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Acceso al GenBank y sus bases de datos
GenBank
Instrucciones de operación
1) Vamos a trabajar con la especie Drosophila melanogaster primero vamos a acceder al
GenBank (http:\\www.ncbi.nlm.nih.gov). Entraremos a la ventana de All database
observar todas los datos que hay sobre este organismo. Realizar la búsqueda de
algunas publicaciones relacionadas con el tema utilizando el link PubMed.
2) Volviendo al All database entremos a gen y a la derecha de la pantalla encontramos
Search details aquí aclaramos que queremos los datos del gen act5c.
3) Observemos todos los datos iniciales, entre ellos tenemos el link de acceso al gen en la
base de datos. En la solapa de secuencias relacionadas encontramos el genémico en
el que se encuentra nuestro gen. Recuperar la secuencia del genoma cuyo número de
acceso es AE014298.4. Analizar los distintos campos de descripción del archivo.
4) Colocar en la solapa superior el nombre de nuestro gen. Seleccionar a la izquierda el
segundo Sequence (figura 1). En la ventana superior observa una ventana que permite
cambiar a distintas opciones en la secuencia que estamos analizando. En este caso
¿Qué opciones tenemos en relación al gen act5c?
Figura 1: Se observa el grafico correspondiente a las variantes de gen act5c.
5) Regresemos al gen en la parte de mRNA – Proteínas encontramos el links que
corresponde a la isoforma C del gen act5c que es NM_001014726.1 (figura 2).
Obtenemos el Fasta de esta secuencia y colocamos en un archivo .txt
Figura 2: se observa el fasta del gen act5c variante de transcripto C.
Blast
Instrucciones de operación
1) Observando la figura 2: en la misma está marcado con un cuadrado violeta. Si
seleccionamos podemos correr en el programa BLAST la secuencia (En la figura
3 observamos que nos debería aparecer al seleccionar). Cuando queremos
utilizar esta secuencia en otro momento ¿En qué formato tenemos que guardar la
secuencia?
Figura 3: se observa la ventana de blastn en donde cargamos la secuencia Query.
2) Una vez que entramos al Ud. debe:
a) Utilizar la secuencia nucleotídica para buscar secuencias similares con el BlastN
utilizando los valores de los parámetros por default. Guardar las secuencias
recuperadas en un archivo con formato FASTA múltiple.
b) Ahora contrastar especificando el organismo.
c) Filtro de baja complejidad: activo o inactivo
d) Valor E: disminuirlo o aumentarlo
e) Longitud de la palabra: modificarla
f)
Obtener la secuencia en formato Fasta de la actina de Mus musculus y guardar
en un archivo .txt.
3) Utilizando los archivos .txt de actina Mus musculus y Drosophila melanogaster,
realizar un Blast two Sequences (bl2seq) para comparar ambos genes.
Figura 4: Página de entrada al programa BLAST.
Dynamic Programming Methods (DPM)
1) En la siguiente matriz debe completar siguiendo las reglas correspondientes y
hallar el/los mejores alineamientos en cada caso.
A
A
A
G
T
G
A
A
A
C
G
T
G
A