Download Sistema de información y codificación

Sistema de información y
codificación
Marcial García Rojo
Hospital General Universitario de Ciudad Real. Spain
XXVI Congreso Nacional de la SEAP-IAP
Cádiz, 23 de mayo de 2013
Sistemas de información de
Anatomía Patológica
 Tres grandes retos: interoperabilidad, imagen
digital y gestión del conocimiento
 Para todo ello: interoperabilidad semántica
que se basa en intercambio de información
estructurada en todo el proceso (y no sólo en
codificación de diagnósticos)
 Propuesta: Utilizar SNOMED CT por su
amplio contenido (casi 350k conceptos) y las
relaciones entre los conceptos
Los ladrillos que componen SNOMED CT
 Conceptos
 Los anclajes para el significado. Jerarquías.
 Descripciones
 Son los términos (cadenas de caracteres legibles) usados para
expresar el significado de los conceptos en lenguaje natural
 Relaciones
 Enlace concepto-con-concepto usado para expresar información
en lenguaje entendible por máquinas
Objetivo principal: Significado con lógica formal
Además: controlar términos obsoletos, representar “hechos”
variables, ayudar a post-coordinación sugiriendo
calificadores válidos
3
Contenidos de SNOMED CT
311.000 Conceptos
 Hallazgos/conclusiones/evaluaciones
794.000 Descripciones
 Trastornos
 Hallazgos clínicos (por lugar, método, función)1,300.000 Relaciones
 Procedimientos
 Planes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías
 Especímenes
 Estructuras anatómicas
 Estructuras normales (anatomía/ topografía)
 Estructuras anormales (patología/ morfología)
 Función (incluso habilidades y propiedades)
 Organismos Vivos
 Sustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos)
 Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión)
 Ocupaciones
 Contexto social y demográfico
 General (contexto, localización, estadificación)
 Otros (relaciones espaciales, unidades)
4
Conceptos
Concepto como un contenedor
 ConceptID 29384001 (trastorno del estómago)
 Descripciones:
 trastorno del estómago (trastorno)
 trastorno del estómago
 enfermedad gástrica
 enfermedad del estómago
 Relaciones:
 es un[a] hallazgo gástrico
 es un[a] trastorno del abdomen
 es un[a]  trastorno del tracto gastrointestinal
superior
 sitio del hallazgo: estructura del estómago
5
5
SNOMED CT en Patología hoy
• Codificar informes en texto libre
• Informes estructurados (CAP cancer checklists)
• Codificar imágenes (almacenamiento/búsquedas)
• Petición electrónica de estudios a Patología
• Historia clínica electrónica (orientada Pacientes)
• Integración de autoteñidores
• Sistemas de ayuda a toma de decisiones
• Registros de tumores
• Biobancos
• Bases de datos de autopsias
SNOMED
SNOMED II frente a CT
SNOMED II
• Listas de códigos
• Code id con significado
• Jerarquías simples (P,
T, E, M)
• Orientado a Patología
(muestras)
SNOMED CT
• Concepto, Atributo, Relación
• Code id secuencial
• Jerarquías complejas (19) y
> 40 subjerarquías
• Orientado a Clínica
(paciente)
7
SNOMED CT. Muestras y
diagnósticos
 Subconjunto de
muestras y
procedimientos.
Reglas
 Implementación de
SNOMED CT en
diagnóstico:
Jerarquías:
Morphology (Abnormal
body structure),
Clinical findings,
Qualifiers, …
Citología: Bethesda y
SNOMED CT
Informes estructurados y SNOMED
CT
 Codificación de informes estructurados CAP
(Colegio Americano de Patólogos) y modelo IHE
(Integrating Heathcare Entrerprise). Checklists.
 Codificación de la pregunta (entidades
observables) y la respuesta (Finding, Disorder,
or Morphologic Abnormality).
 Sistemas de información y SNOMED CT
(VitroPath, Patwin, GestPath y otros)
Codificar muestras
 Web SEAP-IAP : http://www.seap.es/snomed-ct
 Participación de 8 hospitales.
 Criterios para clasificar muestras (sin considerar carga
de trabajo o diagnóstico)
1.
2.
Localización anatómica (piel)
Procedimiento de obtención o intención: En biopsias
 Biopsia superficial (punch, tru-cut or aguja gruesa)
 Biopsia por incisión
 Enucleación
 Escisión completa (generalmente con tejido adyacente)
 Resección parcial de órgano
 Extirpación completa de órgano
 Extirpasción d eórgano y estructuras adyacentes (linfadenectomía)
 Resección especial (Whipple, abdominoperineal,…) o método
(estereotáctica, endoscópica)
Specimen and Procedures subset
Reglas de postocoordinación
Refinamiento (C:A=V) (C:A1=V1,A2=(V2),…,An=Vn)
 Muestras:
a.
b.
c.
specimen : specimen procedure (attribute) = procedure
specimen : specimen source topography (attribute) = body
structure
specimen :
specimen source topography (attribute) = body structure ,
specimen procedure (attribute) = procedure
 Procedicmientos:
 procedure : procedure site - Direct (attribute) = body structure
DIAGNÓSTICOS. ¿Qué jerarquía
utilizar?
81% conceptos precoordinados
Morfología – Abnormal body structure
 ¡Solo 44% de los códigos de diagnóstico!
Hallazgos clínicos
48% de los códigos
Qualifiers, normal anatomic structures,
procedures, physical object, substance,
organism
10% de los códigos
Citología: códigos morfológicos
Anomalías de Células Epiteliales
373886001
Células Escamosas
80554009
Estructura
corporal
Estructura corporal
• Células escamosas atípicas (ASC)
69740004
Estructura corporal
- de significado indeterminado (ASC-US)
39035006
Estructura corporal
- no puede excluirse HSIL (ASC-H)
373878001
Estructura corporal
• Lesión intraepitelial escamosa de bajo grado (LSIL)
comprendiendo: HPV/displasia leve/CIN 1
112662005
Estructura corporal
• Lesión intraepitelial escamosa de alto grado (HSIL)
comprendiendo: displasia moderada y severa, carcinoma
in situ (CIS)/CIN 2 y CIN 3
- con características sospechosas para invasión (si la
invasión es sospechada)
22725004
Estructura corporal
373879009
Estructura corporal
• Carcinoma de células escamosas
28899001
Estructura corporal
Dos tipos de informes
Informes normalizados y SNOMED CT
Conclusiones
 SNOMED CT debe mejorar su organización de
conceptos (anatomía patológica debe ser distinto
a hallazgo clínico y es algo más que “estructura
anatómica anormal”
 SNOMED CT puede ampliar la lista de conceptos
si los patólogos participan (subconjunto en
Cataluña)
 Los sistemas de información pueden integrar
informes estructurados con SNOMED CT
 Deben permitir usar conceptos postcoordinados
 Deben mejorar la gestión de relaciones entre
conceptos para simplificar búsquedas.