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ANÁLISIS DE GENOMAS DE PATÓGENOS.
Patricia Landaverde
Es todo el ADN que un
organismo contiene.
€ 1920, Hans Winkler
abreviatura de
palabras gene y
cromosoma.
€
Tamaño de algunos tipos de
genomas
Organismo
Tamaño Genoma
(pares de bases)
Fago λ
5×104
Escherichia coli
4×106
Levadura
2×107
Caenorhabditis
elegans
8×107
Drosophila
melanogaster
2×108
Humano
3×109
€
Prueba genética
€
Tratamiento de
enfermedad
€
Genómica microbiana
€
Bioarqueología.
€
Antropología
€
Evolución
€
Paleogenética
€
Filogenómica
• Genealogia de genes
• Dificultad para unir
diferentes tipos de
analisis.
• Hay información que
escapa a la
capacidad de genes
individuales “función
de intrones”, arreglos
genomicos,
realciones
epigeneticas, etc.
•
Con la revolución de la
tecnología, ya existen
nuevas herramientas.
•
ION TORRENT
ƒ http://www.iontorrent.
com/
€ Es
una plataforma
de análisis de
genomas en
interface Unix.
€ Unix, es un sistema
adaptable y libre, de
uso para redes
(internet, y
.
.
workstation,
etc)
€ Objetivo.
Comparar el
resultado
generado por
diversos
programas.
€ Usa modelos para
procariota y
eucariotas.
€
€
€
Se utiliza la
herramienta de
comparación de Artemis
(ACT).
Se utiliza para comparar
la secuencia posición y
arreglos genómicos de
secuencias de especies
diferentes.
Se analiza:
ƒ
Evolución genómica y para
buscar o probar modelos
de genes.
Sirve para revisar y
comparar la calidad de
diferentes secuencias que
pueden ser de la misma
especie.
€ Complicaciones en el
ensablaje del genoma.
€ Puede indicar sitios con
problemas de
secuenciacion o SNP.
€
Utiliza lenguaje de
programación de DOS,
UNIX y PERL (Practical
Extraction Report
Language).
€ Esto debido a la cantidad
de información que reta
la capacidad de los
programas de análisis.
€
Como una aplicación
derivada del análisis
de arreglos genómicos
y presencia y
ausencia de
secuencias.
€ Se espera resolvería
problema de filogenia
del gen vs filogenia
de especie.
€
€ Permite
busqueda de información de
genes, blast, dominios en una proteina.
€ Pagina de EMBL-EBI que contiene
secuencias de genomas.