la región objetivo analizada debe tener
una cifra de ensayos actualizada que indique el número que incluye
el diseño. También verá que los ensayos que se han incluido en el
diseño tienen una marca de verificación verde al lado.
Antes de tramitar el pedido del proyecto, debe revisar las
advertencias existentes. Hay tres tipos de advertencias de diseño
que se pueden producir en pares de ensayo.
5
6
36 de 46
37 de 46
38 de 46
39 de 46
41, 42 de 46
44 de 46
45 de 46
Ensayos duplicados: Aparecerá una advertencia si se añade el
mismo ensayo o si se selecciona dos veces.
Ligadura cruzada: Aparecerá una advertencia si dos ensayos
seleccionados pueden presentar ligadura cruzada. En este
gráfico, dos sondas de diferentes genes muestran un grado
de complementariedad que provoca una advertencia de ligadura
cruzada.
Ensayos de ULSO/DLSO duplicados u oligonucleótidos de
posición ascendente específicos y oligonucleótidos de posición
descendente específicos: Aparecerá una advertencia si dos
ensayos comparten una misma sonda.
No podrá tramitar su pedido si hay advertencias en los ensayos
seleccionados. En ese caso, se agruparan los pares de ensayos
que presentan advertencias y se les asignará un número de grupo
que se aplicará como una etiqueta. Para proceder con el pedido,
debe eliminar un ensayo del par.
La sección Design Summary (Resumen de diseño) le indicará si hay
advertencias. También aparecerán los filtros correspondientes a las
advertencias de diseño.
Puede hacer clic en estos filtros para ver todos los objetivos que
incluyen advertencias.
Para borrar una advertencia, vaya a la página Manage Targets
(Administrar objetivos) y haga clic en la vista de ensayos.
Verá que debajo del encabezado Filters (Filtros) situado a la
izquierda de la pantalla, aparecen los tipos de advertencias.
Haga clic en uno de los grupos para mostrar los ensayos afectados
en pantalla.
A continuación, seleccione uno de los ensayos para eliminarlo del
diseño.
Tenga en cuenta que solo puede eliminar ensayos personalizados
o complementarios del diseño.
En el menú desplegable, seleccione “Remove from Final Design”
(Eliminar del diseño final) y, a continuación, haga clic en Execute
(Ejecutar). Repita este proceso hasta que no queden errores en el
diseño.
Cuando el diseño ya no contenga advertencias, haga clic en Review
Design (Revisar diseño).
La página Review Design (Revisar diseño) está compuesta de dos
secciones. La parte superior de la pantalla presenta un resumen
de diseño, que incluye los errores. La parte inferior de la pantalla
incluye una lista de todos los ensayos disponibles. También puede
exportar los datos del proyecto mediante el uso de la función
Export (Exportar) tras marcar las casillas de los objetivos que
desee exportar. Cuando haya revisado la información del proyecto,
puede enviar el pedido.
6
7
46 de 46
Curso finalizado
Ha finalizado esta demostración sobre cómo crear un proyecto de
expresión selectiva de TruSeq. Seleccione el botón Siguiente para
continuar.
Enhorabuena.
Ha finalizado el curso. Si desea obtener más información acerca
de la expresión de ARN selectiva de TruSeq, visite la página de
asistencia de kits y reactivos.
7