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BT4007 – Bioinformática – Postgrado - Dr. Víctor Treviño
Nombre de la actividad
Tema/subtemas
Objetivo de aprendizaje
Tiempo estimado
Actividad de Investigación
Alineamientos y búsquedas de secuencias
Alineamientos de un par de secuencias
Búsqueda de secuencias en BLAST
Medición de similitudes
1 Hora dentro del aula
1 Hora fuera del aula
Primera fase. Dentro del Aula. Individual o en Parejas
Obtenga la secuencia nt y aa del gen GAPDH de humano, de ratón y de
pollo.
Compare ambas secuencias contra la de humano usando el método dotmatrix.
Elabore una macro en excel para comparar secuencias y obtener su
similitud o score usando el método de programación dinámica.
Encuentre las 10 secuencias más parecidas dentro del genoma humano
(nt y aa).
Encuentre las 10 secuencias más parecidas aún comparando con otros
genomas (nt y aa).
Elabore un reporte con un resumen de los resultados y la metodología
usada. Puede pegar algunas gráficas. Haga comentarios.
Instrucciones
Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios:
1. Breve y consiso
2. Incluya la metodología (sitio, y consulta)
3. Individual o por Pareja
4. La entrega es al inicio de la siguiente clase
Segunda fase. Fuera del Aula.
Busque la misma información pero para su gen de interés (si no es
humano, busque en el mismo y en otros organismos).
Elabore un reporte con un resumen de los resultados y la metodología
usada. Pegue algunas gráficas. Haga comentarios.
Asegúrese de que cumple con los siguientes criterios:
1. Breve y consiso
2. Incluya la metodología (sitio, y consulta)
3. Reporte Individual
4. La entrega es al inicio de la siguiente semana
Normas de participación
Producto a entregar
Recursos materiales
Evaluación
Agreguen un comentario o reflexión de lo aprendido al final de su reporte.
Respetar las ideas de los demás.
Mostrar apertura y tolerancia en la discusión.
Reporte de investigación.
Internet.
Entrega del Resumen/Comentario.
Criterios:
Nivel de cumplimiento:
1. Extensión y cobertura
2. Claridad de las ideas.
___Excelente.
3. Metodología
___Aceptable.
4. Reflexión.
___Necesita mejorar.
5. Uso diverso de fuentes
Recomendaciones
Vea el material de apoyo de la clase