Download La Kanamicina es un antibiótico del grupo de los aminoglucósidos

Universidad Nacional Autónoma de México
Facultad de Química
Bioquímica Experimental
GLOSARIO BIOLOGÍA MOLECULAR
Rizo Grajales Norma A.
Células competentes: Las células que tienen
la capacidad de absorber las moléculas de
DNA se dice son competentes. Algunas
células son naturalmente competentes en
ciertas etapas de su crecimiento, mientras
que otras requieren ser tratadas con calcio u
otros iones y exponerse a varios choques de
calor y frío. Las células competentes se
utilizan en los estudios de transformación.
también a la activación de la transcripción de
un gen como consecuencia de un inductor
que interactúa con una proteína reguladora.
Conjugación: Transferencia de DNA de una
célula bacteriana a otra.
Plásmido: Molécula de DNA circular
extracromosómico que tiene la capacidad de
duplicarse en forma autónoma.
Enzimas de restricción: Enzimas que
reconocen y catalizan el rompimiento de
secuencias de DNA de doble banda en sitios
específicos de cada banda, generando
extremos romos o “pegajosos” (cohesivos).
Aisladas por lo general de bacterias.
Extremos cohesivos: Extremos prominentes
5ˈ o 3ˈ de banda sencilla de fragmentos de
DNA producidos por la actividad de enzimas
de restricción.
Extremos romos: Extremos de los
fragmentos de DNA que producen las
enzimas de restricción cuando cortan el DNA
en la misma posición en ambas bandas.
Kilobase (kb): Secuencia de mil bases de
una molécula de ácido nucleico.
Inducción: Capacidad que tienen los
organismos para sintetizar ciertas enzimas
sólo cuando las necesitan; por ejemplo, en E.
coli, las enzimas que utilizan lactosa sólo se
sintetizan cuando está presente su sustrato
lactosa. El termino inducción se refiere
Lisis alcalina: Uso de una solución alcalina
de detergente que lisa las células y
desnaturaliza al DNA. Se utiliza en el
aislamiento de DNA de las células
microbianas.
Promotor: Secuencia de bases de una
molécula de DNA que la RNA polimerasa
reconoce y a la que se une, promoviendo así
la transcripción.
Sitios de restricción: Secuencias específicas
cortas del DNA de doble banda que son
reconocidas y atacadas por las enzimas de
restricción.
Traducción: Proceso de síntesis de
proteínas, llevado a cabo en los ribosomas,
en el que la secuencia de bases de la clave
de tríadas del mRNA se convierte en los
aminoácidos apropiados de la proteína para la
cual codifica.
Transcriptasa reversa: Sintetiza una copia
de DNA a partir de una molécula de mRNA.
Transcripción: Proceso por el que la enzima
RNA polimerasa sintetiza una molécula de
RNA de banda sencilla que es
complementaria de un molde de DNA.
Transducción: Transferencia de genes
bacterianos de una bacteria a otra por un
bacteriófago.
Transformación: En ingeniería genética,
término que se utiliza para describir la
introducción de DNA exógeno en las células.
Vector: Molécula de DNA, por lo común un
plásmido o un bacteriófago, en el que pueden
insertarse (clonarse) fragmentos de DNA
extraño. El vector posee típicamente uno o
más genes de resistencia a los antibióticos a
manera de marcadores seleccionables y uno
o más sitios de restricción únicos, con
frecuencia dentro de esos genes de
resistencia. El vector tiene también la
capacidad de duplicarse en forma autónoma
en un organismo hospedante definido, como
es el caso de E. coli.
bacteria que mejor se ha caracterizado desde
el punto de vista genético.
Buffer Tango: Es un buffer diseñado
especialmente para usarlo en digestiones
dobles. Composición del Buffer:
33mM Tris-acetato (pH 7.9 at 37°C),
10mM acetate de magnesio,
66mM acetato de potasio,
0.1mg/ml BSA.
Glucosa/Tis/EDTA: (Solución GTE) La
glucosa mantiene la presión osmótica,
mientras que el Tris amortigua a las células a
pH8.0. El EDTA une los cationes divalentes
en la bicapa lipídica, debilitando la cubierta
celular. Siguiendo la lisis celular, el EDTA
limita la degradación de DNA por la unión de
iones MG++ que son un cofactor necesario
para las nucleasas bacterianas.
REACTIVOS
Dodecil Sulfato de Sodio: (SDS) Un fuerte
detergente cargado negativamente usado
para desnaturalizar proteínas en la
electroforesis de gel de poliacrilamida SDS. El
detergente SDS disuelve los componentes
lipídicos y las proteínas de la pared celular. El
hidróxido de sodio desnaturaliza el DNA
cromosomal y plasmídico en hebras simples;
los círculos intáctos de DNA plasmídico
permanece entrelazado.
Gel de agarosa: Carbohidrato polimérico
inerte que forma un gel cuando se hierve en
agua y se deja enfriar. Los ácidos nucleicos
pueden separarse en agarosa con base en su
tamaño y conformación al aplicar una
corriente eléctrica a través del gel (un
ejemplo de electroforesis).
Escherichia coli: Bacteria en forma de bacilo,
gramnegativa, que no forma esporas y se
encuentra en el intestino grueso de la mayoría
de los mamíferos, entre ellos el hombre. Es la
Etanol: Un lavado con etanol remueve
algunos remanentes de sal y SDS de la
preparación. Es un buen disolvente, y puede
utilizarse como anticongelante. También es un
desinfectante. Su mayor potencial bactericida
se obtiene a una concentración de
aproximadamente el 70 %.
Isopropanol: El alcohol precipita rápidamente
ácidos nucleicos pero precipita lentamente las
proteínas. De esta manera, una precipitación
rápida preferencialmente nos brinda o baja los
ácidos nucleicos.
IPTG: El IPTG suele utilizarse como inductor
artificial del operón lac, ya que es capaz de
unirse al represor LacI, pero no es un sustrato
para la β-galactosidasa y no puede ser
metabolizado por la bacteria.
Plásmido PET-TEM-1: El plásmido pET,
contiene el gen 10 del fago T7, en un sistema
de expresión adecuado, tal como un
procariota, por ejemplo un microorganismo
perteneciente al género Escherichia, Bacillus,
Salmonella, Listeria, Yersinia, etc.
Tris-EDTA: El buffer Tris amortigua la
solución de DNA, el EDTA protege el DNA de
la degradación de DNAasas por la unión de
cationes divalentes (especialmente MG++)
que son los cofactores necesarios para la
actividad DNAsa.
Acetato de potasio/ácido acético: El ácido
acético pasa el pH a neutral, permitiendo que
las hebras de DNA se renaturalicen. Al
mismo tiempo, el acetato de potasio precipita
el SDS de la suspensión celular, junto con los
lípidos y proteínas asociadas.
La
renaturalización cromosomal del DNA está
atrapado
en
el
precipitado
de
SDS/lípido/proteína.
Únicamente
los
plásmidos pequeños de DNA, fragmentos de
DNA cromosomal, y moléculas de RNA se
escapan del precipitado y permanecen en
solución.
Bromuro de etidio: (BrEt) Es un agente
intercalante usado comúnmente como
marcador de ácidos nucleicos en laboratorios
de biología molecular para procesos como la
electroforesis en gel de agarosa. Cuando se
expone esta sustancia a luz ultravioleta, emite
una luz roja-anaranjada, que se intensifica
unas 20 veces después de haberse unido a
una cadena de ADN. Este efecto es debido al
aumento de la hidrofobia del medio, y no a la
rigidificación del anillo bencénico, no estando
éste entre pares de bases del ADN. Como el
bromuro de etidio se intercala en el ADN, esta
sustancia tiene un poderoso efecto mutágeno
y, posiblemente puede ser cancerígeno o
teratógeno.
Medio LB: Medio nutritivo, utilizado para el
crecimiento de bacterias. Conocido también
como caldo Luria o caldo Luria-Bertani. Este
medio son comúnmente utilizados en biología
molecular para la preparación de DNA
plasmídico y proteínas recombinantes; y sigue
siendo uno de los medios más comúnes para
mantener y cultivar cepas de Escherichia coli.
Existen diferentes formulaciones para este
medio:
 Péptidos y peptonas
 Vitaminas (incluida la vitamina B)
 Elementos traza
 Minerales
Los péptidos y las peptonas son proveídos
por la triptona. Las vitaminas y los elementos
traza son proveídos por el extracto de
levadura. Los iones sodio para el transporte y
le balance osmótico estos son proveídos por
el cloruro de sodio. La bacto-triptona es
utilizada para proveer aminoácidos esenciales
para el crecimiento bacteriano, de vez en
cuando el extracto de levadura es utilizado
para proveer componentes orgánicos útiles
para el crecimiento celular.
Kanamicina: La Kanamicina es un antibiótico
del grupo de los aminoglucósidos, de amplio
espectro, bactericida,1 activo sobre bacterias
Gram positivas, Gram negativas y
Mycobacterium, por lo que se indica en una
amplia gama de infecciones. La kanamicina
se aísla del hongo Streptomyces
kanamyceticus.2 Debido a su frecuente
toxicidad, el uso de kanamicina se ha limitado
últimamente al uso oral y tópico.
BSA: (Albúmina sérica de bovino) También
conocida como fracción V. Es una proteína
sérica que tiene muchas aplicaciones
bioquímicas incluyendo ELISAs (Ensayos
Inmunosorbentes Ligados a Enzima) e
inmunoblots. También es utilizado como
nutriente en los cultivos celulares y
microbiológicos. En digestiones de restricción
la BSA es utilizada para estabilizar algunas
enzimas durante la digestión de DNA. Esta
proteína no afecta a otras enzimas que no la
necesitan para su estabilización. La BSA es
comúnmente utilizada como estándar de peso
molecular, para determinar la cantidad de
otras proteínas, comparando una cantidad
desconocida de proteína con cantidades
conocidas de BSA.
Propiedades físicas:





Numero de residuos: 607
Peso Molecular: 69323.4 Da
pI in agua a 25 °C: 4.7
Absorbancia Optica de 1 g/l a 279nm:
0.667 mL mg-1 cm-1 a 279nm
Dimensiones: 40x40x140 angstroms
cúbicos.