Download Forma habitual de iRNA Open Biosystems` Decode RNAi for

Librería GIPZ Multiplex - Decode
Forma habitual de
iRNA
- Se investiga un solo gen
- Se necesita saber a que gen
dirigirse, nuestro objetivo
Open Biosystems’ Decode
RNAi for Multiplex RNAi
screening
• 10,000 construcciones por pool 7 pools por genoma
• Virus pre-empaquetado
- El screening de Genoma
Total:
• El screening de Genoma Total:
- Caro
• Barato
- Laborioso
• Poco tiempo de screening
- Solo al alcance de
grupos selectivos con
buena financiación
• Disponible para todos los
investigadores
Screen multiplex con RNAi
Multiplexed RNAi screening
Screens con selección
positiva – Permite identificar
aquellos shRNAmir cuya
expresión permite aislar una
célula del resto de una
población. El método más
habitual utiliza una presión
selectiva letal de manera que
fenotipo distintivo es la
supervivencia, pero se puede
usar cualquier otro fenotipo
distintivo (expresión de un
ligando…)
Screens con selección
negativa Identifican aquellos
shRNAmir cuya expresión
modula el crecimiento de la
célula, captura efectos
positivos y negativos
Screen multiplex con RNAi
Barcode de las librerías para selección negativa
El Barcode es una secuencia de 60nt, que permite ver la abundancia de un
shRNA mir concrreto usando microarrays.
Screen multiplex con RNAi
Decode RNAi viral screening libraries
•Los siete pools conteniendo 10,000 GIPZ
lentiviral shRNAmir
•Partículas lentivirales shRNAmir control, No
silenciadoras
-
+
•Primers de PCR para la
amplificación de los shRNAmir
•Primers de PCR para la
amplificación de los Barcodes
•Plásmido de DNA control positivo
de la PCR
•2 barcode microarrays para la
identificación de los blancos
•Primers de secuenciación para
identificar los shRNAmir positivos
Screen multiplex con RNAi