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vin molecular epidemiology
Docentes:
vModular exercise I: Foodborne disease outbreak
vAnalysis of similarity and relatedness in molecular epidemiology
Judy Natalia Jiménez Quiceno. MSc, PhD.
Docente Escuela de Microbiología, Universidad de Antioquia
Martes 1 de diciembre de 2015
Zulma Rueda Vallejo, MD, PhD.
Docente Escuela de Ciencias de la Salud, Universidad Pontificia Bolivariana.
Dr Lee Riley
vStudy design in molecular epidemiology: Stratification and refinement of
data
vInvestigation of outbreaks and sporadic infectious diseases
vModular exercise II: Salmonellosis in Rio de Janeiro
vConcept of pathovar vs nonpathovar; Identifying pathogen biologic
determinants of disease transmission
Miércoles 2 de diciembre de 2015
Dr Lee Riley
Molecular epidemiology of hospital-associated and communityacquired antimicrobial resistant infections
vMolecular epidemiology of drug-resistant Gram-negative bacterial
infections
Camilo Andrés Ramírez. MSc, PhD.
Docente Instituto de Biología, U. de Antioquia
Profesores invitados:
Lee Riley, MD, PhD.
Professor of Epidemiology and Infectious Diseases, Chair Division of
Infectious Diseases and Vaccinology, School of Public Health, University of
Berkley. USA.
Barry Kreiswirth, MD, PhD.
Director of Public Health Research Institute Center- PHRI.
New Jersey Medical School – Rutgers.
The State University of New Jersey. USA.
Barun Mathema, MD, PhD
Assistant profesor of Epidemiology
Mailman School of Public Health
University of Columbia. USA.
Inscripciones
vNext-generation molecular epidemiology
Jueves 3 de diciembre de 2015
Barry Kreiswirth y Barun Mathema
vPrinciples and approaches of evolutionary epidemiology
vApplication of evolutionary principles to infectious disease epidemiology
Viernes 4 de diciembre de 2015
Duración de la curso: 92 horas
Ingrese a http://reune.udea.edu.co
Haga clic en la imagen de "Cursos y eventos”
En "Unidad Académica o Administrativa" Seleccione "Escuela de
Microbiología"
Ÿ Haga clic en "Consultar" para realizar la búsqueda.
Ÿ Seleccione “Curso: Epidemiología molecular y evolutiva de bacterias
patógenas”
Ÿ Haga clic en "Inscribirme"
Ÿ Diligenciar el formulario, sin dejar de llenar los campos obligatorios.
Ÿ Realizar la preinscripción.
Ÿ Envíe copia del pago realizado al correo [email protected]
Ÿ Recibirá un correo confirmando la inscripción al curso.
Ÿ
Ÿ
Fecha límite de inscripción: Julio 17 de 2015
Valor del curso:
Curso y workshop: $ 1´500.000
Workshop: $ 750.000
Horarios:
Módulos 1, 2 y 3: Viernes de 8:00 a.m. a 12:00 m.
Módulo 4 Workshop: 30 de noviembre al 4 de diciembre de 8:00 a.m. a
Barry Kreiswirth y Barun Mathema
vPhylogenetic sequence analysis for the study of outbreaks and
Dirigido a: Profesionales o Investigadores en el área de enfermedades
infecciosas.
Estudiantes de Maestría y Doctorado en: Epidemiología, Microbiología y
Bioanálisis, Biología y Ciencias Básicas Biomédicas
Fecha de inicio y finalización: 31 de julio al 4 de diciembre de 2015
v Modular exercise: Acinetobacter baumanii blood stream infection in an Ob-
Gyn ward
CURSO
Epidemiología molecular y evolutiva
de bacterias patógenas
Contacto:
12:00 m y de 2:00 p.m. a 5:00 p.m.
transmissioCase study: Application evolutionary analyses to current
Centro de Investigación y Extensión
important and problems in infectious disease: Micro-evolution of MDR M.
Escuela de Microbiología
Lugar:
tuberculosis, MRSA and Carbapenem resistant K. pneumoniae.
Teléfono: 219 54 82 - 219 84 93
Módulos 1, 2 y 3: Jueves o Viernes.
Facultad Nacional de Salud Pública (UdeA)
E-mail: [email protected]
Requisitos:
Estadística y Epidemiología y/o Biología Molecular.
El estudiante puede certificar los requisitos de Estadística y
Epidemiología y/o Biología Molecular y homologar los módulos
correspondientes para el curso, si ha visto cursos previos sobre esta
temática.
Ÿ El módulo de “Fundamentos y Avances en Epidemiología Molecular y
Evolutiva de Infecciones Bacterianas” se dictará en Inglés.
Módulo 4: Workshop en Inglés
Sede de Investigación Universitaria -SIU- Auditorios
Ÿ
Organizan
La Universidad se reserva el derecho de suspender parcial o totalmente el curso y workshop, en caso de no
cumplir el punto de equilibrio. Los dineros percibidos por concepto de inscripciones serán devueltos a los
aspirantes, bajo los parámetros que para tal efecto tiene la Universidad. El curso y workshop será certificado
con base en un nivel de asistencia superior al 80%. Los horarios y lugares de los talleres pueden cambiar de
acuerdo a la disponibilidad de espacios de la Universidad de Antioquia. Dicha información podrá ser
consultada en la programación del curso y workshop.
Linea de Epidemiología Molecular Bacteriana.
Grupo de Microbiología Básica y Aplicada.
Programa de Maestría en Microbiología y Bioanálisis.
Escuela de Microbiología.
ESCUELA
DE MICROBIOLOGÍA
Programa de Doctorado en Epidemiología.
Facultad Nacional de Salud Pública.
http://microbiologia.udea.edu.co
Presentación:
Unidad 4: Diseños epidemiológicos para estudios analítico.
vComparación genómica: Índice ANI
Este curso pretende introducir conceptos básicos y avances en las ramas
vDiseños de casos y controles, de cohorte y ensayos clínicos controlados
Unidad 2: El origen de las especies: Teoría evolutiva
de la epidemiología molecular y evolutiva de enfermedades infecciosas.
aleatorizados: Descripción, utilidad, ventajas y desventajas de cada diseño.
vQué es una especie? Por qué hay diversidad de conceptos de especie?
Los temas a tratar incluyen: fundamentos en epidemiología, fundamentos y
Unidad 5: Proceso de inferencia en estudios epidemiológicos.
vDarwin y el problema del diseño: Descendencia con modificación
utilidad de los métodos de tipificación usados en epidemiología molecular,
vDistinción entre asociación y relación causal.
vBases de la evolución: Ancestro común, selección natural y fitness
conceptos básicos sobre genética de poblaciones y teoría evolutiva en
vSesgos, confusión y modificación de efecto.
vImportancia de la variación fenotípica y genética y bases de su origen.
bacterias, epidemiología molecular y evolutiva de enfermedades
Unidad 6: Análisis de datos en investigaciones epidemiológicas
vUn nuevo reto: Son las especies "tipos de organismos"?
infecciosas bacterianas.
convencionales.
Unidad 3: Especies y evolución
vProceso de análisis de datos más comúnmente usados en estudios
vConceptos de especie a la luz de la evolución
epidemiológico: Análisis univariado, bivariado, estratificado y multivariado.
vDivergencia vs Cohesión en poblaciones: Factores de divergencia:
vPlan de análisis: qué es y por qué es importante construirlos
Mutaciones, transferencia horizontal.
enfermedades infecciosas.
Módulo 2: Fundamentos en Tipificación Molecular microbiana
vOrigen y evolución de las especies: Cladogénesis y anagénesis.
Objetivos específicos:
Unidad 1: Métodos de tipificación Molecular empleados en Estudios
Unidad 4: Especies bacterianas
1.Comprender los principales diseños de estudios epidemiológicos en la
Epidemiológicos
v¿Existen especies en bacterias?
investigación biomédica, con un énfasis particular en preguntas de
vMétodos moleculares basadas en ADN.
vLimitaciones de la fenética.
investigación relacionadas con datos moleculares.
vTipificación Molecular
vEspecies bacterianas como unidades ecológicas y evolutivas
Objetivo general:
Comprender los fundamentos, avances y
aplicaciones de la
epidemiología molecular y evolutiva para el abordaje de problemas en
vAnálisis de varianza genética y evolución de poblaciones.
vConcepto biológico de especie y bacterias
2. Comprender el fundamento, ventajas y desventajas de los principales
métodos de tipificación molecular utilizados en la epidemiología de
enfermedades infecciosas.
3. Comprender los principios básicos de la genética de poblaciones y teoría
evolutiva en bacterias.
4. Aplicar los principios epidemiológicos básicos para la interpretación
crítica de estudios en epidemiología molecular y evolutiva.
5. Conocer y analizar modelos de estudios en epidemiología molecular y
vCuando y como usar un método de tipificación molecular.
vEvidencias de la especiación ecológica de bacterias.
vMétodos para Epidemiología Global y Local.
Unidad 5: Selección natural en bacterias
Unidad 2: Métodos de tipificación basados en PCR
vCómo sucede la selección natural en procariotas.
vPCR convencional, RT- PCR, tipificación basada en elementos repetidos,
vRasgos y adaptaciones.
PCR-secuencias aleatorias, PCR regiones inter-espaciadas.
Unidad 3: Métodos de tipificación de elementos extra-cromosomales
vNicho y selección natural periódica.
vDemarcación de ecotipos.
vTipificación de elementos genéticos móviles, análisis de conjugación.
v Técnicas para identificar clados de importancia ecológica-fenotípica
Unidad 4: Métodos de tipificación basados en genoma completo
(e.g. “reloj molecular”, entre otros).
evolutiva de patógenos bacterianos de importancia en salud pública a
vElectroforesis en gel de campo pulsado: PFGE, RFLP, AFLP.
vPrincipios empíricos y experimentales para evaluar pertenencia al
nivel mundial.
Unidad 5: Métodos de tipificación basados en secuencias
mismo nicho.
vMLST, MLVA, SNPs, spa, VNTR, SNPs.
vUnidades de selección en procariotas.
Contenidos:
Módulo 1: Fundamentos en Epidemiología
Unidad 1: Raciocinio epidemiológico, dinámicas de transmisión y
Unidad 6: Comparación de secuencias de Genoma completo
Unidad 6: Ancestro común en bacterias
vTipificación de Genoma Completo en Bacterias.
vEvidencias de ancestro común: Similaridad, fósiles y biogeografía
vMetodologías empeladas.
vInferencias filogenéticas: Parsimonia vs verosimilitud
vEstudios epidemiológicos basados en genoma completo.
vPrincipales técnicas para construir los árboles para inferir la evolución
vComparación con otros métodos de tipificación.
panorama de diseños comúnmente usados.
vDelimitación de la epidemiología mediante comprensión de su raciocinio.
de bacterias con marcadores moleculares.
vTransferencia vertical vs transferencia horizontal
Módulo 3: Evolución y sistemática bacteriana
vÁrboles o redes filogenéticas
Unidad 2: Vigilancia epidemiológica e investigación de brotes.
vDeber ser, componentes y atributos de un sistema de vigilancia.
Unidad 1: Diversidad bacteriana y orden natural
Módulo 4: Fundamentos y Avances en Epidemiología Molecular y
vIlustración de proceso de investigación de brotes con ejemplo.
vSistema actual de clasificación bacteriana: Lineo y jerarquías anidadas
Evolutiva de infecciones bacterianas: Workshop.
Unidad 3: Diseños epidemiológicos para estudios observacionales.
vEl concepto "oficial" de especie en bacterias
vDiseños de corte transversal (encuestas de prevalencia) y ecológicos.
vClasificación polifásica: Preponderancia del fenotipo
Lunes 30 de noviembre de 2015
vDescripción, utilidad, ventajas y desventajas de cada diseño.
vHibridación ADN-ADN.
Dr Lee Riley
vSecuencia del ARNr 16S
vPrinciples and approaches: principles of epidemiology; laboratory tools used