La proteína NPAS3 (de sus siglas en inglés ""Neuronal PAS domain-containing protein 3"") es un factor de transcripción codificado por el gen npas3 perteneciente a la familia de factores de transcripción (bHLH)-PAS (hélice-bucle-hélice-PAS), los cuales se encuentras implicados en diversas funciones como la regulación de los ciclos circadianos, procesos de neurogénesis, metabolismo de toxinas, hipoxia y desarrollo traqueal en vertebrados. La proteína NPAS3 contiene un motivo de hélice-bucle-hélice y un dominio PAS, al igual que otros miembros de esta familia.
