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Universidad Miguel Hernández de Elche Caracterización genética y molecular de los mutantes icu13 e icu14 de Arabidopsis thaliana Cristina Sala Ripoll Tutores: José Luis Micol Molina Eduardo Mateo Bonmatí Área de Genética Departamento de Biología Aplicada Grado en Biotecnología Facultad de Ciencias Experimentales Curso académico 2013-2014 JOSÉ LUIS MICOL MOLINA, Catedrático de Genética de la Universidad Miguel Hernández de Elche, y EDUARDO MATEO BONMATÍ, contratado predoctoral del Programa Vali+d de la Generalitat Valenciana HACEMOS CONSTAR: Que el presente trabajo ha sido realizado bajo nuestra dirección y recoge fielmente la labor realizada por Cristina Sala Ripoll como Trabajo de Fin del Grado en Biotecnología. Las investigaciones reflejadas en esta memoria se han desarrollado íntegramente en la Unidad de Genética del Instituto de Bioingeniería de la Universidad Miguel Hernández de Elche. José Luis Micol Molina Eduardo Mateo Bonmatí Elche, 4 de julio de 2014. Resumen y Palabras Clave I.- RESUMEN Y PALABRAS CLAVE 0B El rasgo fenotípico más conspicuo de los mutantes incurvata (icu) de Arabidopsis thaliana es la curvatura de sus hojas, a diferencia de las del tipo silvestre, que son casi planas. Esta alteración morfológica sugiere la disfunción de un gen necesario para la organogénesis foliar. En este Trabajo de Fin de Grado se ha contribuido a la caracterización genética y molecular de los mutantes icu13 e icu14. Hemos mejorado la resolución alcanzada en la cartografía previa del gen ICU14: mediante análisis iterativo del ligamiento a marcadores moleculares, hemos delimitado un intervalo candidato a contener ICU14 de 760 kb y 187 genes anotados. Hemos estudiado la anotación de estos genes y seleccionado los que consideramos candidatos más verosímiles por su presunta implicación en procesos relacionados con la función de genes ICU previamente estudiados. icu13 comparte rasgos fenotípicos con varios mutantes afectados en la transducción de la señal de la auxina, como su insensibilidad parcial al ácido indol-3-acético y su patrón de venación incompleto. En este trabajo se ha contribuido a la obtención de dobles mutantes para establecer las eventuales interacciones genéticas de ICU13 con otros genes relacionados con la señalización de la auxina y/o necesarios para el desarrollo vascular. The most conspicuous trait of the incurvata (icu) mutants of Arabidopsis thaliana is leaf curvature, as opposed to wild-type leaves, which are flattened. This morphological alteration suggests that a gene function required for leaf organogenesis is impaired. In this End of Degree Assignment we have contributed to the genetic and molecular characterization of the icu13 and icu14 mutants. We refined the map position obtained in previous genetic analyses of ICU14: by iterative linkage analysis to molecular markers, we defined a candidate interval for ICU14 of 760 kb, encompassing 187 annotated genes. We studied the annotation of these genes and chose the most likely candidates because of their putative implication in processes related to the functions of previously studied ICU genes. The icu13 mutant shares a number of phenotypic traits with other mutants affected in auxin signaling, such as partial insensitivity to indol-3-acetic acid and incomplete venation pattern. We constructed double mutants to study the genetic interactions between ICU13 and other genes related to auxin signaling and/or vascular patterning. Arabidopsis thaliana; Desarrollo foliar; Dorsoventralidad; Cartografía génica; Clonación posicional; Análisis de interacciones genéticas. 1 Conclusiones y Proyección Futura VI.- CONCLUSIONES Y PROYECCIÓN FUTURA 5B En este Trabajo de Fin de Grado se ha contribuido al análisis genético de ICU13 e ICU14, dos de los genes implicados en el desarrollo foliar de Arabidopsis. Se ha conseguido estrechar el intervalo candidato a contener ICU14, que era de 1.2 Mb y 214 genes antes del comienzo de este trabajo, y ha quedado reducido a 760 kb y 187 genes. Este resultado constituye un avance importante en la clonación posicional de ICU14. También hemos estudiado la anotación de los correspondientes genes candidatos, encontrando algunos relacionados con las funciones de genes ICU previamente descritos: la memoria celular mediada por la cromatina, la síntesis o el metabolismo de los miARN y la homeostasis de la auxina. Hemos caracterizado estructuralmente dos alelos mutantes y aparentemente distintos del gen BDL, iaa12-1 e iaa12-10, que han resultado ser idénticos. Hemos realizado cruzamientos que han permitido confirmar la actividad del transgén AXR6pro:AXR6:GFP y evaluar la existencia de interacciones entre alelos mutantes entre genes relacionados con ICU13, todos los cuales participan en la señalización de la auxina. Durante la realización de este trabajo me he familiarizado con diversas técnicas de manipulación de plantas en un laboratorio, como las de cultivo y cruzamiento. También he adquirido experiencia en varios métodos de manipulación de ácidos nucleicos, como la purificación del ADN, amplificación mediante PCR, genotipado de inserciones y marcadores moleculares, y secuenciación de ADN. También he adquirido competencias en el ámbito de la actividad cotidiana en un laboratorio de investigación, y en particular en el del razonamiento genético, llevando a cabo análisis de ligamiento y de interacciones genéticas. 26 Bibliografía Sanger, F., Nicklen, S., y Coulson, A.R. (1977). DNA sequencing with chain-terminating inhibitors. Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA 74, 5463-5467. Sarmiento Mañús, R. (2011). Análisis genético de mutantes variegados de Arabidopsis thaliana. Tesis Doctoral. Universidad Miguel Hernández. Serrano-Cartagena, J., Robles, P., Ponce, M.R., y Micol, J.L. (1999). Genetic analysis of leaf form mutants from the Arabidopsis Information Service collection. Molecular and General Genetics 261, 725-739. Serrano-Cartagena, J., Candela, H., Robles, P., Ponce, M.R., Pérez-Pérez, J.M., Piqueras, P., y Micol, J.L. (2000). 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