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6ta Reunión PulseNet América Latina y Caribe Buenos Aires, lunes 26 de mayo de 2008 “Base de Datos Regional – Informe del Centro de Referencia Regional” Isabel Chinen - Mariana Pichel INEI – ANLIS “Carlos G. Malbrán” Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” ADMINISTRADOR ADMINISTRADOR DE DELA LABDR BDR Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNClient BNClient BNServer BNServer BDN ís BDNalojadas alojadasen encada cadaPa País que quetiene tienesoftware software Construcción de la Base de Datos Regional (BDR) • Se realiza a través del aporte de las BDN desde BioNumerics Client con la revisión y asignación de patrones por parte del Administrador desde BioNumerics Admin Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Client – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Client – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis BDR: 1ra etapa construcción INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” ADMINISTRADOR ADMINISTRADOR DE DELA LABDR BDR Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNServer BNServer -Instalación “scripts” - Evaluación funciones “scripts” BNClient BNClient BDN ís BDNalojadas alojadasen encada cadaPa País que quetiene tienesoftware software BDR: 1ra etapa construcción Instalación “scripts”: OK Bases Salmonella y E. coli Conexión Client – Server: OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet: Se ha evaluado en Salmonella, se solucionaron las dificultades existentes excepto para la función “match against server”. Se está evaluando en E. coli. Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y Brenda Brown (CDC, USA) Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Client – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis Preparación de los datos en la BDN para el ingreso a la BDR BDN – Salmonella / E. coli Campos • Campos comunes • Campos específicos • Campos en Blanco (que completa el Administrador) BDR Regional: 2da etapa construcción INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” Administrador Administradorde delala Base Basede deDatos Datos Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNClient BNClient BNServer BNServer Preparación de datos en BDN Pa íses Países Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR • Salmonella: Se acondicionó el formato y la información contenida en las Bases de Datos Nacionales alojadas en el CRR: - Argentina - Costa Rica - Paraguay 812 aislamientos de origen humano 245 patrones de PFGE diferentes Serovariedades (Nº aislamientos / Nº patrones): S. Typhimurium (300 / 121), S. Enteritidis (133 / 18), S. Newport (150 / 73), Otras (229/33) Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR • E. coli: Se acondicionó el formato y la información contenida en las Bases de Datos Nacionales alojadas en el CRR: - Argentina - Cuba - Paraguay 421 aislamientos de origen humano 194 patrones de PFGE diferentes Serotipos: (Nº aislamientos / Nº patrones): O157:H7 (320, 120), O145:NM (101 / 74) Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Client – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis BDR Regional: 3ra etapa construcción INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” Administrador Administradorde delala Base Basede deDatos Datos Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNClient BNClient BNServer BNServer Ingreso de datos en BDR Pa íses Países Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server • Salmonella Se ingresaron los perfiles de PFGE y datos correspondientes a aislamientos de Paraguay, Costa Rica y Argentina: ¾ S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones de PFGE ¾ S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de PFGE Se asignaron Nº de patrones de PFGE regionales Se comenzó por los patrones únicos de las BDN y se están agregando gradualmente los aislamientos de cada patrón, a partir de los más recientes. A medida que se generan nuevos perfiles de PFGE Etapas en la construcción de la BDR BN Client Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Client – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Preparación de datos en las Bases de Datos Nacionales para su ingreso a la BDR Tercera: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde el BN Client alojado en Argentina Cuarta: • Ingreso de perfiles de PFGE y datos a la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server desde otros países que han aprobado la certificación para análisis • Se le asignó un login y un password para el acceso a la BDR a los siguientes participantes de la Red: - Nélida Muñoz, Instituto Nacional de Salud, Colombia - Ana Tavecchio, Instituto Adolfo Lutz (IAL), Brasil Se realizaron las primeras pruebas de conexión desde el IAL, con algunas dificultades BDR Regional: 3ra etapa construcción INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” Administrador Administradorde delala Base Basede deDatos Datos Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNClient BNClient BNServer BNServer Conexión con el Server Pa íses Países Ingreso de perfiles de PFGE y datos de la BDR en el Server desde los países que han aprobado la certificación para análisis Recomendaciones. Antes de subir información a la BDR: - Asegurarse que los geles a ingresar sean de calidad adecuada para el análisis - Recordar incluir la información complementaria para cada uno de los aislamientos – datos mínimos con formato adecuado - Verificar que las columnas que debe completar el administrador estén vacías Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Admin – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: • Realización de informes Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Admin – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: • Realización de informes Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” ADMINISTRADOR ADMINISTRADOR DE DELA LABDR BDR Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin -Instalación “scripts” - Evaluación funciones “scripts” OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil BNClient BNClient BNServer BNServer BDN ís BDNalojadas alojadasen encada cadaPa País que quetiene tienesoftware software BDR-Admin: 1ra etapa construcción Instalación “scripts” Admin: OK Bases Salmonella y E. coli Conexión Admin – Server: OK Salmonella y E. coli. Con dificultades esporádicas Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet: Se evaluó Salmonella, sólo se identificó una dificultad que pudo solucionarse. Se está evaluando en E. coli. Colaboración Alberto Mendía (FOS, OPS-OMS) y Brenda Brown (CDC, USA) Para ambas Bases, la velocidad en la conexión presenta fluctuaciones Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Admin – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: • Realización de informes Base de Datos Regional (BDR): Organización INEI-ANLIS INEI-ANLIS “Carlos “CarlosG. G.Malbrán” Malbrán” ADMINISTRADOR ADMINISTRADOR DE DELA LABDR BDR Database Database (SQL (SQL SERVER) SERVER) BN: BioNumerics BDN: Base de Datos Nacional BDR: Base de Datos Regional CRR: Centro de Referencia Regional BNAdmin BNAdmin OPS-FOS OPS-FOSSERVER SERVER Rio Riode deJaneiro Janeiro--Brasil Brasil - Evaluación de geles - Asignación de patrones BNClient BNClient BNServer BNServer BDN ís BDNalojadas alojadasen encada cadaPa País que quetiene tienesoftware software BDR-Admin: 2da etapa construcción • Salmonella Se asignaron los números de patrones regionales: ¾ S. Typhimurium, 121 aislamientos / 89 patrones de PFGE ¾ S. Enteritidis, 106 aislamientos / 14 patrones de PFGE Etapas en la construcción de la BDR BN Admin Primera: • Instalación “scripts” de PulseNet • Conexión Admin – Server • Evaluación de diferentes funciones de los “scripts” PulseNet para la conexión e intercambio de información Segunda: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde CRR Tercera: • Evaluación de geles y asignación de N de patrones R de patrones enviados desde cada BDN Cuarta: • Realización de informes Pendientes Estado de situación • ¿Qué información está disponible hoy de PN América Latina? – Todos los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de Salmonella incorporados en el Server de OPS-OMS. – Todos los perfiles de PFGE y datos de los aislamientos ingresados en las BDN de los participantes que han aprobado la certificación para realización y análisis de geles. • ¿Cómo acceder a la información disponible de PN América Latina? – Mediante el acceso directo a la BDR: Sólo para los participantes de PulseNet AL certificados para análisis, con login y password. – A través de consultas o “queries” con información completa: Para los miembros de toda la Red PulseNet. Siguientes pasos • Salmonella: - Completar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el CRR. Asignar Nº de patrones regionales. - Lograr el ingreso directo por parte de participantes de BRAL y COIN. Evaluar y corregir las dificultades para la conexión desde distintos países. - Implementar el ingreso lo más cercano al “tiempo real” de los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de Salmonella, desde el CRR y desde otros países participantes en forma directa. • E. coli: - Solucionar los problemas de conexión. - Iniciar el ingreso de perfiles y datos de BDN desde el CRR. Asignar Nº de patrones regionales - Implementar el ingreso lo más cercano al “tiempo real” de los perfiles de PFGE y datos de aislamientos de E. coli, desde el CRR y desde otros países participantes en forma directa.
