Download Actividad Bioinformatics Gene Databases Postgrado

BT4007 – Bioinformática – Postgrado - Dr. Víctor Treviño
Nombre de la actividad
Tema/subtemas
Objetivo de aprendizaje
Tiempo estimado
Instrucciones
Actividad de Investigación
Bases de Datos de Genes
1.1 Uso de HGNC, NCBI/Gene Entrez, UniProt, UniGene, Ensembl
1.2 Obtener Secuencias de genes
1.3 Genes relacionados
Conocer las bases de datos de genes.
1 Hora 30 minutos dentro del aula
1 Hora fuera del aula
Primera fase. Dentro del Aula. Individual o en Parejas
Busque información en los sitios vistos en clase para el gen GAPDH
(humano) y reporte la información que se pide y la fuente (sitio, página y
sección).
1. Simbolo y nombre oficial
2. Que otros simbolos ha tenido previamente
3. EntrezID (GeneID) [NCBI]
4. Locus (cromosoma)
5. Cual es la función del gen
6. Cuantos exones tiene
7. Tiene polimorfismos reportados (SNP)?
8. En que otras especies se encuentra también el GAPDH
(homología)
9. En que vías metabólicas está involucrado?
10. Cual es el número unigene (Hs.xxxx)
11. En que enfermedades está implicada?
12. Cuántos links de pubmed tiene el gen en Entrez Gene?
13. Cuántos abstracts aparecen si buscamos directamente en
PubMed?
14. Cuántas splice-variants que codifican para una proteína están
reportadas en humano? (Tip. Ensembl link)
15. Secuencia del mRNA
16. Secuencia de aminoácidos
17. Que otros genes están relacionados con GAPDH según las
publicaciones
Elabore un reporte con un resumen de los resultados y la metodología
usada. Puede pegar algunas gráficas. Haga comentarios.
Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios:
1. Breve y consiso
2. Incluya la metodología (sitio, y consulta)
3. Individual o por Pareja
4. La entrega es al inicio de la siguiente clase
Segunda fase. Fuera del Aula.
Busque la misma información pero para un gen de su elección que esté
relacionado con su proyecto de grado.
Elabore un reporte con un resumen de los resultados y la metodología
usada. Pegue algunas gráficas. Haga comentarios.
Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios:
1. Breve y consiso
2. Incluya la metodología (sitio, y consulta)
3. Individual
4. La entrega es al inicio de la siguiente clase
Normas de participación
Producto a entregar
Recursos materiales
Evaluación
Recomendaciones
Agreguen un comentario o reflexión de lo aprendido al final de su reporte.
Respetar las ideas de los demás.
Mostrar apertura y tolerancia en la discusión.
Reporte de investigación.
Internet.
Entrega del Resumen/Comentario.
Criterios:
Nivel de cumplimiento:
1. Extensión y cobertura
2. Claridad de las ideas.
___Excelente.
3. Metodología
___Aceptable.
4. Reflexión.
___Necesita mejorar.
5. Uso diverso de fuentes
Vea el material de apoyo de la clase