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COMPLEMENTO TEÓRICO DE MICROBIOLOGÍA AGRÍCOLA FACULTAD DE CIENCIAS AGROPECUARIAS UNIVERSIDAD NACIONAL DE CÓRDOBA ÍNDICE UNIDAD TEMA Página I Grupos microbianos 1 II Metabolismo microbiano 41 III Taxonomía y crecimiento bacteriano 67 IV Ecología microbiana 79 V Degradación de compuestos orgánicos en el suelo 93 VI Disponibilidad de nutrientes para las plantas 113 VII Fijación biológica de N2 129 VIII Fertilizantes biológicos 143 IX Degradación de residuos orgánicos 155 X Microbiología del agua 163 XI Procesos microbianos de la conservación y producción de alimentos 179 XII Microbiología ruminal 203 Personal de la Asignatura que participó en la elaboración y corrección de este Complemento Teórico Ing. Agr. Dr. Enrique Iván Lucini Dra. Carolina Merlo Dra. Laura Belén Noé Dra. Marina Bruno Biol. Carolina Vázquez Ing. Agr. Lucas Dubini Ing. Agr. Aylen Ocampo Ing. Agr. Boris Camiletti Bioq. María Paula Martín Ing. Agr. Soraya Salloum Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 1 UNIDAD I: GRUPOS MICROBIANOS Importancia del estudio de la microbiología La microbiología es una ciencia que trata el estudio de los microorganismos, un extenso y variado grupo de organismos microscópicos que existen como células aisladas o que viven formando agrupaciones celulares que se pueden observar a simple vista. La microbiología también incluye el estudio de los virus, ya que son organismos microscópicos, pero que no son considerados células. Por lo tanto, la microbiología como ciencia se centra en dos temas principales: a) la comprensión de los procesos vitales básicos que ocurren en los microorganismos (metabolismos) y b) la aplicación de ese conocimiento para beneficio de la humanidad. El estudio de la microbiología es importante debido a que los microorganismos están implicados en numerosos procesos y conflictos que son importantes en la industria, la medicina y la agricultura. Los microorganismos constituyen en conjunto la biomasa mayor del planeta y realizan numerosos procesos que son necesarios para el desarrollo de otros organismos. En ausencia de microorganismos nunca podrían haber surgido otras formas de vida ni podrían mantenerse en la actualidad. Incluso el oxígeno que respiramos actualmente es consecuencia de la actividad microbiana del pasado. Los microorganismos pueden ser benéficos o perjudiciales para el hombre. Es importante destacar, que algunas de las enfermedades más importantes de humanos, animales y plantas son causadas por microorganismos, pero por otro lado, los microorganismos desempeñan importantes funciones en la fertilidad de los suelos y en la producción animal. Además, muchos procesos industriales a gran escala se basan en el uso de microorganismos. Como el estudio de los microorganismos abarca una gran cantidad de tipos, morfologías, usos y características, la microbiología se encuentra dividida en numerosas subdisciplinas. Particularmente, la Microbiología Agrícola es una subdisciplina de la Microbiología que tiene como objetivo el estudio de los procesos microbiológicos que se producen en el suelo, agua, alimentos, etc. y que involucran a la producción agropecuaria. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 2 Los microorganismos contribuyen de manera global al funcionamiento de los ecosistemas del planeta y ayudan al desarrollo sostenible de la biósfera. En este sentido, desde un punto de vista ecológico, los microorganismos que habitan el suelo (microorganismos edáficos) constituyen el estamento de los descomponedores, que junto a los productores (plantas) y consumidores (herbívoros y carnívoros) son la base del funcionamiento de los ecosistemas. Los organismos descomponedores son los responsables de la degradación de los restos orgánicos muertos y la liberación de nutrientes que servirán de base para la productividad primaria del sistema, cerrando el ciclo de los elementos (Figura 1). Fig. 1: Cadena trófica en ecosistemas naturales La actividad de los microorganismos edáficos es de suma importancia en los sistemas agropecuarios, debido a que existe una elevada extracción de nutrientes provocada por las cosechas y el pastoreo (Figura 2). En la actualidad, el estudio de los microorganismos edáficos cobra especial relevancia teniendo en cuenta que se persigue una productividad agrícola sustentable, la preservación del ambiente y la producción de alimentos orgánicos. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 3 Fig. 2: Cadena trófica en agroecosistemas Desde el punto de vista industrial, los microorganismos son cultivados a gran escala, para obtener productos comerciales o realizar importantes transformaciones químicas. La industria pretende potenciar las reacciones metabólicas que pueden realizar los microorganismos para producir en mayor cantidad (alto rendimiento) el producto de interés. De esta forma, se pueden producir biofertilizantes (inoculantes), productos farmacéuticos (antibióticos), aditivos alimenticios (aminoácidos y vinagre), enzimas, productos químicos (alcohol o ácido cítrico), y bebidas como el vino y la cerveza entre otras. Características de los microorganismos Se denomina microorganismo a la forma de vida que se desarrolla en una sola célula. Aunque el organismo esté compuesto por más de una célula (pluricelular), cada célula es funcionalmente autónoma en sí misma. Los microorganismos no poseen tejidos ni órganos, es decir que no presentan células especializadas en cumplir una única función como sucede en los organismos superiores, por ejemplo células especializadas en el transporte (xilema de las plantas), células especializadas en la absorción de nutrientes en animales (células intestinales), etc. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 4 Hay una serie de características propias de los microorganismos que les confieren particularidades de carácter funcional muy importantes: Tamaño reducido: en general, las células microbianas son muy pequeñas particularmente las procariotas. Cada célula microbiana varía en general entre 1 y 15 m (entre 10 y 100 veces menor que una célula vegetal). Superficie de intercambio muy grande: tener mucha superficie en relación al volumen corporal le otorga a las células alta capacidad de intercambio con el medio. Esto significa que los organismos tienen una alta tasa de absorción (de agua, gases, alimentos) y de excreción. Ser una célula de tamaño pequeño tiene sus ventajas. Las células pequeñas poseen más área superficial en relación al volumen celular que las células más grandes; es decir, tienen una relación superficie/volumen mayor. Además, el hecho que muchos microorganismos presentan células de formas esféricas o cilíndricas les confieren mayor superficie en relación al volumen del cuerpo. Alto metabolismo: es conocido que todos los organismos vivos muestran alguna forma de metabolismo. Dentro del entramado del compartimiento físico que define a una célula, se toman nutrientes del medio externo y se los transforma químicamente. Durante este proceso se produce energía y se eliminan productos de desecho. Una alta tasa de absorción determina una alta disponibilidad de nutrientes, lo que favorece un metabolismo muy activo. Por esta causa, se sabe que los organismos de tamaño reducido tienen una tasa metabólica más elevada que los de mayor tamaño. Reducido tiempo de generación: todo organismo con alta tasa metabólica tiende a tener también una alta tasa reproductiva. Este hecho, sumado a que los microorganismos se reproducen generalmente de manera asexual (por fisión binaria), hace que las divisiones celulares sean muy frecuentes (algunos se dividen cada 15 minutos) y que el aumento de la población sea exponencial. Esto se aprecia muy bien en la aparición y rápida difusión de enfermedades provocadas por los agentes microbianos. Alta diversidad genética: cuando el ADN se duplica frecuentemente, tiene altas probabilidades de sufrir mutaciones. Los microorganismos presentan altas tasas de mutaciones lo cual provoca que la variabilidad genética sea muy alta y Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 5 que la variación genotípica en bacterias sea evidente en cortos períodos de tiempo. Distribución muy amplia: el hecho de tener alta variabilidad genética confiere a los microorganismos la posibilidad de adaptarse a ambientes muy diferentes (ubicuidad). Prácticamente no existe ningún lugar en el planeta que no esté habitado por microorganismos (salvo la sangre y órganos de animales sanos). Variabilidad metabólica: esta alta capacidad de adaptación lleva implícito que los microorganismos puedan tener una enorme variedad de metabolismos totalmente diferentes del resto de los organismos vivos. Esa particularidad hace que sean los únicos responsables de procesos clave en los ecosistemas como: la liberación y disponibilidad nutrientes para las plantas, la descomposición y detoxificación de elementos contaminantes, etc. Además, esta amplia variabilidad metabólica permite la utilización de muchos procesos metabólicos microbianos en la industria. Microorganismos: grupos microbianos Desde el punto de vista morfológico-funcional se pueden diferenciar tres grandes grupos de microorganismos: procariotas, eucariotas y virus. Microorganismos procariotas Son microorganismos que poseen células procarióticas. Dentro de este gran grupo se encuentran las eubacterias (bacterias verdaderas), los actinomycetes, las cianobacterias, y otros grupos de menor importancia para la microbiología agrícola (por ejemplo: arqueas, rickettsias, mixobacterias, etc.). Eubacterias Las eubacterias pertenecen al dominio Bacteria y constituyen más del 90% de la biomasa activa del suelo. Las eubacterias son microorganismos unicelulares, Gram positivos o Gram negativos, aeróbicos o anaeróbicos, que pueden presentar forma de cocos, bacilos o espirilos. El grupo de las eubacterias contiene una enorme variedad de procariotas, algunos patógenos y otros no. Muchos son descomponedores de la materia orgánica y responsables de la liberación de nutrientes. Además, muchas especies de eubacterias son patógenas de gran importancia en sanidad animal, humana y vegetal. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 6 Actinomycetes Los actinomycetes forman un grupo de bacterias Gram positivas filamentosas aeróbicas o anaeróbicas. Estas bacterias al crecer y ramificarse forman estructuras en forma de redes semejantes a las de los micelios de los hongos filamentosos pero mucho más pequeños (Figura 3). Son bacterias que forman esporas asexuadas que suelen denominarse conidios y que no son análogas a las de las endosporas (estructuras reproductivas de resistencia) de las bacterias Gram positivas. Si bien pueden existir algunos actinomycetes acuáticos, la mayoría son terrestres y tienen enorme importancia en los suelos, ya que algunos pueden producir enzimas hidrolíticas extracelulares lo cual les permite utilizar grandes moléculas orgánicas como polisacáridos (almidón, celulosa y hemicelulosa), proteínas y lípidos. Algunos pueden descomponer hidrocarburos, lignina y taninos. Causan habitualmente un olor semejante a tierra mojada debido a un compuesto que presentan: la geosmina. Algunas especies de actinomycetes son parásitos de plantas, como el agente de la sarna de la papa (Streptomyces spp.) o de animales, por ej., el causante de la tuberculosis y la lepra (Mycobacterium spp.). Además, pueden producir más de 60 tipos de antibióticos que son habitualmente utilizados en la medicina humana y veterinaria. Fig.3: Actinomycetes. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 7 Cianobacterias Las cianobacterias son microorganismos fotosintéticos uni o pluricelulares (filamentosos) que viven en ambientes terrestres y acuáticos (agua dulce o marinos). La estructura de la pared bacteriana de cianobacterias es similar a la de bacterias Gram negativas. Muchas cianobacterias producen cubiertas mucilaginosas denominadas vainas, que unen entre sí grupos de células o de filamentos (Figura 4). Filogenéticamente, las cianobacterias representan la transición entre las bacterias y las plantas superiores, ya que los orgánulos fotosintéticos de los eucariotas (cloroplastos), están relacionados con las cianobacterias. Las cianobacterias han sido muy importantes para el desarrollo de la vida en la tierra ya que fueron los primeros organismos con fotosíntesis oxigénica (con producción de oxígeno) que aparecieron en la tierra. La producción de oxígeno en la tierra primitiva permitió el posterior desarrollo de organismos superiores como las plantas, animales y el hombre. Las cianobacterias tienen pigmentos fotosintéticos como la clorofila a, ficocianinas y ficobilinas que les otorgan un típico color azul-verdoso. La importancia de las cianobacterias radica en que constituyen un componente muy importante de la productividad primaria en ambientes acuáticos. En la actualidad, estas bacterias tienen relevancia por su desarrollo masivo (sufren explosiones poblacionales de gran magnitud) en ambientes lacustres ricos en nutrientes (eutroficados), como es el caso del Lago San Roque (Córdoba). Las cianobacterias pueden producir toxinas en estos sistemas que afecten al hombre o animales, pero además, generan mal olor en el agua y su desarrollo masivo muchas veces dificulta los procesos de potabilización. Heterocisto Fig. 4: Cianobacterias Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 8 Arqueas Son microorganismos extremófilos, siendo capaces de crecer a valores extremos de pH, mayores temperaturas y salinidades que cualquier otro organismo conocido (Figura 5). Las arqueas son microorganismos constituidos por células procarióticas que presentan varias modificaciones morfológicas, principalmente la membrana celular, lo cual les otorgar mayor resistencia para tolerar las condiciones ambientales extremas. Son organismos dominantes en lugares de alta salinidad (salares), alta temperaturas (cráteres de volcanes), baja cantidad de oxígeno (fondos marinos), etc. Algunas arqueas son muy relevantes porque son metanógenas (producen metano) como parte integral de su metabolismo. Fig. 5: Arqueas Microorganismos eucariotas Son microorganismos constituidos por células eucariotas e incluyen a grupos como las algas, protozoos y hongos. Algas Las algas son los típicos organismos eucariotas que realizan fotosíntesis oxigénica y que habitan generalmente en ambientes acuáticos (de agua dulce y marinos). Las algas pueden ser unicelulares microscópicas (constituyendo el fitoplancton) o pluricelulares (filamentosas) y de gran tamaño viviendo fijas o flotantes en el agua (Figura 6). Existen varios tipos y morfologías de algas, sin embargo, las más conocidas son las algas verdes y las rojas. Las algas verdes (clorófitas) crecen principalmente en agua dulce y tienen clorofila a y b pero carecen de ficobilinas. Otras como las algas rojas (rodófitas) tienen clorofila a y Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 9 un pigmento llamado ficoeritrina que les otorga el color rojo característico. Estas algas viven predominantemente en hábitats marinos. La importancia de las algas radica en que son productores primarios en ecosistemas acuáticos. Volvox Micrasterias Scenedesmus Rodophyta: Gracilaria Fig. 6: Fotomicrografía de algas verdes unicelulares típicas. Protozoos Los protozoos son microorganismos unicelulares que no presentan pared celular. Pueden ser ameboidales, móviles (ciliados o flagelados) o inmóviles. Pueden ser acuáticos (marinos o de agua dulce) y terrestres (Figura 7). Muchos pueden ser predadores de bacterias, otros son saprofitos y también pueden ser parásitos. Muchos juegan un importante rol en la salud humana ya que son los responsables de importantes enfermedades como la enfermedad de Chagas, donde el protozoo (Trypanosoma cruzi) es transmitido a través de la vinchuca; o la malaria, donde el protozoo (Plasmodium spp.) es transmitido por los mosquitos. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 10 Stentor Vorticella Paramecium Sin pared celular Móviles o inmóviles Ameba Predadores Saprófitos Parásitos Didinium Fig. 7: Protozoos más comunes en suelo y agua Hongos Los hongos constituyen un gran grupo de organismos, diversos y muy extendido que incluye a los mohos, setas y levaduras. La mayoría de los hongos son pluricelulares y forman un entramado de filamentos denominados hifas. Las hifas a menudo crecen juntas formando unos ovillos compactos denominados colectivamente micelios. Las hifas pueden ser septadas (con paredes que la dividen en células separadas) o cenocíticas (muchos núcleos sin formación de septos) (Figura 8). Los hongos forman esporas asexuadas (conidios) a partir de hifas que se extienden desde el micelio. No obstante, algunos hongos pueden formar estructuras reproductivas macroscópicas denominadas setas (cuerpos de fructificación) que también producen esporas. Sin embargo, hay hongos como las levaduras que son unicelulares y microscópicos (Figura 9). Los hongos tienen hábitats muy diversos, sin embargo la mayoría son terrestres. Estos organismos habitan el suelo o sobre la materia vegetal muerta y cumplen una importante función en la degradación de la materia orgánica. Una función ecológica importante de los hongos es la descomposición de la Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 11 lignina (constituyente importante de plantas leñosas) y de la celulosa. Algunas especies de hongos establecen simbiosis con algas superiores o con cianobacterias, formando los organismos llamados líquenes. Hifas: a) cenocítica, b) tabicada mononucleada, c) tabicada binucleada Fig. 8: Tipos de hifas de hongos Fig. 9: Hongos uni y pluricelulares. Levaduras y Aspergillus (derecha) Muchos hongos son responsables de enfermedades con relevancia económica de plantas cultivadas. Otros pueden causar enfermedades en animales o en el hombre (micosis). Pero también algunos son importantes para el hombre ya que son utilizados para la síntesis de antibióticos y para algunos procesos fermentativos. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 12 Virus Los virus representan una clase importante de microorganismos, sin embargo, no son considerados células, debido a que carecen de muchos atributos presentes en ellas. Por ejemplo, un virus sólo adquiere el atributo clave de todos los sistemas vivos (reproducción), cuando infecta a una célula. Además, a diferencia de las células, los virus no tienen capacidad metabólica propia. Por lo tanto son considerados parásitos intracelulares obligados de células vivas. Esta característica provoca que sean causantes de importantes enfermedades en plantas, animales y el hombre. Sin embargo, también pueden infectar bacterias (bacteriófagos) (Figura 9) y arqueas. Los virus presentan una amplia diversidad de formas y tamaños y son unas 100 veces más pequeños que las bacterias. Una partícula vírica completa, conocida como virión, consiste en un ácido nucleico rodeado por una capa proteica protectora llamada cápside. Las cápsides pueden tener forma helicoidal o icosaédrica. Además, los virus pueden estar rodeados de una envoltura que es una capa lipídica externa que rodea al virus (Figura 10). Fig. 10: Estructura de bacteriófago Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 13 Fig. 10: Diferentes tipos de virus Células microbianas Un análisis detallado de la estructura celular interna de las células microbianas y de otras propiedades permite diferenciar dos tipos de células: las procariotas y las eucariotas. Las células procariotas son las más simples estructuralmente (no presentan orgánulos celulares) y también en general son las más pequeñas. Como toda célula, están delimitadas por una membrana plasmática que contiene pliegues hacia el interior (invaginaciones) que están relacionados con diversas funciones. La célula procariota por fuera de la membrana plasmática está rodeada por una pared celular. En el interior de la célula es posible hallar una región más densa, llamada nucleoide, donde se encuentra el material genético (ADN). Es decir que el ADN no está separado del resto del citoplasma por una membrana nuclear como ocurre en eucariotas. Las células procariotas pueden tener distintas estructuras que le permiten la locomoción y el movimiento (Figura 11). En cambio, las células eucariotas tienen un modelo de organización mucho más complejo que las procariotas (Tabla 1). Su tamaño es mucho mayor y en el citoplasma es posible encontrar un conjunto de estructuras celulares rodeadas por membranas que cumplen diversas funciones y que en conjunto se denominan organelas u orgánulos celulares. Entre las células eucariotas podemos distinguir dos tipos de células que presentan algunas diferencias: células animales y vegetales. Las células animales (Figura 13) no poseen pared celular y las células vegetales presentan por fuera de la membrana plasmática, una pared celular que les brinda protección y que tiene Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 14 una composición distinta (celulosa) (Figura 12) a las paredes que se encuentran en las células procariotas (peptidoglicano). Fig. 11: Estructura de una célula procariota típica Fig. 12: Estructura de una célula eucariota vegetal Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 15 Fig. 13: Estructura de una célula eucariota animal Tabla 1. Principales diferencias entre células procariotas y eucariotas CELULA PROCARIOTA Núcleo CÉLULA EUCARIOTA no envuelto por membrana envuelto por membrana un cromosoma circular varios cromosomas fisión binaria mitosis Aparato fotosintético en membranas (tilacoides) en cloroplastos Aparato respiratorio en membranas en mitocondrias 70s 80s Cromosomas División celular Tipo de ribosomas Pared celular Tamaño Orgánulos peptidoglicano sin pared o con pared de celulosa <1 y 15 m 10-100 µm no posee si posee Relaciones evolutivas entre los microorganismos Aunque las células se puedan diferenciar entre procariotas y eucariotas, la estructura celular no implica necesariamente una relación evolutiva. Sin embargo, en la actualidad se pueden determinar relaciones filogenéticas (evolutivas) entre los microorganismos a través de técnicas de la biología molecular. Estos métodos se basan en comparaciones de la secuencia de ácidos nucleicos, particularmente la secuencia del ARN ribosomal. Por lo tanto, los cambios en la secuencia del ARN ribosomal pueden ser usados como una Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 16 medida para establecer relaciones evolutivas entre los organismos. En el caso de los microorganismos, a partir de los estudios hechos sobre las secuencias del ARN ribosomal 16S (para células procariotas) y 18S (para células eucariotas), se pueden definir tres dominios o linajes celulares evolutivamente diferentes. Dos de estos linajes presentan células procariotas y uno de ellos presenta células eucariotas (Figura 14). Los grupos o linajes son: - Dominio Bacteria: comprende a organismos unicelulares con células procariotas y pared celular compuesta por peptidoglicano. - Dominio Archaea: organismos procariotas unicelulares y cuya pared celular no presenta peptidoglicano. - Dominio Eukarya: comprende todos los organismos que presentan células eucariotas (entre los Eukarya que son microorganismos encontramos a los hongos, protozoos y algas). Se piensa que estos tres linajes evolutivos se originaron muy pronto en la historia de la vida sobre la tierra por divergencias a través un organismo ancestral en común. Fig. 14: Árbol filogenético de los seres vivos deducido a través de la secuenciación comparativa del gen del ARN ribosomal. El árbol está formado por los tres dominios: Bacteria y Archaea (organismos procariotas) y Eukarya (organismos eucariotas). Solamente se muestran algunos organismos representativos dentro de cada dominio. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 17 Morfología de los procariotas En microbiología, el término morfología hace referencia a la forma de las células. Las células procariotas presentan morfologías variadas. La mayor parte de las bacterias tienen una forma característica, que permanece más o menos constante, aunque puede estar influenciada por las condiciones ambientales. Dentro de las morfologías más comunes encontramos bacterias con formas esféricas u ovoides que se denominan cocos. Cuando las bacterias presentan una forma cilíndrica se denominan bacilos. Algunos bacilos se curvan en forma espiral y entonces se denominan espirilos (Figura 15). Sin embargo, muchas veces, las células de los procariotas se mantienen juntas después de la división celular formando grupos, y estas asociaciones frecuentemente son características de los diversos géneros. En algunos casos, los cocos forman cadenas como resultado de haberse dividido siempre en el mismo plano. La longitud de tales cadenas puede ser corta (2 células) y en ese caso se llaman diplococos o largas (estreptococos). Además, algunos cocos pueden formar conjuntos parecidos a racimos de uva (estafilococos) y otros se disponen en agrupaciones cúbicas tridimensionales llamadas sarcinas (Figura 15). Cocos Bacilos Apendices bacterianos Fig. 15: Morfología Bacteriana Otros Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 18 Estructuras celulares de las células procarióticas Los componentes estructurales de las células procariotas pueden dividirse en dos grupos: elementos comunes (invariables), es decir, que se encuentran en todos los procariotas y que son absolutamente esenciales para la vida, y elementos no comunes (variables), que se encuentran en algunas células (no en todas) y que están asociadas a funciones específicas (Tabla 2). Tabla 2: Estructuras celulares de las células procariotas. ELEMENTOS COMUNES ELEMENTOS NO COMUNES Pared celular Plásmidos Membranas Flagelos Mesosomas Pilis Tilacoides Cápsulas Vesículas Pedúnculos Zona nuclear Vainas Cromosoma Ribosomas Sustancias de reserva Vacuolas Pigmentos Endosporas Elementos comunes: Estructuras invariables Pared celular: Mureína (Peptidoglicano) Dada la gran concentración de solutos que se alcanza en el interior de la célula bacteriana (gran presión de turgencia), las células bacterianas desarrollan paredes celulares. Las paredes celulares de procariotas presentan una capa rígida que es la que le otorga resistencia a la pared celular. La pared celular es químicamente diferente a la de células eucariotas, siendo uno de los caracteres distintivos entre los organismos procariotas y eucariotas. La función de la pared, aparte de dar rigidez a la célula, también es brindar protección ya que protege a las membranas de los detergentes y tóxicos que pueden dañar a la células, es sitio diana (donde actúan) además de los antibióticos. La capa que le confiere rigidez a la pared celular se denomina peptidoglicano o mureína. La mureína es un heteropolímero que está formado por dos derivados de azúcares: la N-acetilglucosamina (G) y el ácido N- Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 19 acetilmurámico (M) y un pequeño grupo de aminoácidos. La N- acetilglucosamina y el ácido N-acetilmurámico están conectados por uniones glicosídicas β-1,4; pero además el ácido N-acetilmurámico se une mediante uniones peptídicas a una cadena de 4 aminoácidos llamada tetrapéptido del glicano: L-alanina, D-alanina, D-glutámico y lisina o ácido diaminopimélico (DAP) (Figura 16). Durante la síntesis de peptidoglicano se generan largas cadenas que forman una lámina que rodea a la célula. Las cadenas se conectan entre sí por enlaces peptídicos que se establecen entre los aminoácidos del tetrapéptido. El tetrapéptido puede variar en un aminoácido (varía en lisina o alternativamente en DAP). La mureína (peptidoglicano) es un compuesto que solo se encuentra en procariotas pertenecientes al dominio Bacteria. Sin embargo, no todos los organismos procariotas tienen DAP en su tetrapéptido. Otro rasgo peculiar es la presencia de dos aminoácidos de configuración D (D-alanina y D-glutámico) ya que en las proteínas los mismos aminoácidos presentan siempre configuración L. Fig. 16: Estructura de la mureína Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 20 Pared celular de Gram positivas y Gram negativas Las bacterias suelen dividirse en dos grandes grupos en relación a la estructura y composición química de sus paredes celulares: las bacterias Gram positivas y las bacterias Gram negativas. Es importante destacar que la distinción inicial entre estos dos tipos se basa en una tinción diferencial: la tinción de Gram. Gram positivas La pared de las bacterias Gram positivas es estructuralmente más gruesa y químicamente menos compleja que en Gram negativas. En las bacterias Gram positivas hasta un 90% de la pared celular está constituida por mureina. Estas bacterias pueden tener hasta 25 capas de mureina apiladas unas sobre otras. Muchas bacterias Gram positivas presentan embebidos en su pared celular, polisacáridos ácidos denominados ácidos teicoicos (Figura 17). El término ácido teicoico hace referencia a toda la pared, membrana o polímeros capsulares que contienen glicerolfosfato o residuos de fosfato de ribitol. Estos polialcoholes están unidos por ésteres de fosfato y generalmente se les unen otros azúcares. Algunos ácidos que contienen glicerol están unidos a los lípidos de la membrana de bacterias Gram positivas: la íntima asociación de los ácidos teicoicos con los lípidos justifica la denominación de ácidos lipoteicoicos. Los ácidos teicoicos están cargados negativamente y por lo tanto contribuyen a la carga negativa de la pared celular de las bacterias Gram positivas. También pueden proporcionar soporte estructural a la pared celular. Fig. 17: Diagrama global de la pared celular Gram positiva Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 21 Gram negativas En las bacterias Gram negativas la pared celular está compuesta por mureína y una membrana externa. Sólo cerca del 10 % de la pared celular está constituida por mureína y el resto consiste en lípidos, polisacáridos y proteínas que forman una capa exterior que se denomina membrana externa. La membrana externa es una segunda bicapa lipídica pero que además de fosfolípidos y proteínas presenta polisacáridos en su constitución química. Debido a que los lípidos y los polisacáridos se unen formando un complejo se conoce también como capa de lipopolisacárido (LPS) (Figura 18). En la membrana externa la capa de lipopolisacárido se asocia a varias proteínas para formar la hemicapa externa de la misma, mientras que en la hemicapa interna se encuentra el complejo de lipoproteína. Este complejo, son pequeñas proteínas asociadas a lípidos, cuya función es la de anclaje entre la membrana externa y la mureína. En la hemicapa externa de la membrana externa, el LPS sustituye a los fosfolípidos, los que predominan en la hemicapa interna. Fig. 18: Diagrama global de la pared celular Gram negativa Aunque la función de la membrana externa es estructural, una importante propiedad biológica es que resulta tóxica para animales y el hombre debido a que en ella se localizan endotoxinas (toxina no liberada por la célula: puede estar unida a la superficie celular o ser intracelular). Algunos de los efectos tóxicos que provocan algunas de las bacterias patógenas Gram negativas más conocidas (especies de los géneros Escherichia, Salmonella y Shigella) se deben a las toxinas presentes en las membranas externas. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 22 Tinción de Gram: Es un tipo de tinción o coloración diferencial empleada comúnmente en la microbiología para la visualización microscópica de bacterias. Debe su nombre al microbiólogo Danés Christian Gram, que desarrolló la técnica en 1884. Básicamente, la tinción de Gram (se desarrollará completamente en los trabajos prácticos) es una tinción doble ya que se utilizan dos colorantes (cristal violeta y fucsina). El fundamento de la tinción se basa en las diferencias existentes en las paredes celulares de las bacterias Gram positivas y Gram negativas. Las bacterias Gram positivas tienen pared celular muy gruesa con muchas capas de peptidoglicano y las Gram negativas poseen paredes delgadas con menos capas de peptidoglicano. Durante la coloración, primero se agrega el colorante cristal violeta que penetra en todas las células tiñendo a todas las células bacterianas (tanto Gram positivas como Gram negativas) de color azul/violáceo. Luego se agrega lugol que actúa como un mordiente haciendo que el cristal violeta se fije con mayor intensidad a la pared de la célula bacteriana. El yodo penetra dentro de las células y forma un complejo insoluble en solución acuosa con el cristal violeta. Posteriormente el alcohol que se agrega sirve para realizar una decoloración, ya que el complejo cristal violeta/lugol es soluble en alcohol. Los organismos Gram positivos no se decoloran, pero sí los Gram negativos. Para poner de manifiesto las células Gram negativas (ya que quedaron decoloradas) se utiliza la fucsina como colorante de contraste. Después de esta decoloración de contraste las células Gram positivas siguen de color azul/violáceo y las Gram negativas adquieren un color rosado. La diferencia en la tinción se observa en la resistencia a la decoloración, esto se debe a que la membrana externa de las Gram negativas es soluble en solventes orgánicos, como por ejemplo alcohol. La capa de peptidoglicano que posee es demasiado delgada como para poder retener el complejo cristal violeta/lugol que se formó previamente, y por lo tanto el complejo se escapa de la célula, perdiéndose la coloración azul/violácea. Pero por el contrario, en las Gram positivas, al poseer una pared celular más resistente y con mayor proporción de peptidoglicanos, la célula no es susceptible a la acción del solvente orgánico (alcohol), sino que este actúa deshidratando los poros cerrándolos, lo que impide que pueda escaparse el complejo cristal violeta/lugol y mantener de esta forma la coloración azul/violácea. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 23 Células bacterianas que no presentan paredes celulares Si bien la mayoría de las bacterias no pueden sobrevivir sin sus paredes celulares, unos pocos organismos pueden hacerlo: son los micoplasmas. Los micoplasmas constituyen un grupo de bacterias patógenas que causan diversas enfermedades infecciosas en el hombre y otros animales. Estos microorganismos son capaces de vivir sin paredes celulares porque viven como parásitos en hábitats osmóticamente protegidos como el cuerpo humano. Membranas bacterianas La membrana celular o plasmática es una estructura delgada que rodea por completo a la célula. Esta estructura vital es la barrera que separa el interior celular (citoplasma) del exterior y actúa como una barrera selectiva que capacita a la célula para concentrar metabolitos específicos en el citoplasma y para poder excretar sus productos de desecho. Si se destruye la membrana se rompe la integridad de la célula lo cual provoca su muerte. La membrana celular tiene capacidad para sintetizar la pared celular y las cápsulas. La estructura general de las membranas biológicas es la de una bicapa lipídica. La bicapa está compuesta por fosfolípidos y proteínas embutidas dentro de la bicapa. Los fosfolípidos están compuestos por componentes hidrofóbicos (ácidos grasos) e hidrofílicos (glicerol-fosfato). Los fosfolípidos se agregan en bicapas con los ácidos grasos orientados hacia el interior (formando un ambiente hidrofóbico) y las porciones hidrofílicas expuestas a la fase acuosa exterior o al citoplasma. La estructura de la membrana queda estabilizada mediante enlaces puentes de hidrógeno e interacciones hidrofóbicas (Figura 19). Las proteínas de la membrana plasmática presentan zonas hidrofóbicas en regiones que se incluyen en la membrana y zonas hidrofílicas en las regiones que toman contacto con el medio exterior o con el citoplasma. Las proteínas que se encuentran firmemente asociadas y embutidas a la membrana se denominan proteínas integrales de membrana, mientras que las que se asocian a ella en su superficie se denominan proteínas periféricas de membrana (Figura 19). Por lo general, estas proteínas interaccionan con proteínas integrales de membrana que son importantes en procesos relacionados con el metabolismo energético y el transporte. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 24 Fig. 19: Membrana plasmática Membranas de arqueas Los lípidos de las membranas de los dominios Bacteria y Eukarya son diferentes a los de Archaea. En Bacteria y Eukarya los lípidos presentan enlaces de tipo éster entre el glicerol y los ácidos grasos mientras que los lípidos de Archaea poseen enlaces éter entre el glicerol y las cadenas laterales hidrofóbicas. Además, carecen de ácidos grasos y en su lugar tienen cadenas laterales compuestas de unidades repetidas de isopreno. Pese a estas diferencias en la composición química, las membranas de estos grupos tienen regiones hidrofóbicas internas y regiones hidrofílicas externas. Sin embargo, debido a diferencias químicas en los lípidos que forman las membranas de arqueas, en este grupo las membranas forman una monocapa en vez de una bicapa lipídica (Figura 20). Estas monocapas son muy resistentes a la disgregación razón por la cual por ejemplo las arqueas hipertermófilas pueden soportar elevadas temperaturas. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 25 Fig. 20: Diferencias entre las membranas celulares de los dominios Bacteria y Archaea. Membranas internas Además de la membrana situada en la periferia de la célula, la mayoría de los procariotas poseen membranas internas. Estas membranas internas pueden ser simplemente extensiones o invaginaciones de la membrana celular, o pueden ser estructuras más complejas como por ejemplo: Mesosomas: los mesosomas son invaginaciones de la membrana plasmática asociadas con la replicación del ADN. Los mesosomas son los sitios de anclaje del nucleoide bacteriano para empezar la duplicación del ADN y la formación de del septo bacteriano (tabique que separa a las células que se dividieron) en el proceso de fisión binaria o división celular. Vesículas: son estructuras donde se localizan enzimas y pigmentos para la realización de diferentes procesos metabólicos como respiración, fotosíntesis y oxidaciones especiales. Tilacoides: son estructuras en forma de sacos aplanados o vesículas donde se asientan los pigmentos fotosintéticos. Se considera que los tilacoides bacterianos fueron los precursores de los cloroplastos de las células eucarióticas (Figura 21). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 26 Tilacoides Membrana plasmática Fig. 21: Microscopía electrónica de una cianobacteria. Se destacan las membranas tilacoidales dispuestas en forma concéntrica alrededor del citoplasma celular. Citoplasma bacteriano El citoplasma bacteriano es un sistema coloidal formado por un 85% de agua que además contiene minerales y enzimas. En el citoplasma se pueden observar inclusiones, gránulos, vacuolas, etc. Zona nuclear Los genomas (conjuntos de genes de un organismo) presentan una organización diferente en organismos procariotas que en eucariotas. En las células procariotas no hay un núcleo definido (no hay membrana nuclear) por lo cual el ADN de doble cadena se presenta como una larga molécula llamada cromosoma. Los procariotas presentan un único cromosoma circular que se encuentra altamente plegado (superenrollado) conformando una estructura que se denomina nucleoide (Figura 11). La composición química del ADN bacteriano es la misma de las células eucarióticas, salvo que la carga negativa de los grupos fosfatos es neutralizada por magnesio, mientras que en los eucariotas es neutralizada por proteínas básicas llamadas histonas. El ADN posee la información genética de la célula, es sitio diana para la acción de antibióticos, permite establecer relaciones taxonómicas y permite el diagnostico directo a través de técnicas moleculares. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 27 La replicación del ADN en las bacterias también es básicamente muy parecida a la que sucede en células eucariotas. Debido a que el cromosoma es circular, el proceso se inicia en un punto donde se localiza el mesosoma y se desplaza alrededor del anillo. Después de replicado el ADN, el nuevo anillo se traslada hacia una de las células en desarrollo y comienza la formación del septo trasversal que separa las células. La división celular de las bacterias se denomina fisión binaria porque da como resultado dos células hijas idénticas entre sí e idénticas a la célula que les dio origen (Figura 22). En algunos casos la velocidad de duplicación es muy alta y no se completa la separación de las células por lo que se forman cadenas de células y otros agrupamientos celulares. ADN replicación ADN Elongación celular Formación del septo Terminación del septo y formación de paredes Separación celular Fig. 22: División celular en bacterias: fisión binaria Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 28 Ribosomas Los ribosomas están constituidos aproximadamente por un 60% de ARN y un 40% de proteínas. A diferencia de la célula eucariota, los ribosomas no se asientan sobre un retículo endoplásmico sino que están libres en el citoplasma. La función de los ribosomas es la misma que en las células de organismos superiores, es decir la síntesis de proteínas funcionales (enzimas) y proteínas estructurales. Cada ribosoma está formado por dos subunidades de diferente tamaño. Los procariotas poseen subunidades ribosómicas 30S y 50S, que al unirse forman ribosomas 70S, mientras que los eucariotas tienen ribosomas 80S. Los valores “S” se refieren a las constantes de sedimentación de las subunidades ribosómicas (30S y 50S) o del ribosoma completo (70S) cuando se someten a una gran fuerza de centrifugación en una ultracentrífuga. Cada subunidad ribosómica es un complejo ribonucleoproteico formado por ARN ribosómico de distinto tipo y proteínas específicas. La subunidad más pequeña (30S) está compuesta por una molécula de ARNr 16S a la que están unidas más de 20 proteínas. En cambio, la subunidad mayor (50S) se compone de ARNr 23S, 5S y más de 30 proteínas específicas. Se cree que las proteínas de cada partícula están unidas al ARN y que la unidad entera está envuelta dentro de una estructura globular (Figura 23). ARN r Proteínas Subunidades ribosomales Ribosomas Ribosoma Procariota Ribosoma Eucariota Figura 23. Diferencias entre las constantes de sedimentación de los ribosomas de células procariotas y eucariotas Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 29 Elementos no comunes: Estructuras variables Plásmidos Muchos procariotas contienen pequeños trozos de ADN extracromosómico dispuestos en forma circular conocidos con el nombre de plásmidos. El número de plásmidos puede variar, desde una sola copia hasta algunos cientos por célula. Los plásmidos son ADN de doble cadena (igual al ADN del cromosoma) que se replican independientemente del cromosoma bacteriano (Figura 24). Los genes contenidos en los plásmidos codifican para funciones no vitales (propiedades especiales) para la bacteria, como por ejemplo la fijación de nitrógeno atmosférico, la resistencia a antibióticos, etc. Otra característica de los plásmidos es que pueden transmitirse de una bacteria a la otra, esta particularidad hace que sirvan como una importante herramienta en laboratorios de genética e ingeniería genética, donde son comúnmente usados para multiplicar (hacer muchas copias) un gen en particular. Además, pueden ser utilizados para generar organismos resistentes o con alguna función metabólica especial. Muchos plásmidos ya están disponibles comercialmente para dichos usos. ADN bacteriano Plásmidos Fig. 24: Bacteria con ADN extracromosómico (plásmidos) en su citoplasma Flagelos Los flagelos bacterianos son apéndices largos y finos que se encuentran fijos a la célula por uno de sus extremos y libres por el otro extremo. Los flagelos (flagellum= látigo) permiten la movilidad de las células en medio acuoso. Son tan finos que no es posible visualizarlos con el microscopio óptico y es necesario recurrir a tinciones o microscopios especiales para su visualización. La disposición de los flagelos varía según las bacterias. En la distribución polar, Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 30 los flagelos se localizan en un extremo (disposición monotrica) o en ambos extremos de la célula (anfitrica). En ocasiones, de un extremo de la célula puede surgir un penacho de flagelos, disposición que se denomina lofotrica (lofos=penacho, tricos=pelo). En cambio, en la distribución peritrica, los flagelos se insertan en varios lugares alrededor de la superficie celular (peri=alrededor) (Figura 25 y 26). Fig. 25: Disposición de los flagelos en células bacterianas b a Fig. 26: a) Disposición monótrica en Vibrio cholerae. b) Disposición perítrica en Escherichia coli El crecimiento de los flagelos no se produce a partir de la base, sino a partir de la punta. Los flagelos bacterianos están constituidos por una proteína denominada flagelina. Cada flagelo es una estructura semirrígida incapaz de flexionarse que se mueve mediante rotación de su base, como lo hace una hélice. Los organismos de flagelación peritrica se mueven en línea recta y de manera lenta, mientras que los organismos con flagelos polares, se mueven dando giros periódicos (giran sobre sí mismos) y de una manera más rápida e impetuosa. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 31 Como muchos procariotas son móviles aquellas células que puedan desplazarse tienen una ventaja adaptativa en ciertas condiciones ambientales frente a aquellas que no puedan hacerlo. Los procariotas entran en contacto en la naturaleza con numerosos gradientes físico-químicos. El objetivo de las células que presentan movilidad es responder a estos estímulos (en forma positiva o negativa), es decir, dirigiendo el movimiento de la célula alejándose o acercándose a estos gradientes. Los movimientos dirigidos de las células se denominan taxias: la quimiotaxia es la respuesta de los organismos frente a estímulos químicos y la fototaxia es la respuesta de los organismos frente a la luz. En este sentido, muchas bacterias presentan respuestas a diferencias en concentraciones de diferentes sustancias químicas, otras bacterias fotosintéticas responden a la diferencia de intensidad lumínica, pudiendo llegar a distinguir entre dos fuentes de luz que difieran en solo un 5% de intensidad. Algunas veces la respuesta es positiva (hacia las sustancia química o la fuente de luz) y otras veces es negativa (alejamiento o repulsión). Asimismo, existen otras taxias como la aerotaxia donde los organismos se mueven en relación a las diferentes concentraciones de O2 en el medio (acercándose o alejándose). Fimbrias Las fimbrias presentan una estructura similar a los flagelos y son de naturaleza proteica, pero no participan en la movilidad. Las fimbrias son bastante más cortas que los flagelos y son mucho más numerosas (Figura 27). Su función es favorecer la fijación a superficies (tejidos animales en el caso de algunas bacterias patógenas), la formación de biopelículas (biofilms) o fijación a superficies. Pilis Son estructuralmente similares a fimbrias, pero por lo general son más largos y solamente existen unos o pocos pilis sobre la superficie (Figura 27). Los pilis también participan en la adhesión a superficies y tienen una función muy importante en el proceso de conjugación en procariotas (intercambio genético entre bacterias). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 32 Pili Fimbrias Fig 27: Fimbrias y pilis. Se observan dos bacterias intercambiando material genético mediante un pili Cápsulas, vainas y pedúnculos Algunas bacterias y cianobacterias segregan materiales mucosos o gomosos que les sirven para la adhesión y protección celular. Estas capas mucosas están compuestas por polisacáridos, polipéptidos, o complejos de polisacáridos y proteínas. Se denominan cápsulas (Figura 28) cuando la capa mucosa rodea totalmente la célula de un modo compacto. En cambio, se llama vaina cuando la capa mucosa engloba a varias células y se denomina pedúnculos cuando el mucus se localiza en un extremo de la célula, lo que le permite adherirse a las superficies como si tuviera un pie. Las capas mucosas no son esenciales para la vida de los microorganismos (cepas mutantes sin cápsula son capaces de crecer normalmente), sin embargo les otorga gran poder adaptativo en el ambiente. Las bacterias capsuladas tienen varias ventajas: son más difíciles de fagocitar por los protozoos del suelo o por los leucocitos (glóbulos blancos) de un huésped, tienen mayor resistencia a la desecación, mayor contacto con algún sustrato específico (por ej. las bacterias que producen las caries en los dientes), etc. Además, las cápsulas de las bacterias patógenas son asiento de las toxinas que provocan la enfermedad en el huésped. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 33 Cápsula Fig. 28: Cápsula viscosa de sustancias glucídicas que rodea a una bacteria Sustancias de reserva Muchos procariotas almacenan habitualmente diferentes sustancias en su citoplasma (como gránulos o inclusiones) como mecanismo de reserva energética o como reservorio para la construcción de macromoléculas. En organismos procariotas, una de las sustancias de reserva (cuerpo de inclusión) más frecuentes está compuesto por ácido poli-β-hidroxibutírico (PHB). El PHB es un compuesto lipídico formado por monómeros de ácido β-hidroxibutírico unidos por enlaces éster. La longitud de los monómeros varía entre 4 a 18 C. Los polímeros de PHB se agrupan dentro del citoplasma celular formando gránulos. En menor medida las bacterias pueden acumular glucógeno. El glucógeno es un polímero de subunidades de glucosa. Los gránulos de glucógeno en general son más pequeños que los de PHB. Otras bacterias con metabolismos especiales que utilizan otras fuentes de energía, pueden acumular otras sustancias de reserva, como por ejemplo fósforo y azufre. En este sentido, muchos organismos acumulan grandes reservas de fosfato inorgánico en forma de gránulos de polifosfato. Por otra parte, algunos procariotas son capaces de oxidar los compuestos de azufre reducido. En este caso, estos microorganismos acumulan azufre elemental en el interior de la célula en forma de gránulos. La presencia de gránulos con sustancias de reserva tiene estrecha relación con el estado nutricional de la célula. Cuando la bacteria absorbe más Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 34 de lo que metaboliza acumula compuestos químicos como reserva. Este mecanismo es muy útil en condiciones naturales particularmente en el suelo, donde la disponibilidad de recursos no es constante a lo largo del año. Vesículas de gas Las vesículas de gas son estructuras fusiformes, huecas pero rígidas. La membrana de la vesícula gaseosa está compuesta exclusivamente de proteínas que forman una estructura impermeable al agua y a los solutos, pero permeable a los gases (Figura 29). La rigidez de la membrana es esencial para que la estructura resista las presiones ejercidas desde el exterior. Una presión hidrostática elevada puede hacer colapsar la membrana perdiendo la capacidad de flotar. Numerosos microorganismos que flotan en lagos y en el mar presentan vesículas de gas que son responsables de la flotabilidad de las células en el medio. Las vesículas de gas representan una forma de movilidad que permite que las células floten a diferentes alturas en respuesta a diferentes condiciones microambientales. Vesículas de gas Fig. 29: Fotomicrografía electrónica de una cianobacteria Microcystis sp. en sección transversal mostrando las vesículas gaseosas en el interior celular. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 35 Particularmente, las cianobacterias, que son bacterias fotosintéticas que viven en ambientes acuáticos presentan vesículas gaseosas que le permiten ascender al a superficie de los lagos y con la ayuda del viento se convierten en grandes acúmulos masivos (florescencias). En el caso de organismos que realizan fotosíntesis, la presencia de vesículas es esencial ya que les permite ajustar rápidamente su posición en el agua, hacia regiones donde la intensidad de la luz es óptima. Pigmentos En general las bacterias carecen de pigmentos y son transparentes. Las excepciones son las bacterias fotosintéticas que poseen diferentes tipos de pigmentos para la realización de la fotosíntesis (carotenos, bacterioclorofila, ficocianina, ficobilinas, etc.) y algunas bacterias que viven sobre la superficie de las plantas expuestas a la radiación ultravioleta que tienen pigmentos especiales que utilizan como mecanismo protector contra la radiación (melaninas). Endosporas Ciertas bacterias pueden producir en su interior estructuras de resistencia especiales llamadas endosporas o esporas bacterianas. Las endosporas son células diferenciadas (formadas dentro de una célula bacteriana) extraordinariamente resistentes al calor y difíciles de destruir con productos químicos incluso con aquellos extremadamente agresivos. Las endosporas bacterianas son diferentes en su estructura y formación a las esporas producidas por los hongos. El descubrimiento de las endosporas fue trascendental para la microbiología ya que el conocimiento de estas formas bacterianas de alta resistencia al calor fue decisivo para el desarrollo de los métodos de esterilización (eliminación total de los microorganismos). Las bacterias que forman esporas se encuentran habitualmente en el suelo y se puede decir que cualquier muestra de suelo seguramente contiene endosporas. La estructura de la endospora es mucho más compleja que la de una célula vegetativa porque posee varias capas. La capa más externa llamada exosporium, es una cubierta fina y delicada de naturaleza proteica. Por debajo se encuentra la cúticula formada por proteínas específicas. Por debajo de esta Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 36 se encuentra el cortex (corteza), que es una capa compuesta por peptidoglicano con uniones laxas y hacia el interior del cortex está el núcleo que contiene la pared celular, membrana celular, el citoplasma, nucleoide, etc. Una de las sustancias químicas que es característica de las endosporas y que no se encuentran en las células vegetativas es el ácido dipicolínico que se localiza en el núcleo de la espora. Las esporas son ricas en iones de calcio que en su mayoría se combinan con el ácido dipicolínico formando complejos calcio-ácido dipicolínico (llamados dipicolinatos de calcio). Los complejos de dipicolinato de calcio reducen la disponibilidad de agua dentro de las endosporas, favoreciendo su deshidratación. Además, los complejos se intercalan en el ADN, insertándose en las bases, y de esta manera estabilizan el ADN frente a la desnaturalización por el calor. El citoplasma de una endospora madura difiere mucho del de una célula vegetativa de la cual se ha originado. La deshidratación incrementa ampliamente la termoresistencia de la endospora y al mismo tiempo le confiere resistencia a algunas sustancias químicas como el peróxido de hidrógeno (agua oxigenada). Además, el citoplasma contiene gran cantidad de proteínas pequeñas que se forman durante el proceso de esporulación (formación de la espora) y que le otorgan a la espora resistencia al calor seco, radiación ultravioleta y a la desecación. Sin embargo, otras de las funciones de estas pequeñas proteínas es servir como fuente de C y energía para el desarrollo de una célula a partir de la endospora, un proceso que se denomina germinación. Para que ocurra la germinación de una endospora, primero debe ocurrir la activación de la misma. La activación se acciona por calor y luego se produce la germinación la cual implica una reactivación del metabolismo que rompe la hibernación. Generalmente, un agente ambiental es el que actúa como disparador de la germinación. Por ejemplo, temperaturas de 60-70°C durante unos pocos minutos en presencia de nutrientes adecuados puede inducir la germinación de la espora. La espora absorbe agua, se hincha y su cutícula se rompe. La nueva célula vegetativa empuja hacia fuera de la cutícula y empieza a dividirse. No todas las bacterias tienen capacidad de formar endosporas. Los dos géneros de bacterias más conocidos que producen esporas son: Bacillus y Clostridium ambos Gram positivos y de amplia distribución en el suelo. Hasta la actualidad no se ha encontrado ninguna arquea formadora de endosporas. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 37 Los factores que intervienen en la formación de las endosporas son complejos, pero se conoce que la falta de alimento es un factor clave para iniciar el proceso de esporulación. El primer paso para la formación de una endospora consiste en que la célula vegetativa madre gasta toda la energía en dividirse y formar las capas externas. El citoplasma queda reducido a un gel de proteínas con escasa cantidad de agua. Aunque son resistentes al calor y a la radiación extremos, las endosporas pueden ser destruidas mediante estos tratamientos. Así, la exposición al calor extremo por periodos largos de tiempo, así como la exposición prolongada a la radiación, (rayos gamma por ejemplo), matan a las endosporas. Las endosporas son difíciles de observar al microscopio debido a la impermeabilidad de su pared que evita la entrada de los colorantes empleados en las tinciones ordinarias. Mientras que el resto de la bacteria puede teñirse, la endospora permanece no coloreada. Debido a esto surgieron varias técnicas de tinción para poder teñir selectivamente las endosporas. Proceso de formación de las endosporas: Esporulación Etapas de la esporulación El proceso de esporulación en bacterias sigue una serie de etapas (Figura 30): 1. Duplicación del material genético (ADN) y división celular asimétrica. 2. Formación del septo de la endospora (se va aislando el ADN recién replicado junto a una pequeña porción de citoplasma). 3. Formación de la pre-espora (el septo de la endospora rodea la porción aislada). 4. Síntesis del exosporio, formación de una capa de peptidoglicano entre las membranas (cortex) y deshidratación. 5. Incorporación de calcio y producción de ácido dipicolínico. 6. La espora se recubre de una cubierta (cutícula). 7. Maduración de la endospora. 8. Lisis de la célula vegetativa y liberación de la endospora. Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 38 pared celular Condensación Condensación del célula vegetativa del ADN ADN membrana plasmática ADN División Divisióncelular celular asimétrica asimétrica Invaginación Formacióndel del septo septo Endospora en formación Formación dede la la Formación pre-espora pre-espora Síntesis dede exosporio; Síntesis exosporio; formación del cortex entre laslas dos formación del cortex entre membranas dos membranas exosporio cortex Incorporación dipicolinato de Incorporación dede dipicolinato de calcio, calcio, deshidratación y y deshidratación formación de de cutícula formación cutícula Maduración: desarrollo dede Maduración: desarrollo resistencia al calor resistencia al calor cortex exosporio Lisisdedela la célula Lisis célula y y liberación de la endóspora liberación de la endospora endospora libre Fig. 30:Etapas de la esporulación en el género Bacillus Durante el proceso de esporulación, la posición de la espora dentro de la célula vegetativa varía según la especie de bacteria. En algunas, la endospora es central y en otras es terminal (en los extremos). A veces la espora tiene mayor diámetro que la célula madre por lo que se observa como hinchada (Figura 31). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 39 Central Subterminal Terminal Endospora central Endospora subterminal Endospora 0 terminal Fig. 31: Posición de la endospora dentro de la célula bacteriana El conocimiento de las características de las esporas es de gran importancia práctica, puesto que muchas de las bacterias que forman esporas causan enfermedades muy graves en el hombre y animales (tétano, botulismo, etc.). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 40 Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 41 UNIDAD II: METABOLISMO MICROBIANO Se denomina “metabolismo” al conjunto de reacciones químicas que se producen en las células para obtener energía y sintetizar los compuestos vitales para los organismos. Las sustancias nutritivas que las células toman del medio son transformadas mediante una serie de reacciones enzimáticas consecutivas llamadas vías metabólicas. Las vías metabólicas incluyen: a) la hidrólisis y oxidación de sustancias nutritivas que se transforman en compuestos simples, produciendo energía (catabolismo) y b) la utilización de sustancias simples y energía, para sintetizar macromoléculas (ácidos nucleicos, proteínas, lípidos e hidratos de carbono) que constituyen la estructura celular (anabolismo). Los mecanismos de obtención de energía han ido evolucionando desde el comienzo de la vida sobre el planeta. Toda liberación de energía implica una reacción de óxido-reducción entre dos pares redox. La eficiencia metabólica depende de dos aspectos claves: a) de la diferencia de potencial entre los compuestos que se oxidan y los que se reducen y b) de la cantidad de reacciones intermedias entre los pares redox. A mayor cantidad de reacciones intermedias, la liberación de energía se hace más lenta y permite mayor almacenamiento de energía química y menor pérdida de energía calórica. Los hidratos de carbono (CH2O)n constituyen las sustancias nutritivas más utilizadas por los organismos vivos para obtención de energía. Los organismos superiores tienen el metabolismo más eficiente que se ha desarrollado hasta el momento: la respiración aeróbica, que consiste en la reacción de óxido-reducción entre los pares (CH2O)n-CO2 y O2-H2O, con una serie de pasos intermedios (glucólisis, ciclo de Krebs y cadena respiratoria) que permite almacenar gran cantidad de ATP. Las primeras formas de vida en el planeta fueron microorganismos que crecieron en ambientes con una atmósfera sin O2 y con elevada cantidad de otros gases (NO2, H2S, SO y CO2) provenientes de las erupciones volcánicas que originaron la corteza terrestre. Por tal motivo, los microorganismos poseen además de la respiración aeróbica otros metabolismos con pares redox diferentes (por ej., (CH2O)n-CO2 y H2S-SO4-2), con un salto de potencial menor. Otros microorganismos poseen metabolismos con pocos pasos intermedios, Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 42 por lo que tienen escasa capacidad de almacenar energía (por ej. las fermentaciones que sólo poseen glucólisis). Para poder analizar los diferentes metabolismos microbianos se recurre a una clasificación nutricional que consiste en agrupar los metabolismos según 3 características básicas: Origen de la energía: luz solar (foto) o reacciones químicas (quimio). Tipo de compuesto que provee el poder reductor: orgánico (órgano) o inorgánico (lito). Tipo de compuesto que provee el C para la biomasa celular: orgánico (heterótrofo) o inorgánico, CO2 (autótrofo). La combinación de estas tres características permite clasificar a los organismos como: foto-órgano-heterótrofos, quimio-órgano-heterótrofos, quimio-lito-autótrofos, etc. Así las plantas son organismos foto-lito-autótrofos (FLA), es decir, obtienen energía de la luz solar, el poder reductor del agua (lito) y la fuente de C celular del CO2. Contrariamente los animales son quimioórgano-heterótrofos (QOH), obtienen energía de reacciones químicas y el poder reductor y el C celular de compuestos orgánicos, (CH 2O)n. Los microorganismos tienen numerosas variaciones metabólicas, combinando estos tres aspectos, por ejemplo quimio-lito-autótrofos (QLA), foto-órganoheterótrofos (FOH), etc. Metabolismos quimio órgano heterótrofos (QOH) Los microorganismos QOH, obtienen la energía de reacciones químicas, y el poder reductor y la fuente de carbono a partir de compuestos orgánicos, por ejemplo la glucosa. Dentro de los metabolismos QOH existe 4 tipos fundamentales teniendo en cuenta cuál es el compuesto que establece el par redox con el par (CH2O)n-CO2, es decir, el compuesto aceptor de los electrones liberados en la oxidación. Todos estos metabolismos parten de la oxidación de una molécula de hexosa. En general, las hexosas provienen de la hidrólisis externa de macromoléculas de (CH2O)n mediante la acción de enzimas segregadas por los microorganismos, que posteriormente absorben los monómeros. Los 4 tipos metabólicos QOH fundamentales son: Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 43 Respiración aeróbica cuando el aceptor de e- es el O2. Fermentación cuando el aceptor de e- es un compuesto orgánico (ácidos orgánicos, alcoholes, etc.). Respiración anaeróbica: cuando el aceptor de e- es un compuesto inorgánico diferente al O2. Oxidación incompleta: cuando los aceptores de e- son compuestos orgánicos. Respiración aeróbica La respiración metabólica se define como la oxidación completa de una molécula orgánica a CO2 y H2O, con la consecuente formación de energía química en forma de ATP. En el caso en que el sustrato oxidable sea la glucosa, la respiración consiste en la oxidación de una glucosa a través de la vía de la glucólisis, originando dos piruvatos (3 átomos de C cada uno). Estos piruvatos sufren decarboxilación oxidativa y forman 2 acetil-CoA (2 átomos de C) que se unen al oxalacetato y a través de una serie de reacciones del ciclo de Krebs, se oxidan completamente dando como resultado 2 CO2 , coenzimas reducidas (NADH y FADH2) y GTP . Las coenzimas reducidas que se liberan en los diferentes procesos oxidativos, van a cadena respiratoria donde se reoxidan, dando lugar a la formación de ATP. Vías oxidativas de las hexosas Glucólisis: Es la vía metabólica por la cual la glucosa se oxida a compuestos de menor número de C, originando la formación de 2 moléculas de piruvato (3 C), dando lugar a la formación de 2 NADH y 2 ATP. Esta vía metabólica ocurre cuando la carga energética celular es baja (Fig. 1). ATP Glucosa ATP G6P 2 NADH 2 G3P F6P FDP 2 ATP 2 DPG 2 ATP 2 PG Fig. 1: Vía de la Glucólisis 2 PEP 2 Piruvato Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 44 Vía de las pentosas fosfato A(PP) La vía de las pentosas fosfato presenta 2 fases, la fase oxidativa donde la glucosa-6-fosfato se oxida formando fosfogluconato que por decarboxilación oxidativa origina una ribulosa-5-fosfato (Ru-5-P), en ambos pasos ocurre la formación de NADPH. A continuación ocurre la fase no oxidativa que consiste en reacciones de interconversiones entre moléculas de 3, 4, 5, 6 y 7 átomos de C, generando intermediarios utilizados para procesos de biosíntesis, tales como la Ribosa5P y la Eritrosa4P. Los productos finales de la vía de las pentosas se conectan finalmente a la glucólisis. (Fig. 2) Glucosa-6P NADP+ NADPH Fase Oxidativa Fosfogluconato NADP+ NADPH Ribulosa-5P Ribulosa-5P Xilulosa-5P Gliceraldehido-3P Xilulosa-5P Sedoheptulosa-7P Gliceraldehido-3P Eritrosa-4P Fructosa-6P Fase No Oxidativa Fructosa-6P Fig. 2: Vía de las Pentosas Fosfato Vía Entner-Doudoroff: Esta vía metabólica es de importancia principalmente en los géneros Zymomonas (bacterias fermentadoras de alcoholes) y Pseudomonas. La glucosa-6-fosfato sufre en primer lugar una oxidación, similar a la vía PP, y se convierte en 6-fosfogluconato. Posteriormente pierde una molécula de agua y forma 2-ceto-3-desoxi-6-fosfogluconato, que se divide y origina piruvato y gliceraldehido3P (G3P), el G3P continúa su metabolismo por la vía de la glucólisis (Fig. 3). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 45 Glucosa ATP G6P NADPH Fosfogluconato H2O 2 ceto 3 desoxi 6 gluconato Piruvato G3P NADH ATP Glucólisis ATP Piruvato Fig. 3: Vía de Entner Doudoroff La producción de ATP, NADH y NADPH es muy diferente entre las 3 vías de degradación. Por cada mol de glucosa oxidado hasta piruvato se forman: a) 2 moles de ATP y 2 moles de NADH por la glucólisis; b) 2 mol de NADPH y ningún ATP por la vía PP y c) 1 mol de ATP, 1 mol de NADH y 1 mol de NADPH por la vía Entner-Doudoroff. Ciclo de Krebs o de los ácidos tricarboxílicos Llamado así porque se ciclan compuestos de 4C con 3 radicales ácidos cada uno. En su función catabólica estos ácidos se combinan con el ácido acético activado (acetil-CoA) originado por decarboxilación del piruvato. El acetil-CoA se oxida completamente a CO2, con la generación de poder reductor (NADH y FADH2), este poder reductor va a ser transferido a cadena respiratoria para la generación de ATP. La oxidación de un mol de acetil-CoA da lugar a 2 CO2, 3 NADH, 1 FADH2 y 1 GTP (Fig. 4) Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 46 Piruvato CoA NADH CO2 AcetilCoA OAA NADH Citrato Malato Isocitrato NADH Fumarato CO2 α-cetoglutarato FADH2 Succinato NADH GTP CO2 Succinil-CoA Fig. 4: Ciclo de Krebs, función catabólica En su función anabólica el Ciclo de Krebs se alimenta por medio de una vía anaplerótica, la que consiste en la síntesis de algún intermediario del ciclo con la finalidad de poder utilizar alguno de los intermediarios del mismo como precursores de procesos anabólicos para la síntesis de esqueletos carbonados (Fig. 5). Piruvato ATP NAD+ ADP NADH CO2 CO2 Oxalacetato AcetilCoA Citrato Isocitrato + NAD CO2 NADH NADPH α-cetoglutarato Glutamato NH 4+ Función anabólica de Ciclo de Krebs Fig. 5: Ciclo de Krebs, función anabólica Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 47 Cadena respiratoria La cadena transportadora de e- o cadena respiratoria (CR), tiene la función de reoxidar las coenzimas reducidas generadas en los distintos metabolismos, dando lugar a la formación de energía en forma de ATP. La CR está constituida por una serie de transportadores de e -, dentro de los cuales se encuentran algunos de naturaleza proteica (NADH deshidrogenasa, Citocromo reductasa, Citocromo c y Citocromo oxidasa) y uno no proteico, una quinona (ubiquinona) que es altamente hidrofóbica y conjuntamente con el citocromo c actúan como transportadores móviles de electrones (Fig. 6). Los electrones del NADH son cedidos a la NADH deshidrogenasa y se mueven a favor de un gradiente de óxido-reducción a través de los diferentes transportadores hasta el aceptor final de e - que es el oxígeno, el que se reduce para formar H2O. De la misma manera se comporta el FADH2 quien cede los e- a nivel de la ubiquinona. Esta secuencia permite que una parte considerable de la energía se convierta en ATP (energía utilizable bioquímicamente) y sólo se pierda una cantidad mínima en forma de calor. NADH deshidrogenasa Succinato deshidrogenasa Ubiquinona Citocromo reductasa Citocromo c Citocromo oxidasa ATP sintasa Fig. 6: Cadena respiratoria y fosforilación oxidativa Conjuntamente con ese transporte de e- se produce un bombeo de H+ a través de los transportadores fijos de la CR (NADH deshidrogenasa, citocromo reductasa y citocromo oxidasa), dando lugar a la generación de un gradiente de H+ a través de la membrana (fuerza protomotriz). Microbiología Agrícola – F.C.A. U.N.C - 48 La fuerza protomotriz al disiparse a través de la única parte permeable de la membrana que es la subunidad F0 (canal de protones) de la ATP sintasa permite la fosforilación del ADP dando lugar a la síntesis de ATP, proceso que se conoce como fosforilación oxidativa. La oxidación completa en condiciones aeróbicas de un mol de glucosa degradada por la vía de la glucólisis genera 38 ATP. Balance energético de la oxidación de un mol de glucosa Glucosa 2 Piruvato 2 AcetilCoA 2 Piruvato 2 NADH 2 ATP 2 AcetilCoA 2 NADH Ciclo de Krebs 6 NADH 2 FADH2 2 ATP 10 NADH 2 FADH2 30 ATP 4 ATP CR y fosforilación oxidativa 2 CO2 4 CO2 38 ATP Fermentación La fermentación es un proceso catabólico que se da en ausencia de oxígeno (anaerobiosis) y el producto final es un compuesto orgánico. Estos productos finales son los que caracterizan los distintos tipos de fermentaciones. La fermentación es un proceso de óxido-reducción, equilibrado internamente donde el sustrato fermentable se oxida y reduce a la vez. En la fermentación la síntesis de ATP se realiza mediante la fosforilación a nivel de sustrato, en donde los enlaces fosfato ricos en energía de un intermediario orgánico fosforilado se trasfieren directamente al ADP para sintetizar ATP. El primer paso de toda fermentación es la glucólisis, en donde la glucosa es oxidada hasta formar 2 piruvatos. En condiciones anaeróbicas, el NADH producido por la glucólisis es transferido a productos intermedios o a aceptores especialmente sintetizados para regenerar el NAD+. Estos compuestos orgánicos reducidos son segregados por las células y constituyen el producto de la fermentación. El tipo de producto de