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Microdeleciones-Microduplicaciones –SMD-
1p36 (1p36 microdeletion syndrome)
17p13.3 (Miller Dieker syndrome)
4p16 (Wolff-Hirschorn syndrome)
17p11.2-p12 (Charcot Marie Tooth / HNPP syndrome)
5p15.2 (Cri du Chat syndrome)
17p11.2 (Smith Magenis syndrome)
7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 1
17q11.2 (Neurofibromatosis Type1)
7q11.23 (Williams-Beuren syndrome) Diseño 2
21q21.3 (APP locus duplication [Alzheimer])
12p (Pallister Killian)
21q22 (Down Syndrome Critical Region])
15q11 (Prader Willi / Angelman syndrome [UBE3A])
22q11.2 (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome)
15q11-q13 (Prader Willi / Angelman syndrome [SNRPN])
Xp22.3 (X-linked ichthyosis syndrome)
16p13.3 (ATR syndrome)
Xp22.31 (Kallman)
Yp11.31 (SRY Microdeletion)
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción 1p36
110KB
1p 36
CDC2L1
CDC2L2
SLC35E2
FLJ13052
119KB
GNB1
SHGC-79970
D1S1372
AL033717
El Síndrome de Microdeleción 1p36 es el más común de los Síndromes de Deleción
Terminal, afectando 1/5000 nacimientos. La región distal de 1p es muy rica en genes por lo
que hay gran cantidad de posibles candidatos que podrían estar involucrados en esta
anomalía.
LIVe ofrece un kit que abarca dos regiones críticas cuya deleción parece ser clave en la
ocurrencia de este síndrome (Heilstedt et al. 2003). El control positivo de reacción es 1qter.
Citas (References):
Population data suggest that deletions of 1p36 are a relatively common chromosome abnormality.
Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Kashork CD, Shaffer LG. Clin Genet. 2003 Oct;64(4):310-6.
1q44
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Physical map of 1p36, placement of breakpoints in monosomy 1p36, and clinical characterization of the síndrome.
Heilstedt HA, Ballif BC, Howard LA, Lewis RA, Stal S, Kashork CD, Bacino CA, Shapira SK, Shaffer LG. Am J Hum
Genet. 2003 May;72(5):1200-12. Epub 2003 Apr 8.
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Wolff-Hirschhorn
4p 16.3
4q 12
W-H region I
CTBP1
SPON2
MGC21675
LOC285498
FLJ35816
W-H region II
600Kb
LETM1
WHSC1
La región crítica del Síndrome de microdeleción Wolf-Hirschhorn se
encuentra en 4p16. El genotipo-fenotipo de este síndrome se
correlaciona con el tamaño de la región delecionada (deleciones
menores a 3.5Mb resultan en fenotipos sin malformaciones físicas
(Zollino et al.). En el 95% de los casos estas microdeleciones pueden ser
detectadas por FISH con sondas específicas. LIVe ofrece en su kit dos
sondas que hibridan sobre regiones críticas de esta anomalía,
aumentando notablemente la definición del análisis. Además, un control
positivo hibrida sobre 4q12.
-Am J Med Genet. 2000;94;254-61
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Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Cri-Du-Chat
5p15.2
SEMA5A
D5S721
5q11.2
600KB
SNORD123
TAS2R1
AF009306
BC047112
D5S23
La mayoría de las deleciones del brazo corto del cromosoma 5 son asociadas con el
síndrome de Cri du Chat. Se sabe que existe una severidad progresiva de manifestaciones
clínicas y retardo físico-motor relacionada directamente con el incremento del tamaño de la
deleción (Mainardi et al. 2001). La sonda LIVe 5p15.2 hibrida sobre marcadores claves en
esta microdeleción. Esta sonda está acompañada por la sonda EN 5 (5 q11.2)
Citas (Referentes):
Clinical and molecular characterisation of 80 patients with 5p deletion: genotype-phenotype correlation
P Cerruti Mainardi, C Perfumo, A Calì, G Coucourde, G Pastore, S Cavani, F Zara, J Overhauser,M Pierluigi, F Dagna
Bricarelli
J Med Genet 2001;38:151–158
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Inicio Microdeleciones
ELN
Control
7 Cent.
200 Kb
Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 1)
7q11.23
El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una deleción hemicigota
de entre 1.5 a 1.8Mb que involucra por lo menos 25 genes en 7q11.23. La sonda
MD7q11.23 detecta cualquiera de estas variantes de la deleción abarcando genes críticos
como Elastina, LIMK1 y WBSCR1 entre otros. Cuenta con un control en centrómero de
cromosoma 7.
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Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Williams-Beuren (Diseño 2)
70 Kb
7q11.23
LIMK1
WBSCR23
GTF2IRD1
ELN
200 Kb
NTAL
7p22.3
El síndrome de Williams-Beuren generalmente es causado por una
deleción hemicigota de entre 1.5 a 1.8 Mb que involucra por lo menos
25 genes en 7q 11.23. LIVe ofrece un kit con dos sondas para
secuencias críticas de esta región, abarcando, tanto el gen de la
elastina (ELN) como otros genes involucrados en esta anomalía. Un
control sobre 7p22.3 completa el kit.
Citas (References):
Osborne LR, Li M, Pober B, Chitayat D, Bodurtha J, Mandel A, Costa T, Grebe T, Cox S,
Tsui LC, Scherer SW . A 1.5 million-base pair inversion polymorphism in families with
Williams-Beuren syndrome. Nat Genet. 2001;29;321-5.
Schubert C, Laccone F. Williams-Beuren syndrome: determination of deletion size
using quantitative real-time PCR. Int J Mol Med. 2006 Nov;18(5):799-806.
Gilbert-Dussardier B. Williams-Beuren syndrome. Rev Prat. 2006 Dec 15;56(19):2102-6.
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Inicio Microdeleciones
Sonda Duplicación Pallister-Killan
156 Kb
12p13.33
Control
12qter
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El síndrome Pallister-Killan es causado por un desorden cromosómico
caracterizado por tetrasomía 12p como consecuencia de un isocromosoma. Este
material extra es generalmente encontrado en mosaico y su presencia está casi
exclusivamente restringida a fibroblastos, lo cual permite detectar tempranamente
esta anomalía en muestras de líquido amniótico.
LIVe diseñó el kit MD12p compuesto por una sonda específica para 12p33 y un
control sobre 12qter. Este kit está especialmente optimizado para lograr resultados
óptimos en muestras de isopado bucal o cualquier tipo de muestra celular sin
procesar (células con citoplasma).
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (UBE3A)
BP1
15q11-q13
200Kb
D15S18
CYFIP1
D15S1035
2.4Mb
200Kb
BP2
D15S164E
D15S839
UBE3A
BP3
Control
15q26.3
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Los desórdenes genómicos de imprinting conocidos como Prader-Willi
/ Angelman están asociados a alteraciones genómicas de la región
15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una
microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos
kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes
claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3)
eventualmente involucrados en los síndromes de Prader Willi /
Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una
región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se
utiliza como control positivo en ambos kits.
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Prader Willi / Angelman (SNRPN)
BP2
130Kb
15q11-q13
MKRN3
180Kb
1Mb
SNRPN
SNURF
BP3
Control
15q26.3
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Los desórdenes genómicos de imprinting conocidos como Prader-Willi
/ Angelman están asociados a alteraciones genómicas de la región
15q11-q13. Aproximadamente el 70% de los pacientes presentan una
microdeleción intersticial de 5-7Mb en esta región. LIVe ofrece dos
kits con sondas para la región 15q11-q13 que hibridan sobre genes
claves cercanos a los 3 puntos de rupturas (BP1, 2, y 3)
eventualmente involucrados en los síndromes de Prader Willi /
Angelman. Estas sondas están diseñadas para examinar más de una
región por vez, maximizando la definición del análisis. 15q26.3 se
utiliza como control positivo en ambos kits.
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción ATR
200Kb
16p13.3
SOX8
Control
16q11.2
Alpha Thalasemia Retardation (ATR) ha sido definida como un síndrome de genes
contiguos resultado de la haploinsuficiencia del cluster del gen de la alfa globina y
otros genes involucrados en retardo mental. Recientemente, la región que causa este
síndrome ha sido localizada entre 0,9 y 1,7Mb del telómero. La sonda LIVe 16p13.3
hibrida sobre esta región abarcando el gen SOX8, presunto causante de esta
anomalía. Como control positivo está acompañada por EN16.
Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación
modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a
45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade +
DAPI).Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.
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Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Miller-Dieker
17p13.3
Control
Cent 17
200Kb
MET10
LIS1
El Sindrome Miller-Dieker es una afección de malformaciones múltiples,
caracterizado por licencefalia y asociado con deleciones visibles o
submicroscópicas en 17p13.3. Estas deleciones varían en tamaño entre 0,1 y
2,9Mb y siempre involucran al gen LIS1. La sonda LIVe 17p13.3 hibrida sobre
el gen LIS1 y viene acompañada por la sonda de enumeración EN17 en
17p11.2 como control de reacción.
Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación
modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de
incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de
montaje (antifade + DAPI).
Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20
determinaciones.
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Inicio Microdeleciones
RAI1
2.3Mb
17p11.2-12
PMP22
Sonda Microduplicación 17p12 Charcot Marie Tooth (1A) / Microdeleción HNPP
Entre el 70-80% de todos los casos de CMT tipo 1 son de la variante A (CMT1A) e
involucra anomalías en el gen PMP22. Los casos de CMT1A son causados por la
duplicación de una región de 1.5Mb en la región 17p12 que contiene al gen PMP22. El
producto recíproco de esta duplicación es una deleción del mismo tamaño que causa una
neuropatía hereditaria denominada HNPP. La sonda LIVe 17p12 hibrida sobre el gen
PMP22 y está diseñada para analizar metafases e interfases permitiendo detectar tanto la
duplicación como la deleción de este gen. Como control está acompañada por una sonda
ubicada a 2.3Mb (que incluye el locus RAI).
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Inicio Microdeleciones
Control
Cent 17
RAI1
17p11.2
95Kb
Sonda Microdeleción Smith Magenis
Todas las deleciones en 17p11.2 asociadas con el síndrome de Smith Magenis
(SMS) incluyen la deleción del gen RAI1. Por otro lado, estudios recientes
detectaron que otros genes dentro de la misma región contribuyen a las
características variables y la severidad general de este síndrome. La sonda LIVe
17p11.2 está diseñada para detectar esta deleción con alta eficacia ya que no
solamente abarca genes críticos de la región sino que incluye específicamente el
gen RAI1. Como control de reacción se incluye la sonda Centromérica 17.
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Inicio Microdeleciones
NF1
17q11.2
459 Kb
Sonda Microdeleción Neurofibromatosis Tipo 1
La Neurofibromatosis Tipo 1 (NF-1) es un desorden autosómico dominante con una
incidencia de 1 en 2500 nacidos vivos. Aproximadamente 5% de los pacientes presentan
deleciones del gen NF-1 y otros genes contiguos, encontrándose una relación directa entre
el tamaño de la deleción y la severidad fenotípica. Se han caracterizado 2 tipos de eventos
que resultan en deleción del gen NF1. La deleción tipo I ocurre por recombinación
intercromosómica durante la meiosis, la denominada tipo II está mediada por recombinación
intracromosómica en la mitosis. Esta última puede generar mosaicos somáticos.
Lexel In vitro ofrece un kit de sondas específicas apuntadas a detectar la pérdida del gen
NF1 como consecuencia de deleción cromosómica. Esta sonda está acompañada de un
control en la región centromérica 17.
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Inicio Microdeleciones
APP
21q21.3
170 Kb
Sonda Microduplicación 21q21.3 Early Onset Alzheimer
Control
21q22.3
Lexel in Vitro
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Estudios recientes han detectado que la duplicación del gen APP (Amyloid Precursor
Protein) en el cromosoma 21 está relacionado con la aparición temprana de la enfermedad
de Alzheimer. Una duplicación de entre 0.58 y 6.37Mb se encontró en pacientes con
abundantes depósitos de peptidos β-amiloides. Se ha comprobado que sondas de FISH
específicas para el locus APP detectan correctamente esta duplicación. LIVe ofrece la
sonda 21q21.3 que hibrida completamente sobre el locus APP. Como control de reacción
está acompañada por 21q22.3.
Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado
que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los
reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI).
Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.
Inicio Microdeleciones
21q22.2
DSCR8
316 Kb
DSCR4
Duplicación 21q22 Región Crítica Sindrome Down
Células de Material de Aborto hibridadas con MD21q22.
Izq. Célula normal, Der. Célula con ganancia para la región 21q22
ERG
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La sonda MD21q22 ha sido específicamente diseñada para la detección de
dos regiones críticas del cromosoma 21 cuya ganancia está directamente
asociada con el Síndrome de Down. Esta sonda hibrida sobre 316kb
abarcando completamente las regiones Down Syndrome Critical Region 2 y 4.
Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación
modificado que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de
incubación a 45ºC y los reactivos necesarios para preparar la solución de
montaje (antifade + DAPI).
Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones
Inicio Microdeleciones
TBX1
22q11.22
200 Kb
HIRA
Sonda Microdeleción Velocardiofacial o DiGeorge 22q11.2
22q13.32
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Los síndromes de DiGeorge y Velo-cardio-facial (DGS/VCFS) son causados por una
microdeleción hemicigota de entre 1.5 y 3Mb en el cromosoma 22 (q11.2). Se presume que
dos de los principales genes responsables de la mayoría de las malformaciones físicas
serían el gen TBX1 y el HIRA (también llamado TUPLE1). LIVe ofrece la sonda MD22q11.2
que hibrida sobre los loci TBX1 y Tuple1 (o HIRa) y contiene además un control de
reacción sobre 22qter.
Al igual que el resto de las sondas LIVe, el kit incluye un Buffer de Hibridación modificado
que permite obtener resultados con apenas 30 minutos de incubación a 45ºC y los
reactivos necesarios para preparar la solución de montaje (antifade + DAPI).
Este kit puede adquirirse en sus presentaciones de 5, 10 o 20 determinaciones.
Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción X-linked ichthyosis
Xp22.3
STS
170Kb
DXS6767
DXS7434E
Xp11.2
VCX
115Kb
DXS1354
DXS7956
La Ictiosis ligada al X (XLI), con una prevalencia estimada de 1/6000, es un desorden
genético causado por un déficit en la enzima sulfatasa esteroide (STS). Cerca del 90%
de las pacientes con Ictiosis pierden el gen STS entero. La mayoría de estos pacientes
con STS delecionada sólo tienen las características clínicas de XLI, pero hay casos con
desórdenes mas complejos, incluyendo retardo mental, que son el resultado de
deleciones intersticiales o terminales que también incluyen el gen VCX. La sonda LIVe
Xp22.3 X-linked ichthyosis region probe hibrida no solo sobre el gen STS, sino también
sobre VCX aumentando la definición del análisis. Como control de reacción está
acompañada por la sonda EN X (Xp11.2).
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Inicio Microdeleciones
Sonda Microdeleción Kallman
Xp22.31
DXS7470
Kal1
160Kb
DXS1090
Xp11.2
El síndrome de genes contiguos (CGS) presenta una serie de características clínicas
como resultado de deleciones intersticiales o terminales de varios genes adyacentes.
Varios genes importantes han sido identificados en la región Xp22.3 como responsables
de enfermedades genéticamente heterogéneas, uno de ellos es KAL1. Se ha
demostrado que las mutaciones en este gen ubicado en Xp22.3 resulta en la forma del
síndrome ligada al cromosoma X. Varios tipos de anomalías genéticas en KAL1 han
sido reportados en pacientes con síndrome de Kallman, incluyendo mutaciones
missense y nonsense, mutaciones del sitio de empalme, deleciones intragénicas y
deleciones cromosómicas submicroscópicas involucrando todo el gen KAL1.
Lexel in vitro ofrece un kit específico cuya sonda principal hibrida sobre la región del
gen Kal1 y una sonda control en Xp11.2 (ENX).
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Sonda Microdeleción / Translocación Locus SRY
SRY
130Kb
Yp11.31
Control
Yq11.21
El gen SRY (Yp11.3) está involucrado en diversos eventos relacionados al sexo. A
escala cromosómica presenta principalmente dos anomalías, deleción y
translocación. La deleción de la región cromosómica conteniendo este gen es un
importante factor de riesgo en pacientes con Disgenecia Gonadal completa ya que
genera Carcinoma in situ y Gondadoblastoma en el 10-15% de los casos.
Por otro lado la translocación de este gen ya sea al cromosoma X o, menos
frecuentemente a cualquier autosoma, provoca cariotipos masculinos 46,XX. Las
consecuencias fenotípicas de estas anomalías pueden ser diversas pero
frecuentemente conllevan infertilidad.
Esta sonda está acompañada por un control sobre Yq11.21
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