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PRACTICA 6
Ejercicio 1. Busca en GenBank secuencias de ADN de la nécora (Necora puber).
¿Cuántos tipos de genes diferentes encuentras?
Se encuentran cuatro genes diferentes:




Gen del ARN ribosomal 28s (subunidad grande)
Gen del ARN ribosomal 18s
Gen del ARN ribosomal 16s
Gen de la Histona H3
y 8 secuencias diferentes que corresponden a los genes anteriores.
Ejercicio 2. Averigua en la base de datos de genomas del EMBL, cuántos pares de
bases tiene el genoma de Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa: PA01: 6.264.403 pb
Ejercicio 3. Compara esta secuencia proteica consigo misma en Dotlet. Copia y pega
sólo la secuencia. Ajusta la escala ("zoom") y la astringencia (escala de grises) para ver
mejor. ¿Que puedes deducir de esta comparación?
Al ser las dos secuencias iguales sale una línea continua y
el patrón a ambas partes de la línea central se repite.
Ejercicio 4. Utilizando la herramienta de BLAST identifica el siguiente fragmento de
ADN. ¿De qué gen se trata y a que especie pertenece?
Se trata del gen de Influenza A virus de un pato.
Ejercicio 5. En el portal del EMBOSS del CNIO o este portal alternativo estima el uso
de codones de la insulina humana con el programa cusp. ¿Cuál es el codón más
utilizado para el aminoácido Lisina (K)?
# CUSP codon usage file
# Codon
Amino acid
GCA
A
0.200
GCC
A
0.390
GCG
A
0.086
GCT
A
0.324
TGC
C
0.596
TGT
C
0.404
GAC
D
0.722
GAT
D
0.278
GAA
E
0.294
GAG
E
0.706
TTC
F
0.600
TTT
F
0.400
GGA
G
0.186
GGC
G
0.190
GGG
G
0.476
GGT
G
0.148
CAC
H
0.650
CAT
H
0.350
ATA
I
0.273
ATC
I
0.364
ATT
I
0.364
AAA
K
0.353
AAG
K
0.647
CTA
L
0.063
CTC
L
0.253
CTG
L
0.505
CTT
L
0.084
TTA
L
0.000
TTG
L
0.095
ATG
M
1.000
AAC
N
0.625
AAT
N
0.375
CCA
P
0.225
CCC
P
0.348
CCG
P
0.090
CCT
P
0.337
CAA
Q
0.153
CAG
Q
0.847
AGA
R
0.223
AGG
R
0.482
CGA
R
0.062
CGC
R
0.089
CGG
R
0.125
CGT
R
0.018
AGC
S
0.259
Fract
/1000
15.579 21
30.415 41
6.677 9
25.223 34
22.997 31
15.579 21
19.288 26
7.418 10
7.418 10
17.804 24
6.677 9
4.451 6
28.932 39
29.674 40
74.184 100
22.997 31
19.288 26
10.386 14
2.226 3
2.967 4
2.967 4
4.451 6
8.160 11
4.451 6
17.804 24
35.608 48
5.935 8
0.000 0
6.677 9
8.160 11
3.709 5
2.226 3
29.674 40
45.994 62
11.869 16
44.510 60
8.160 11
45.252 61
18.546 25
40.059 54
5.193 7
7.418 10
10.386 14
1.484 2
22.255 30
Number
AGT
TCA
TCC
TCG
TCT
ACA
ACC
ACG
ACT
GTA
GTC
GTG
GTT
TGG
TAC
TAT
TAA
TAG
TGA
S
S
S
S
S
T
T
T
T
V
V
V
V
W
Y
Y
*
*
*
0.034
0.121
0.293
0.017
0.276
0.319
0.362
0.130
0.188
0.062
0.312
0.525
0.100
1.000
0.800
0.200
0.250
0.167
0.583
2.967 4
10.386 14
25.223 34
1.484 2
23.739 32
16.320 22
18.546 25
6.677 9
9.644 13
3.709 5
18.546 25
31.157 42
5.935 8
43.027 58
2.967 4
0.742 1
4.451 6
2.967 4
10.386 14
El codón mas utilizado para el aminoácido lisina es AAG