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Habilidades para la búsqueda de
información biomédica
Iñaki Gutiérrez Ibarluzea
Servicio de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (Osteba)
Departamento de Sanidad - Gobierno Vasco
Objetivos del taller
Dotar a los participantes de los conocimientos
teóricos y de las habilidades prácticas
necesarios para elaborar estrategias de
búsqueda de información relevante, que
resuelvan lagunas de conocimiento
específicas en biomedicina
Objetivos del taller






Aprender a elaborar preguntas de búsqueda pertinentes.
Conocer la estructura básica de la información recogida en
las diferentes bases de datos.
Aprender a seleccionar y priorizar bases de datos
informáticas dependiendo de la pregunta de búsqueda.
Diseñar y testar estrategias de búsqueda adaptadas a las
necesidades de información.
Realizar un análisis de relevancia de las información
recuperada.
Apreciar las limitaciones de la exhaustividad y la
importancia de la precisión en una búsqueda bibliográfica
en biomedicina.
Material curso
Manuales: Tripdatabase, Pubmed,
Cochrane, Enlaces, ETESA.
 Hojas de elaboración de preguntas y
traducción al lenguaje documental y hoja
de enumeración de bases de datos

Necesidad de información
Una información adecuada y de calidad es
la base de las decisiones a todos los
niveles:
- Investigación básica
- Planificación de estrategias
- Gestión de programas
- Desarrollo de actividades preventivas
Problemática en la Recuperación
de Información Actualizada

Aumento de la documentación científica
(information overload)

Nuevas fuentes de información
– Revistas con resúmenes estructurados y
comentarios clínicos
– Revisiones sistemáticas: Cochrane Library

Acceso a Bases de Datos Bibliográficas
Otros problemas en la utilización
de la información científica
• Manejo de la información
• Sesgo de publicación
• Barreras idiomáticas
• Calidad de los estudios
• Integración de los resultados
• Actualización de los datos
• Dispersa ampliamente/poco indizada
• La búsqueda ideal es una perdida de tiempo salvo en
investigación básica
• No es posible saber que hemos encontrado todo
Gran volumen de información
disponible
Sólo en biomedicina: más de 16.000
revistas
 Medline:
 16 millones de citas
 4 millones desde 1993
 40.000 citas nuevas por mes
 > 4.600 revistas

“If a man will begin with certainties, he shall
end in doubts; but if he will be content to
begin with doubts, he shall end with
certainties”
Francis Bacon in “The advancement of learning” (1605)
Búsqueda
¿Qué?
¿Cómo?
¿Cuánto?
¿Dónde?
Búsqueda inicial
Tengo un paciente hipertenso
¿Lo trataría con fármacos para
prevenir un infarto cerebral?
Pasos en el desarrollo
de una búsqueda
1-Formular una
pregunta clínica o el
tema a investigar
2-Identificar
las bases de
datos adecuadas
3-Definir la estrategia de búsqueda (adaptarnos a la base de datos)
Dividir la pregunta
en términos de
búsqueda
4-Realizar la búsqueda
Determinar los
operadores
booleanos
Usar el tesauro o
vocabulario
controlado adecuado
5-Analizar críticamente
los resultados
7- Contestar a la pregunta
6-Depurar la
búsqueda si fuera
necesario
1-Formular una pregunta clínica o
el tema a investigar
“Quien no sabe lo que busca, no puede
interpretar lo que encuentra”.
Es preferible acometer
una evaluación
aproximada de una
buena pregunta que
elaborar la respuesta
exacta a una mala
pregunta (Feinstein)
“La pregunta bien formulada”:
. Intervención o exposición
. condición de interés
. población
. outcomes (resultados)
Escenario
Diagnóstico
 Pronóstico
 Etiología
 Tratamiento o prevención
 Impacto económico

Formular el problema
Problema
Pacientes o
población

Patología o
condición
¿Cómo
describiría un
grupo de
pacientes similar
al mío?
Intervención
Intervención ó
Éxposición
¿Qué
intervención
principal estoy
considerando?
Comparación Resultados
Intervención o
exposición
alternativa en el
caso de existir
Resultados que
se quiere
considerar para
valorar su
impacto
¿Cuál es la
¿Qué puedo
alternativa
esperar obtener
principal con la de esta
que puedo
intervención? ó
comparar la
¿Qué efecto
intervención o la puede causar
exposición?
realmente esta
exposición?
Ejemplo
Problema
Pacientes o
población
Patología o
condición
Intervención


Intervención
ó
Éxposición
¿En los pacientes ….el tratamiento
con cáncer de
quimioterápico
estómago
adyuvante…
localizado y
actualmente
clínicamente libres
de la enfermedad..
Comparación
Resultados
Intervención
alternativa en el
caso de existir
Resultados que se
quiere considerar
para valorar su
impacto
…
…resulta efectivo
en términos de
incremento de
supervivencia y
calidad de vida?
¿El tratamiento farmacológico
de la HTA previene los infartos
cerebrales?
En nuestra pregunta
Problema
Pacientes o
población
Intervención


¿En los pacientes
hipertensos…
Patología o
condición
ó
Éxposición
….el tratamiento
farmacológico…
Comparación
Resultados
Intervención
alternativa en el
caso de existir
Resultados que se
quiere considerar
para valorar su
impacto
…
…previene los
infartos
cerebrales?
Traducción al lenguaje propio de
la base de datos
Que no al tesauro, ni a
descriptores
Problema
Intervención
Comparación
Resultados
¿En los pacientes
con cáncer de
estómago
localizado y
actualmente
clínicamente libres
de la enfermedad..
Cáncer de
estómago
localizado
Libres de
enfermedad
Gastric cancer,
gastric tumour,
gastric neoplasm,
stomach cancer
Free of disease,
healed, resected
….el tratamiento
quimioterápico
adyuvante…
…
…resulta efectivo
en términos de
incremento de
sobrevivencia y
calidad de vida?
Quimioterapia
adyuvante
Supervivencia
Pronóstico
Calidad de vida
Adjuvant
chemotherapy,
anticancer therapy
Survival,
prognosis, quality
of life, treatment
outcome
Problema
Intervención
Comparación
Resultados
¿En los pacientes
hipertensos…
….el tratamiento
farmacológico …
…
…previene los
accidentes
cerebrovasculares?
Problema
Intervención
Comparación
Resultados
¿En los pacientes
hipertensos…
….el tratamiento
farmacológico …
…
…previene los
infartos
cerebrales?
hipertensión
tratamiento
fármacos
prevención
infartos cerebrales
Problema
Intervención
Comparación
Resultados
¿En los pacientes
hipertensos…
….el tratamiento
farmacológico…
…
…previene los
infartos
cerebrales?
hipertensión
Fármacos,
tratamiento
prevención
infartos cerebrales
hypertension
Drugs,
treatment
prevention
stroke
2-Identificar las bases de
datos adecuadas
¿Qué es una base de datos?

Colección organizada de registros de información
¿Qué es una base de datos
electrónica?

Colección organizada de registros de
información a la que se puede acceder de
forma electrónica
Bases de Datos Bibliográficas

Registros = Referencias = Records

Campos

Vocabulario controlado
= Fields
= Tesauro
Registro / Referencia
NO : 1
AU : Bohle B;Schwihla H;Hu HZ;Friedl-Hajek R;Sowka S;Ferreira F
AD : Department of General and Experimental Pathology,University of
Vienna, Austria
TI : Long-lived Th2 clones specific for seasonal and perennial allergens
can be detected in blood and skin by their TCR-hypervariable regions.
SB : A M X
LA : ENG
SO : J Immunol. 1998 Feb 15. 160 (4). P 2022-7
MH : Allergens:*BL/*IM. Hay Fever:BL/*IM. Receptors,Antigen,T-Cell
*AN/GE. Rhinitis,Allergic,Perennial:BL/*IM. Skin:CH/CY/*IM.
Th2 Cells:*IM. Base Sequence. Check Tags:Adult. Human.
AB : We investigated the longevity of allergen-specific Th cells derived
from patients suffering from either allergic rhinitis or atopic derma
titis.........
PT : JOURNAL ARTICLE
IS : 0022-1767
¿Cómo elegir una base de datos?





Disponibilidad real o económica
Especificidad temática (Cancerlit, AIDsLit,..)
Si son genéricas (EMBASE o Medline) conviene
buscar en las dos
Muy importante que tengan lenguaje propio de
conceptos (tesauro)
Cuente con información a texto completo
Bases de Datos Bibliográficas
Biomédicas
MEDLINE
 EMBASE
 HealthSTAR
 Indice Médico Español
 Cochrane Library
 Lilacs
 Pascal
 Biosis

MEDLINE
National Library of Medicine (NLM)
Biomedicina
19504.600 revistas
Actualización semanal
Tesauro : MeSH
Varias formas de acceso (Pubmed,
Grateful Med,…)
 16.000.000 de citas







EMBASE
Elsevier
 Biomedicina y Farmacología
 1974 4.100 revistas
 Actualización semanal
 Tesauro : EMTREE
 16.000.000 de citas

Solapamiento entre MEDLINE y EMBASE
1.600
25.8%
EMBASE
2.500
40.4%
2.100
33.8%
MEDLINE
Indice Médico Español






CSIC
Artículos de revistas biomédicas españolas
1971321 revistas
Descriptores
174.764 registros
Cochrane Library







Colaboración Cochrane
1992Revisiones sistemáticas de ECA
Actualización trimestral
Descriptores y MeSH
De libre acceso en el estado español
Actualmente colaboración iberoamericana
www.cochrane.es
Bases de datos electrónicas
aspectos positivos y negativos
+
Fácil acceso
 Mejora edición
 Inclusión de abstracts

-
Sólo 6000 revistas
 Localización de ECC
dificultosa
 Aprox, 60-70% de
ECC identificados

* En España se pierde una tercera parte de ECC sólo usando Medline
Clasificación de los recursos electrónicos

Fuentes bibliográficas
– Bases de datos libres - revistas: referencias &
abstracts (raramente texto completo)
– Bases de datos mediante subscripción
– Catálogos de bibliotecas - título y a veces
comentarios sobre el contenido
Fuentes electrónicas

Fuentes de texto completo
–
–
–
–
–
–
–
–
–
Webs de MBE y guías de práctica clínica
Publicaciones de ETS
Publicaciones gubernamentales/oficiales
Asociaciones profesionales
Listas y subscripciones de correo electrónico
Búsquedas generales por internet
Revistas que permiten acceso a texto completo
http://www.freemedicaljournals.com
http://www.freebooks4doctors.com/
Bases de libre acceso
(Medline y otras) Pubmed
 Cancerlit
 Cochrane Library plus
 Databases del CRD - (DARE, NHS EED,
HTA)
 Lilacs (revistas iberoamericanas)

Literatura gris
La que se produce en niveles altos de la
administración, académicos, de negocios y
en la industria.
 Formato electrónico o impreso.
 No controlada por las grandes empresas
de publicación.
 No convencionales y muchas veces
efímeras

Organismos gubernamentales u
oficiales (literatura gris)
Programas y políticas de salud
 Muchos documentos a texto completo
 Acceso a estadísticas y datos de
supervivencia
 Muchos nuevos accesos menores con
datos de interés

Algunos sitios oficiales o
gubernamentales de interés
Health Canada
 US Centers for Disease Control
 World Health Organisation
 UK Department of Health
 US National Cancer Institute
 Australian Dept Health & Aged Care
 Instituto de salud Carlos III

Algunas fuentes de
literatura gris
The New York Academy of Medicine
http://www.nyam.org/library/grey.shtml

Internet en general
Menor eficiencia
 Evaluar la autoridad (.ac .edu .org)
 Conviene leer las indicaciones
previamente
 Sólo usar cuando se agotan otras
busquedas
 Gran ayuda en los buscadores locales
 De gran utilidad para la literatura gris

Buscadores

Usar el formato
http://www.nombre
que aparece en la otra
columna.com






Google
Altavista
Northernlight
Yahoo (regional)
Metacrawler
Dogpile
Nuevos buscadores en
construcción
La biblioteca del NHS del Reino Unido
NeHL
National electronic Library for Health
http://www.nelh.nhs.uk
Bases de Datos de la National Library of
Medicine indizadas con Medical Subject
Headings (MeSH)
AIDSLINE: Literatura sobre SIDA
AVLINE: Materiales audiovisuales para profesionales
de la salud
BIOETHICS: Literatura sobre ética biomédica
CANCERLIT: Literatura sobre cáncer
HealthSTAR: Planificación y gestión sanitaria
MEDLINE: Literatura biomédica
TOXLINE: Literatura sobre toxicología
Servidores de información ($)
OVID
 SilverPlatter
 EMBASE.com
 Trip de pago

METABUSCADORES
Facilitar al máximo y hacer más eficiente la
búsqueda de información.
 Buscando en múltiples sitios y entregando
un resumen de los artículos relevantes
acerca del tema que se solicitó.
 Diferencia entre ellos es la forma de
buscar, los lugares en que buscan y como
presentan la información.

METABUSCADORES
Información y guías en castellano en:
http://escuela.med.puc.cl/Recursos/MBE2001/metabuscadores.html
3-Definir la estrategia de
búsqueda
Definir la estrategia de búsqueda

Separar la pregunta en conceptos que
puedan ser buscados por separado y
combinados
Determinar los operadores
booleanos
Determinar los operadores
booleanos

AND, OR, NOT
 Stomach neoplasm
– AND
 Chemotherapy, adjuvant
– AND
 survival

Operadores de adyacencia o
proximidad (adj)
Otros operadores
El
truncamiento (* o $)
recombin*: recombinant, recombination,..
Uso
de parentesis
(((adjuvant chemotherapy or antineoplasic
agents) and stomach cancer) or gastric
cancer)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
En nuestra pregunta





Hypertension
treatment
drugs
Prevention
stroke
Hypertension AND (treatment OR drugs) AND
prevention AND stroke
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
Utilizar el tesauro apropiado o
el vocabulario controlado
Tesauro

Vocabulario controlado de términos que
tienen entre ellos relaciones y que se aplican
a un campo concreto del conocimiento.
– Descriptores : términos que pueden utilizarse en la
indización.
– No descriptores: términos prohibidos que remiten
siempre a un descriptor.
Tesauro o Vocabulario controlado
En MEDLINE: MeSH y “limitadores”
 En EMBASE: EMTREE
 En otras bases de datos: Descriptores

Importancia del Tesauro


Diccionario especial
Se utiliza un término para cada concepto
– simplifica la búsqueda
– elimina la utilización de sinónimos
(teóricamente)
– recupera términos más específicos
(calificadores)

DeCS http://decs.bvs.br/
Hipertensión AND (tratamiento OR fármacos)
AND prevención AND infartos cerebrales
Problema
Intervención
Comparación
Resultados
¿En los pacientes
hipertensos…
….el tratamiento
con fármacos …
…
…previene los
accidentes
cerebrovasculares?
hipertensión
fármacos
antihipertensivos
prevención
accidentes
cerebrovasculares
hypertension
antihypertensive
agents
cerebrovascular
accident
4-Realizar la búsqueda
Hypertension AND antihypertensive agents AND
cerebrovascular accident
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
Consideraciones
MeSH
 MeSH Tree
 Major Headings
 Details
 Subheading
 Explode

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
5-Analizar críticamente los
resultados
Valorar críticamente los resultados

Analizar relevancia de los documentos
recuperados
 Relación documentos recuperados que responden a
nuestra pregunta frente a documentos recuperados
totales (especificidad)
 Los artículos no responden a mi pregunta
Pocos artículos recuperados (o ninguno)
 Muchos artículos recuperados

6-Depurar la búsqueda si fuera
necesario
Los resultados no sirven para
contestar la pregunta formulada
 No se han escogido bien los términos
del tesauro
 La combinación de los términos no
es correcta
Sinónimos
Considerar el uso de sinónimos, o términos de
texto libre
 Considerar sufijos, prefijos, “comodines”
(truncamientos)

Importancia del uso de
sinónimos o texto libre
Recuperar palabras no indizadas que
aparecen en títulos o resúmenes
 Combinarlas con lenguaje controlado
para validar nuestra búsqueda

Pocos artículos recuperados
(o ninguno)
Revisar que los términos empleados estén bien escritos.
Intentar identificar otros términos, sinónimos de los
utilizados, que sirvan para combinarse entre ellos mediante
el operador OR
Buscar un término de tesauro más genérico que el
utilizado
No utilizar calificadores
Aumentar la sensibilidad de la búsqueda
“Muchos” artículos recuperados
Tratar de identificar un descriptor adicional y
relevante que se pueda combinar mediante el
operador AND
Identificar elementos combinados mediante AND
que podrían combinarse mediante un operador de
adyacencia o proximidad
Identificar términos más específicos en el tesauro
(por ejemplo cerebral infarction en vez de
cerebrovascular accident en el tesauro EMTREE)
“Muchos” artículos recuperados
(cont.)
Añadir al descriptor de tesauro un
calificador (por ejemplo: stomach
cancer/Drug therapy )
 Limitar la búsqueda a un campo concreto
 Utilizar los límites permitidos por la base
de datos
 Utilizar un filtro de búsqueda

Considerar el uso de limitadores

Algunas bases de datos permiten
limitar la búsqueda a:
– tipo de artículo,
– idiomas
– sexo
– grupos de edad
– etc.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi
Filtros de búsqueda
FILTROS: ¿Qué son?
Estrategias de búsqueda predefinidas para
identificar estudios de la mejor calidad
de evidencia
Buscan investigaciones de calidad
metodológica
Eliminan las débiles
FILTROS: Tipos
Para cada tipo de pregunta clínica:

Terapia

Diagnóstico

Pronóstico

Etiología y riesgo

Daño

Revisiones sistemáticas

Evaluación económica
FILTROS: Tipos
“Clinical queries”
 Filtros
 Se
preestablecidos
ejecutan directamente
 Pubmed
ajusta para
sensibilidad o precisión
Category
Optimized For
Broad/ Narrow
PubMed Equivalent
sensitive/broad
99%/70%
(clinical[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]) OR clinical trials[MeSH Terms] OR clinical
trial[Publication Type] OR random*[Title/Abstract] OR random allocation[MeSH
Terms] OR therapeutic use[MeSH Subheading]
specific/narrow
93%/97%
randomized controlled trial[Publication Type] OR (randomized[Title/Abstract] AND
controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract])
sensitive/broad
98%/74%
sensitiv*[Title/Abstract] OR sensitivity and specificity[MeSH Terms] OR
diagnos*[Title/Abstract] OR diagnosis[MeSH:noexp] OR diagnostic * [MeSH:noexp]
OR diagnosis,differential[MeSH:noexp] OR diagnosis[Subheading:noexp]
specific/narrow
64%/98%
specificity[Title/Abstract]
sensitive/broad
93%/63%
risk*[Title/Abstract] OR risk*[MeSH:noexp] OR risk *[MeSH:noexp] OR cohort
studies[MeSH Terms] OR group*[Text Word]
specific/narrow
51%/95%
(relative[Title/Abstract] AND risk*[Title/Abstract]) OR (relative risk[Text Word]) OR
risks[Text Word] OR cohort studies[MeSH:noexp] OR (cohort[Title/Abstract] AND
stud*[Title/Abstract])
sensitive/broad
90%/80%
incidence[MeSH:noexp] OR mortality[MeSH Terms] OR follow up studies[MeSH:noexp]
OR prognos*[Text Word] OR predict*[Text Word] OR course*[Text Word]
specific/narrow
52%/94%
prognos*[Title/Abstract] OR (first[Title/Abstract] AND episode[Title/Abstract]) OR
cohort[Title/Abstract]
therapy
diagnosis
etiology
prognosis
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/clinical.html
FILTROS: Efectividad

S = a/(a+c) X 100
Revisión manual *

P = a/(a+b) X 100

E = d/(b+d) X 100
Relevante
(gold estándar) No relevante
**
a
b
Filtro de Recuperadas
búsqueda No recuperadas
c
d
a+c
b+d

*Revisión manual: método utilizado para identificar los registros relevantes y no relevantes.

** Gold Standard/quasi gold estándar: conjunto de registros relevantes contra el que el
resultado de la estrategia de búsqueda es testado y validado.
FILTROS: Checklist
A.
Objetivo
B.
Diseño
C.
Gold estándar
D.
Evaluación
E.
Validación
F.
Presentación
G.
Implementación
http://www.phru.nhs.uk/casp/filters.htm
Conclusiones

¡¡¡¡Cuidado con las estrategias con
terminos muy generales¡¡¡¡
 Construir la pregunta
 Huir del lenguaje natural (cuando sea posible)

Preferir siempre las búsquedas altamente
especificas:
 Usar tesauros y descriptores
 Filtros metodológicos

Rehacer la búsqueda siempre que sea
necesario