Download Catálogo de Servicios Genómicos y Proteómicos CNIO

CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES
ONCOLÓGICAS
RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER
PROGRAMA DE GENÓMICA
CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS GENÓMICOS
I. INFORMACIÓN GENERAL:
NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Genómica
CENTRO DE LA RED: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas (CNIO)
RESPONSABLE GENERAL DE LA UNIDAD: Miguel Ángel Piris
TELÉFONO DE CONTACTO: 91 224 6900
E-MAIL DE CONTACTO: [email protected]
RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Orlando Domínguez
NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO:
E-MAIL DE CONTACTO: [email protected]
TELÉFONO DE CONTACTO: 91 224 6982
FAX DE CONTACTO: 91 224 6972
DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS:
NOMBRE: Unidad de Genómica
INSTITUCIÓN: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
CALLE: Melchor F. Almagro 3
CÓDIGO POSTAL: 28029
LOCALIDAD: Madrid
II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS:
SERVICIOS
OFERTADOS
1. Secuenciación de
DNA
2. Análisis de RNA
(Bioanalyzer 2100)
3. Análisis de
miRNA con chips
Agilent
4. Análisis de
expresión con chips
Agilent
NOMBRE DE
TÉCNICO RESP.
TIEMPO ESTIMADO
DE ENTREGA
(EN DÍAS)
PRECIO
(sin IVA)
O. Domínguez
2
4,2 € /reacción
O. Domínguez
7
60 € /12 muestras *
O. Domínguez
20
350 € /expmnto.
O. Domínguez
20
350 € /expmnto. **
Oferta vigente desde 15/10/2007. Para acceder a estos precios es necesario mencionar la
pertenencia a la RTICCC en la formalización del pedido.
III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS:
1. Secuenciación de DNA
Secuenciación de muestras de DNA (plásmidos o productos de PCR) proporcionadas
por el usuario. El servicio incluye iniciadores genéricos comunes. Más detalles en
http://www.cnio.es/es/servicios/index.asp
2. Análisis de RNA.
Evaluación de muestras de RNA (20-500 ng de RNA total, mensajero o amplificado)
proporcionadas por el usuario mediante la tecnología LabChip de Agilent. El precio se
refiere al empleo de un LabChip estándar con capacidad para 12 muestras. (*) Se ofrece
únicamente en el contexto de los servicios 3 y 4.
3. Análisis de expresión de miRNA
Análisis de miRNA en muestras de RNA total proporcionadas por el usuario mediante
el biochip Agilent miRNA G4470A. En el contexto del programa de subvenciones a
Tecnologías Microarrays promovido por la Fundación Genoma España (FGE). El precio
expuesto se basa en el acuerdo Agilent-FGE 01-10-2007. Se entrega un análisis básico
con resultados normalizados. El precio incluye biochip y otros gastos. Para más detalles
entrar en contacto con el servicio.
4. Análisis de expresión génica (mRNA)
Análisis de muestras de RNA proporcionadas por el usuario mediante 60-mer oligo
microarrays de Agilent. Configuraciones de uno o dos canales. Se entrega un análisis
básico con lista de genes diferencialmente expresados en el sentido y magnitud
correspondiente. El precio varía con el tipo de chip empleado. (**) El precio expuesto
se basa en el acuerdo Agilent-FGE 01-10-2007 y corresponde al análisis de una muestra
hibridada en sistema de canal único a un chip Agilent de genoma humano completo.
Para más detalles entrar en contacto con el servicio.
CENTRO NACIONAL DE INVESTIGACIONES
ONCOLÓGICAS
RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER
PROGRAMA DE GENÓMICA Y PROTEÓMICA
CATÁLOGO DE OFERTA DE SERVICIOS PROTEÓMICOS
I. INFORMACIÓN GENERAL:
NOMBRE DE UNIDAD: Unidad de Tecnología de Proteínas
CENTRO DE LA RED: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
RESPONSABLE DEL GENERAL DE LA UNIDAD: Miguel Angel Piris
TELÉFONO DE CONTACTO: 91-2246900
E-MAIL DE CONTACTO: [email protected]
RESPONSABLE DIRECTO DE LA UNIDAD: Ignacio Casal
NOMBRE DEL TÉCNICO DE SERVICIO:
E-MAIL DE CONTACTO: [email protected]
TELÉFONO DE CONTACTO: 91-2246920
FAX DE CONTACTO: 91-2246972
DIRECCIÓN PARA FACTURACIÓN:
NOMBRE: Unidad de Tecnología de Proteínas
INSTITUCIÓN: Fundación Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas Carlos
III
CALLE: Melchor Fernandez Almagro 3
CÓDIGO POSTAL: 28029
LOCALIDAD: Madrid
DIRECCIÓN PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS: Unidad de Tecnología de
Proteínas. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
NOMBRE: Ignacio Casal, Juan Casado o Antonio Núñez
INSTITUCIÓN: Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas
CALLE: Melchor Fernandez Almagro 3
CÓDIGO POSTAL:
28029
LOCALIDAD: Madrid
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II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS:
SERVICIOS
OFERTADOS
NOMBRE DE
TÉCNICO
RESP.
TIEMPO
ESTIMADO DE
ENTREGA
(EN DÍAS)
15
Geles 2D
Francisco
Fernandez
Geles 2D DIGE
Francisco
Fernandez
15-30
Antonio Núñez
3
Antonio Núñez
3
Juan Casado
3
Juan Casado
5
Juan Casado
15-30
Identificación de
masas por MALDITOF
Huella peptídica
Determinación de
masas por trampa
ionica
Secuenciación
peptídica por
trampa iónica
Determinación de
sitios de
fosforilación
PRECIO DEL
SERVICIO (SIN
IVA)
Consultar precios,
dependerá tamaño
y tinción
Consultar precios,
dependerá tamaño
y tinción
14 €
48 €
(consultar
descuentos por
volumen)
64 €
113 €(consultar
descuentos por
volumen)
505 €
III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS:
Electroforesis bidimensional
La electroforesis bidimensional se lleva a cabo en un sistema Ettan completo
(Amersham). La unidad dispone de cubetas Ettan, fuente Ettan IPGphor, un robot
Ettan TA Spot Picker, un robot Ettan TA Digester y un robot Ettan TA spotter. La
unidad tambien dispone de otras cubetas (Hoeffer y Bio-Rad) para la realización de
geles de otros tamaños inferiores.
Se pueden realizar geles en tres tamaños: 8x7, 16x15 y 26x22 cm y con tres tinciones
diferentes: Coomassie, plata y Sypro rubi. También se realizan geles DIGE para
cuantificaciones de expresión diferencial de proteínas empleando tres fluorocromos:
Cy2, Cy3 y Cy5.
Los geles DIGE se escanean con un Typhoon 9400 (Amersham) dotado de tres láser
para la captura de imágenes. Las imágenes se analizan con el software DeCyder
(Amersham). El recorte de spots se lleva a cabo con el Ettan TA Spot Picker y la
digestión tríptica automática con el Ettan TA Digester.
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Identificación de masas por MALDI-TOF
La unidad dispone de un MALDI-TOF-TOF 4800 Applied Biosystems para el análisis
de masas y determinación de huella peptídica. El equipo ofrece una gran resolución
de masas (+/- 100 ppm).
Identificación de proteínas mediante huella peptídica
La unidad realiza un servicio de identificación de proteínas por huella peptídica
siguiendo la digestión tríptica de los spots seleccionados en los geles 2D o 1D. Se
puede realizar huella peptídica a partir de cualquiera de las tinciones que se ofrecen,
Coomassie, plata o Sypro. A partir de la huella se realiza una búsqueda on-line con
los algoritmos MASCOT y/o ProFound en las bases de datos SwissProt o NCBI y se
seleccionan los targets que superan el “score” adecuado y cubren un porcentaje
mínimo de proteína del 30%. Dado el uso del TOF-TOF se puede realizar MS/MS de
los picos mas intensos para mejorar la identificación del péptido. Toda esta
información se envía al usuario por correo electrónico en un formato definido.
Determinación de masa exacta por trampa iónica
Bajo condiciones desnaturalizantes, las proteínas producen una serie de especies
correspondientes a diferentes estados de carga. La deconvolución de todos los picos
pertenecientes a las mismas moléculas conduce al cálculo preciso de la masa
molecular.
Identificación de proteínas por secuenciación peptídica utilizando LC/MS-MS
(trampa iónica)
Tras digestión de la proteína con una proteasa apropiada (p.e. tripsina), se puede hacer
una carrera cromatográfica en una columna de fase reversa C18 en condiciones nano
o micro-HPLC, conectada on-line a una fuente micro o nano-ESI y al espectrómetro
de masas de trampa iónica. Por fragmentación por colisión de los péptidos y análisis
de las series de iones resultantes se obtiene la secuencia del péptido correspondiente
mediante interrogación utilizando el algoritmo SEQUEST en bases de datos NCBI o
SwissProt.
En el año 2004 se adquirió un equipo de espectrometría de masas por trampa iónica
con fuente de ionización por electrospray y acoplado a un sistema de cromatografía
líquida con nano-HPLC. Concretamente se adquirió el equipo de trampa iónica lineal
LTQ de alta precisión acoplado a un nano-HAPLC Surveyor equipado con
muestreador automático, todo ello de la marca Thermo Finnigan. Este equipo es capaz
de suministrar espectros MS/MS y aplicaciones LC/MS/..../MSn. Asimismo, lleva
incorporado un paquete de software Bioworks 3.1 que incorpora la última versión de
software TurboSEQUEST, para identificación rápida de proteínas en bases de datos
indexadas, incluye web server profesional, O´Reilly y software de cuantificación
ICAT y el programa DeNovox para la secuenciación manual de péptidos de origen
desconocido. Para mejorar la sensibilidad del instrumento se ha adquirido
recientemente (2005) un nano-HPLC Ultimate 3000 (LC-Packings) dotado de la
capacidad de realizar cromatografía multidimensional, para la realización de la
técnica MudPIT.
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Determinación de sitios de fosforilación
La determinación de sitios de fosforilación es un dato importante de cara a la
funcionalidad de gran numero de fosfoproteínas. Esta técnica se lleva a cabo sobre
proteínas purificadas (se pueden utilizar proteínas obtenidas a partir de gel) de las que
se disponga de una cantidad suficiente (al menos una banda visible en un gel teñido
con azul de Coomassie). La posición de los residuos fosforilados se determina
fundamentalmente por dos técnicas: Perdida neutral dependiente de datos (NLDD) y
búsqueda de iones parentales conteniendo grupos fosfato (SIM) seguido de MS3. El
proceso global conlleva múltiples carreras en la trampa iónica.
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