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RED NACIONAL DE CENTROS DE CÁNCER
PROGRAMA DE DIAGNÓSTICO DEL CÁNCER
SUBPROGRAMA DE DIAGNÓSTICO MOLECULAR EN NEOPLASIAS HEMATOLÓGICAS
CATÁLOGO DE SERVICIOS
HOSPITAL CLÍNIC-IDIBAPS
I. INFORMACIÓN GENERAL:
-
Nombre de la Unidad: Unidad de Hematopatología
Centro de la Red: IDIBAPS
Responsable general de la Unidad: Dr. Elías Campo
Teléfono de contacto: 93 227 54 50
E-mail de contacto: [email protected]
-
Responsable directo de la Unidad: Dra. Dolors Colomer
Nombre de la persona de contacto: Dra. Mireia Camós
E-mail de contacto: [email protected], [email protected]
Teléfono de contacto: 93 227 55 72 / 93 227 54 00 ext 3368
Fax de contacto: 93 227 55 72
-
Dirección para facturación:
•
Nombre: Emili Bargalló ([email protected])
•
Institución: Institut d’Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS)
•
Calle: C/ Villarroel 170
•
Código postal: 08036
•
Localidad: Barcelona
-
Dirección para el envío de muestras:
•
Nombre: Dolors Colomer / Mireia Camós. Unidad de Hematopatología
•
Institución: IDIBAPS
•
Calle: C/ Villarroel 170, Hospital Clínic, esc. 2 5ª planta
•
Código postal: 08036
•
Localidad: Barcelona
HOSPITAL CLÍNICO SALAMANCA
I. INFORMACIÓN GENERAL:
-
Nombre de la Unidad: Unidad de Biología Molecular/HLA
Centro de la Red: Servicio de Hematología. Hospital Clínico Universitario de
Salamanca
Responsable general de la Unidad: Prof. Jesús San Miguel
Teléfono de contacto: 923 291 384
E-mail de contacto: [email protected]
-
Responsable directo de la Unidad: Dr. Marcos González Díaz
Nombre de la persona de contacto: Dr. Marcos González Díaz/ Ramón García Sanz
E-mail de contacto: [email protected]; [email protected].
Teléfono de contacto: 923 291 629 / 923 291 384
Fax de contacto: 923 29 46 24
-
Dirección para facturación:
•
Nombre: Antonio Mata ([email protected]).
•
Institución: Centro de Investigación del Cáncer (CIC) (Tel: 923-29 47 20)
•
Calle: Avenida Universidad de Coimbra, Campus Universitario Miguel Unamuno.
•
Código postal: 37007
•
Localidad: Salamanca
-
Dirección para el envío de muestras:
•
Nombre: Marcos González Díaz. Unidad de Biología Molecular/HLA. Servicio de
Hematología
•
Institución: Hospital Clínico Universitario Salamanca
•
Calle: C/ Paseo San Vicente 58-182,
•
Código postal: 37007
•
Localidad: Salamanca
-
HOSPITAL LA FE- VALENCIA
I. INFORMACIÓN GENERAL:
Laboratorio de Biologia Molecular(Servicio Biopatología Clínica)
-
Nombre de la Unidad: Laboratorio de Biología Molecular (Servicio de Biopatología
Clínica)
Centro de la Red: HULaFe
Responsable general de la Unidad: Dr. José Maria Barrio Zabalza
Teléfono de contacto: 9619762714
E-mail de contacto: [email protected]
Responsable directo de la Unidad: Dr. Pascual Bolufer Gilabert
Nombre de la persona de contacto: Dra. Eva Barragán González
E-mail de contacto: barragá[email protected] ; [email protected]
Teléfono de contacto: 961973160 o 961973351
Fax de contacto: 961973160
Laboratorio de Citogenética y Biología Molecular (Servicio de Hematología)
-
Nombre de la Unidad: Laboratorio de Citogenética y Biología Molecular(Servicio de
Hematología)
Centro de la Red: HULaFe
Responsable general de la Unidad: Dr. Miguel A. Sanz Alonso
Teléfono de contacto: 961973057
E-mail de contacto: [email protected]
-
Responsable directo de la Unidad: Dr. Jose Cervera y Dra. Mª Leonor Senent
Nombre de la persona de contacto: Dra. Mª Leonor Senent
E-mail de contacto: [email protected], [email protected]
Teléfono de contacto: 963862700 ext.50869
Fax de contacto: 961973281
-
Dirección para facturación:
•
Nombre: Fundación Investigación H. La Fe (www.fundacionlafe.org)
•
Institución: Escuela de enfermería 6ª planta, hab. 619
•
Calle: Avda Campanar 21
•
Código postal: 46009
•
Localidad: Valencia
Dirección para el envío de muestras:
•
Nombre: Eva Barragan / Pascual Bolufer. Laboratorio de Biología Molecular
•
Institución: Escuela de Enfermería 7ª planta, Hospital Universitario La Fe
•
Calle: Avda. Campanar 21
•
Código postal: 46009
•
Localidad: Valencia
II. CATÁLOGO DE SERVICIOS OFERTADOS:
HOSPITAL
CLINIC
Barcelona
HOSPITAL
CLINICO
Salamanca
HOSPITAL LA
FE
Valencia
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
- Médula ósea
- Material fijado e incluido en parafina
- Material congelado
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
Análisis de productos de PCR
mediante Genescan
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
(cadena beta del receptor de células T)
X
X
X
Estudio mutacional del gen de las
inmunoglobulinas
X
X
-
X
X
X
X
X
-
X
X
X
X
X
X
X
-
-
X
-
-
Servicio ofertado
1.
Extracción de ADN de:
- Sangre periférica
- Médula ósea
- Material fijado e incluido en parafina
- Material congelado
2.
3.
Extracción de ARN de:
- Sangre periférica
SÍNDROMES LINFOPROLIFERATIVOS
4.
Reordenamiento de Ig
(análisis de región FR1 de la cadena pesada
de las inmunoglobulinas)
5.
Reordenamiento de Ig
(análisis de región FR2 de la cadena pesada
de las inmunoglobulinas)
6.
Reordenamiento de Ig
(análisis de región FR3 de la cadena pesada
de las inmunoglobulinas)
7.
Reordenamiento del TCR
(cadena gamma del receptor de células T)
8.
9.
10.
Reordenamiento del TCR
Reordenamiento IgH-BCL1
(región MTC) mediante PCR
11.
Sobreexpresión de ciclina D1
mediante PCR a tiempo real
12.
Reordenamiento IgH-BCL2
(región MBR) mediante PCR
13.
Reordenamiento IgH-BCL2
(regiones mcr y 5’mcr) mediante PCR
14.
Reordenamiento API2-MALT1
t(11;18)(q21;q21) mediante RT-PCR
15. Detección del virus Epstein Barr (EBV)
mediante PCR
16. Detección del virus Herpes 8 (HHV-8)
17.
mediante PCR
X
-
-
Gen de fusión NPM-ALK
t(2;5)(p23;q35)
X
-
-
mediante PCR alelo-específica
X
X
X
Gen de fusión BCR-ABL
t(9;22)(q34;q11)
X
X
X
X
X
X
X
X
-
X
X
-
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
X
-
mediante RT-PCR
SINDROMES MIELOPROLIFERATIVOS
18.
19.
Mutación V617F del gen JAK2
mediante RT-PCR
20.
Cuantificación del gen BCR-ABL
Mediante PCR a tiempo real
21.
Mutaciones del gen BCR-ABL
mediante secuenciación directa
22.
Mutación T315I del gen ABL
mediante PCR específica
23.
Gen de fusión FIP1L1-PDGFRα
α
mediante RT-PCR
LEUCEMIAS AGUDAS
24.
Gen de fusión PML-RARα
α
(LMA-t(15;17)(q22;q21) mediante RT-PCR
25.
Cuantificación del gen PML-RARα
α
(LMA-t(15;17)(q22;q21) mediante PCR a
tiempo real
26.
Gen de fusión RUNX1-RUNX1T1
(AML1-ETO) (LMA-t(8;21)(q22;q22))
mediante RT-PCR
27.
Cuantificación del gen RUNX1RUNX1T1 mediante PCR a tiempo real
(enfermedad mínima residual)
28.
Gen de fusión CBFβ
β -MYH11
(LMA-inv(16)(p13q22))mediante RT-PCR
29.
Cuantificación del gen CBFβ
β-MYH11
mediante PCR a tiempo real (enfermedad
mínima residual)
30.
Gen de fusión ETV6-RUNX1 (TELAML1) LLA t(12;21)(p13;q22) mediante RTPCR
31.
Cuantificación del gen ETV6-RUNX1
(TEL-AML1) LLA t(12;21)(p13;q22)
mediante PCR a tiempo real (enfermedad
mínima residual)
32.
Gen de fusión E2A-PBX1
LLA t(1;19)(q23;p13) mediante RT-PCR
33.
Cuantificación del gen E2A-PBX1
X
X
-
-
X
X
(LMA-t(8;16)(p11;p13)) mediante RT-PCR
X
-
-
Estudio de Duplicación Interna en
Tándem del gen FLT3 (ITD) mediante
X
X
X
mediante PCR o RT-PCR
X
X
X
Mutaciones en el exón 12 del gen
Nucleofosmina (NPM)
X
X
X
-
X
X
-
X
X
(LLA- t(4,11) (q21 ;q23) mediante RT-PCR
-
X
X
Duplicaciones parciales en tandem
(DPT) de MLL
-
X
X
X
X
X
X
X
X
LLA t(1;19)(q23;p13) mediante PCR a tiempo
real (enfermedad mínima residual)
34.
Mutación D816 del gen KIT
mediante PCR y sondas de hibridación
35.
36.
Gen de fusión MYST3-CREBBP
PCR o RT-PCR
37.
38.
Mutaciones puntuales del gen FLT3
mediante PCR o RT-PCR
39.
Expresión de WT1
RT-PCR cuantitativa
40.
Expresión de EVI1
RT-PCR cuantitativa
41.
42.
Gen de Fusión MLL-AF4
RT-PCR
TRASPLANTE
43.
Estudio de quimerismo
mediante PCR (análisis STR) y genescan
44. Estudio de quimerismo con separación
de poblaciones celulares
mediante PCR (análisis STR) y genescan
III. BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS SERVICIOS OFERTADOS:
Los principales protocolos de los servicios ofertados se encuentran detallados en los
documentos adjuntos en la dirección http://www.rticcc.org/
1. Servicio de extracción de DNA y RNA
La Unidad dispone de protocolos de extracción de DNA y RNA tanto de muestras
procedentes de sangre periférica y médula ósea como de material fijado e incluido en
parafina o material congelado.
Posteriormente a la extracción se procede a la determinación de la concentración de
DNA y RNA mediante la lectura por espectrofotometría.
2. Servicio de PCR (reacción en cadena de la polimerasa)
Se dispone de protocolos para amplificación de DNA genómico mediante PCR y de cDNA
tras realizar la técnica de retrotranscripción del RNA.
2.1. PCR estándar (cualitativa)
2.1.1. Detección de genes de fusión:
2.1.1.1.
Leucemia mieloide aguda (LMA):
•
RUNX1-RUNX1T1 (AML1-ETO), LMA- t(8;21)(q22;q22)
• CBFβ-MYH11, LMA-inv(16)(p13q22), tránscritos A, D y E
• PML-RARα, LMA- t(15;17)(q22;q21), tránscritos BCR1, BCR2, BCR3
• MYST3-CREBBP, LMA-t(8;16)(p11;p13)
2.1.1.2.
Leucemia linfoide aguda (LLA):
•
BCR-ABL, t(9;22)(q34;q11), tránscritos e2A2, B3A2, B2A2
• ETV6-RUNX1 (TEL-AML1), LLA t(12;21)(p13;q22)
• E2A-PBX1, LLA t(1;19)(q23;p13)
• AF4-MLL, LLA t(4 ;11)(q21;q23)
2.1.1.3.
Síndromes mieloproliferativos crónicos (SMPC):
•
Leucemia mieloide crónica (LMC): BCR-ABL,
tránscritos B2A2, B3A2, E2A3
• Síndrome hipereosinofílico: FIP1L1-PDGFRα
2.1.1.4.
Síndromes linfoproliferativos:
•
Linfoma MALT: API2-MALT1 t(11;18)(q21;q21)
• Linfoma anaplásico: NPM-ALK t(2;5)(p23;q35)
t(9;22)(q34;q11),
2.1.2. Estudios de clonalidad en síndromes linfoproliferativos
Los estudios de clonalidad en síndromes linfoproliferativos crónicos (SLPC) se
analizan según el protocolo del grupo BIOMED-2 (Leukemia 2003; 17:22572317).
2.1.2.1.
Reordenamiento de la cadena pesada del gen de las inmunoglobulinas:
• Se analiza a petición del usuario el reordenamiento VH-JH
estudiando las regiones FR1, FR2 o FR3 de la región VH de la cadena
pesada de las inmunoglobulinas.
2.1.2.2.
Reordenamiento del receptor de células T (TCR):
•
TCR beta: se analiza el reordenamiento Vβ-Jβ.
•
TCR gamma: se analiza el reordenamiento Vγ-Jγ.
2.1.2.3.
Reordenamiento BCL1-IgH, t(11;14)(q13;q32):
Se analiza el reordenamiento entre la región MTC (major translocation
cluster) del gen BCL1 y la región JH del gen de las Ig.
2.1.2.4.
Reordenamiento BCL2-IgH, t(14;18)(q32;q21):
•
Región MBR (major breakpoint region)
•
Regiones mcr (minor breakpoint region) y 5’mcr
2.1.3. Estudio de mutaciones
2.1.3.1.
Mutación V617F del gen JAK2 en SMPC:
Se realiza una PCR alelo-específica o bien una PCR mediante sondas de
hibridación (Taqman).
2.1.3.2.
Mutación T315I del gen ABL:
Se realiza una RT-PCR alelo-específica.
2.1.3.3.
Mutación D816 del gen KIT:
Se realiza una PCR con sondas de hibridación específicas.
2.1.3.4.
Duplicación interna en tándem del gen FLT3 en LMA:
Se realiza una PCR o RT-PCR y análisis mediante gel de agarosa o
lectura por Genescan. Cálculo de la ratio alelo mutado/germinal.
2.1.3.5.
Mutaciones puntuales del gen FLT3:
Se realiza una PCR y posterior digestión del producto amplificado con
una enzima de restricción (Eco V).
2.1.3.6.
2.1.3.7.
Mutaciones en el exón 12 del gen Nucleofosmina:
Se realiza una PCR o RT-PCR y análisis mediante Genescan.
Duplicaciones parciales en tandem de MLL:
Se realiza una RT-PCR y electroforesis en gel de agarosa.
2.2. PCR a tiempo real (cuantitativa)
2.2.1. Monitorización de enfermedad mínima residual:
2.2.1.1.
Cuantificación en LMA de:
• Gen PML-RARα
• Gen RUNX1-RUNX1T1 (AML1-ETO)
• Gen CBFB-MYH11
• Expresión de WT1
• Expresión de EVI1
2.2.1.2.
Cuantificación en LLA de:
• Gen ETV6-RUNX1 (TEL-AML1)
• Gen E2A-PBX1
• Gen AF4-MLL
2.2.1.3.
Cuantificación en LMC:
• Gen BCR-ABL (p190 y p210)
2.2.2. Determinación de los niveles de expresión de Ciclina D1 (mRNA) en síndromes
linfoproliferativos
2.2.3. Determinación de niveles de expresión de diversos genes (mRNA) empleando
los assays de Applied Biosystems
2.3. Estudios de secuenciación
2.3.1. Estudio mutacional del gen de las inmunoglobulinas:
Se realiza una PCR y posterior secuenciación directa del producto amplificado
utilizando el kit Big Dye v3.1 y comparación con la secuencia germinal en la
dirección http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/ o http://imgt.cines.fr
2.3.3. Estudio de mutaciones del gen ABL
Se realiza una PCR y posterior secuenciación directa del producto amplificado
utilizando Big Dye v3.1 y comparación con la secuencia germinal en el programa
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/wblast2.cgi
2.4. Análisis por Genescan
2.5. Análisis de short tandem repeats (STR) para estudio de quimerismo