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Cangar: Análisis de genes
implicados en cáncer
mediante Reglas de
Asociación
Alejandro Sánchez Medina
Grado en Ingeniería Informática del Software
De un vistazo
Gen 1
Gen 2 Gen 3
Gen 4
Gen 5 Gen 6
2
Índice
Introducción
El Proyecto
Experimentación y validación
Conclusiones
Índice
Introducción
El Proyecto
Experimentación y validación
Conclusiones
Índice
Introducción
Descripción del problema y
justificación
Objetivos
Índice
Introducción
Descripción del problema y
justificación
Objetivos
Definiciones y problema
Microarray
Estudio del cáncer
7
Descripción del problema
• Base de datos con
miles de registros
• Necesidad de sacar
algo en claro
• Demasiados datos para
ser analizados por una
persona
8
Justificación
Bioinformática
Combatir el cáncer
9
Índice
Introducción
Descripción del problema y
justificación
Objetivos
Objetivos del proyecto
• Herramienta capaz de
encontrar relaciones
entre genes
• Familiarizarse con los
algoritmos genéticos
• Desarrollo web con
HTML5 y CSS.
• Uso de AJAX y librerías
JS
11
Índice
Introducción
El Proyecto
Experimentación y validación
Conclusiones
Índice
El Proyecto
Planificación
Minería de datos y Reglas de
Asociación
Algoritmo e Interfaz
Índice
El Proyecto
Planificación
Minería de datos y Reglas de
Asociación
Algoritmo e Interfaz
Tiempos empleados
Horas
120
100
80
60
40
20
0
Horas
15
Presupuesto
Rol
Director de proyecto
Programador junior
Coste por hora
41.91€
11.98€
Horas de desarrollador junior: 282.5
Horas de jefe de proyecto: 43.41
Total: 5203.66€
16
Índice
El Proyecto
Planificación
Minería de datos y Reglas de
Asociación
Algoritmo e Interfaz
KDD
18
Reglas de Asociación
Básicas:
{gen A, gen B} => {gen C}
Cuantitativas:
{[1, 2] gen A, [2, 3] gen B} => {[3, 4] gen C}
19
Medidas de calidad
20
Índice
El Proyecto
Planificación
Minería de datos y Reglas de
Asociación
Algoritmo e Interfaz
Algoritmo genético
22
Algoritmo NSGA-II
Frentes de Pareto
Distancias
23
Diagrama de Componentes
24
Tecnología usada
25
Interfaz de resultados
26
Grafo de resultados
27
Tabla de reglas
28
Índice
Introducción
El Proyecto
Experimentación y validación
Conclusiones
Experimentos sobre medidas
Grupo 1
Soporte
Grupo 2
Precisión
Grupo 3
Factor de certeza
Apalancamiento
Interés
Ganancia
Confianza
Convicción
Netconf
Yule’s Q
Cobertura
30
Rendimiento y distancias
Rendimiento en atributos
Rendimiento en individuos
31
Resultados obtenidos
32
Heatmap
33
Volcano plot
34
Índice
Introducción
El Proyecto
Experimentación y validación
Conclusiones
Conclusiones
• Algoritmos genéticos
muy potentes
• Se han cumplido los
objetivos
• Necesidad de
colaboración entre
distintos campos de la
ciencia
36
Cangar: Análisis de genes
implicados en cáncer
mediante Reglas de
Asociación
Muchas gracias
Alejandro Sánchez Medina
Grado en Ingeniería Informática del Software