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METABOLISMO DE NUCLEÓTIDOS Las vías metabólicas de los nucleótidos se pueden agrupar en cuatro etapas 1. Síntesis de novo de nucleótidos. 2. Vías de recuperación de bases. 3. Conversión de ribonucleótidos en desoxirribonucleótidos. 4. Vías de degradación de los nucleótidos. Los nucleótidos de purinas y pirimidinas pueden sintetizarse de novo a partir de moléculas pequeñas que se encuentran con facilidad en las células, mediante rutas metabólicas que constan de muchos pasos. Las purinas son sintetizadas por adición, prácticamente átomo por átomo, a una ribosa 5-fosfato formada previamente. Las pirimidinas son sintetizadas como bases, y después, agregadas a la ribosa 5-fosfato. Además de la síntesis de novo, los reservorios de nucleótidos en la célula se mantienen gracias a las vías de recuperación que permiten reutilizar la mayor parte de las bases y nucleósidos provenientes del catabolismo durante el proceso normal de recambio celular o de la dieta. Desde el punto de vista energético, las vías de recuperación son menos costosas, por lo que se ahorra la energía que se gastaría en la biosíntesis completa. Alteraciones genéticas en ciertas enzimas de las vías de síntesis o de recuperación, son la causa de enfermedades graves. Las vías de biosíntesis de nucleótidos, de novo o por recuperación, dan lugar a la síntesis de ribonucleótidos; los desoxirribonucleótidos necesarios para la construcción del DNA, se sintetizan mediante la reducción de la ribosa de los ribonucleótidos difosfato correspondientes. El timidilato (TMP ) presente sólo en el DNA se origina de la desoxirribouridina monofosfato (dUMP) por transferencia de una unidad de un carbono. Las vías de síntesis de nucleótidos son muy importantes ya que son blanco de la acción de diversos fármacos utilizados en el tratamiento del cáncer, como agentes inmunosupresores así como de infecciones víricas, microbianas y parasitarias. En los seres humanos, las purinas se degradan a ácido úrico y las pirimidinas se transforman generalmente a NH4+ que da lugar a la producción de urea. Alteraciones genéticas en ciertas enzimas de las vías de degradación son la causa de enfermedades de importancia clínica. SÍNTESIS DE NOVO DE NUCLEÓTIDOS PURÍNICOS Y PIRIMIDÍNICOS La fuente de átomos de carbono, oxígeno y nitrógeno de los anillos de purina y pirimidina provienen de aminoácidos y del CO2. Se indica con diferente color la procedencia de cada uno de los átomos de los anillos. 4 Glicina Aspartato 1N N 10-Formil- 2 tetrahidrofolato CO2 7 6 N Glutamina 3 N 5 Aspartato 5 4 N 3 N 9 Glutamina 8 N 10-Formiltetrahidrofolato CO2 2 6 N 1 La síntesis de los nucleótidos purínicos comprende la construcción del anillo, átomo por átomo, sobre un derivado de ribosa fosfato activada, el producto de la vía es el nucleótido inosina 5’-fosfato o inosina 5’-monofosfato (IMP), precursor común de los nucleótidos de guanosina y adenosina. A diferencia de la síntesis de nucleótidos de purinas, el anillo de pirimidina es construido por separado y posteriormente unido a la ribosa 5-fosfato dando lugar al nucleótido orotidina 5’–fosfato (OMP), precursor de los nucleótidos de uridina y citidina. Síntesis de IMP y de los nucleótidos de guanosina y adenosina Todas las enzimas necesarias para la síntesis de nucleótidos de purina se encuentran en el citoplasma celular, los productos son AMP y GMP. La regulación se lleva a cabo por retroalimentación a varios niveles en la vía. O O P O CH 2 O O HO 1. La síntesis comienza con la formación de 5´fosforribosil-pirofosfato (PRPP) a partir de ribosa 5-fosfato y ATP. La enzima PRPP sintasa es una pirofosfocinasa que se activa con fosfato inorgánico (Pi) y se inhibe por los productos de la vía AMP, GMP, ADP y GDP. + ATP OH OH Ribosa 5-fosfato PRPP Sintasa 1 AMP O O P O CH 2 O O HO O O + Glutamina O P O P O OH O O 5'-Fosforribosil-pirofosfato (PRPP) 2 PRPP amidotransferasa Glutamato + PPi 2. En el paso catalizado por la amidotransferasa, el grupo amida de la glutamina sustituye al grupo pirofosfato de la PRPP. La enzima es inhibida por los productos de la vía IMP, AMP y GMP. La velocidad de esta reacción también se controla por la disponibilidad de los sustratos glutamina y PRPP. O O P O CH 2 O O HO NH 2 + Glicina + ATP OH 5'-Fosforribosilamina 3 Sintetasa O ADP + Pi NH2 CH2 O C HO + N10 -formiltetrahidrofolato NH O P O CH 2 O O OH 5'-Fosforribosilglicinamida 4 Formiltransferasa THF CH2 O O NH HO CH O O C NH P O CH 2 O O + Glutamina + ATP OH 5'-Fosforribosilformilglicinamida 5 Sintetasa 3. Las próximas reacciones en la síntesis de los nucleótidos de purina llevan a la síntesis de IMP. No se conocen pasos regulados en este proceso. Esta serie de reacciones consumen 4 moléculas más de ATP. Glutamato + ADP + Pi 4. El tetrahidrofolato (THF) es una coenzima del ácido fólico que actúa como transportador de unidades activadas de un carbono, en este caso unidos con el N en posición 10 de la molécula. La serina es la fuente principal de la unidad de carbono para la síntesis del metilenoTHF precursor del N10formil-THF. 5. En este paso se añade un segundo grupo amino en donde el donador es la glutamina. CH2 NH O C O O CH HN 6. Se lleva a cabo el cierre del anillo imidazol. NH + ATP P O CH 2 O O HO OH 5'-Fosforribosilformilglicinamidina 6 Sintetasa ADP + Pi 7. La carboxilasa que introduce el carbono 6 del anillo a partir de CO2 no es una enzima dependiente de biotina. N O O N H2N + CO2 P O CH 2 O O HO OH 5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol 7 Carboxilasa N OOC O O N H2N + Aspartato + ATP P O CH 2 O O HO OH 5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol-4-carboxílico 8 Sintetasa ADP + Pi 8. En esta reacción se utiliza al aspartato para la formación de un compuesto intermedio covalente. Es necesaria la hidrólisis de ATP para impulsar la reacción. COO HC 9. El aspartato contribuye con el N en posición 1 del anillo de purina. Se libera fumarato. O N NH C CH 2 COO N H2N O P O CH 2 O O O HO OH 5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol -4-N-succinocarboxamida 9 Adenilsuccinato liasa Fumarato O N H2N H2N N O O + N10 -formiltetrahidrofolato P O CH 2 O O HO OH 5'-Fosforribosil-5-aminoimidazol-4-carboxamida 10 Transformilasa THF 10. Se añade el último carbono del anillo a partir del N10-formil THF. Además de serina, colina, glicina e histidina pueden aportar unidades de carbono al THF. 11. Por último, se lleva a cabo el segundo cierre de anillo a cargo de la IMP ciclohidrolasa. O N H2N O CH N H O O N P O CH 2 O O HO OH 5'-Fosforribosil-5-formamido imidazol-4-carboxamida 11 H2O O N HN N N O O P O CH 2 O O HO OH Inosina 5'-monofosfato H2O+ NAD+ NADH + H + 12 Aspartato + GTP GDP + Pi 12. El carbono 2 del IMP es oxidado por acción de una deshidrogenasa para obtener xantosina 5’monofosfato (XMP). Por otro lado, al carbono 6 del IMP se le añade aspartato para formar un producto intermediario gracias a la acción de la adenilosuccinato sintetasa. El GMP inhibe la formación de XMP catalizada por la enzima IMP deshidrogenasa, mientras que el AMP inhibe la acción de la adenilosuccinato sintetasa. OOC CH 2 CH COO O N NH HN N N O N N O O + Glutamina + ATP P O CH 2 O O HO N O O P O CH 2 O O OH HO Xantosina 5'-monofosfato GMP Sintetasa N OH Adenilosuccinato Adenilosuccinato liasa Glutamato AMP + PPi Fumarato O Para la síntesis posterior N de GDP y ADP a partir de los respectivos nucleótidos monofosfato, N se requiere de ATP y de las enzimas adenilato cinasa y guanilato cinasa. NH 2 N HN H2N O N N N N O O P O CH 2 O O HO La GMP sintetasa transforma a XMP en guanosina 5’monofosfato. El donador del grupo amino es la glutamina. Mientras que la liasa cataliza la ruptura del adenilosuccinato para formar AMP y fumarato. O P O CH 2 O O OH HO Guanosina 5'-monofosfato GMP + ATP 2 GDP AMP + ATP 2 ADP OH Adenosina 5'-monofosfato Finalmente, los nucleótidos difosfato por acción de una sola enzima, la nucleótido difosfato cinasa es capaz de producir cualesquiera de los nucleótidos trifosfato e incluso los desoxirribonucleótidos trifosfato. ATP + GDP ADP + GTP Síntesis de OMP y de los nucleótidos de uridina y citidina Todas las enzimas necesarias para la síntesis de nucleótidos de pirimidina se encuentran en el citoplasma celular. La producción de nucleótidos de pirimidina comienza con la síntesis de carbamoilfosfato en una reacción del todo análoga a la llevada a cabo por la enzima carbamoilfosfato sintetasa I mitocondrial necesaria para la síntesis de urea. Los productos de la vía son UTP y CTP. Los dos primeros pasos de la vía son los que limitan la velocidad. CO2 + Glutamina + 2 ATP 1 Carbamoil fosfato sintetasa II O Glutamato 2 ADP + Pi O H2N C O + Aspartato P O O Carbamoilfosfato 1. La síntesis de carbamoilfosfato se lleva a cabo a partir de CO2 y del amoniaco de la glutamina, además del aporte energético de dos moléculas de ATP. La carbamoilfosfato sintetasa II es inhibida por nucleótidos de purina y UTP, y activada por PRPP y ATP. 2. El carbamoilfosfato reacciona con el aspartato para dar carbamoilaspartato mediante la participación de la enzima aspartato transcarbamoilasa. La enzima está sujeta a regulación alostérica, es inhibida por CTP y activada por ATP. 2 Aspartato transcarbamoilasa Pi 3. En una reacción catalizada por la dihidroorotasa, el carbamoilaspartato forma el anillo de dihidroorotato. O O H2 N O C C CH2 CH N COO H + H2O Carbamilaspartato 3 Dihidroorotasa O HN O C C N H CH2 + NAD+ CH COO Dihidroorotato Dihidroorotato deshidrogenasa 4 NADH + H + 4. Por acción de la dihidroorotato deshidrogenasa el NAD+ oxida al dihidroorotato para formar orotato. O HN O C C N H CH + PRPP C COO Orotato 5 Orotato fosforribosiltransferasa PPi O HN O C N O O C CH C COO P O CH 2 O O HO OH 5. Al anillo de orotato se le añade la forma activada de la ribosa, el PRPP para formar el nucleótido de pirimidina OMP. La orotato fosforribosiltransferasa y la OMP descarboxilasa forman parte de una sola enzima, la UMP sintasa. En la aciduria orótica hay una deficiencia en una o las dos actividades de esta proteína. La enfermedad es un trastorno genético raro que se caracteriza por anemia megaloblástica, retraso en el crecimiento y excreción de grandes cantidades de orotato en la orina. 6. La orotidina 5’-monofosfato se decarboxila dando lugar a uridina 5’fosfato. El UMP es el precursor de todos los demás nucleótidos pirimidínicos. En la aciduria orótica hereditaria (tipo 2), la actividad enzimática deficiente es de la OMP descarboxilasa. La enfermedad también se caracteriza por el aumento de los niveles de orotato en la orina. Orotidina 5'-monofosfato 6 OMP descarboxilasa CO2 O HN O C O O P O O C N CH 2 O HO CH CH La uridina 5’-fosfato se convierte en UDP por medio de la nucleótidomonofosfatocinasa, que utiliza ATP como donador del grupo fosfato. Posteriormente el UDP se fosforila para formar UTP por acción de la enzima de amplia especificidad, la nucleótido difosfato cinasa. OH Uridina 5'-monofosfato El UTP se puede transformar en citidina trifostato al cambiar el grupo carbonilo en un grupo amino por acción de la citidilato sintetasa. Esta reacción requiere de ATP y de glutamina como donador del grupo amino. O HN O O O O N O O P O P O O C P O O C NH 2 CH CH O C O O O O P O P O P O CH 2 O HO N O OH Uridina trifosfato O O CH N CH CH 2 O HO OH Citidina trifosfato VÍAS DE RECUPERACIÓN DE BASES Las bases preformadas y nucleósidos generadas por la degradación de los ácidos nucleicos durante el recambio celular o provenientes de la dieta, pueden ser recuperadas y convertidas otra vez en nucleótidos para satisfacer los requerimientos celulares. Las rutas de recuperación son una alternativa muy económica para la síntesis de nucleótidos, requieren en su mayoría el uso de PRPP como donador de la ribosa 5fosfato. La citidina fosfato no puede ser sintetizada por este mecanismo. Adenina fosforribosiltransferasa Adenina + PRPP AMP + PPi Hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa Hipoxantina + PRPP IMP + PPi Hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa Guanina + PRPP GMP + PPi Pirimidina fosforribosiltransferasa Uracilo + PRPP UMP + PPi Pirimidina fosforribosiltransferasa Timina + PRPP TMP + PPi Timidina cinasa Timidina + ATP TMP + ADP La deficiencia de la enzima adenina fosforribosiltransferasa produce una incapacidad para recuperar la adenina, la cual se oxida a un compuesto muy insoluble, la 2,8dihidroxiadenina. La alteración es de carácter autosómico recesivo, y en individuos homocigotos se puede llegar a desarrollar urolitiasis e insuficiencia renal. La actividad de la enzima hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa responsable de la recuperación de la hipoxantina y de la guanina está disminuida en dos síndromes clínicos: a) el síndrome de Kelly-Seegmiller, caracterizado por un déficit parcial de la enzima que cursa con hiperuricemia, trastornos neurológicos y sin conducta automutilante, y b) el síndrome de Lesch-Nyhan, que se caracteriza por una deficiencia completa de la enzima y una elevada sobreproducción de ácido úrico, retraso mental y automutilación compulsiva. La deficiencia de hipoxantina-guanina fosforribosiltransferasa se transmite de forma recesiva ligada al cromosoma X. CONVERSIÓN DE RIBONUCLEÓTIDOS EN DESOXIRRIBONUCLEÓTIDOS Los desoxirribonucleótidos se forman mediante la reducción directa del grupo hidroxilo en posición 2' de la ribosa. La ribonucleótido reductasa es la enzima que cataliza la conversión de los nucleósidos difosfato (ADP, GDP, CDP y UDP) a su formas desoxi (dADP, dGDP, dCDP y dUDP). dADP, dGDP, dCDP o dUDP ADP, GDP, CDP o UDP Enzima Base SH Base SH O O O O O P O P O P O P O O O O CH 2 O O Tiorredoxina Enzima SH S SH HO Tiorredoxina OH O CH 2 O S S Ribonucleósido 5'-difosfato S HO H Desoxirribonucleósido 5'-difosfato NADPH NADP El donador inmediato de los átomos de hidrógeno para la reducción son dos grupos sulfhidrilos localizados en el centro activo de la propia enzima, quien durante la reacción, forma un puente disulfuro. Para reducir el puente disulfuro se requiere de tiorredoxina, la cual requiere, a su vez, de ser reducida mediante la participación de la tiorredoxina reductasa y el NADPH como donador de los hidrógenos (para completar la reacción). Para proveer los desoxirribonucleótidos requeridos para la síntesis de DNA, la ribonucleótido reductasa está sujeta a control alostérico por retroalimentación positiva o negativa , tal y como se muestra en el siguiente esquema: ADP dATP dTTP dGTP dADP GDP dATP dGTP dTTP dGDP CDP dATP dTTP dGTP dCDP UDP dATP dTTP dGTP dUDP El timidilato se origina por transferencia de un metilo que se une al átomo de carbono en posición 5 del anillo de la desoxirribouridina monofosfato (dUMP). La reacción es catalizada por la enzima timidilato sintasa y el donador del grupo metilo es el N5-N10metilen THF. En esta reacción, el N5-N10-metilen THF contribuye no sólo con el grupo metileno, sino también con dos átomos de hidrógeno, con lo que se oxida a dihidrofolato. O HN O C O O P C N O CH CH HN N5-N10-Metilen THF C N C CH 3 CH O P O CH 2 O CH 2 O O O O C O O Dihidrofolato HO H HO Desoxirribouridina 5'-monofosfato H Timidina 5'-monofosfato Diversos compuestos que interfieren en la síntesis o interconversión de nucleótidos son utilizados como agentes quimioterapéuticos para disminuir la velocidad de crecimiento de las células cancerosas o como agentes antivíricos para el tratamiento de infecciones por el herpesvirus (HSV) y el virus de inmunodeficiencia humana (VIH), así como para el tratamiento de infecciones microbianas y parasitarias. En la siguiente tabla se muestran algunos de ellos: Nombre del compuesto Aciclovir (acicloguanosina) Arabinósido de citosina Azaserina 3'-Azido-3'-desoxitimidina (AZT) 5-Fluorouracilo 6-Mercaptopurina Metotrexato Sulfametoxazol Trimetoprim Características, efecto o sitio de acción Análogo de purinas. El Aciclovir se fosforila para dar el aciclovirtrifosfato, que bloquea en forma competitiva a la DNA polimerasa viral, lo que impide la síntesis del DNA vírico. Se convierte en citosina arabinósido 5'-trifosfato (ara-CTP) que compite con el dCTP en la síntesis del DNA. Se emplea como antineoplásico en el tratamiento de la leucemia. Es un inhibidor de la actividad enzimática en donde interviene la glutamina como donador de grupos amino, se emplea como un antineoplásico y como agente inmunosupresor. Análogo de pirimidinas. El AZT se fosforila para dar el AZTtrifosfato que bloquea la replicación del virus de inmunodeficiencia humana (VIH) al inhibir la DNA polimerasa del virus. Análogo del uracilo, se convierte en las sustancias activas fluorodesoxiuridina 5 '-monofosfato que es un potente inhibidor de la timidilato sintasa y fluorouridina 5'-trifosfato, el cual interfiere con la síntesis del RNA. Análogo de purinas, forma 6-mercaptopurina ribonucleótido 5'monofosfato, que inhibe la acción de la PRPP amidotransferasa y la conversión de IMP a AMP y GMP. Se utiliza como un antineoplásico y como agente inmunosupresor. Análogo del folato que inhibe competitivamente a la dihidrofolato reductasa, interfiere con la formación del THF activo, por lo que también interfiere en la síntesis de DNA, RNA, timidilato y proteínas. Se emplea como un antineoplásico. Se utiliza como antibacteriano sistémico y antiprotozoario. Análogo estructural del ácido aminobenzoico que inhibe de manera competitiva a la enzima bacteriana dihidropteroato sintetasa, que es la responsable de la incorporación del ácido aminobenzoico al dihidrofolato. En consecuencia, bloquea la síntesis del dihidrofolato e interfiere en la formación del THF activo, que es necesario en la síntesis de purinas, timidilato y DNA. Análogo del folato, se une a la dihidrofolato reductasa e interfiere en la formación del THF activo. Se emplea como antibacteriano sistémico y antiprotozoario. 6-Tioguanina Antineoplásico utilizado en el tratamiento de la leucemia. Se transformada en ácido tioguanílico por la enzima hipoxantinaguanina fosforribosiltransferasa e interfiere con la síntesis de los nucleótidos de la guanina en varias etapas. VÍAS DE DEGRADACIÓN DE LOS NUCLEÓTIDOS En general, las vías de degradación de los ácidos nucleicos se llevan a cabo por el mismo tipo de reacciones en las células y en el tracto digestivo. En primer lugar, el DNA y el RNA son degradados por endo y exonucleasas produciendo nucleótidos. Los nucleótidos son desfosforilados a nucleósidos por nucleotidasas o fosfatasas. Después los nucleósidos son degradados por nucleosidasas o nucleósido fosforilasas a la base libre correspondiente y ribosa. DNA o RNA Endo y exonucleasas Nucleótidos Fosfatasas Nucleotidasas Nucleósidos Nucleósido fosforilasas Nucleosidasas Bases libres y ribosa o ribosa-fosfato Las bases púricas son degradadas a hipoxantina y xantina que posteriormente se oxida a ácido úrico en una reacción muy compleja, mientras que en las rutas de degradación de las pirimidinas se producen compuestos altamente solubles, como la -alanina y la aminoisobutirato, además de CO2 y NH3. Degradación de purinas El producto final del catabolismo de purinas en humanos, aves, ciertos reptiles e insectos, es el ácido úrico. En otros organismos, el ácido úrico se degrada a alantoína, alantoato, urea o amoniaco. Las vías de degradación de los nucleótidos de adenosina y guanosina constan de reacciones independientes que convergen en la producción de xantina, la cual es luego oxidada por la xantina oxidasa hasta ácido úrico, el producto final que es eliminado en la orina. El AMP se degrada al nucleósido inosina a través de dos rutas: por la acción de una nucleotidasa produce adenosina que posteriormente se desamina; o bien, por desaminación para producir IMP que finalmente se convierte en inosina por acción de una nucleotidasa. La inosina se convierte en la base púrica hipoxantina, que se oxida a xantina. El GMP se hidroliza primero a guanosina, mismo que más adelante se convierte en guanina y xantina por la acción de una nucleotidasa, una nucleósido fosforilasa y una desaminasa. Finalmente, la xantina se oxida hasta ácido úrico por acción de la xantina oxidasa, una enzima que requiere de oxígeno molecular como aceptor de electrones. AMP Adenosina GMP NH3 Pi IMP Inosina Guanosina Ribosa 1-fosfato O O N N HN HN N H2N NH Hipoxantina H2O + O2 N NH Guanina Guanina desaminasa Xantina oxidasa O H2O2 NH3 N HN O NH NH Xantina H2O + O2 Xantina oxidasa H2O2 O NH HN O O NH NH Ácido úrico Varias enfermedades son consecuencia de alteraciones en la vía de degradación de las purinas. La gota es la alteración de las purinas más frecuente; se caracteriza por concentraciones sanguíneas excesivas de ácido úrico, que traen como resultado la acumulación y cristalización del ácido úrico en el líquido sinovial de las articulaciones. La gota puede ser tratada con alopurinol, sustancia que actúa como inhibidor de la xantina oxidasa reduciendo la formación de ácido úrico. Degradación de pirimidinas La degradación de pirimidinas genera compuestos solubles en agua, por lo que no se producen problemas clínicos de importancia, aun si se llegaran a encontrar cantidades excesivas de pirimidinas en el organismo. La citidina y la desoxicitidina se desaminan a uridina y desoxiuridina, que producen la base libre uracilo, la cual al degradarse tiene como productos finales la -alanina, el CO2 y el NH3. La timina se degrada por una ruta diferente que conduce al aminoisobutirato, CO2 y NH3. Todos los productos son eliminados como materiales de desecho y los -aminoácidos se pueden utilizar para la síntesis de acetil-CoA o succinilCoA. Las rutas se muestran en el siguiente esquema. O (Desoxi)Citidina HN NH 3 O C (Desoxi)Uridina C N H C CH 3 CH Timina NADPH (Desoxi)Ribosa-1-fosfato NADP + Uracilo O NADPH HN NADP + O O HN O C C N H C H2 N H2 N O C O N H O CH2 C O C CH CH 3 CH2 CH2 N H CH2 -Ureidoisobutirato H2O -Ureidopropionato H2O NH 3 + CO 2 Urea NH 3 + CO 2 OOC CH 3 CH2 O C N H CH Dihidrotimina CH2 Dihidrouracilo O C CH 2 CH 2 NH 2 -Alanina Acetil-CoA OOC CH CH 2 NH 2 CH 3 -Aminoisobutirato Succinil-CoA REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS Rossiter BJF, Caskey CT. 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