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ANÁLISIS DE GENOMAS DE PATÓGENOS. Patricia Landaverde Es todo el ADN que un organismo contiene. 1920, Hans Winkler abreviatura de palabras gene y cromosoma. Tamaño de algunos tipos de genomas Organismo Tamaño Genoma (pares de bases) Fago λ 5×104 Escherichia coli 4×106 Levadura 2×107 Caenorhabditis elegans 8×107 Drosophila melanogaster 2×108 Humano 3×109 Prueba genética Tratamiento de enfermedad Genómica microbiana Bioarqueología. Antropología Evolución Paleogenética Filogenómica • Genealogia de genes • Dificultad para unir diferentes tipos de analisis. • Hay información que escapa a la capacidad de genes individuales “función de intrones”, arreglos genomicos, realciones epigeneticas, etc. • Con la revolución de la tecnología, ya existen nuevas herramientas. • ION TORRENT http://www.iontorrent. com/ Es una plataforma de análisis de genomas en interface Unix. Unix, es un sistema adaptable y libre, de uso para redes (internet, y . . workstation, etc) Objetivo. Comparar el resultado generado por diversos programas. Usa modelos para procariota y eucariotas. Se utiliza la herramienta de comparación de Artemis (ACT). Se utiliza para comparar la secuencia posición y arreglos genómicos de secuencias de especies diferentes. Se analiza: Evolución genómica y para buscar o probar modelos de genes. Sirve para revisar y comparar la calidad de diferentes secuencias que pueden ser de la misma especie. Complicaciones en el ensablaje del genoma. Puede indicar sitios con problemas de secuenciacion o SNP. Utiliza lenguaje de programación de DOS, UNIX y PERL (Practical Extraction Report Language). Esto debido a la cantidad de información que reta la capacidad de los programas de análisis. Como una aplicación derivada del análisis de arreglos genómicos y presencia y ausencia de secuencias. Se espera resolvería problema de filogenia del gen vs filogenia de especie. Permite busqueda de información de genes, blast, dominios en una proteina. Pagina de EMBL-EBI que contiene secuencias de genomas.