Download Forma habitual de iRNA Open Biosystems` Decode RNAi for
Document related concepts
no text concepts found
Transcript
Librería GIPZ Multiplex - Decode Forma habitual de iRNA - Se investiga un solo gen - Se necesita saber a que gen dirigirse, nuestro objetivo Open Biosystems’ Decode RNAi for Multiplex RNAi screening • 10,000 construcciones por pool 7 pools por genoma • Virus pre-empaquetado - El screening de Genoma Total: • El screening de Genoma Total: - Caro • Barato - Laborioso • Poco tiempo de screening - Solo al alcance de grupos selectivos con buena financiación • Disponible para todos los investigadores Screen multiplex con RNAi Multiplexed RNAi screening Screens con selección positiva – Permite identificar aquellos shRNAmir cuya expresión permite aislar una célula del resto de una población. El método más habitual utiliza una presión selectiva letal de manera que fenotipo distintivo es la supervivencia, pero se puede usar cualquier otro fenotipo distintivo (expresión de un ligando…) Screens con selección negativa Identifican aquellos shRNAmir cuya expresión modula el crecimiento de la célula, captura efectos positivos y negativos Screen multiplex con RNAi Barcode de las librerías para selección negativa El Barcode es una secuencia de 60nt, que permite ver la abundancia de un shRNA mir concrreto usando microarrays. Screen multiplex con RNAi Decode RNAi viral screening libraries •Los siete pools conteniendo 10,000 GIPZ lentiviral shRNAmir •Partículas lentivirales shRNAmir control, No silenciadoras - + •Primers de PCR para la amplificación de los shRNAmir •Primers de PCR para la amplificación de los Barcodes •Plásmido de DNA control positivo de la PCR •2 barcode microarrays para la identificación de los blancos •Primers de secuenciación para identificar los shRNAmir positivos Screen multiplex con RNAi