Download análisis de polimorfismos genéticos en el exón xii del gen dbh

ANÁLISIS DE POLIMORFISMOS GENÉTICOS EN EL EXÓN XII DEL GEN
DBH BOVINO
MARCELA SANTAMARÍA LÓPEZ
NATHALY VALENCIA HERNÁNDEZ
CORPORACIÓN UNIVERSITARIA SANTA ROSA DE CABAL, UNISARC
FACULTAD DE CIENCIAS PECUARIAS
PROGRAMA DE ZOOTECNIA
SANTA ROSA DE CABAL
FEBRERO DE 2016
ANÁLISIS DE POLIMORFISMOS GENÉTICOS EN EL EXÓN XII DEL GEN
DBH BOVINO
MARCELA SANTAMARÍA LÓPEZ
NATHALY VALENCIA HERNÁNDEZ
Trabajo de grado presentando como requisito para optar al título de
Zootecnistas
Directora
JULIA VICTORIA ARREDONDO BOTERO
Zootecnista, Ph.D.
CORPORACIÓN UNIVERSITARIA SANTA ROSA DE CABAL, UNISARC
FACULTAD DE CIENCIAS PECUARIAS
PROGRAMA DE ZOOTECNIA
SANTA ROSA DE CABAL
FEBRERO DE 2016
TABLA DE CONTENIDO
Pág.
RESUMEN
8
ABSTRACT
8
INTRODUCCIÓN
8
1.
PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA
10
2.
JUSTIFICACIÓN
12
3.
OBJETIVOS
14
3.1
OBJETIVO GENERAL
14
3.2
OBJETIVOS ESPECÍFICOS
14
4.
MARCO TEÓRICO
15
4.1
RAZAS BOVINAS EN ESTUDIO
15
4.1.1
Raza brahman
15
4.1.2
Raza blanco orejinegro (BON)
16
4.1.3
Raza de Lidia
18
4.2
EJE HPA Y SISTEMA SIMPÁTICO ADRENAL
20
4.2.1
La noradrenalina
21
4.3
ENZIMA DHB
21
4.4
POLIMORFISMOS GENÉTICOS
22
4.5
LA VARIABILIDAD GENÉTICA O DIVERSIDAD GENÉTICA
23
5.
METODOLOGÍA
25
5.1
MUESTRA DE ANIMALES
25
5.2
CONDICIONES DE AMPLIFICACIÓN Y SECUENCIACIÓN
25
5.3
ANÁLISIS ESTADÍSTICO
25
6.
RESULTADOS
26
6.1
AMPLIFICACIÓN DEL FRAGMENTO DE 720 PB EN EL EXÓN XII DEL GEN
DBH BOVINO
26
6.2
SECUENCIACIÓN, EDICIÓN Y ALINEAMIENTO DE LAS MUESTRAS
26
6.3
DETERMINACIÓN DE HAPLOTIPOS Y GENOTIPOS Y SUS FRECUENCIAS
EN CADA UNA DE LAS RAZAS
27
6.3.1
Haplotipos
27
6.3.2
Genotipos
29
6.4
ANÁLISIS DEL GRADO DE ESTRUCTURA Y DIFERENCIACIÓN GENÉTICA
DE LAS RAZAS
31
7.
DISCUSIÓN
32
8.
CONCLUSIONES
34
BIBILIOGRAFÍA
35
LISTA DE TABLAS
Pág.
Tabla 1. Tipos de producción ....................................................................... 19
Tabla 2. Técnicas moleculares usadas en análisis de diversidad genética ........... 24
Tabla 3. Haplotipos encontrados, sitios polimórficos y frecuencias en las razas
analizadas ..................................................................................... 29
Tabla 4. Frecuencias genotípicas, alélicas y desviación del equilibrio HW (p < 0,05)
para cada sitio polimórfico en las tres razas....................................... 30
Tabla 5. Análisis de varianza molecular (AMOVA)............................................ 31
Tabla 6. Valores de FST entre las poblaciones ................................................. 31
LISTA DE ILUSTRACIONES
Pág.
Ilustración 1. Esquema de la respuesta general al estrés ................................ 20
Ilustración 2. Ruta biosintética y metabólica de las catecolaminas .................... 21
Ilustración 3. Estructura del gen DBH bovino, ubicación de intrones, exones y
polimorfismos de nucleótido simple........................................... 22
Ilustración 4. Fragmento amplificado de 720 pb ............................................. 26
Ilustración 5. Electroferograma del producto amplificado ................................ 26
Ilustración 6. Alineamiento de las secuencias consenso y la secuencia
rs109805094 con el programa Mega 6 ...................................... 28
Ilustración 7. Frecuencias genotípicas en cada una de las razas ....................... 30
RESUMEN
La enzima Dopamina Beta Hidroxilasa (DBH) es clave en la producción de
noradrenalina, hormona fundamental en la respuesta a situaciones que requieren
mayor desempeño físico como la fuga o el ataque. Hasta ahora la investigación del
componente genético del temperamento en bovinos ha sido escasa, por tal motivo
se hizo el análisis de polimorfismos existentes en el Exón XII del gen DBH bovino
para determinar las variaciones que se presentan en poblaciones de las razas
Blanco orejinegro (BON) y de Lidia, pertenecientes a la especie Bos taurus, y la
raza Brahman, del Bos indicus, mediante la secuenciación de dicho exón.
Información útil en futuras estrategias de selección y de manejo del ganado
bovino, pues existe evidencia confiable de que la docilidad tiene una moderada a
gran variación genética y puede responder a presión de selección.
Palabras claves: enzima, haplotipos, noradrenalina, nucleótido, secuenciación,
temperamento.
ABSTRACT
Dopamine beta -hydroxylase is a key enzyme in the production of noradrenaline,
wich is essential in response to situations that require greater physical
performance as escape or attack. So far the investigation of genetic component of
temperament in cattle has been limited. Analysis of polymorphisms in exon XII of
bovine DBH gene was done to determine variations that occur in populations of
breeds Blanco Orejinegro and Lidia, both Bos taurus, and Brahman, which is Bos
indicus, by secuenciation of this exón. This information is useful for selection and
management of cattle strategies, due to there is reliable evidence that docility has
a moderate to high genetic variation and can respond to selection pressure.
Key words:
temperament
enzyme,
haplotypes,
norepinephrine,
nucleotide sequencing,