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Alumno: Julio César Alcaraz Siqueiros
Asesor: Dr. Roberto Sáenz
Facultad de Ciencias, Universidad de Colima
Agosto 2013
Un árbol filogenético es una especie de gráfico en forma de árbol cuyas ramificaciones
muestran la relación evolutiva de una o varias especies que tienen un ancestro en común a
través del estudio de cadenas de ADN.
El objetivo general de este proyecto de tesis es entender la teoría esencial de la aplicación
de matemáticas para construir árboles filogenéticos. En particular, se utilizarán cadenas
del virus de influenza como ejemplo para mostrar la teoría aprendida (las cadenas se
tomarán de la base de datos del Influenza Research Database).
Para lograr este objetivo es importante adentrarse en la teoría biológica del estudio de
cadenas de ADN. Específicamente, poder comparar cadenas de ADN de un mismo
organismo e interpretar patrones en secuencias de nucleótidos de estas cadenas.
Además, para empezar la construcción de un árbol es necesario primero determinar la
topología que guarda el árbol y establecer una métrica entre las distintas generaciones del
organismo (el virus de influenza) para dar una idea de la distancia entre dos cadenas.
La construcción del árbol requiere del uso de técnicas de optimización y probabilidad; los
códigos de programación se harán en MATLAB.
Calendario de Actividades
MES
Agosto – Septiembre
ACTIVIDADES A REALIZAR
Revisión de bibliografía.
Octubre
Entender la alineación de secuencias de ADN
para su comparación.
Acceso y manipulación de secuencias de ADN
del virus de influenza.
Estudio de la métrica de un árbol filogenético.
Noviembre
Diciembre - Enero
Febrero - Marzo
Abril
Estudio de la topología del árbol filogenético y
su construcción.
Escritura de tesis
Mayo
Defensa de tesis
Bibliografía
[1] Gonnet G. H., Scholl R. 2009. Scientific Computation,Phylogenetic tree construction. Cambridge books
online. Chapter 8, 139-195. Cambridge University Press.
[2] Durbin R., Eddy S. R., Krogh A., Mitchison G. 1998. Biological sequence analysis, Probabilistic models of
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[3] Huson D. H. Rupp R. Scornavacca C. 2011. Phylogenetic Networks, concepts, algorithms and applications.
Cambridge University Press, U.K.
[4] Benson D. A. Karsch-Mizrachi L. Lipman D. J. Ostell J. Wheeler D. L. 2008. GenBank. Nucleic Acids Research.
Vol.36. D25–D30.