Alineamiento múltiple de secuencias

Un alineamiento múltiple de secuencias (MSA, por sus siglas en inglés) es un alineamiento de tres o más secuencias biológicas, generalmente proteínas, ADN o ARN. En general, se asume que el conjunto de secuencias de consulta que se ingresa como entrada (conjunto problema) tienen una relación evolutiva por la cual comparten un linaje y descienden de un ancestro común. Del MSA resultante, se puede inferir la homología, y puede llevarse a cabo el análisis filogenético para evaluar los orígenes evolutivos compartidos por las secuencias. Las representaciones visuales del alineamiento ilustran mutaciones tales como mutaciones puntuales (un solo cambio de aminoácidos o nucleótidos) que aparecen como diferentes caracteres en una sola columna del alineamiento, y la inserción o supresión de mutaciones (o indels) que aparecen como huecos en una o varias de las secuencias en la alineación. El alineamiento múltiple de secuencias a menudo se utiliza para evaluar la conservación de los dominios proteicos, las estructuras terciarias y secundarias, e incluso aminoácidos o nucleótidos individuales.Los alineamientos múltiples de secuencias también se refieren al proceso de alinearlas como un conjunto de secuencias. Como puede ser difícil alinear a mano tres o más secuencias de longitud biológicamente relevante, y casi siempre consume mucho tiempo, se utilizan algoritmos computacionales para producir y analizar los alineamientos. Los MSA requieren metodologías más sofisticadas que los alineamiento de pares porque son computacionalmente más complejos de producir. La mayor parte de los programas de alineamiento múltiple de secuencias usan métodos heurísticos en lugar de optimización global, porque identificar el alineamiento óptimo entre más de unas pocas secuencias de longitud moderada es prohibitivamente costoso computacionalmente.