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Red de laboratorios de análisis
genómico funcional y comparativo
en especies de interés agropecuario,
forestal o ambiental
Esteban Hopp
Instituto de Biotecnología INTA
Castelar y Facultad de Ciencias
Exactas y Naturales, UBA
Red de laboratorios
2 laboratorios del Instituto de Biotecnología y 1 de Genética INTA
Castelar, EEA INTA Balcarce e INTA Bariloche
2 laboratorios de la Universidad Nacional del Litoral
IBONE (CONICET),Corrientes y Facultad de Ciencias Agrarias,
Universidad Nacional del Nordeste (UNNE),Corrientes y Laboratorio de
Biología Molecular, Facultad de Ciencias Agrarias, Universidad Nacional
de Rosario (UNR)
Universidad Nacional del Sur, Dpto. de Agronomía y CERZOS
(CONICET)
Universidad Nacional de Mar del Plata, Instituto Investigaciones
Biológicas
Estación Experimental Agroindustrial Obispo Colombres, Tucumán
IBR, CONICET, Rosario y Fundación Pablo Cassará, Buenos Aires
Laboratorio de agrobiotecnologia, FBMC, Facultad de Ciencias Exactas
y Naturales – UBA
Objetivos
Establecer una red de laboratorios que disponga de la infraestructura operativa y
comunicacional adecuada y formación de los recursos humanos necesarios para
apoyar el desarrollo de iniciativas e investigaciones en áreas de genómica
funcional y bioinformática críticas para la biología agropecuaria, (forestal y
ambiental).
El proyecto fue subdividido con fines organizativos en 3 subproyectos y éstos a
su vez en 15 módulos individuales (temas de investigación puntuales)…..
La integración de la red no se estableció alrededor de un tema de investigación
particular común sino a través de la socialización de las herramientas
experimentales. En tal sentido, se fomentaron las interacciones, pasantías, cursos
especializados, reuniones de discusión, presentación conjunta de becarios y
sistemas bioinformáticos comunes. Estas actividades no se reflejan,
necesariamente, en publicaciones o desarrollos tecnológicos
conjuntos.
La integración del PAV tuvo como eje el desarrollo y aplicación de subdisciplinas
comunes en 3 áreas de desarrollo e integración: a) transcriptómica, b)
proteómica, interactómica y metabolómica y c) genómica comparativa para la
búsqueda, prospección y/o análisis funcional de genes con interés básico o
aplicado.
¿Se cumplieron estos objetivos?
Resultados
Formación de recursos humanos en tecnologías estratégicas para el país :
participaron casi 80 investigadores, se formaron 14 becarios en forma directa (con
becas dependientes del subsidio) y 61 investigadores en forma indirecta, por
ejemplo, becarios de CONICET o postdocs repatriados, en temas del PAV.
Integró en una red de análisis genómico los recursos adquiridos con el PAV pero
también los existentes y venideros.
Se publicaron 102 trabajos en revistas indexadas por el ISI (incluyendo, Plant Cell,
Plant Physiology, PNAS, Plant Molecular Biology,Vaccine, entre otras),15 capítulos
de libros, 156 comunicaciones en congresos científicos (sin incluír las de este
congreso). De éstas, 11, 5 y 32, fueron conjuntas.
Si bien esta capacidad podría ser atribuible exclusivamente a los grupos
participantes (situación sin proyecto), el PAV la potenció estableciendo la red y
financiándola.
Inscripción de 3 variedades de pasturas en el
INASE.
PAV
ACTIVIDADES DE ARTICULACION: CURSOS / REUNIONES DE TRABAJO CON LA
PARTICIPACIÓN DE LOS INVESTIGADORES DE LOS DISTINTOS NODOS:
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- Curso de Postgrado “Genética Molecular de la Interacción Planta-Patógeno” Curso acreditado para la carrera de Doctorado en Ciencias Biológicas (Carrera acreditada por
CONEAU, Tipo A), Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Universidad Nacional de Rosario. Directora: Dra. María Rosa Marano. Profesores invitados: Dr. Atilio
Castagnaro, Dr. Adrián Vojnov, Dra. Ángeles Zorreguieta, Dr. Sergio Feingold
- Curso de postgrado “Bioinformática: aplicaciones e impacto en la Biología”. Docentes responsables: L. De la Canal y Arjen Ten Have. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales,
Universidad Nacional de Mar del Plata. Mar del Plata, septiembre-diciembre 2005.
- Primer Taller Conjunto ASAGIR de Fisiología y Ecofisiología, Biotecnología y Mejoramiento Genético. Mar del Plata (2005).
- “Encuentro Intertalleres. Investigaciones de mayor impacto probable científico y tecnológico” Tercer Congreso Nacional de Girasol (Buenos Aires. 31/05 y 1/06/05
- Curso de Análisis de Microarreglos de ADN. Docente Julio DiRienzo. Lugar: Instituto de Biotecnología. CICVyA INTA Castelar. Organizadores: Paula Fernandez; Norma
Paniego, Ruth Heinz y Esteban Hopp. Participantes de los Nodos: UNMdP; UNL; EEO Obispo Colombres; UBA; INTA. 21-22 de Diciembre de 2006
- Primer Taller Conjunto ASAGIR de Fisiología y Ecofisiología, Biotecnología y Mejoramiento Genético. Mar del Plata (2005). Alberto Escande, Guillermo Dosio, Luis
Aguirrezábal, Ruth Heinz, Norma Paniego, Esteban Hopp, Laura de la Canal
- Segundo Taller Conjunto ASAGIR de Fisiología y Ecofisiología, Biotecnología y Mejoramiento Genético. Mar del Plata (26 y 27 de Marzo de 2007), Alberto Escande, Guillermo
Dosio, Luis Aguirrezábal, Ruth Heinz, Marcela Pinedo
- Reunión interdisciplinaria para el planeamiento de estrategias. INTA, CICVyA, Instituto de Biotecnología (Castelar, 2006), N Paniego, R Heinz, Gerardo Cervigni, Carla
Maringolo, Facundo Quiroz, Alberto Escande
- Norma Paniego (nodo1) y Fabiana Bigi (nodo1) organizaron un curso teórico-práctico de hibridación de microarreglos de ADN en el mes de Abril 2008 en las instalaciones
del Instituto de Biotecnología (INTA).
- Reunión interdisciplinaria para el planeamiento de estrategias. INTA, Chile (Buenos Aires, 2008), N Paniego, R Heinz, D Álvarez, C Fusari, Alberto Escande
Workshop en el análisis estadístico de micromatrices de ADN. 2007. Inta Castelar.
Curso: “Herramientas de Bioinformática”. . 2007. Instituto Pasteur. Inta Castelar
Curso “Modelo lineal de clasificación” 2007. Inta Castelar
Curso: “Herramientas de Bioinformática: alineamiento de secuencias en genómica evolutiva y funcional”. 2008. Instituto Pasteur. Inta Castelar
Perspectivas Bioinformáticas de la Genómica Comparativa, Funcional y Estructural.Primera y Segunda edición (. Abril y Octubre 2007) y tercera y cuarta edición (Abril y
Octubre 2008). FCEN UBA. INTA. AECI.
- Taller de Cítricos. Organizado por los Dres. Marano, Vojnov y Castagnaro, VII Simposio Nacional de Biotecnología REDBIO- Argentina – II Congreso Internacional –REDBIOArgentina – La Biotecnología y Los Futuros Escenarios Mundiales Rosario, 20-24/04/2009.
- Curso de Postgrado “Genética Molecular de la Interacción Planta-Patógeno” Curso acreditado para la carrera de Doctorado en Ciencias Biológicas (Carrera acreditada por
CONEAU, Tipo A), Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Universidad Nacional de Rosario. Directora: Dra. María Rosa Marano. Profesores invitados: Dr. Atilio
Castagnaro, Dr. Adrián Vojnov. Año 2005 y 2007.
En la Universidad Nacional del Sur se organizaron dos cursos en este contexto:
1. Mapeo de QTLs dictado por el Dr. Gerardo Cervigni (Nov. 2007). El Dr. Cervigni también dictó cursos en la temática en la UNR y en INTA Castelar
2. Curso Reproducción de las plantas con flores: Aspectos generales y moleculares. Prof. Invitados: Dr. Olivier Leblanc Institut de Recherche pour le Développement Senior
scientist UMR 5096 CNRS - Université de Perpignan – IRD Montpellier Cedex 5, France, Dra. Silvina Pessino (UNR), Dr. Juan Pablo Ortiz (UNR). 30 Junio – 5 Julio 2008. Dpto.
de Agronomía, Universidad Nacional del Sur. Bahía Blanca. Coordinadora y responsable Dra. Viviana Echenique. Financiación de SECyT UNS.
Curso de postgrado “Bioinformática: aplicaciones e impacto en la Biología”. Docentes responsables: L. de la Canal y Arjen Ten Have. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales,
Universidad Nacional de Mar del Plata. Mar del Plata, septiembre-diciembre 2005.
Creación e instrumentación de una red latinoamericana de investigación con especies de plantas pertenecientes a la familia de las Solanáceaes. Esta red de
laboratorios se ha constituido a partir de la iniciativa internacional denomina International Solanaceae Genome Project (SOL:www.sgn.cornell.edu) que persigue el trabajo
conjunto y coordinado para entender y aprovechar la diversidad presente en esta familia de plantas. Uno de los objetivos mas importantes de esta red para la próxima década es
obtener la secuencia completa del genoma de tomate.
Consecuencias
Generación de nuevas redes de laboratorios conjuntamente con el sector
productivo para la aplicación de los proyectos IP-PAE y BIOTECHSUR
considerados estratégicos por el MinCyT. Desde este PAV se generaron los
PAE que resultaron seleccionados de girasol (Raquel Chan), trigo (Viviana
Echenique), tuberculosis (María Isabel Romano), cítricos (Atilio Castagnaro) y
caprinos (Mario Poli) y los BIOTECHSUR en soja (Atilio Castagnaro), forestales
(Susana Marcucci Poltri) y bovinos (María Isabel Romano), además de otras
redes como las de PROCISUR (Southnomics).
Se ha puesto en marcha un servicio de genotipificación con marcadores
moleculares con el secuenciador automático en el INTA Castelar a punto de
ser acreditado bajo normas de calidad ISO y, más informalmente, en otros
laboratorios de la red, que provee tanto los resultados de la corrida de
marcadores de tipo microsatélites, AFLP, SNPs y otro tipo de fragmentos, sino
también el soporte bioinformático para el análisis de datos. El servicio tuvo
primero características internas para el PAV y para otros grupos de
investigación nacional y después se abrió a fines del 2006. Esto fue
aprovechado, hasta ahora, por los componentes de la red que utilizan este tipo
de tecnologías en caprinos, girasol y pasturas. Se dictaron cursos para el
empleo del software de interpretaciónde resultados.
¡muchas gracias!