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Universidad Nacional de San Martín
Instituto de Investigaciones Biotecnológicas
Genética General
Laboratorio
TP3: Mapeos in silico utilizando la base de
datos de Drosophila
TP 3: Mapeo in silico utilizando Flybase
Objetivos
1 ) Buscar información en Flybase sobre un determinado
gen
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
4) Mapeo molecular del elemento P e identificación del
posible gen afectado por la inserción
Cromosomas politénicos
mapa citogenético
de alta resolución
Bandeo físico
X: 1-20
2L: 21-40
2R: 41-60
3L: 61-80
3R: 81-100
4: 101-104
5 subregiones: A, B, C, D y E
Bandas numeradas
Correlacionar mapa genético
con características físicas de los
cromosomas
TP 3: Mapeo in silico utilizando Flybase
Objetivos
1 ) Buscar información en Flybase sobre un determinado
gen
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
4) Mapeo molecular del elemento P e identificación del
posible gen afectado por la inserción
Flybase - http://flybase.org
- Posición en el genoma (cromosoma, mapa recombinante, citogenética)
- Genes vecinos
- Funciones biológicas
- Secuencias: ADN, transcriptos, proteinas
- Posiciones de las inserciones de los transposones
- Perfil de expresión (órganos/estadios del desarrollo)- RNAseq
- Fenotipo que presentan las líneas mutantes (alelos)
- Aspecto evolutivo (genes ortólogos)
- Stocks de moscas
- Referencias
Entrar en el link de “Flybase Gbrowse”
- Ir al “switch to Chromosome Map”
-Visualizar los cromosomas politénicos, y la posición de cada uno de
los genes en el mapa
- Volver a la “ficha”
TP 3: Mapeo in silico utilizando Flybase
Objetivos
1 ) Buscar información en Flybase sobre un determinado
gen
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
4) Mapeo molecular del elemento P e identificación del
posible gen afectado por la inserción
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
En base a la información disponible en el Flybase:
•Determinar el cromosoma
•Determinar la posición citogenética
•Determinar la distancia genética
TP 3: Mapeo in silico utilizando Flybase
Objetivos
1 ) Buscar información en Flybase sobre un determinado
gen
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
4) Mapeo molecular del elemento P e identificación del
posible gen afectado por la inserción
Objetivo:
Identificar genes involucrados en determinada función biológica
Screen o búsqueda genética empleando una colección de mutantes
Testear todas las líneas que conforman la colección de moscas
Seleccionar las líneas que presentaron el fenotipo buscado
Mapear el elemento P en la línea de mosca seleccionada
Mapeo del sitio de inserción del elemento P
Determinar : - el cromosoma que contiene el P
- la posición del P dentro del cromosoma
•Citogenético
Hibridación in situ
•Genético
Cruzamientos (2 etapas)
•Molecular
Secuenciación
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
2 etapas:
1) El cromosoma que contiene el P
2) La posición del P dentro del cromosoma
Líneas que contienen marcadores a lo largo del cromosoma
Construir el mapa genético entre el elemento P y los marcadores
Cruzamiento prueba:
w; P + + +
w h st ca
x w; h st ca
h st ca
Proporción de fenotipos de la
progenie :
Considerar P{w+} tiene fenotipo color de
ojos naranja
Los que no poseen el P tienen ojo blancos
Calcular la distancia entre P y h
P y st
P y ca
Construir el mapa genético correspondiente
+ st ca
Ph++
P + st ca
h++
P + + ca
h st +
P+++
h st ca
+ + ca
P h st +
+++
P h st ca
P + st +
h + ca
+ st +
P h + ca
115
122
4
5
555
620
562
494
2
1
1
1
3
5
95
106
Buscar genes que estén posiblemente afectados por la
inserción del P
Con el mapa genético y físico:
-Determinar la región del cromosoma en la que se insertó el P
(posición recombinante y citogenética)
-Buscar potenciales genes afectados según la localización del P
(tener en cuenta que la región contiene varios genes)
-Buscar información acerca de los genes putativos en el Flybase
TP 3: Mapeo in silico utilizando Flybase
Objetivos
1 ) Buscar información en Flybase sobre un determinado
gen
2 ) Mapeo genético/citogenético in silico de los genes
yellow y white
3) Mapeo genético del elemento P e identificación de los
posibles genes afectados por la inserción
4) Mapeo molecular del elemento P e identificación del
posible gen afectado por la inserción
4 ) Mapeo molecular del sitio de inserción del elemento
P e identificación del posible gen afectado
Rescate plasmídico del elemento P
PCR y secuenciación de las regiones contiguas al sitio de inserción
Usar primers situados en los extremos del elemento P
Blast con la secuencia en el genoma de Drosophila:
Tools, Genomic/map tools, BLAST, genome view
Determinar posición molecular del elemento P
Conociendo la posición molecular del elemento P
Determinar:
-Cromosoma
-Banda citogenética
-Mapa recombinante
-Gen posiblemente afectado
-Línea insercional
¿Qué diferencias encuentra entre el mapeo genético y
el mapeo molecular?