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Técnicas Espectroscópicas •La espectroscopia estudia la interacción entre la radiación y la materia. • Un espectro es una representación gráfica de la distribución de intensidades de la radiación electromagnética emitida o absorbida por la materia, en función de la longitud de onda de dicha radiación. Que es la Luz? Es una radiación electromagnética Consta de un campo eléctrico y un campo magnético los cuales oscilan en fase de manera perpendicular uno al otro y perpendicular a la dirección de propagación Se la clasifica de acuerdo a la frequencia de su onda Exibe propiedades tanto de onda como de partícula 2 ¿Cómo interactúa la luz con la materia? • La radiación EM transporta energía y momento los cuales pueden ser transferidos a la materia con la que interactúa • La energía que posee una molécula en un momento dado es la suma de varias contribuciones: E = Eelectrónica + Evibracional + E rotacional + Etranslacional Eelectrónica = energy transitions of electrons (UV-vis) Evibracional = atomical vibrations about the mean center of chemical bonds (IR) E rotacional = tumbling motion of molecule (microwave) Etranslacional = displacement of molecules due to normal thermal motions of matter E=ch/λ E=hν Espectroscopía UV-VIS ESPECTROSCOPÍA DE ABSORCIÓN EN EL INFRARROJO GENERALIDADES: basada en la medición de transiciones vibracionales entre el estado basal y el primer estado vibracional ∆E = E2- E1 = hυ la unidad utilizada comúnmente es el número de onda (cm-1), la cual es proporcional a la frecuencia. la región del espectro de infrarrojo comúnmente utilizada es la comprendida entre 1000-4000 cm-1 son activas aquellas vibraciones que ocurren con cambio en el momento dipolar de la molécula Interaction of IR radiation with matter Assymmetric stretching Twisting Scissoring 11 Symmetric stretching Wagging Rotation -CH2 v i b r a t i o n s las vibraciones características de átomos unidos covalentemente son: “stretching” y “bending” la frecuencia de vibración varía de manera inversamente proporcional a la raíz cuadrada de la masa reducida de los átomos que vibran por una constante de fuerza donde 1/µ = 1/MA + 1/MB el número de modos normales puede calcularse como 3N-6 ESPECTROSCOPÍA DE IR APLICADA AL ESTUDIO DE PROTEÍNAS * el espectro de IR de proteínas presenta un número de bandas características denominadas Amida que son debidas a la vibración de los átomos involucrados en el enlace peptídico * la más utilizada para el estudio de la estructura de proteínas es la Amida I (C=O stretching) 0.30 Espectro de absorción al infrarrojo de B-FABP 0.25 t(0) t(3 hs) Amida I (') Absorbance 0.20 0.15 Amida II (y cadenas laterales) 0.10 0.05 Amida II' 0.00 1700 1650 1600 1550 Wavenumber (cm-1) 1500 1450 El problema del solvente condiciones fisiológicas: solución acuosa agua tiene una fuerte banda de absorción en el infrarrojo que coincide con la banda Amida I en H2O: films muy finos, para no saturar el detector (problemas para sustraer el buffer) en D2O: la banda del solvente se corre a menor frecuencia. La Amida I´ se corre pocos cm-1, y la Amida II´lo hace unos 100 cm-1, superponiéndose con el DOH Otros inconvenientes: vapor atmosférico contraiones u otros contaminantes que absorban en el infrarrojo, distorsionando los espectros (trifluoroacético) Asignación de bandas (cm-1) Conformación hélice alfa cadena beta antiparalela en solución de H2O 1653 1632 en solución de D2O 1650 1632 1690 1630 1675 1632 1645 1656 1648 1643 cadena beta paralela desordenadas de acuerdo a los distintos arreglos de puente hidrógeno (distintas estructuras secundarias) aparecerán bandas en distintas posiciones dentro de la Amida I BSA α-lactalbumina Absorbance Absorbance Absorbancia B-FABP 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 ν (cm-1) 1700 1690 1680 1670 1660 1650 ν (cm-1) 1640 1630 1620 1610 1600 1690 1680 1670 1660 1650 ν (cm ) -1 1640 1630 1620 1610 1600 * el área de las distintas bandas corresponde de manera bastante directa al porcentaje de las distintas estructuras secundarias presentes en la proteína * las distintas bandas componentes de la Amida I aparecen superpuestas, es necesario aumentar la resolución para poder resolverlas como bandas separadas: Autodeconvolución: el espectro observado sería la convolución de dos funciones, la del espectro real (E(υ)) por un factor (G(υ)) debido a distorsión, filtro, función forma de línea) M(υ) = G(υ) * E(υ) * el proceso de deconvolución aumenta la resolución, me muestra como separadas dos bandas que antes aparecían juntas * ventajas: no modifica el área original de las bandas * desventajas: amplifica el ruido, problemas con el vapor atmosférico Deconvolución del espectro de FABP: aplicando un factor k=2, bandas que originalmente son de 20 cm-1 aparecen con un ancho de 10 cm-1 Derivación: Desventajas: * rápida degradación de la relación señal/ruido a medida que aumenta el orden de derivación * No mantiene el área de las bandas componentes. Espectros Diferencia: * Utilizado principalmente para remover el solvente * Muy útil para estudiar cambios sutiles en la estructura de la proteína Análisis cuantitativo del espectro de proteínas: Autodeconvolución, derivación y espectros diferencia número y posición de las bandas que componen el espectro de la proteína Espectro artificial: variando la proporción de los distintos componentes hasta lograr el mejor ajuste al espectro original Cambios conformacionales (estructura secundaria y terciaria) por efecto de: - fuerza iónica del medio - interacción con membrana - interacción con ligando - distintas condiciones desnaturalizantes (pH, urea, temperatura, etc) Efecto de la fuerza iónica del medio sobre el espectro de LBABP (pérdida de ligando) Efecto del pH sobre el espectro de α-lactalbumina 0.16 0.20 B-FABP (alta fuerza iónica) B-FABP (baja fuerza iónica) α-lactalbumina pH 7 α-lactalbumina pH 2 0.14 0.12 Absorbance Absorbance 0.15 0.10 0.05 0.10 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 -0.05 1700 0.00 1680 1660 1640 -1 ν (cm ) 1620 1600 1800 1750 1700 1650 -1 ν (cm ) 1600 1550 1500 Efecto de la interacción con membranas sobre la velocidad de intercambio de protones amida (pérdida de la estructura terciaria) Los protones amida del enlace peptídico pueden intercambiarse con protones del solvente (deuterones en D2O). Si estos protones están formando puentes hidrógeno, sólo intercambiarán en la fracción de tiempo en que estos estén disociados. La péridda de estructura terciaria aumenta la velocidad con la que estos se intercambian. Intercambio isotópico: frecuencia de vibración depende de la masa de los átomos que vibran 0.30 Espectro de absorción al infrarrojo de B-FABP 0.25 t(0) t(3 hs) Amida I (') Absorbance 0.20 0.15 Amida II (y cadenas laterales) 0.10 0.05 Amida II' 0.00 1700 1650 1600 1550 Wavenumber (cm-1) 1500 1450 Amida I: se corre unos pocos cm-1. Amida II: se corre unos 100 cm-1. Está muy afectada por la banda de DOH (1400-1500 cm-1). Se superpone con cadenas laterales de aspártico y glutámico. Cambios en la cinética de deuteración debida a distintos factores (interacción con membranas, interacción con ligandos, condiciones desnaturalizantes) implican cambios en la estructura terciaria de la proteína. 0.30 Espectro de absorción al infrarrojo de B-FABP t(0) t(3 hs) Amida I (') 0.20 Absorbance Métodos para determinar la velocidad de deuteración • miden corrimiento de la amida I. • miden la relación banda Amida I/AmidaII. 0.25 0.15 Amida II (y cadenas laterales) 0.10 0.05 Amida II' 0.00 1700 1650 1600 1550 Wavenumber (cm-1) 0.025 0.015 5 min 15 min 30 min 60 min 90 min 180 min 300 min 360 min 0.010 0.005 Cambios en la Amida I por Deuteración 0.000 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 ν (cm-1) 5 B-FABP B-FABP + POPG -1 4 diferencia a 1620 cm Absorbance 0.020 3 2 1 0 0 100 200 300 400 500 600 700 800 900 100011001200130014001500 Tiempo (min) 1700 1690 1680 1670 1660 1650 1640 1630 1620 1610 1600 ν (cm-1) 1500 1450 ESPECTROSCOPÍA DE IR APLICADA AL ESTUDIO DE LÍPIDOS * Un espectro de lípidos puede separarse: - bandas debidas a los grupos polares o 1700-1750 cm-1: C=O stretching (es la más intensa) o 1170 cm-1: C-O stretching (se puede acoplar con C-C stretching) o 1250 y 1085 cm-1: P=O stretching o 900-800 cm-1: P-O stretching o además, dependiendo si el lípido es una colina, una etanolamina, etc, aparecerán distintas bandas. - bandas debidas a las cadenas hidrocarbonadas: o 2920 y 2850 cm-1: CH2 stretching (banda muy sensible a la relación trans-gauche) o 2956 y 2870 cm-1: CH3 stretching (sensible a esta relación) o 3010 cm-1 =C- stretch: (insaturados) o 1530-1350 cm-1: bending metilos y metilenos: el número y la posicion de las bandas depende de la conformación o 1380-1190 cm-1: brinda información del largo de la cadena hidrocarbonada. En fosfolípidos se superpone con la banda del grupo fosfato (1220 cm-1) El espectro del H2O se superpone con algunas bandas del lípido, pero todas las regiones se hacen accesibles comparando los espectros en H2O con los espectros en D2O. El D2O no afecta las posiciones de las bandas del lípido (no hay deuteración) La utilización de lípidos completa o parcialmente deuterados permite el estudio de mezclas de lípidos (las bandas aparecerán a distintas posiciones debido a diferencias en la masa reducida) Estudios de transiciones de fases: los cambios observados en la figura 2 son debidos a un aumento de conformaciones gauche Fig 1 Fig 2 How can light be manipulated? By using polarisers the light can be reduced to propogate in planes and controlled states Light source Polariser Target 23 Polarisers commonly used in sun glasses p-polarised s-polarised 24 Reflection Fresnel equations: reflexion coefficient Tells us the amount of reflected and refracted light S-polarised: r = E0 r / E0i r⊥ = E0 r / E0i = [ ni cos(θ i ) − nt cos(θ t )] / [ ni cos(θ i ) + nt cos(θ t )] S-polarised: electric field of the light perpendicular to the plane of the diagram P-polarised: r|| = E0 r / E0i = [ ni cos(θt ) − nt cos(θi )] / [ ni cos(θt ) + nt cos(θi )] P-polarised: electric field of incident light is polarised in the plane of the diagram Reflectance R = r2 25 • Reflectividad calculada por las ecuaciones de Fresnel Interfase Aire-vidrio Interfase Aire-agua 1.0 θB = 53.57o Reflectivity 0.8 0.6 0.4 Rs 0.2 0.0 0 Rp 20 40 60 80 Angle of incident light / degree El efecto ”imagen” Positive point charge near a surface: pulls the free electrons toward the surface The electric field is perpendicular to the surface at all points, and ends right at the excess charges at the surface. Note that can not be any electric field within the interior of a conductor! 27 Net result is a small buildup of negative charge at the surface of the metal Outside of the surface, the electric field produced by this redistribution of charges is identical to what would be produced by a single negative charge equal in magnitude and located a distance “R” beneath the surface of the metal. This fictitious charge is called the “image” charge. El efecto ”imagen” Dipole parallel to the surface plane µ0 Real dipole Image dipole µimage Right at the interface, the electric field parallel to the surface is zero everywhere! The image dipole cancels the “real” dipole 28 El efecto ”imagen” Dipole perpendicular to the surface plane µ0 Dipolo Real µeffective=2µ0 µimagen Dipolo imágen Image dipole is oriented in the same direction as the original dipole Total effective dipole moment is twice what would otherwise be expected – the presence of the metal enhances the molecular dipole 29 Regla de Seleccion superficial Sólo los modos vibracionales que poseen un dipolo de transicion perpendicular a la superficie puede ser observado sobre superficies metálicas • Esto no se aplica a moleculas adsorbidas a materiales aislantes o semiconductores • Solo se aplica a moleculas adsorbidas directamente a la interfase 30 Reflectividad del haz de luz IR (2900cm-1) en la interfase sólido-aire φ = 80o interfase Air-oro 1.5 p (xy) 0 20 40 0.6 p60 <E(z=0)>2/<E0>2 0.0035 0.0030 0.0025 0.0020 0.0015 0.0010 0.0005 0.0000 <E(xy)>2/<E0>2 <E(z=0)>2/<E0>2 2.0 80 Angle / degree 1.0 0.5 0.0 20 40 60 p(z)- 0.5 0.3 0.2 p(xy)- 0.1 s0 80 p- 0.4 0.0 S0 φ = 60o Si-air interface 0.7 20 40 60 80 Angle of incident light / degree Angle of incident light / degree Material φmax / degree <E(z=0)>2/<E0>2 Au 80.4 1.83 Pt 73.0 1.56 Ge 59.4 0.69 Si 60.2 0.61 ZnSe 58.5 0.48 Reflectividad del haz de luz en la interfase agua-aire Air-water interface <E(z=0)>2/<E0>2 0,5 p- 0,4 p(z)0,3 0,2 s- p(xy)- 0,1 0,0 0 20 40 60 80 Angle of incident light / degree PM-IRRAS (Espectroscopia de absorción-reflexión infrarroja con modulación de la polarización) Modulación de la intensidad a la frecuencia ωi introducido por el interferómetro: I + = C+ [( R p + Rs ) + J 0 (Φ 0 )( R p − Rs )]I 0 (ωi ) Modulación de la polarización a ωm inducido por el modulador fotoelástico. I − = C− [ J 2 (Φ 0 )( R p − Rs )]I 0 (ωi ) cos(2ωmt ) S =C J 2 (Φ 0 )( R p − Rs ) ( R p + Rs ) + J 0 (Φ 0 )( R p − Rs ) ∆S = S( d ) − S(0) S(0) 0.012 νsCO 1743 νasPO-2 1253 νb(NH3+) 1540 δCH2 1460 0.008 0.004 νsPO-2 1084 Monocapas de PE-PEGs: análisis por PM-IRRAS 0.000 -0.004 0.04 5mN/m 15mN/m 35mN/m dpPE νasPO-2 350 PE-PEG s(COC) ν 1273 0.02 (CC) − ν νas(COC) as(COC) + rs(CH2) ν ∆S/SO 0.00 -0.02 0.015 as(COC) ν 5mN/m 15mN/m 35mN/m PE-PEG1000 0.010 νasPO-2 1280 νasC-O-C 1126 1273 0.005 0.000 -0.005 5mN/m 15mN/m 30mN/m 1273 -0.010 0.016 0.012 PE-PEG 5000 νasPO-2 1265 νsC-O-C 1095 0.008 0.004 0.000 -0.004 5mN/m 15mN/m 32 mN/m 1800 1280 1600 1400 1200 Número de Onda (cm-1) 1000 1100 1000 Resonancia Magnética Nuclear De Mayor a …… LES HOUCHES, France, 1000 MHz, 23.5 T Pacific Pacific Northwest Northwest National National Laboratory, Laboratory, Yokohama Research Institute Washington Washington 800 800 MHz, MHz, 18,8 18,8 T T 900 MHz, 18,8 T …… a menor! Átomos plausibles de ser estudiados por RMN Núcleos con momentos cuadrupolar I Nucleídos 0 12C 16O ½ 1H 13C 1 2H 14N 11B 23Na 17O 27Al 3/ 2 5/ 3 2 10B 15N 19F 35Cl 37Cl 29Si 31P ω0 = frecuencia de Larmor µ = vector de magnetización nuclear I= Momento angular Números cuánticos de Spin I Números de Estados Posibles 2I + 1 Cuantización Espacial I = ½ , 2 estados Posibles I = 2, 5 Estados Posibles I = (I (I + 1) (h/2π))1/2 Todo núcleo atómico posee un momento angular intrínseco I y un momento magnético asociado μ La imagen clásica de un núcleo es de una esfera cargada rotando sobre un eje. Ambos momentos son magnitudes vectoriales Magnetización Nuclear z H µz Momento Magnético µ µ = γ . I Razón Momento Mgtogrica Angular Element o γ (107T-1s-1) ν (MHz) 9,4 T Abun. (%) 1H 26,75 400 99,985 2H 4,11 61,4 0,015 13C 6,73 100,6 1,108 14N 1,93 28,9 99,63 15N -2,71 40,5 0,37 17O -3,63 54,3 0,037 19F 25,18 376,5 100 29Si -5,32 79,6 4,7 31P 10,84 162,1 100 E=-µ .H E = - µz . Hz Efecto del campo Magnético Ec. de Larmor (ω = γH) z H0 µ x y z µ H0 x y Materiales y Métodos Vesicle Formation Egg PC film D2O Egg PC MLVs Tip Sonication pNP SUVs H H H H H H b a O 2N O 2N O - H H H H b a O 2N O O - H H H a O H H H H a H H a H H H a H H b a H H H H H a H H H H H b a H O O 2N H H H H b a O 2N O O 2N O H H H H H b a O H H H a O - H H b a - H H H H H H H H b a O 2N H H H H b a O 2N H H H H b H H a H H b a O O 2N H O a H H H a O - O O b a H H H H b a O - - - - H H O 2N O H - H b O - H H b a - - H H H H b a O 2N H H H H O 2N H O - O 2N H O O 2N O 2N a b a - O 2N H O 2N H - - - b H H b O a H H - H H - O - H b a H O O 2N O 2N b H O 2N H b O 2N H O H H - - b O 2N H H O H O b O 2N H b - O 2N b O 2N - O 2N H b O 2N O - O 2N O O - - H O 2N O - b a H H H b a H H H O b a H H H H b a - H H H H b a O O 2N O - H H H a O O H - - H H H a O H H H b a O 2N H H H H b a O 2N O 2N O O - O - H H H H b a Rotating Frame Overhauser Effect Spectroscopy (ROESY) Varian Inova 500 mHz O H - H H b a O 2N H H H H b a O 2N O O - H H H H b a H H H H b a O 2N H H H H b a O 2N O O - O - H b - O 2N Longitudinal relaxation time (T1) H H O 2N H - a - H H H b H b O 2N H b O 2N O 2N 1D 1H-NMR (Chemical Shift) H O 2N H O 2N a - - H H H H b a O 2N O - Assigment PNPH (pH 4.4) PNP(pH 10.2) Ha (CH)2≈C-O- 7.253 7.21 Hb (CH)2≈C-NO2 6.065 5.68 a b PNP- PNPH PPM 8.0 7.0 6.0 5.0 4.0 ASIGNACIÓN PARA LOS PICOS DE 1H DE PNPAssigne_ ment Chemical group PNPH (pH 4.4) PNP(pH 10.2) a (CH)2≈C-O- 7.253 7.21 b (CH)2≈C-NO2 6.065 5.68 1H 1H a b PNP- PNPH PPM 8.0 7.0 6.0 5.0 4.0 TABLA 1: Asignación de picos de resonancia a los hidrógenos de la EPC en el espectro 1H-RMN del PNP Asignación de Picos Desplazamiento Químico (ppm) A CH3 0 B (CH2)n 0,40 C β-CH2 0,70 D CH2C=C 1,14 E Α-CH2 1,48 F =C-CH2-C= 1,88 G N+(CH3)3 2,35 H CH2N+ 2,79 I O3POCH2C 3,13 J O3POCH2CHO 3,40 K CH2OCO 3,53 L CH=CH, CHOCO 4,41 Fig. A SEPARACIÓN ESPECTRAL ENTRE EL EPC Y PNP a 1H-NMR b spectra (500 MHz) of EPC 65 mM (SUVs) and PNP:EPC (1:1.6 mol % in the membrane) and PNP, pH10.2, 37ºC Medidas de tiempos de relajación longitudinales (T1s) MO Tiempo EFECTO DEL PNPH EN EL DQ Y EN LOS VALORES DE T1 EN LOS 1HEPC T1 (seg) * 0.16 * T1 EPC+pNPH 0.8 0.12 * * 0.6 * * * 0.08 0.4 0.04 0.2 0.00 G H I J K E C B D L F C.S. (p.p.m.) C.S. T1 EPC 1.0 A Hidrogen peack assignemtent The C.S. showed a preferential location at the glycerol level. The T1 only showed a significant change for a CH2 (C) located near the carbonyl groups. EFFECT PNP- ON CS AND T1 VALUES OF 1HEPC 1.4 C. S. T1 EPC 0.16 T1 EPC+pNP- 1.0 0.12 0.8 0.08 0.6 0.04 C.S. (p.p.m.) T1 (seg) 1.2 0.4 0.00 G H I J K E C B D L F A Hidrogen peack assignemtent C.S. didn’t show significant information. But the T1 of protons in the outer polar head-group region became more restricted/immovilized. Espectroscopia de Fluorescencia Esquema de un Espectrofluorómetro • Anisotropía de fluorescencia. Aplicación al estudio de dinámica de membranas • Transferencia de energía inducida por resonancia. Medida de distancias moleculares • Microscopía de fluorescencia. • Inmunofluorescencia Efecto de la polaridad del solvente Exposición al solvente de Trp en una proteína FLUORESCENCIA EN MODELOS DE MEMBRANA Efecto de la temperatura y el contenido de colesterol Espectroscopia de Resonancia Paramagnética Electrónica EPR Microondas (GHz) ⇒ Energía = transiciones rotacionales moleculares Sustancias Paramagnéticas con espines electrónicos desapareados: Radicales Libres Sólidos cristalinos Iones de metales de transición y tierras raras Sistemas en estado triplete Resonancia: moléculas o iones paramagnéticos = e- desapareados e- + H (campo magnético) = momento magnético, con las componentes orientadas en la dirección del campo. El espin electrónico asume sus dos estados permitidos ⇒ (±1/2) La energía entre los 2 estados permitidos = Energía de Zeeman E= ±1/2 g β H La separación entre los niveles de Zeeman aumenta linealmente con H. ∆E= g β H Entonces, la transición entre niveles puede ser inducida por un H de ν adecuada ∆E= h ν = g β H Resumiendo: Los electrones desapareados poseen un momento magnético de espín que se orienta en presencia de un campo magnético. Si la energía es la adecuada para la resonancia, podrá haber absorción y transición entre los subniveles. Fuente de microondas Cavidad Imán Marcador de Espín: molécula que posee un grupo paramagnético, cuyo comportamiento frente al H se ve afectado por el ambiente en donde se encuentra. El más usado es el Nitróxido Posee un espín nuclear del nitrógeno (I) = 1 Se produce una interacción entre el espín electrónico y el espín nuclear ⇒ la absorción se desdobla según 2I+1=3 y el espectro muestra 3 lineas, esto es el desdoblamiento hiperfino. Estas 3 líneas corresponden a las 3 posibles orientaciones del momento magnético nuclear del nitrógeno m = +1, 0, -1 MEDIDAS ESPECTRALES Parámetro Empírico de Orden y Movilidad Parámetro de Orden A|| - A⊥ S= h+1 /h0 Azz - ( Axx + Ayy ) / 2 Ejemplo: Efecto de Mentol en Membranas Sinaptosomales 12-SASL O 5-SASL 2 mol% POPC 5 mM 0.6 S Colesterol 25 mol% 0.5 0 Filme MLVs marcados 10 15 20 25 30 Mentol mM 30 % ∆h+1/ho + Buffer Acetato 5 mM, pH 5 5 20 10 0 Mentol 0 5 10 15 Mentol mM 20 25 30 Espectro de EPR de 16-SASL en una dispersión acuosa de citocromo oxidasa (0.24 mg fosfolípido / mg proteína) a 24°C. (Adaptado de Jost et al., 1973a) Ejemplo: Interacción β-ciclodextrinas con marcadores de espín. Polaridad del entorno del marcador de espín. Interacción β-ciclodextrina (40mM) - spin label (0.15 mM) 15.4 2e+10 5-SASL 12-SASL 15.2 15.0 Intensidad 1e+10 a0 14.8 14.6 14.4 0 -1e+10 β −CD Buffer 14.2 a 14.0 eff 0 = (1 / 3)( A|| + 2 A⊥ ) 3.25e+7 3.30e+7 13.8 0 10 20 30 Temperatura (ºC) 40 50 H (Gauss) 3.35e+7